SlideShare une entreprise Scribd logo
1  sur  20
Télécharger pour lire hors ligne
La nouvelle méthode
d’indexation génomique 2015
Comprendre et expliquer les
changements et leurs conséquences
1
Une réalisation de l’UMT 3G
Unité Mixte Technologique 3G
Gestion Génétique et génomique des populations bovines
www.umt-3g.fr
Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
Les 10 questions
1. Pourquoi avoir envisagé des évolutions ? Quelles sont les motivations ?
2. Qu’est-ce qui a changé ? Quels sont les points forts de ces changements ?
3. Comment les performances des femelles sont-elles prises en compte ?
4. Principes de la nouvelle évaluation ?
5. Ces nouveaux index sont-ils plus cohérents avec les performances ?
6. Quels sont les gains de CD permis par ces évolutions ?
7. Quelles sont les évolutions d’index observées ?
8. Que valent les choix réalisés avec l’ancien modèle d’indexation ?
9. A-t-on amélioré la cohérence du palmarès français avec les palmarès
étrangers ?
10. Conséquences de ces évolutions sur la fiabilité des IPVGénos, prédicteurs
calculés de façon hebdomadaire ?
2Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
1. Une nouvelle étape dans l’amélioration
continue de l’évaluation génétique
De nouvelles possibilités
• avec l’amélioration des méthodes et des outils :
Par exemple : améliorer la fiabilité des index pour des animaux de père non typé/mal connu en
France (pedigree rare ou étranger)
• avec l’augmentation du nombre de femelles génotypées  plus
d’animaux dans la population de référence = PopRéf*
PopRéf* 2010 2015
race Nb animaux Nb animaux Nb équivalent mâles
holstein 16 000 ♂ 30 000 ♂ 30 000
montbéliarde 1 500 ♂ 2 600 ♂ + 20 000 ♀ 6 300
normande 1 250 ♂ 2 300 ♂ + 10 000 ♀ 4 200
brune - 6 000 ♂ 6 000
*PopRéf = population de référence = animaux avec [génotype & performances]
→ pour répondre à la demande des éleveurs : une
meilleure précision des index dans toutes les races
3Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
2. Faire + confiance au génome pour une
évaluation génétique + précise
1. Meilleur suivi des régions du génome
impliquées dans les variations génétiques des
caractères (QTL).
500 QTL en
moy/caractère
3000 QTL en
moy/caractère
2. Meilleure prise en compte de
l’ascendance : passage de l’ascendance
pedigree (parents enregistrés) à l’ascendance
génomique (marqueurs SNP des parents suivis)
« Que l’animal soit français
ou étranger, que son père
soit génotypé ou non, son
index génomique sera bien
estimé. »
Pedigree 10 000 SNP
3. Prise en compte des
performances individuelles des
vaches génotypées : méthodologie
adaptée selon les races
QTL = région du génome contenant un ou des gènes avec des effets sur
les caractères
SNP = marqueurs élémentaires répartis sur le génome 4Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
mèrepère
GPP GPMGMP GMM
Généalogie = des parents, grands-parents…
des enregistrements, des
papiers
Lunette = Lilas
2. Ascendance pedigree
5
Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
Généalogie = des parents, grands-parents…
des enregistrements, des
papiers
Génome= ADN
Lunette = Lilas ?
2. pedigree… ←→ … génomique
6
Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
Généalogie = des parents, grands-parents…
des enregistrements, des
papiers
génome (ADN)
des marqueurs SNP sur le
génome
Lunette # Lilas
2. Ascendance génomique
7
Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
3. Un changement dans la prise en
compte des femelles génotypées
Les performances individuelles des femelles
génotypées holstein et brune sont combinées
aux index génomiques en fin d’indexation
(« blending »).
Elles participent aux index propres des ♀ qui
les ont réalisées mais pas aux index de leurs
apparentés.
*PopRéf = population de référence = animaux avec [génotype & performances]
Pourquoi des différences entre races ?
Besoin de renforcer les effectifs et la
diversité de la PopRéf* montbéliarde et
normande : les femelles entrent dans la
population de référence.
En holstein et brune : déjà de
nombreux mâles représentant
de nombreuses femelles avec
performances.
Comment sont prises en compte les femelles ?
Les performances des femelles
génotypées montbéliarde et normande
entrent directement en cours
d’indexation génomique.
Elles participent aux index propres des ♀
qui les ont réalisées et aux index de leurs
apparentés.
8Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
3. Un changement dans la prise en
compte des femelles génotypées
9
Races
normande et
montbéliarde
Evaluation
génomique
2015
Index ♀ et ♂
PopRéf
♂ ♀
France
Prise en
compte des
performances
des femelles
Races
holstein et
brune
PopRéf
♂
Eurogenomics (PH)
Intergénomics (BR)
♀
Index ♀ et ♂
Evaluation
génomique
2015
« Blending »
Prise en
compte des
performances
des femelles
Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
3. Le « Blending »
10
PopRéf
♂
Eurogenomics (PH)
♀
Index ♀ et ♂
Evaluation
génomique
2015
« Blending »
= Combinaison de 2 index en tenant compte de leur
importance respective (poids de l’information)
IComb = a x Igénomique + b x Iperf
1 − 𝐶𝐷𝑝
1 − 𝐶𝐷𝑝𝐶𝐷𝑔
1 − 𝐶𝐷𝑔
1 − 𝐶𝐷𝑝𝐶𝐷𝑔
Avec Ip = CDp x performances*
Et CDp dépend de l’héritabilité, et
la répétabilité du caractère
et du « poids » des performances
* Corrigées des effets du milieuDiaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
4. Le principe de l’évaluation génomique 2015
évaluation génomique 2010 évaluation génomique 2015
Composante Source
% variance
expliquée
Composante Source
% variance
expliquée
polygénique pedigree 50%
génomique
10 000 SNP 25%
3 000 QTL 75%
génomique 500 QTL 50%
L’évaluation est 100% génomique :
les données sources viennent de la lecture du génome
Les performances participent à l’évaluation en construisant la
correspondance performances  génotype dans PopRéf*
QTL = région du génome contenant un ou des gènes avec des effets sur les caractères
SNP = marqueurs élémentaires répartis sur le génome
*PopRéf = population de référence = animaux avec [génotype & performances]
11Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
4. Quelle indexation pour quels animaux ?
Animaux et situation Indexation
Mâles de race holstein, brune, montbéliarde,
normande
index génomique 2015
Femelles génotypées
montbéliarde et
normande
Femelles génotypées
hostein et brune
sans performance
Femelles génotypées
holstein et brune
avec performance
index génomique 2015 + prise
en compte performances
(« blending »)
Femelles non génotypées index polygénique classique
12
Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
4. Les performances contribuent selon la
quantité d’information et selon le caractère
13
La contribution des
performances devient
majoritaire :
• pour les taureaux
avec plusieurs
dizaines de filles
• moins vite pour les
caractères
fonctionnels
Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
5. Une meilleure cohérence entre les index
génomiques ♀ et leurs performances
*Performances pré-corrigées des effets de milieux
Race montbéliarde
Corrélations entre index génomiques et
performances* des vaches génotypées
numéro de
lactation
Ancien
modèle
Nouveau
modèle
Prod. Laitière
L1 0,27 0,50
L2 0,40 0,63
L3 0,41 0,70
Cellules
L1 0,27 0,43
L2 0,33 0,52
L3 0,38 0,60
Taille - 0,46 0,80
Développement Mamelle - 0,39 0,65
14
Corrélation + élevée : les index génomiques 2015
prédisent mieux les performances
Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
6. Amélioration de la précision des
index génomiques – jeunes veaux
Race normande
Jeunes veaux
(<1an)
CD Ancien
modèle
CD Nouveau
modèle
Prod. Laitière 56 66
Morphologie 53 65
Fertilité 48 58
Longévité 46 56
Gain moyen + 11 points
Les index
génomiques des
jeunes veaux de
moins d’un an sont
plus précis
Index
peu
précis
Index
très
précis
Fertilité
ancien
modèleCD=30 CD=95
Fertilité
2015CD=50
15Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
7. Parfois des écarts d’index sensibles
% / classe
de
variation
Ensemble des ♂ et ♀ de la PopRéf
Variation : index génomique 2015 – index 2014/3
(base constante)
16Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
7. Parfois des écarts d’index sensibles
Pourquoi certains profils ont-ils
changé ?
Les nouveaux index sont
100% génomiques : on peut
avoir des QTL « rares » parmi
les nouveaux QTL pris en
compte mais qui ont un effet
fort dans certaines familles
ancien index
génomique
index génomique
2015 avec CD ↗
• plus précis, plus
près de VG
• ? différent du
précédent ?
vraie valeur
génétique
VG
Pourquoi le classement de pleins-frères / pleines-sœurs a-t-il changé ?
Avant, deux pleins-frères (jeunes sans perf) avaient une composante
commune ascendance : 50% (ils ont les mêmes parents). Maintenant
ils peuvent se distinguer sur tout le panel génomique : 100% (ils
n’ont pas reçu les mêmes gènes de leurs parents)
17Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
8. Les index 2015 sont plus fiables
18
Corrélation + élevée : les index génomiques 2015 des ♂
prédisent mieux les performances de leurs filles 4 ans plus tard
Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
9 – Amélioration de la cohérence des
palmarès français et étrangers
Le nouveau modèle se rapproche des méthodes utilisées par les autres pays
(Allemagne, Pays-Bas, USA …)
 Augmentation
des corrélations
avec l’étranger
AllemagnePays-Bas Pays-Bas Pays-BasAllemagneAllemagne USA USA USA
LAIT MG MP
Pour comparaison corrélations entre Allemagne et Pays-Bas : Lait 0,88 / MG 0,89 / MP 0,83
19Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
10. Cohérence entre les index génomiques
et les IPVgénos
Les IPVgéno sont
d’excellents prédicteurs
des index génomiques
20
Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014

Contenu connexe

Tendances

Reproscope des outils de sensibilisation éleveurs autour de la reproduction b...
Reproscope des outils de sensibilisation éleveurs autour de la reproduction b...Reproscope des outils de sensibilisation éleveurs autour de la reproduction b...
Reproscope des outils de sensibilisation éleveurs autour de la reproduction b...Institut de l'Elevage - Idele
 
La sélection génomique : principe et mise en oeuvre
La sélection génomique : principe et mise en oeuvreLa sélection génomique : principe et mise en oeuvre
La sélection génomique : principe et mise en oeuvreInstitut de l'Elevage - Idele
 
Sommet2016 Le déploiement génomique en bovin viande
Sommet2016 Le déploiement génomique en bovin viandeSommet2016 Le déploiement génomique en bovin viande
Sommet2016 Le déploiement génomique en bovin viandeInstitut de l'Elevage - Idele
 
2 La résistance génétique des ovins aux strongles gastro-intestinaux
2 La résistance génétique des ovins aux strongles gastro-intestinaux2 La résistance génétique des ovins aux strongles gastro-intestinaux
2 La résistance génétique des ovins aux strongles gastro-intestinauxInstitut de l'Elevage - Idele
 
Principaux acquis du projet PARALUT (Lutte intégrée contre les strongles gast...
Principaux acquis du projet PARALUT (Lutte intégrée contre les strongles gast...Principaux acquis du projet PARALUT (Lutte intégrée contre les strongles gast...
Principaux acquis du projet PARALUT (Lutte intégrée contre les strongles gast...Institut de l'Elevage - Idele
 
Evolution de la consommation de viande bovine en France
Evolution de la consommation de viande bovine en FranceEvolution de la consommation de viande bovine en France
Evolution de la consommation de viande bovine en FranceInstitut de l'Elevage - Idele
 
Résultats enquête public perspectives de marchés et enjeux pour la filière vi...
Résultats enquête public perspectives de marchés et enjeux pour la filière vi...Résultats enquête public perspectives de marchés et enjeux pour la filière vi...
Résultats enquête public perspectives de marchés et enjeux pour la filière vi...Institut de l'Elevage - Idele
 
Diagnostic sérologique de la fièvre Q chez les petits ruminants
Diagnostic sérologique de la fièvre Q chez les petits ruminantsDiagnostic sérologique de la fièvre Q chez les petits ruminants
Diagnostic sérologique de la fièvre Q chez les petits ruminantsInstitut de l'Elevage - Idele
 
La sélection génomique : les principaux résultats en races bovines laitières
La sélection génomique : les principaux résultats en races bovines laitièresLa sélection génomique : les principaux résultats en races bovines laitières
La sélection génomique : les principaux résultats en races bovines laitièresInstitut de l'Elevage - Idele
 
Space2016 Croisement laitier: de l'expérience internationale à la situation f...
Space2016 Croisement laitier: de l'expérience internationale à la situation f...Space2016 Croisement laitier: de l'expérience internationale à la situation f...
Space2016 Croisement laitier: de l'expérience internationale à la situation f...Institut de l'Elevage - Idele
 
Vers un conseil en accouplement profondément renouvelé
Vers un conseil en accouplement profondément renouveléVers un conseil en accouplement profondément renouvelé
Vers un conseil en accouplement profondément renouveléInstitut de l'Elevage - Idele
 
Gestion de la coccidiose : enquête auprès des éleveurs caprins
Gestion de la coccidiose : enquête auprès des éleveurs caprinsGestion de la coccidiose : enquête auprès des éleveurs caprins
Gestion de la coccidiose : enquête auprès des éleveurs caprinsInstitut de l'Elevage - Idele
 
7 Situation épidémiologique de la fièvre Q chez les ovins
7 Situation épidémiologique de la fièvre Q chez les ovins7 Situation épidémiologique de la fièvre Q chez les ovins
7 Situation épidémiologique de la fièvre Q chez les ovinsInstitut de l'Elevage - Idele
 
Sommet 2021 Quoi de neuf en santé des jeunes bovins ?
Sommet 2021 Quoi de neuf en santé des jeunes bovins ?Sommet 2021 Quoi de neuf en santé des jeunes bovins ?
Sommet 2021 Quoi de neuf en santé des jeunes bovins ?Institut de l'Elevage - Idele
 
A la conquête de l’autonomie protéique en France
A la conquête de l’autonomie protéique en FranceA la conquête de l’autonomie protéique en France
A la conquête de l’autonomie protéique en FranceInstitut de l'Elevage - Idele
 
Gestion des Nématodes gastro-intestinaux (NGIs) chez les caprins Contraintes...
Gestion des Nématodes gastro-intestinaux (NGIs) chez les caprins  Contraintes...Gestion des Nématodes gastro-intestinaux (NGIs) chez les caprins  Contraintes...
Gestion des Nématodes gastro-intestinaux (NGIs) chez les caprins Contraintes...Institut de l'Elevage - Idele
 

Tendances (20)

Reproscope des outils de sensibilisation éleveurs autour de la reproduction b...
Reproscope des outils de sensibilisation éleveurs autour de la reproduction b...Reproscope des outils de sensibilisation éleveurs autour de la reproduction b...
Reproscope des outils de sensibilisation éleveurs autour de la reproduction b...
 
La sélection génomique : principe et mise en oeuvre
La sélection génomique : principe et mise en oeuvreLa sélection génomique : principe et mise en oeuvre
La sélection génomique : principe et mise en oeuvre
 
Sommet2016 Le déploiement génomique en bovin viande
Sommet2016 Le déploiement génomique en bovin viandeSommet2016 Le déploiement génomique en bovin viande
Sommet2016 Le déploiement génomique en bovin viande
 
BGTA, 20 ans au service des éleveurs
BGTA, 20 ans au service des éleveursBGTA, 20 ans au service des éleveurs
BGTA, 20 ans au service des éleveurs
 
4 org-cows
4 org-cows4 org-cows
4 org-cows
 
2 La résistance génétique des ovins aux strongles gastro-intestinaux
2 La résistance génétique des ovins aux strongles gastro-intestinaux2 La résistance génétique des ovins aux strongles gastro-intestinaux
2 La résistance génétique des ovins aux strongles gastro-intestinaux
 
Principaux acquis du projet PARALUT (Lutte intégrée contre les strongles gast...
Principaux acquis du projet PARALUT (Lutte intégrée contre les strongles gast...Principaux acquis du projet PARALUT (Lutte intégrée contre les strongles gast...
Principaux acquis du projet PARALUT (Lutte intégrée contre les strongles gast...
 
Evolution de la consommation de viande bovine en France
Evolution de la consommation de viande bovine en FranceEvolution de la consommation de viande bovine en France
Evolution de la consommation de viande bovine en France
 
Résultats enquête public perspectives de marchés et enjeux pour la filière vi...
Résultats enquête public perspectives de marchés et enjeux pour la filière vi...Résultats enquête public perspectives de marchés et enjeux pour la filière vi...
Résultats enquête public perspectives de marchés et enjeux pour la filière vi...
 
Diagnostic sérologique de la fièvre Q chez les petits ruminants
Diagnostic sérologique de la fièvre Q chez les petits ruminantsDiagnostic sérologique de la fièvre Q chez les petits ruminants
Diagnostic sérologique de la fièvre Q chez les petits ruminants
 
La sélection génomique : les principaux résultats en races bovines laitières
La sélection génomique : les principaux résultats en races bovines laitièresLa sélection génomique : les principaux résultats en races bovines laitières
La sélection génomique : les principaux résultats en races bovines laitières
 
5 org-cows_réformes_races_mixtes
5 org-cows_réformes_races_mixtes5 org-cows_réformes_races_mixtes
5 org-cows_réformes_races_mixtes
 
Space2016 Croisement laitier: de l'expérience internationale à la situation f...
Space2016 Croisement laitier: de l'expérience internationale à la situation f...Space2016 Croisement laitier: de l'expérience internationale à la situation f...
Space2016 Croisement laitier: de l'expérience internationale à la situation f...
 
Vers un conseil en accouplement profondément renouvelé
Vers un conseil en accouplement profondément renouveléVers un conseil en accouplement profondément renouvelé
Vers un conseil en accouplement profondément renouvelé
 
Gestion de la coccidiose : enquête auprès des éleveurs caprins
Gestion de la coccidiose : enquête auprès des éleveurs caprinsGestion de la coccidiose : enquête auprès des éleveurs caprins
Gestion de la coccidiose : enquête auprès des éleveurs caprins
 
7 Situation épidémiologique de la fièvre Q chez les ovins
7 Situation épidémiologique de la fièvre Q chez les ovins7 Situation épidémiologique de la fièvre Q chez les ovins
7 Situation épidémiologique de la fièvre Q chez les ovins
 
Sommet 2021 Quoi de neuf en santé des jeunes bovins ?
Sommet 2021 Quoi de neuf en santé des jeunes bovins ?Sommet 2021 Quoi de neuf en santé des jeunes bovins ?
Sommet 2021 Quoi de neuf en santé des jeunes bovins ?
 
A la conquête de l’autonomie protéique en France
A la conquête de l’autonomie protéique en FranceA la conquête de l’autonomie protéique en France
A la conquête de l’autonomie protéique en France
 
Caprinov chevrettes
Caprinov chevrettesCaprinov chevrettes
Caprinov chevrettes
 
Gestion des Nématodes gastro-intestinaux (NGIs) chez les caprins Contraintes...
Gestion des Nématodes gastro-intestinaux (NGIs) chez les caprins  Contraintes...Gestion des Nématodes gastro-intestinaux (NGIs) chez les caprins  Contraintes...
Gestion des Nématodes gastro-intestinaux (NGIs) chez les caprins Contraintes...
 

En vedette

Génomique généralités jd
Génomique généralités jdGénomique généralités jd
Génomique généralités jdjudec12
 
M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009
M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009
M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009Elsa von Licy
 
Genomics, sexed semen: changes in reproduction choices in french dairy herd
Genomics, sexed semen: changes in reproduction choices in french dairy herdGenomics, sexed semen: changes in reproduction choices in french dairy herd
Genomics, sexed semen: changes in reproduction choices in french dairy herdInstitut de l'Elevage - Idele
 
[SPACE 2016] Le croisement laitier : repères et impacts technico économiques
[SPACE 2016] Le croisement laitier : repères et impacts technico économiques[SPACE 2016] Le croisement laitier : repères et impacts technico économiques
[SPACE 2016] Le croisement laitier : repères et impacts technico économiquesInstitut de l'Elevage - Idele
 
Basics of bioinformatics
Basics of bioinformaticsBasics of bioinformatics
Basics of bioinformaticsAbhishek Vatsa
 
Exposeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeee
ExposeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeExposeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeee
ExposeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeMiraj Microbio
 
Bioinformatics
BioinformaticsBioinformatics
BioinformaticsJTADrexel
 

En vedette (9)

Génomique généralités jd
Génomique généralités jdGénomique généralités jd
Génomique généralités jd
 
M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009
M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009
M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009
 
Genomics, sexed semen: changes in reproduction choices in french dairy herd
Genomics, sexed semen: changes in reproduction choices in french dairy herdGenomics, sexed semen: changes in reproduction choices in french dairy herd
Genomics, sexed semen: changes in reproduction choices in french dairy herd
 
[SPACE 2016] Le croisement laitier : repères et impacts technico économiques
[SPACE 2016] Le croisement laitier : repères et impacts technico économiques[SPACE 2016] Le croisement laitier : repères et impacts technico économiques
[SPACE 2016] Le croisement laitier : repères et impacts technico économiques
 
Basics of bioinformatics
Basics of bioinformaticsBasics of bioinformatics
Basics of bioinformatics
 
Cours 7 lymphocyte b et immunoglobulines
Cours 7 lymphocyte b et immunoglobulinesCours 7 lymphocyte b et immunoglobulines
Cours 7 lymphocyte b et immunoglobulines
 
Cours 6 organes lymphoïdes et lymphocytes T
Cours 6 organes lymphoïdes et lymphocytes TCours 6 organes lymphoïdes et lymphocytes T
Cours 6 organes lymphoïdes et lymphocytes T
 
Exposeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeee
ExposeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeExposeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeee
Exposeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeee
 
Bioinformatics
BioinformaticsBioinformatics
Bioinformatics
 

Similaire à Nouvelle indexation genomique: Les 10 principales questions des éleveurs

La persistance de la lactation : approche contrôles élémentaires en caprins.
La persistance de la lactation : approche contrôles élémentaires en caprins.La persistance de la lactation : approche contrôles élémentaires en caprins.
La persistance de la lactation : approche contrôles élémentaires en caprins.Institut de l'Elevage - Idele
 
[GAV2018] Les gains à long terme en génétique allaitante
[GAV2018] Les gains à long terme en génétique allaitante[GAV2018] Les gains à long terme en génétique allaitante
[GAV2018] Les gains à long terme en génétique allaitanteInstitut de l'Elevage - Idele
 
Caprinov2023 Prise en compte de nouveaux caractères dans les objectifs de sél...
Caprinov2023 Prise en compte de nouveaux caractères dans les objectifs de sél...Caprinov2023 Prise en compte de nouveaux caractères dans les objectifs de sél...
Caprinov2023 Prise en compte de nouveaux caractères dans les objectifs de sél...Institut de l'Elevage - Idele
 
[iSAGE] Météo et génétique des caractères de production en petits ruminants
[iSAGE] Météo et génétique des caractères de production en petits ruminants[iSAGE] Météo et génétique des caractères de production en petits ruminants
[iSAGE] Météo et génétique des caractères de production en petits ruminantsInstitut de l'Elevage - Idele
 
Optimisation des flux de reproducteurs en bovins viande pour accélérer la dif...
Optimisation des flux de reproducteurs en bovins viande pour accélérer la dif...Optimisation des flux de reproducteurs en bovins viande pour accélérer la dif...
Optimisation des flux de reproducteurs en bovins viande pour accélérer la dif...Institut de l'Elevage - Idele
 
La longévité fonctionnelle : analyse génétique en caprins.
La longévité fonctionnelle : analyse génétique en caprins.La longévité fonctionnelle : analyse génétique en caprins.
La longévité fonctionnelle : analyse génétique en caprins.Institut de l'Elevage - Idele
 
La longévité fonctionnelle : analyse génétique en ovin lait.
La longévité fonctionnelle : analyse génétique en ovin lait.La longévité fonctionnelle : analyse génétique en ovin lait.
La longévité fonctionnelle : analyse génétique en ovin lait.Institut de l'Elevage - Idele
 
GAOv2021 : Génomique : pour qui et pour quoi faire ?
GAOv2021 : Génomique : pour qui et pour quoi faire ?GAOv2021 : Génomique : pour qui et pour quoi faire ?
GAOv2021 : Génomique : pour qui et pour quoi faire ?Institut de l'Elevage - Idele
 
UMTeBIS_conf - 20221013 - 6_Population_7_Croisement vf.pptx
UMTeBIS_conf - 20221013 - 6_Population_7_Croisement vf.pptxUMTeBIS_conf - 20221013 - 6_Population_7_Croisement vf.pptx
UMTeBIS_conf - 20221013 - 6_Population_7_Croisement vf.pptxInstitut de l'Elevage - Idele
 
UMT_STAR_webinaire_20231201_02_phenotypage_OA_FTortereau.pdf
UMT_STAR_webinaire_20231201_02_phenotypage_OA_FTortereau.pdfUMT_STAR_webinaire_20231201_02_phenotypage_OA_FTortereau.pdf
UMT_STAR_webinaire_20231201_02_phenotypage_OA_FTortereau.pdfInstitut de l'Elevage - Idele
 
[iSAGE] La valeur génétique d'un animal dépend-elle du système dans lequel il...
[iSAGE] La valeur génétique d'un animal dépend-elle du système dans lequel il...[iSAGE] La valeur génétique d'un animal dépend-elle du système dans lequel il...
[iSAGE] La valeur génétique d'un animal dépend-elle du système dans lequel il...Institut de l'Elevage - Idele
 
Amélioration de la sécurité alimentaire et nutritionnelle par une meilleure u...
Amélioration de la sécurité alimentaire et nutritionnelle par une meilleure u...Amélioration de la sécurité alimentaire et nutritionnelle par une meilleure u...
Amélioration de la sécurité alimentaire et nutritionnelle par une meilleure u...ILRI
 
Regards croisés sur les stratégies de reproduction en élevages allaitants con...
Regards croisés sur les stratégies de reproduction en élevages allaitants con...Regards croisés sur les stratégies de reproduction en élevages allaitants con...
Regards croisés sur les stratégies de reproduction en élevages allaitants con...Institut de l'Elevage - Idele
 
Impact du virus Schmallenbergsur les performances de reproduction dans les tr...
Impact du virus Schmallenbergsur les performances de reproduction dans les tr...Impact du virus Schmallenbergsur les performances de reproduction dans les tr...
Impact du virus Schmallenbergsur les performances de reproduction dans les tr...Institut de l'Elevage - Idele
 
Génomique, sexage, croisement : impacts sur la conduite du troupeau
Génomique, sexage, croisement : impacts sur la conduite du troupeauGénomique, sexage, croisement : impacts sur la conduite du troupeau
Génomique, sexage, croisement : impacts sur la conduite du troupeauInstitut de l'Elevage - Idele
 
Gestion_anomalies-webinaire-UMT_STAR_03-JRaoul-IPalhiere.pdf
Gestion_anomalies-webinaire-UMT_STAR_03-JRaoul-IPalhiere.pdfGestion_anomalies-webinaire-UMT_STAR_03-JRaoul-IPalhiere.pdf
Gestion_anomalies-webinaire-UMT_STAR_03-JRaoul-IPalhiere.pdfInstitut de l'Elevage - Idele
 
4. Quels impacts réels de la dépression de consanguinité
4. Quels impacts réels de la dépression de consanguinité4. Quels impacts réels de la dépression de consanguinité
4. Quels impacts réels de la dépression de consanguinitéInstitut de l'Elevage - Idele
 

Similaire à Nouvelle indexation genomique: Les 10 principales questions des éleveurs (20)

La persistance de la lactation : approche contrôles élémentaires en caprins.
La persistance de la lactation : approche contrôles élémentaires en caprins.La persistance de la lactation : approche contrôles élémentaires en caprins.
La persistance de la lactation : approche contrôles élémentaires en caprins.
 
[GAV2018] Les gains à long terme en génétique allaitante
[GAV2018] Les gains à long terme en génétique allaitante[GAV2018] Les gains à long terme en génétique allaitante
[GAV2018] Les gains à long terme en génétique allaitante
 
Caprinov2023 Prise en compte de nouveaux caractères dans les objectifs de sél...
Caprinov2023 Prise en compte de nouveaux caractères dans les objectifs de sél...Caprinov2023 Prise en compte de nouveaux caractères dans les objectifs de sél...
Caprinov2023 Prise en compte de nouveaux caractères dans les objectifs de sél...
 
[iSAGE] Météo et génétique des caractères de production en petits ruminants
[iSAGE] Météo et génétique des caractères de production en petits ruminants[iSAGE] Météo et génétique des caractères de production en petits ruminants
[iSAGE] Météo et génétique des caractères de production en petits ruminants
 
Optimisation des flux de reproducteurs en bovins viande pour accélérer la dif...
Optimisation des flux de reproducteurs en bovins viande pour accélérer la dif...Optimisation des flux de reproducteurs en bovins viande pour accélérer la dif...
Optimisation des flux de reproducteurs en bovins viande pour accélérer la dif...
 
La longévité fonctionnelle : analyse génétique en caprins.
La longévité fonctionnelle : analyse génétique en caprins.La longévité fonctionnelle : analyse génétique en caprins.
La longévité fonctionnelle : analyse génétique en caprins.
 
La longévité fonctionnelle : analyse génétique en ovin lait.
La longévité fonctionnelle : analyse génétique en ovin lait.La longévité fonctionnelle : analyse génétique en ovin lait.
La longévité fonctionnelle : analyse génétique en ovin lait.
 
UMT GPR 04 thermo tolérance FTortereau
UMT GPR 04 thermo tolérance FTortereauUMT GPR 04 thermo tolérance FTortereau
UMT GPR 04 thermo tolérance FTortereau
 
GAOv2021 : Génomique : pour qui et pour quoi faire ?
GAOv2021 : Génomique : pour qui et pour quoi faire ?GAOv2021 : Génomique : pour qui et pour quoi faire ?
GAOv2021 : Génomique : pour qui et pour quoi faire ?
 
Provinlait pgmselection - GLagriffoul
Provinlait pgmselection - GLagriffoulProvinlait pgmselection - GLagriffoul
Provinlait pgmselection - GLagriffoul
 
UMTeBIS_conf - 20221013 - 6_Population_7_Croisement vf.pptx
UMTeBIS_conf - 20221013 - 6_Population_7_Croisement vf.pptxUMTeBIS_conf - 20221013 - 6_Population_7_Croisement vf.pptx
UMTeBIS_conf - 20221013 - 6_Population_7_Croisement vf.pptx
 
UMT_STAR_webinaire_20231201_02_phenotypage_OA_FTortereau.pdf
UMT_STAR_webinaire_20231201_02_phenotypage_OA_FTortereau.pdfUMT_STAR_webinaire_20231201_02_phenotypage_OA_FTortereau.pdf
UMT_STAR_webinaire_20231201_02_phenotypage_OA_FTortereau.pdf
 
[iSAGE] La valeur génétique d'un animal dépend-elle du système dans lequel il...
[iSAGE] La valeur génétique d'un animal dépend-elle du système dans lequel il...[iSAGE] La valeur génétique d'un animal dépend-elle du système dans lequel il...
[iSAGE] La valeur génétique d'un animal dépend-elle du système dans lequel il...
 
Amélioration de la sécurité alimentaire et nutritionnelle par une meilleure u...
Amélioration de la sécurité alimentaire et nutritionnelle par une meilleure u...Amélioration de la sécurité alimentaire et nutritionnelle par une meilleure u...
Amélioration de la sécurité alimentaire et nutritionnelle par une meilleure u...
 
Regards croisés sur les stratégies de reproduction en élevages allaitants con...
Regards croisés sur les stratégies de reproduction en élevages allaitants con...Regards croisés sur les stratégies de reproduction en élevages allaitants con...
Regards croisés sur les stratégies de reproduction en élevages allaitants con...
 
Impact du virus Schmallenbergsur les performances de reproduction dans les tr...
Impact du virus Schmallenbergsur les performances de reproduction dans les tr...Impact du virus Schmallenbergsur les performances de reproduction dans les tr...
Impact du virus Schmallenbergsur les performances de reproduction dans les tr...
 
Génomique, sexage, croisement : impacts sur la conduite du troupeau
Génomique, sexage, croisement : impacts sur la conduite du troupeauGénomique, sexage, croisement : impacts sur la conduite du troupeau
Génomique, sexage, croisement : impacts sur la conduite du troupeau
 
Présentation générale PHF
Présentation générale PHFPrésentation générale PHF
Présentation générale PHF
 
Gestion_anomalies-webinaire-UMT_STAR_03-JRaoul-IPalhiere.pdf
Gestion_anomalies-webinaire-UMT_STAR_03-JRaoul-IPalhiere.pdfGestion_anomalies-webinaire-UMT_STAR_03-JRaoul-IPalhiere.pdf
Gestion_anomalies-webinaire-UMT_STAR_03-JRaoul-IPalhiere.pdf
 
4. Quels impacts réels de la dépression de consanguinité
4. Quels impacts réels de la dépression de consanguinité4. Quels impacts réels de la dépression de consanguinité
4. Quels impacts réels de la dépression de consanguinité
 

Plus de Institut de l'Elevage - Idele

JTC 2024 La relance de la filière de la viande de chevreau.pdf
JTC 2024 La relance de la filière de la viande de chevreau.pdfJTC 2024 La relance de la filière de la viande de chevreau.pdf
JTC 2024 La relance de la filière de la viande de chevreau.pdfInstitut de l'Elevage - Idele
 
JTC 2024 - Leviers d’adaptation au changement climatique, qualité du lait et ...
JTC 2024 - Leviers d’adaptation au changement climatique, qualité du lait et ...JTC 2024 - Leviers d’adaptation au changement climatique, qualité du lait et ...
JTC 2024 - Leviers d’adaptation au changement climatique, qualité du lait et ...Institut de l'Elevage - Idele
 
JTC 2024 - SMARTER Retour sur les indicateurs de santé .pdf
JTC 2024 - SMARTER Retour sur les indicateurs de santé .pdfJTC 2024 - SMARTER Retour sur les indicateurs de santé .pdf
JTC 2024 - SMARTER Retour sur les indicateurs de santé .pdfInstitut de l'Elevage - Idele
 
JTC 2024 - Réglementation européenne BEA et Transport.pdf
JTC 2024 - Réglementation européenne BEA et Transport.pdfJTC 2024 - Réglementation européenne BEA et Transport.pdf
JTC 2024 - Réglementation européenne BEA et Transport.pdfInstitut de l'Elevage - Idele
 
MaxForGoat aux JTCs : l'impact des modalités de distribution des fourrages en...
MaxForGoat aux JTCs : l'impact des modalités de distribution des fourrages en...MaxForGoat aux JTCs : l'impact des modalités de distribution des fourrages en...
MaxForGoat aux JTCs : l'impact des modalités de distribution des fourrages en...Institut de l'Elevage - Idele
 
#Pause travail 8 Dubreuil femmes 9 avril 2024 (1).pdf
#Pause travail 8 Dubreuil femmes 9 avril 2024 (1).pdf#Pause travail 8 Dubreuil femmes 9 avril 2024 (1).pdf
#Pause travail 8 Dubreuil femmes 9 avril 2024 (1).pdfInstitut de l'Elevage - Idele
 
2 5 MOREL Dimensionnement logettes Vaches laitières.pdf
2 5 MOREL Dimensionnement logettes Vaches laitières.pdf2 5 MOREL Dimensionnement logettes Vaches laitières.pdf
2 5 MOREL Dimensionnement logettes Vaches laitières.pdfInstitut de l'Elevage - Idele
 
2 10 GUIOCHEAU Aires dexercices Vaches laitières.pdf
2 10 GUIOCHEAU Aires dexercices Vaches laitières.pdf2 10 GUIOCHEAU Aires dexercices Vaches laitières.pdf
2 10 GUIOCHEAU Aires dexercices Vaches laitières.pdfInstitut de l'Elevage - Idele
 

Plus de Institut de l'Elevage - Idele (20)

JTC 2024 La relance de la filière de la viande de chevreau.pdf
JTC 2024 La relance de la filière de la viande de chevreau.pdfJTC 2024 La relance de la filière de la viande de chevreau.pdf
JTC 2024 La relance de la filière de la viande de chevreau.pdf
 
JTC 2024 - Leviers d’adaptation au changement climatique, qualité du lait et ...
JTC 2024 - Leviers d’adaptation au changement climatique, qualité du lait et ...JTC 2024 - Leviers d’adaptation au changement climatique, qualité du lait et ...
JTC 2024 - Leviers d’adaptation au changement climatique, qualité du lait et ...
 
JTC 2024 - SMARTER Retour sur les indicateurs de santé .pdf
JTC 2024 - SMARTER Retour sur les indicateurs de santé .pdfJTC 2024 - SMARTER Retour sur les indicateurs de santé .pdf
JTC 2024 - SMARTER Retour sur les indicateurs de santé .pdf
 
JTC 2024 - DeCremoux_Anomalies_génétiques.pdf
JTC 2024 - DeCremoux_Anomalies_génétiques.pdfJTC 2024 - DeCremoux_Anomalies_génétiques.pdf
JTC 2024 - DeCremoux_Anomalies_génétiques.pdf
 
JTC 2024 - Réglementation européenne BEA et Transport.pdf
JTC 2024 - Réglementation européenne BEA et Transport.pdfJTC 2024 - Réglementation européenne BEA et Transport.pdf
JTC 2024 - Réglementation européenne BEA et Transport.pdf
 
CAP2ER_GC_Presentation_Outil_20240422.pptx
CAP2ER_GC_Presentation_Outil_20240422.pptxCAP2ER_GC_Presentation_Outil_20240422.pptx
CAP2ER_GC_Presentation_Outil_20240422.pptx
 
Note agro-climatique n°2 - 17 Avril 2024
Note agro-climatique n°2 - 17 Avril 2024Note agro-climatique n°2 - 17 Avril 2024
Note agro-climatique n°2 - 17 Avril 2024
 
MaxForGoat aux JTCs : l'impact des modalités de distribution des fourrages en...
MaxForGoat aux JTCs : l'impact des modalités de distribution des fourrages en...MaxForGoat aux JTCs : l'impact des modalités de distribution des fourrages en...
MaxForGoat aux JTCs : l'impact des modalités de distribution des fourrages en...
 
Webinaire lésions podales_04.04.2024.pptx
Webinaire lésions podales_04.04.2024.pptxWebinaire lésions podales_04.04.2024.pptx
Webinaire lésions podales_04.04.2024.pptx
 
#Pause travail 8 Dubreuil femmes 9 avril 2024 (1).pdf
#Pause travail 8 Dubreuil femmes 9 avril 2024 (1).pdf#Pause travail 8 Dubreuil femmes 9 avril 2024 (1).pdf
#Pause travail 8 Dubreuil femmes 9 avril 2024 (1).pdf
 
Replay du Webinaire CARE 4 DAIRY - 25 mars 2024
Replay du Webinaire CARE 4 DAIRY - 25 mars 2024Replay du Webinaire CARE 4 DAIRY - 25 mars 2024
Replay du Webinaire CARE 4 DAIRY - 25 mars 2024
 
2 1 FUSELIER Prise en compte OW Société.pdf
2 1 FUSELIER Prise en compte OW Société.pdf2 1 FUSELIER Prise en compte OW Société.pdf
2 1 FUSELIER Prise en compte OW Société.pdf
 
2 2 VILLAIN Truies libres en maternité.pdf
2 2 VILLAIN Truies libres en maternité.pdf2 2 VILLAIN Truies libres en maternité.pdf
2 2 VILLAIN Truies libres en maternité.pdf
 
2 3 MESSAGER Enrichissements poulets.pdf
2 3 MESSAGER Enrichissements poulets.pdf2 3 MESSAGER Enrichissements poulets.pdf
2 3 MESSAGER Enrichissements poulets.pdf
 
2 4 COUTANT Litiere malaxée Vaches laitières.pdf
2 4 COUTANT Litiere malaxée Vaches laitières.pdf2 4 COUTANT Litiere malaxée Vaches laitières.pdf
2 4 COUTANT Litiere malaxée Vaches laitières.pdf
 
2 5 MOREL Dimensionnement logettes Vaches laitières.pdf
2 5 MOREL Dimensionnement logettes Vaches laitières.pdf2 5 MOREL Dimensionnement logettes Vaches laitières.pdf
2 5 MOREL Dimensionnement logettes Vaches laitières.pdf
 
2 7 GERARD conduite des truies en liberté.pdf
2 7 GERARD conduite des truies en liberté.pdf2 7 GERARD conduite des truies en liberté.pdf
2 7 GERARD conduite des truies en liberté.pdf
 
2 8 LERUSTE loger les veaux laitiers par deux
2 8 LERUSTE loger les veaux laitiers par deux2 8 LERUSTE loger les veaux laitiers par deux
2 8 LERUSTE loger les veaux laitiers par deux
 
2 9 LEFOUL Logement veaux de boucherie.pdf
2 9 LEFOUL Logement veaux de boucherie.pdf2 9 LEFOUL Logement veaux de boucherie.pdf
2 9 LEFOUL Logement veaux de boucherie.pdf
 
2 10 GUIOCHEAU Aires dexercices Vaches laitières.pdf
2 10 GUIOCHEAU Aires dexercices Vaches laitières.pdf2 10 GUIOCHEAU Aires dexercices Vaches laitières.pdf
2 10 GUIOCHEAU Aires dexercices Vaches laitières.pdf
 

Dernier

SciencesPo_Aix_InnovationPédagogique_Atelier_APC.pdf
SciencesPo_Aix_InnovationPédagogique_Atelier_APC.pdfSciencesPo_Aix_InnovationPédagogique_Atelier_APC.pdf
SciencesPo_Aix_InnovationPédagogique_Atelier_APC.pdfSKennel
 
Chapitre 2 : fondations et analyses de données géotechniques
Chapitre 2 : fondations et analyses de données géotechniquesChapitre 2 : fondations et analyses de données géotechniques
Chapitre 2 : fondations et analyses de données géotechniquesangevaleryn
 
présentation sur la logistique (4).
présentation     sur la  logistique (4).présentation     sur la  logistique (4).
présentation sur la logistique (4).FatimaEzzahra753100
 
Support de cours La technologie WDM.pptx
Support de cours La technologie WDM.pptxSupport de cours La technologie WDM.pptx
Support de cours La technologie WDM.pptxdocteurgyneco1
 
Actions du vent sur les bâtiments selon lEurocode 1 – Partie 1-4.pdf
Actions du vent sur les bâtiments selon lEurocode 1 – Partie 1-4.pdfActions du vent sur les bâtiments selon lEurocode 1 – Partie 1-4.pdf
Actions du vent sur les bâtiments selon lEurocode 1 – Partie 1-4.pdfalainfahed961
 
CHAPITRE 2 VARIABLE ALEATOIRE probabilité.ppt
CHAPITRE 2 VARIABLE ALEATOIRE probabilité.pptCHAPITRE 2 VARIABLE ALEATOIRE probabilité.ppt
CHAPITRE 2 VARIABLE ALEATOIRE probabilité.pptbentaha1011
 
Cours-de-Ponts Cours de Ponts Principes généraux - Conception Méthodes de con...
Cours-de-Ponts Cours de Ponts Principes généraux - Conception Méthodes de con...Cours-de-Ponts Cours de Ponts Principes généraux - Conception Méthodes de con...
Cours-de-Ponts Cours de Ponts Principes généraux - Conception Méthodes de con...maach1
 

Dernier (7)

SciencesPo_Aix_InnovationPédagogique_Atelier_APC.pdf
SciencesPo_Aix_InnovationPédagogique_Atelier_APC.pdfSciencesPo_Aix_InnovationPédagogique_Atelier_APC.pdf
SciencesPo_Aix_InnovationPédagogique_Atelier_APC.pdf
 
Chapitre 2 : fondations et analyses de données géotechniques
Chapitre 2 : fondations et analyses de données géotechniquesChapitre 2 : fondations et analyses de données géotechniques
Chapitre 2 : fondations et analyses de données géotechniques
 
présentation sur la logistique (4).
présentation     sur la  logistique (4).présentation     sur la  logistique (4).
présentation sur la logistique (4).
 
Support de cours La technologie WDM.pptx
Support de cours La technologie WDM.pptxSupport de cours La technologie WDM.pptx
Support de cours La technologie WDM.pptx
 
Actions du vent sur les bâtiments selon lEurocode 1 – Partie 1-4.pdf
Actions du vent sur les bâtiments selon lEurocode 1 – Partie 1-4.pdfActions du vent sur les bâtiments selon lEurocode 1 – Partie 1-4.pdf
Actions du vent sur les bâtiments selon lEurocode 1 – Partie 1-4.pdf
 
CHAPITRE 2 VARIABLE ALEATOIRE probabilité.ppt
CHAPITRE 2 VARIABLE ALEATOIRE probabilité.pptCHAPITRE 2 VARIABLE ALEATOIRE probabilité.ppt
CHAPITRE 2 VARIABLE ALEATOIRE probabilité.ppt
 
Cours-de-Ponts Cours de Ponts Principes généraux - Conception Méthodes de con...
Cours-de-Ponts Cours de Ponts Principes généraux - Conception Méthodes de con...Cours-de-Ponts Cours de Ponts Principes généraux - Conception Méthodes de con...
Cours-de-Ponts Cours de Ponts Principes généraux - Conception Méthodes de con...
 

Nouvelle indexation genomique: Les 10 principales questions des éleveurs

  • 1. La nouvelle méthode d’indexation génomique 2015 Comprendre et expliquer les changements et leurs conséquences 1 Une réalisation de l’UMT 3G Unité Mixte Technologique 3G Gestion Génétique et génomique des populations bovines www.umt-3g.fr Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 2. Les 10 questions 1. Pourquoi avoir envisagé des évolutions ? Quelles sont les motivations ? 2. Qu’est-ce qui a changé ? Quels sont les points forts de ces changements ? 3. Comment les performances des femelles sont-elles prises en compte ? 4. Principes de la nouvelle évaluation ? 5. Ces nouveaux index sont-ils plus cohérents avec les performances ? 6. Quels sont les gains de CD permis par ces évolutions ? 7. Quelles sont les évolutions d’index observées ? 8. Que valent les choix réalisés avec l’ancien modèle d’indexation ? 9. A-t-on amélioré la cohérence du palmarès français avec les palmarès étrangers ? 10. Conséquences de ces évolutions sur la fiabilité des IPVGénos, prédicteurs calculés de façon hebdomadaire ? 2Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 3. 1. Une nouvelle étape dans l’amélioration continue de l’évaluation génétique De nouvelles possibilités • avec l’amélioration des méthodes et des outils : Par exemple : améliorer la fiabilité des index pour des animaux de père non typé/mal connu en France (pedigree rare ou étranger) • avec l’augmentation du nombre de femelles génotypées  plus d’animaux dans la population de référence = PopRéf* PopRéf* 2010 2015 race Nb animaux Nb animaux Nb équivalent mâles holstein 16 000 ♂ 30 000 ♂ 30 000 montbéliarde 1 500 ♂ 2 600 ♂ + 20 000 ♀ 6 300 normande 1 250 ♂ 2 300 ♂ + 10 000 ♀ 4 200 brune - 6 000 ♂ 6 000 *PopRéf = population de référence = animaux avec [génotype & performances] → pour répondre à la demande des éleveurs : une meilleure précision des index dans toutes les races 3Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 4. 2. Faire + confiance au génome pour une évaluation génétique + précise 1. Meilleur suivi des régions du génome impliquées dans les variations génétiques des caractères (QTL). 500 QTL en moy/caractère 3000 QTL en moy/caractère 2. Meilleure prise en compte de l’ascendance : passage de l’ascendance pedigree (parents enregistrés) à l’ascendance génomique (marqueurs SNP des parents suivis) « Que l’animal soit français ou étranger, que son père soit génotypé ou non, son index génomique sera bien estimé. » Pedigree 10 000 SNP 3. Prise en compte des performances individuelles des vaches génotypées : méthodologie adaptée selon les races QTL = région du génome contenant un ou des gènes avec des effets sur les caractères SNP = marqueurs élémentaires répartis sur le génome 4Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 5. mèrepère GPP GPMGMP GMM Généalogie = des parents, grands-parents… des enregistrements, des papiers Lunette = Lilas 2. Ascendance pedigree 5 Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 6. Généalogie = des parents, grands-parents… des enregistrements, des papiers Génome= ADN Lunette = Lilas ? 2. pedigree… ←→ … génomique 6 Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 7. Généalogie = des parents, grands-parents… des enregistrements, des papiers génome (ADN) des marqueurs SNP sur le génome Lunette # Lilas 2. Ascendance génomique 7 Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 8. 3. Un changement dans la prise en compte des femelles génotypées Les performances individuelles des femelles génotypées holstein et brune sont combinées aux index génomiques en fin d’indexation (« blending »). Elles participent aux index propres des ♀ qui les ont réalisées mais pas aux index de leurs apparentés. *PopRéf = population de référence = animaux avec [génotype & performances] Pourquoi des différences entre races ? Besoin de renforcer les effectifs et la diversité de la PopRéf* montbéliarde et normande : les femelles entrent dans la population de référence. En holstein et brune : déjà de nombreux mâles représentant de nombreuses femelles avec performances. Comment sont prises en compte les femelles ? Les performances des femelles génotypées montbéliarde et normande entrent directement en cours d’indexation génomique. Elles participent aux index propres des ♀ qui les ont réalisées et aux index de leurs apparentés. 8Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 9. 3. Un changement dans la prise en compte des femelles génotypées 9 Races normande et montbéliarde Evaluation génomique 2015 Index ♀ et ♂ PopRéf ♂ ♀ France Prise en compte des performances des femelles Races holstein et brune PopRéf ♂ Eurogenomics (PH) Intergénomics (BR) ♀ Index ♀ et ♂ Evaluation génomique 2015 « Blending » Prise en compte des performances des femelles Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 10. 3. Le « Blending » 10 PopRéf ♂ Eurogenomics (PH) ♀ Index ♀ et ♂ Evaluation génomique 2015 « Blending » = Combinaison de 2 index en tenant compte de leur importance respective (poids de l’information) IComb = a x Igénomique + b x Iperf 1 − 𝐶𝐷𝑝 1 − 𝐶𝐷𝑝𝐶𝐷𝑔 1 − 𝐶𝐷𝑔 1 − 𝐶𝐷𝑝𝐶𝐷𝑔 Avec Ip = CDp x performances* Et CDp dépend de l’héritabilité, et la répétabilité du caractère et du « poids » des performances * Corrigées des effets du milieuDiaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 11. 4. Le principe de l’évaluation génomique 2015 évaluation génomique 2010 évaluation génomique 2015 Composante Source % variance expliquée Composante Source % variance expliquée polygénique pedigree 50% génomique 10 000 SNP 25% 3 000 QTL 75% génomique 500 QTL 50% L’évaluation est 100% génomique : les données sources viennent de la lecture du génome Les performances participent à l’évaluation en construisant la correspondance performances  génotype dans PopRéf* QTL = région du génome contenant un ou des gènes avec des effets sur les caractères SNP = marqueurs élémentaires répartis sur le génome *PopRéf = population de référence = animaux avec [génotype & performances] 11Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 12. 4. Quelle indexation pour quels animaux ? Animaux et situation Indexation Mâles de race holstein, brune, montbéliarde, normande index génomique 2015 Femelles génotypées montbéliarde et normande Femelles génotypées hostein et brune sans performance Femelles génotypées holstein et brune avec performance index génomique 2015 + prise en compte performances (« blending ») Femelles non génotypées index polygénique classique 12 Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 13. 4. Les performances contribuent selon la quantité d’information et selon le caractère 13 La contribution des performances devient majoritaire : • pour les taureaux avec plusieurs dizaines de filles • moins vite pour les caractères fonctionnels Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 14. 5. Une meilleure cohérence entre les index génomiques ♀ et leurs performances *Performances pré-corrigées des effets de milieux Race montbéliarde Corrélations entre index génomiques et performances* des vaches génotypées numéro de lactation Ancien modèle Nouveau modèle Prod. Laitière L1 0,27 0,50 L2 0,40 0,63 L3 0,41 0,70 Cellules L1 0,27 0,43 L2 0,33 0,52 L3 0,38 0,60 Taille - 0,46 0,80 Développement Mamelle - 0,39 0,65 14 Corrélation + élevée : les index génomiques 2015 prédisent mieux les performances Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 15. 6. Amélioration de la précision des index génomiques – jeunes veaux Race normande Jeunes veaux (<1an) CD Ancien modèle CD Nouveau modèle Prod. Laitière 56 66 Morphologie 53 65 Fertilité 48 58 Longévité 46 56 Gain moyen + 11 points Les index génomiques des jeunes veaux de moins d’un an sont plus précis Index peu précis Index très précis Fertilité ancien modèleCD=30 CD=95 Fertilité 2015CD=50 15Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 16. 7. Parfois des écarts d’index sensibles % / classe de variation Ensemble des ♂ et ♀ de la PopRéf Variation : index génomique 2015 – index 2014/3 (base constante) 16Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 17. 7. Parfois des écarts d’index sensibles Pourquoi certains profils ont-ils changé ? Les nouveaux index sont 100% génomiques : on peut avoir des QTL « rares » parmi les nouveaux QTL pris en compte mais qui ont un effet fort dans certaines familles ancien index génomique index génomique 2015 avec CD ↗ • plus précis, plus près de VG • ? différent du précédent ? vraie valeur génétique VG Pourquoi le classement de pleins-frères / pleines-sœurs a-t-il changé ? Avant, deux pleins-frères (jeunes sans perf) avaient une composante commune ascendance : 50% (ils ont les mêmes parents). Maintenant ils peuvent se distinguer sur tout le panel génomique : 100% (ils n’ont pas reçu les mêmes gènes de leurs parents) 17Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 18. 8. Les index 2015 sont plus fiables 18 Corrélation + élevée : les index génomiques 2015 des ♂ prédisent mieux les performances de leurs filles 4 ans plus tard Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 19. 9 – Amélioration de la cohérence des palmarès français et étrangers Le nouveau modèle se rapproche des méthodes utilisées par les autres pays (Allemagne, Pays-Bas, USA …)  Augmentation des corrélations avec l’étranger AllemagnePays-Bas Pays-Bas Pays-BasAllemagneAllemagne USA USA USA LAIT MG MP Pour comparaison corrélations entre Allemagne et Pays-Bas : Lait 0,88 / MG 0,89 / MP 0,83 19Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  • 20. 10. Cohérence entre les index génomiques et les IPVgénos Les IPVgéno sont d’excellents prédicteurs des index génomiques 20 Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014