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Comprendre et expliquer les
changements et leurs conséquences
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Les 10 questions
1. Pourquoi avoir envisagé des évolutions ? Quelles sont les motivations ?
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1. Une nouvelle étape dans l’amélioration
continue de l’évaluation génétique
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2. Faire + confiance au génome pour une
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1. Meilleur suivi des régions du génome
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génomique
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4. Le principe de l’évaluation génomique 2015
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4. Quelle indexation pour quels animaux ?
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Mâles de race holstein, brune, montbéliarde,
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4. Les performances contribuent selon la
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La contribution des
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5. Une meilleure cohérence entre les index
génomiques ♀ et leurs performances
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6. Amélioration de la précision des
index génomiques – jeunes veaux
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Jeunes veaux
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7. Parfois des écarts d’index sensibles
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Ensemble des ♂ et ♀ de la PopRéf
Variation : index génomiq...
7. Parfois des écarts d’index sensibles
Pourquoi certains profils ont-ils
changé ?
Les nouveaux index sont
100% génomiques...
8. Les index 2015 sont plus fiables
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Corrélation + élevée : les index génomiques 2015 des ♂
prédisent mieux les performa...
9 – Amélioration de la cohérence des
palmarès français et étrangers
Le nouveau modèle se rapproche des méthodes utilisées ...
10. Cohérence entre les index génomiques
et les IPVgénos
Les IPVgéno sont
d’excellents prédicteurs
des index génomiques
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Nouvelle indexation genomique: Les 10 principales questions des éleveurs

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2015 marque une nouvelle étape dans l’amélioration des méthodes d’indexation des bovins laitiers. L’évaluation génomique gagne en maturité en intégrant les femelles et leurs performances et en considérant l’ascendance à partir d’éléments génomiques. Il s’ensuit un gain de précision notable des évaluations, et parfois de écarts sensibles par rapport aux index précédents. Globalement les cohérences entre index et performance ou entre évaluations françaises et étrangères sont renforcées.

Pour faciliter la diffusion des informations autour de la nouvelle méthode d'évaluation génomique en 2015, l'UMT 3G propose un diaporama qui présente les principaux changements intervenus, accompagné d'un livret d'explications et de précisions.

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Nouvelle indexation genomique: Les 10 principales questions des éleveurs

  1. 1. La nouvelle méthode d’indexation génomique 2015 Comprendre et expliquer les changements et leurs conséquences 1 Une réalisation de l’UMT 3G Unité Mixte Technologique 3G Gestion Génétique et génomique des populations bovines www.umt-3g.fr Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  2. 2. Les 10 questions 1. Pourquoi avoir envisagé des évolutions ? Quelles sont les motivations ? 2. Qu’est-ce qui a changé ? Quels sont les points forts de ces changements ? 3. Comment les performances des femelles sont-elles prises en compte ? 4. Principes de la nouvelle évaluation ? 5. Ces nouveaux index sont-ils plus cohérents avec les performances ? 6. Quels sont les gains de CD permis par ces évolutions ? 7. Quelles sont les évolutions d’index observées ? 8. Que valent les choix réalisés avec l’ancien modèle d’indexation ? 9. A-t-on amélioré la cohérence du palmarès français avec les palmarès étrangers ? 10. Conséquences de ces évolutions sur la fiabilité des IPVGénos, prédicteurs calculés de façon hebdomadaire ? 2Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  3. 3. 1. Une nouvelle étape dans l’amélioration continue de l’évaluation génétique De nouvelles possibilités • avec l’amélioration des méthodes et des outils : Par exemple : améliorer la fiabilité des index pour des animaux de père non typé/mal connu en France (pedigree rare ou étranger) • avec l’augmentation du nombre de femelles génotypées  plus d’animaux dans la population de référence = PopRéf* PopRéf* 2010 2015 race Nb animaux Nb animaux Nb équivalent mâles holstein 16 000 ♂ 30 000 ♂ 30 000 montbéliarde 1 500 ♂ 2 600 ♂ + 20 000 ♀ 6 300 normande 1 250 ♂ 2 300 ♂ + 10 000 ♀ 4 200 brune - 6 000 ♂ 6 000 *PopRéf = population de référence = animaux avec [génotype & performances] → pour répondre à la demande des éleveurs : une meilleure précision des index dans toutes les races 3Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  4. 4. 2. Faire + confiance au génome pour une évaluation génétique + précise 1. Meilleur suivi des régions du génome impliquées dans les variations génétiques des caractères (QTL). 500 QTL en moy/caractère 3000 QTL en moy/caractère 2. Meilleure prise en compte de l’ascendance : passage de l’ascendance pedigree (parents enregistrés) à l’ascendance génomique (marqueurs SNP des parents suivis) « Que l’animal soit français ou étranger, que son père soit génotypé ou non, son index génomique sera bien estimé. » Pedigree 10 000 SNP 3. Prise en compte des performances individuelles des vaches génotypées : méthodologie adaptée selon les races QTL = région du génome contenant un ou des gènes avec des effets sur les caractères SNP = marqueurs élémentaires répartis sur le génome 4Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  5. 5. mèrepère GPP GPMGMP GMM Généalogie = des parents, grands-parents… des enregistrements, des papiers Lunette = Lilas 2. Ascendance pedigree 5 Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  6. 6. Généalogie = des parents, grands-parents… des enregistrements, des papiers Génome= ADN Lunette = Lilas ? 2. pedigree… ←→ … génomique 6 Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  7. 7. Généalogie = des parents, grands-parents… des enregistrements, des papiers génome (ADN) des marqueurs SNP sur le génome Lunette # Lilas 2. Ascendance génomique 7 Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  8. 8. 3. Un changement dans la prise en compte des femelles génotypées Les performances individuelles des femelles génotypées holstein et brune sont combinées aux index génomiques en fin d’indexation (« blending »). Elles participent aux index propres des ♀ qui les ont réalisées mais pas aux index de leurs apparentés. *PopRéf = population de référence = animaux avec [génotype & performances] Pourquoi des différences entre races ? Besoin de renforcer les effectifs et la diversité de la PopRéf* montbéliarde et normande : les femelles entrent dans la population de référence. En holstein et brune : déjà de nombreux mâles représentant de nombreuses femelles avec performances. Comment sont prises en compte les femelles ? Les performances des femelles génotypées montbéliarde et normande entrent directement en cours d’indexation génomique. Elles participent aux index propres des ♀ qui les ont réalisées et aux index de leurs apparentés. 8Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  9. 9. 3. Un changement dans la prise en compte des femelles génotypées 9 Races normande et montbéliarde Evaluation génomique 2015 Index ♀ et ♂ PopRéf ♂ ♀ France Prise en compte des performances des femelles Races holstein et brune PopRéf ♂ Eurogenomics (PH) Intergénomics (BR) ♀ Index ♀ et ♂ Evaluation génomique 2015 « Blending » Prise en compte des performances des femelles Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  10. 10. 3. Le « Blending » 10 PopRéf ♂ Eurogenomics (PH) ♀ Index ♀ et ♂ Evaluation génomique 2015 « Blending » = Combinaison de 2 index en tenant compte de leur importance respective (poids de l’information) IComb = a x Igénomique + b x Iperf 1 − 𝐶𝐷𝑝 1 − 𝐶𝐷𝑝𝐶𝐷𝑔 1 − 𝐶𝐷𝑔 1 − 𝐶𝐷𝑝𝐶𝐷𝑔 Avec Ip = CDp x performances* Et CDp dépend de l’héritabilité, et la répétabilité du caractère et du « poids » des performances * Corrigées des effets du milieuDiaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  11. 11. 4. Le principe de l’évaluation génomique 2015 évaluation génomique 2010 évaluation génomique 2015 Composante Source % variance expliquée Composante Source % variance expliquée polygénique pedigree 50% génomique 10 000 SNP 25% 3 000 QTL 75% génomique 500 QTL 50% L’évaluation est 100% génomique : les données sources viennent de la lecture du génome Les performances participent à l’évaluation en construisant la correspondance performances  génotype dans PopRéf* QTL = région du génome contenant un ou des gènes avec des effets sur les caractères SNP = marqueurs élémentaires répartis sur le génome *PopRéf = population de référence = animaux avec [génotype & performances] 11Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  12. 12. 4. Quelle indexation pour quels animaux ? Animaux et situation Indexation Mâles de race holstein, brune, montbéliarde, normande index génomique 2015 Femelles génotypées montbéliarde et normande Femelles génotypées hostein et brune sans performance Femelles génotypées holstein et brune avec performance index génomique 2015 + prise en compte performances (« blending ») Femelles non génotypées index polygénique classique 12 Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  13. 13. 4. Les performances contribuent selon la quantité d’information et selon le caractère 13 La contribution des performances devient majoritaire : • pour les taureaux avec plusieurs dizaines de filles • moins vite pour les caractères fonctionnels Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  14. 14. 5. Une meilleure cohérence entre les index génomiques ♀ et leurs performances *Performances pré-corrigées des effets de milieux Race montbéliarde Corrélations entre index génomiques et performances* des vaches génotypées numéro de lactation Ancien modèle Nouveau modèle Prod. Laitière L1 0,27 0,50 L2 0,40 0,63 L3 0,41 0,70 Cellules L1 0,27 0,43 L2 0,33 0,52 L3 0,38 0,60 Taille - 0,46 0,80 Développement Mamelle - 0,39 0,65 14 Corrélation + élevée : les index génomiques 2015 prédisent mieux les performances Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  15. 15. 6. Amélioration de la précision des index génomiques – jeunes veaux Race normande Jeunes veaux (<1an) CD Ancien modèle CD Nouveau modèle Prod. Laitière 56 66 Morphologie 53 65 Fertilité 48 58 Longévité 46 56 Gain moyen + 11 points Les index génomiques des jeunes veaux de moins d’un an sont plus précis Index peu précis Index très précis Fertilité ancien modèleCD=30 CD=95 Fertilité 2015CD=50 15Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  16. 16. 7. Parfois des écarts d’index sensibles % / classe de variation Ensemble des ♂ et ♀ de la PopRéf Variation : index génomique 2015 – index 2014/3 (base constante) 16Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  17. 17. 7. Parfois des écarts d’index sensibles Pourquoi certains profils ont-ils changé ? Les nouveaux index sont 100% génomiques : on peut avoir des QTL « rares » parmi les nouveaux QTL pris en compte mais qui ont un effet fort dans certaines familles ancien index génomique index génomique 2015 avec CD ↗ • plus précis, plus près de VG • ? différent du précédent ? vraie valeur génétique VG Pourquoi le classement de pleins-frères / pleines-sœurs a-t-il changé ? Avant, deux pleins-frères (jeunes sans perf) avaient une composante commune ascendance : 50% (ils ont les mêmes parents). Maintenant ils peuvent se distinguer sur tout le panel génomique : 100% (ils n’ont pas reçu les mêmes gènes de leurs parents) 17Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  18. 18. 8. Les index 2015 sont plus fiables 18 Corrélation + élevée : les index génomiques 2015 des ♂ prédisent mieux les performances de leurs filles 4 ans plus tard Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  19. 19. 9 – Amélioration de la cohérence des palmarès français et étrangers Le nouveau modèle se rapproche des méthodes utilisées par les autres pays (Allemagne, Pays-Bas, USA …)  Augmentation des corrélations avec l’étranger AllemagnePays-Bas Pays-Bas Pays-BasAllemagneAllemagne USA USA USA LAIT MG MP Pour comparaison corrélations entre Allemagne et Pays-Bas : Lait 0,88 / MG 0,89 / MP 0,83 19Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014
  20. 20. 10. Cohérence entre les index génomiques et les IPVgénos Les IPVgéno sont d’excellents prédicteurs des index génomiques 20 Diaporama « Nouvelle indexation génomique 2015 » - réf. 0015203014

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