Projet de fin d’études 
pour l’obtention d’une licence en sciences et techniques filière génie biologique 
Soutenu par : 
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Plan: 
I-La bioinformatique 
II-Les bases de données bibliographique 
III- Outil de gestion bibliographique: EndNote 
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Terme crée en 1979 par Paulien Hogeweg 
I-La bioinformatique 
• Ensemble de techniques informatiques et statistiques 
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Situation : 
La génomique : Étude exhaustive des 
génomes et de leur fonction. 
=> Produire des données brutes 
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1970 
•Programme d’alignement global de séquences 
1977 
•Séquençage d'ADN et Première suite logicielle bio-informatique 
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données: 
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Historique: 
De1971à 1997: 
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Exemple : 
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Etape 2 : Sélectionner les éléments voulus de la recherche 
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  1. 1. Projet de fin d’études pour l’obtention d’une licence en sciences et techniques filière génie biologique Soutenu par : LGUENSAT Asmae SAYAH Kaoutar Prof encadrant: Pr. B.D Rossi Hassani Membres de Jury : Pr.ESSALMANI Haiat Pr.BARRIJAL Said
  2. 2. Plan: I-La bioinformatique II-Les bases de données bibliographique III- Outil de gestion bibliographique: EndNote VI- Créer une mini base de données bibliographique
  3. 3. Terme crée en 1979 par Paulien Hogeweg I-La bioinformatique • Ensemble de techniques informatiques et statistiques qui permettent de: Gérer Organiser Comparer Manipuler Analyser les données biologiques afin de produire des nouvelles connaissances biologiques. Définition De la génomique à la bioinformatique Historique Base et les banque de données
  4. 4. Situation : La génomique : Étude exhaustive des génomes et de leur fonction. => Produire des données brutes Problématique : une énorme quantité de données Solution : Approches bioinformatiques pour l’organisation et l’exploitation des données biologiques I-La bioinformatique Définition De la génomique à la bioinformatique Historique Base et les banque de données
  5. 5. 1970 •Programme d’alignement global de séquences 1977 •Séquençage d'ADN et Première suite logicielle bio-informatique 1978 •Bases de données: PIR, EMBL, GenBank 1985 •Programme d'alignement local de séquences "FASTA" 1986 •Création de SwissProt : banque de séquences protéiques 1991 •prédiction de gènes 2001 •Séquençage complèt du génome humain I-La bioinformatique Définition De la génomique à la bioinformatique Historique Base et les banque de données
  6. 6. •Nature des données: hétérogènes et diverses • Taille des données : énorme Banque de données Transition banque-base • Accumulation de données spécifiques à une espèce ou à une branche •Nature de données organisées et spécifiques • Model de données : conceptuel et logique Base de données I-La bioinformatique Définition De la génomique à la bioinformatique Historique Base et les banque de données
  7. 7. structurelles - banques des séquences nucléiques et protéique fonctionnelles -transcriptome -protéome -métabolome… -Banques de structure 2D et 3D -Banques immunologiques Bases donnant des informations ayant relation avec : Revues Livres Articles Symposium etc. I-La bioinformatique Définition De la génomique à la bioinformatique Historique Base et les banque de données
  8. 8. Appartient à INIST Base de données multidisciplinaire et multilingue Nombre de données à ce jour là : 20 millions de références depuis 1973. Historique: 1971 : création 1973 : début d’interrogation par Questel (interface payante) 1984: début d’interrogation par Ovidsp Taille des données ajoutés : 480 000 référence par an. II-Les bases de données bibliographique Pascal Généralité Mode de recherche Sauvegarder des résultats de recherche
  9. 9. Accéder aux modes de recherche II-Les bases de données bibliographique Pascal Généralité Mode de recherche Sauvegarder des résultats de recherche Interface d’accès a pascal
  10. 10. Effectuée a partir de la page d’accueil en cliquant sur « base documentaire » II-Les bases de données bibliographique Pascal Généralité Mode de recherche Sauvegarder des résultats de recherche Saisir le mot clé
  11. 11. Exemple : II-Les bases de données bibliographique Pascal Généralité Mode de recherche Sauvegarder des résultats de recherche
  12. 12. II-Les bases de données bibliographique Pascal Généralité Mode de recherche Sauvegarder des résultats de recherche
  13. 13. Exemple : II-Les bases de données bibliographique Pascal Généralité Mode de recherche Sauvegarder des résultats de recherche
  14. 14. Toutes les bases de données abordées ici, donnent deux modes de sauvegarde des résultats. Avec connexion préalable Sans connexion préalable II-Les bases de données bibliographique Pascal Généralité Mode de recherche Sauvegarder des résultats de recherche
  15. 15. II-Les bases de données bibliographique Pascal Généralité Mode de recherche Sauvegarder des résultats de recherche
  16. 16. II-Les bases de données bibliographique Worldcat Généralités Modes de recherche Sauvegarder des résultats  Appartient à OCLC  Source de données : 72 000 bibliothèques publiques et privées du monde.  Nombre de données à ce jours là : • 1 941 395 374 documents • 740 164 notices bibliographiques générale  Taille des données ajoutées : une notice toute des 10 secondes.  Historique: 1971 : lancement 2005: Englober 73 % du ’national union catalogue ’ 2006 : accès libre sur web
  17. 17. II-Les bases de données bibliographique Worldcat Généralités  Etape 1 : saisie du Modes de recherche Sauvegarder des résultats mot clé  Etape 2 : affichage des Résultats
  18. 18. II-Les bases de données bibliographique Worldcat Généralités Modes de recherche Sauvegarder des résultats  Etape 3 : affichage de la notice voulue
  19. 19. II-Les bases de données bibliographique Worldcat Généralités Modes de recherche Sauvegarder des résultats Les termes de recherche : multicritères (titre,auteur,sujet … ) Limiter la recherche : par année, langue, public concerné …
  20. 20. Exemple : II-Les bases de données bibliographique Worldcat Généralités Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  21. 21. II-Les bases de données bibliographique Worldcat Généralités Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  22. 22. Appartient à NLM. C’est une interface d’accès gratuit à MedLine. Donne accès à: plus de 21 millions de références bibliographiques des articles contenus dans Medline et OldMedline. OldMedline MedLine De 1946 à 1965 De1966 à nos jours. 2 millions de références bibliographiques. Plus de 19 millions d'articles C’est une base de données de référence pour les sciences biomédicales (contrairement à Pascal et WorldCat). II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  23. 23. Historique: De1971à 1997: Accès à MedLine via des Library médicales. Juin 1997 : PubMed est rendu publique 1996 : démarrage de PubMed. II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  24. 24. II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  25. 25. Exemple : Saisir le mot clé Affichage de résultats II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  26. 26. Affichage de la notice II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  27. 27. Interface : II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  28. 28. Exemple : Insérer les mots clé dans les champs adéquats II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats Affichage des résultats
  29. 29. Le MeSH (Medical Subject Heading) est le vocabulaire contrôlé de la NLM C'est un thesaurus hiérarchisé du concept le plus large au concept le plus étroit Résultat de recherche MeSH pour : lymphoma II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  30. 30. Sujet de recherche: l’organogenèse d’une plante in vitro Etape 1 : Rechercher un premier mot‐clé et le sélectionner II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  31. 31. Etape 2 : Sélectionner les éléments voulus de la recherche et cliquer sur ‘Add to search builder’ II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  32. 32. Etape 3 : Recommencer ce processus pour chaque mot clé de l’équation II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  33. 33. II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  34. 34. Etape 4 : Lancer la recherche en cliquant sur Search PubMed. II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  35. 35. II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  36. 36. Notice ajoutée à la bibliographie II-Les bases de données bibliographique Pubmed Généralités et historique Modes de recherche Sauvegarder des résultats
  37. 37. EndNote? • logiciel de gestion bibliographique • Développé par : Thomson Reuters company. • disponible pour: Windows; Mac….. Fonction: logiciel multitâches qui permet: Gestion des références provenant de différentes sources Interrogation de bases de données bibliographiques Insertion des références dans un document texte Intérêt : Création des « Library »: des mini bases de données. III- Outil de gestion bibliographique Définition Comment utiliser EndNote? Collecter des références Organiser les références
  38. 38. Fenêtre des groupes Fenêtre des références ajoutées Barre d’outils principale Fenêtre d’affichage de la notice III- Outil de gestion bibliographique: EndNote Définition Comment utiliser EndNote? Collecter des références Organiser les références
  39. 39. III- Outil de gestion bibliographique: EndNote Définition Comment utiliser EndNote? Collecter des références Saisie manuel Online search mode Organiser les références
  40. 40. Cliquer sur : Puis, dans le menu : Tools choisir « online search » III- Outil de gestion bibliographique: EndNote Définition Comment utiliser EndNote? Collecter des références Saisie manuel Online search mode Organiser les références
  41. 41. III- Outil de gestion bibliographique: EndNote Définition Comment utiliser EndNote? Collecter des références Saisie manuel Online search mode Organiser les références
  42. 42. Commencer en cliquant sur : III- Outil de gestion bibliographique: EndNote Définition Comment utiliser EndNote? Collecter des références Saisie manuel Online search mode Organiser les références
  43. 43.  Group set et group :  Un group set est un « groupe titre », un groupe « en-tête».  Un group est placé sous un group set. III- Outil de gestion bibliographique: EndNote Définition Comment utiliser EndNote? Collecter des références Organiser les références Group set et group Smart group
  44. 44. III- Outil de gestion bibliographique: EndNote Définition Comment utiliser EndNote? Collecter des références Organiser les références Group set et group Smart group
  45. 45. VI- Créer une mini base de données bibliographique La recherche dans les bases de données Importation de données dans EndNote Organisation de données
  46. 46. VI- Créer une mini base de données bibliographique La recherche dans les bases de données Importation de données dans EndNote Organisation de données
  47. 47. VI- Créer une mini base de données bibliographique La recherche dans les bases de données Importation de données dans EndNote Organisation de données
  48. 48. AVEZ-VOUS DES QUESTIONS ?

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