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Concours DR CID 45
Dynamique des systèmes environnementaux,
développement durable, santé et société
Olivier Gimenez
Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive
UMR 5175, Montpellier
17 avril 2012
=> Dynamique des populations et modélisation statistique
1994-1999 : Cursus en Mathématiques
2000-2003 : Doctorat en Biostatistique
2003-2004 : 2 postes ATER (Montpellier, Grenoble)
2005-2006 : 2 séjours post-doctoraux Marie Curie (Royaume-Uni)
2006 - … : CR au Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive
2010 - … : Animateur Equipe Biostatistique & Biologie des Populations
2003 : Qualification MCF en 26
2010 : HDR en Ecologie et Evolution
Qualification PR en 67
Parcours
Mathématiques – Ecologie / Evolution
Les flux d’individus :
une des grandes dynamiques du vivant
t
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• Encadrement étudiants
- > 25 étudiants de Master, 8 doctorants, 5 post-doctorants
• Animation
- Responsable d’équipe depuis 2010
- Groupe Démographie Comparative (Toulouse, Chizé, Lyon, Montpellier)
- RTP Interfaces Mathématiques et Biodiversité
• Visibilité internationale
- Evaluateur NSF, EPSRC, Thalis Grec, Madsen NZ, …
- Editeur ass. Wildlife Biology, Biometrics et Methods in Ecol. and Evol.
- 12 conférences internationales (Angleterre, Berkeley, Stanford, …)
Bilan
Projet
- Modèles de dynamiques mono-spécifiques à maturité
Projet
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→ Enjeu 1 : complexité des dynamiques multi-spécifiques
Projet
- Modèles de dynamiques mono-spécifiques à maturité
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Anthropo-
écosystème
Communautés
Populations
Projet
Socio-
écosystèmes
Communautés
Populations
Projet
1 - Climat et communautés d’oiseaux
- Oiseaux : intégrateurs des différentes échelles trophiques
- Dépasser la dynamique des populations descriptive
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- Collaborations :
• F. Jiguet et P.-Y. Henri (MNHN - Paris)
• V. Devictor (CNRS - Univ Montpellier)
• S. Newson (British Trust for Ornithology - Angleterre)
2 - Gestion des grands mammifères
- Aller au-delà de l’homme vu comme une variable externe
- Interactions problématiques homme – ongulés – carnivores
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- Collaborations :
• P.-Y. Quenette, E. Marboutin (ONCFS)
• J. Linnell, J. Swenson (Norvège)
• G. Chapron (Suède)
3 - Des développements méthodologiques
- Modèles démographiques multi-spécifiques
• S. Tuljapurkar (Stanford) ; D. Koons (Utah State Univ)
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• P. de Valpine (Berkeley) ; R. King (CREEM – St-Andrews)
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• I. Mauz et C. Mounet (Irstea - Grenoble)
• P. Le Goffe et C. Ropars-Collet (AgroCampus - Rennes)
3 - Des développements méthodologiques
Marescot et al. en prép.Ecologie
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Action structurante au sein du CEFE
Département Dynamique
et Gouvernance des
Systèmes Ecologiques
R. Mathevet, V. Maris
Département Ecologie
Evolutive
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Fonctionnelle
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SHS
Equipe Biostatistique et Biologie des Populations
• Depuis 2010 : responsable d’équipe
• Composition : 4 chercheurs (dont 1 IR), 5 doctorants, 3 post-doctorants,
étudiants master, 2 sabbatiques, 1 prof en délégation CNRS
• Projet d’équipe : vers un pôle d’écologie statistique
Transfert via logiciels
E-SURGE
démographie
mmSAR
richesse spécifique
• Logiciels gratuits
• > 50 téléchargements par mois
Formation
Population dynamics – Mytilini 2007
Occupancy – Montpellier 2008
Bayesian ecology – St-Andrews 2009
Capture-recapture – Montpellier 2012
• Ateliers de travail annuels
• 20aine de personnes
• > 150 participants, > 20 pays
Enseignement
Master STIC pour l’Environnement et l’Ecologie
- Co-responsable Master et Mention Modélisation
- Enseignement Mathématiques pour le Biologiste
Master BIODIV Conservation de la Biodiversité
- Membre équipe pédagogique
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Master Biodiversité, Ecologie, Evolution
- Responsable Module Biostatistique
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My CNRS interview to get a senior scientist position (directeur de recherche)

  • 1. Concours DR CID 45 Dynamique des systèmes environnementaux, développement durable, santé et société Olivier Gimenez Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive UMR 5175, Montpellier 17 avril 2012
  • 2. => Dynamique des populations et modélisation statistique 1994-1999 : Cursus en Mathématiques 2000-2003 : Doctorat en Biostatistique 2003-2004 : 2 postes ATER (Montpellier, Grenoble) 2005-2006 : 2 séjours post-doctoraux Marie Curie (Royaume-Uni) 2006 - … : CR au Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive 2010 - … : Animateur Equipe Biostatistique & Biologie des Populations 2003 : Qualification MCF en 26 2010 : HDR en Ecologie et Evolution Qualification PR en 67 Parcours Mathématiques – Ecologie / Evolution
  • 3. Les flux d’individus : une des grandes dynamiques du vivant t
  • 4. reproduction immigration t + 1 Les flux d’individus : une des grandes dynamiques du vivant mortalité émigration–
  • 5. reproduction immigration t + 1 Les flux d’individus : une des grandes dynamiques du vivant mortalité émigration– • Comprendre flux d’individus et prédire devenir • Mécanismes sous-jacents
  • 6. La dynamique des populations face à la crise de la Biodiversité
  • 7. Ecologie des populations : impact des changements globaux La dynamique des populations face à la crise de la Biodiversité Manchot empereur
  • 8. Ecologie des populations : impact des changements globaux Ecologie évolutive : adaptation face à un environnement changeant La dynamique des populations face à la crise de la Biodiversité Saumon atlantique Manchot empereur
  • 9. Ecologie des populations : impact des changements globaux Ecologie évolutive : adaptation face à un environnement changeant Gestion des populations : proposition et évaluation des mesures La dynamique des populations face à la crise de la Biodiversité SanglierFaucon crécerelle Saumon atlantique Manchot empereur
  • 10. Distinguer ce que l’on voit…
  • 11. Gimenez et al. 2007 Ecological Modelling Gimenez et al. 2012 Theoretical Population Biology …de ce qui est réellement : les modèles de capture-recapture
  • 14. Approche capture- recapture Approche naïve masse survie Gimenez et al. 2006 Evolution Gimenez et al. 2008 American Naturalist Tisserin social Biais sur la forme de la sélection naturelle -4 -2 0 2 4 0.00.20.40.60.81.0 Détection incomplète et capture-recapture
  • 15. Limites : hypothèse d’homogénéité
  • 16. Limite 1 : hétérogénéité individuelle
  • 17. Loup Effectifs et biologie de la conservation • Problème de la recolonisation des loups en France • Interactions problématiques et conflits de représentations • Effectifs de loups comme variable clé pour gestion et conservation • Collaboration étroite et de longue durée avec ONCFS Cubaynes et al. 2010 Conservation Biology Marescot et al. 2011 Ecological Applications
  • 18. 0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 Effectifs estimés Saisons (1995-2003) Détection homogène Effectifs et biologie de la conservation Cubaynes et al. 2010 Conservation Biology Marescot et al. 2011 Ecological Applications Loup
  • 19. 0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 Saisons (1995-2003) Détection hétérogène Détection homogène Effectifs et biologie de la conservation Cubaynes et al. 2010 Conservation Biology Marescot et al. 2011 Ecological Applications Loup Effectifs estimés
  • 20. Limites : hypothèse d’homogénéité
  • 21. Limite 2 : hétérogénéité des populations
  • 22. Oiseaux de mer et changement climatique Macareux moine • Dynamique des populations à large échelle • Impact des forçages environnementaux sur la démographie • Réseau européen (Royaume-Uni, Norvège, France) Grosbois et al. 2009 Ecology Papadatou et al. 2011 Oecologia ; Papadatou et al. 2012 Ecography
  • 23. Grosbois et al. 2009 Ecology Papadatou et al. 2011 Oecologia ; Papadatou et al. 2012 Ecography Macareux moine Oiseaux de mer et changement climatique
  • 24. -1 0 1 2 0.800.850.900.951.00 Survival -1.5 -1.0 -0.5 0.0 0.5 1.0 1.5 0.850.900.951.00 Survival -1 0 1 2 0.800.850.900.951.00 Survival -1.5 -1.0 -0.5 0.0 0.5 1.0 1.5 0.850.900.951.00 Survival -1 0 1 2 0.40.50.60.70.80.91.0 Survival -1.5 -1.0 -0.5 0.0 0.5 1.0 0.750.800.850.900.951.00 Survival -1 0 1 2 0.40.50.60.70.80.91.0 Survival -1.5 -1.0 -0.5 0.0 0.5 1.0 0.750.800.850.900.951.00 Survival +- - - Survie vs. température à la surface de l’eau 70% synchronie RostFair Isle Skommer Isle of May
  • 25. -1 0 1 2 0.800.850.900.951.00 Survival -1.5 -1.0 -0.5 0.0 0.5 1.0 1.5 0.850.900.951.00 Survival -1 0 1 2 0.800.850.900.951.00 Survival -1.5 -1.0 -0.5 0.0 0.5 1.0 1.5 0.850.900.951.00 Survival -1 0 1 2 0.40.50.60.70.80.91.0 Survival -1.5 -1.0 -0.5 0.0 0.5 1.0 0.750.800.850.900.951.00 Survival -1 0 1 2 0.40.50.60.70.80.91.0 Survival -1.5 -1.0 -0.5 0.0 0.5 1.0 0.750.800.850.900.951.00 Survival +- - - Survie vs. température à la surface de l’eau Lançons Harengs Lançons Lançons RostFair Isle Skommer Isle of May
  • 26. Questions biologiques Développement de méthodes La modélisation comme vecteur d’interdisciplinarité mathématiques / biologie
  • 27. • Publications - 1 livre et 2 chapitres de livres - 83 publications dont 41 avec étudiants et > 50 % sur 2010-2012 • Encadrement étudiants - > 25 étudiants de Master, 8 doctorants, 5 post-doctorants • Animation - Responsable d’équipe depuis 2010 - Groupe Démographie Comparative (Toulouse, Chizé, Lyon, Montpellier) - RTP Interfaces Mathématiques et Biodiversité • Visibilité internationale - Evaluateur NSF, EPSRC, Thalis Grec, Madsen NZ, … - Editeur ass. Wildlife Biology, Biometrics et Methods in Ecol. and Evol. - 12 conférences internationales (Angleterre, Berkeley, Stanford, …) Bilan
  • 28. Projet - Modèles de dynamiques mono-spécifiques à maturité
  • 29. Projet - Modèles de dynamiques mono-spécifiques à maturité → Enjeu 1 : complexité des dynamiques multi-spécifiques
  • 30. Projet - Modèles de dynamiques mono-spécifiques à maturité → Enjeu 1 : complexité des dynamiques multi-spécifiques → Enjeu 2 : dimensions humaines
  • 33. 1 - Climat et communautés d’oiseaux - Oiseaux : intégrateurs des différentes échelles trophiques - Dépasser la dynamique des populations descriptive - Quelles voies démographiques pour les forçages climatiques ? - Collaborations : • F. Jiguet et P.-Y. Henri (MNHN - Paris) • V. Devictor (CNRS - Univ Montpellier) • S. Newson (British Trust for Ornithology - Angleterre)
  • 34. 2 - Gestion des grands mammifères - Aller au-delà de l’homme vu comme une variable externe - Interactions problématiques homme – ongulés – carnivores - Forte demande sociétale - Collaborations : • P.-Y. Quenette, E. Marboutin (ONCFS) • J. Linnell, J. Swenson (Norvège) • G. Chapron (Suède)
  • 35. 3 - Des développements méthodologiques - Modèles démographiques multi-spécifiques • S. Tuljapurkar (Stanford) ; D. Koons (Utah State Univ) - Cadre d’inférence statistique robuste • P. de Valpine (Berkeley) ; R. King (CREEM – St-Andrews) - Modèles intégrant écologie, sociologie et économie • I. Mauz et C. Mounet (Irstea - Grenoble) • P. Le Goffe et C. Ropars-Collet (AgroCampus - Rennes)
  • 36. 3 - Des développements méthodologiques Marescot et al. en prép.Ecologie Economie Zone de co-viabilité - Modèles démographiques multi-spécifiques • S. Tuljapurkar (Stanford) ; D. Koons (Utah State Univ) - Cadre d’inférence statistique robuste • P. de Valpine (Berkeley) ; R. King (CREEM – St-Andrews) - Modèles intégrant écologie, sociologie et économie • I. Mauz et C. Mounet (Irstea - Grenoble) • P. Le Goffe et C. Ropars-Collet (AgroCampus - Rennes)
  • 37. Action structurante au sein du CEFE Département Dynamique et Gouvernance des Systèmes Ecologiques R. Mathevet, V. Maris Département Ecologie Evolutive A. Charmantier, P. David Département Interactions, Ecologie et Sociétés S. Caillon Département Ecologie Fonctionnelle E. Kazakou, C. Violle
  • 38. Action structurante au sein du CEFE Département Dynamique et Gouvernance des Systèmes Ecologiques R. Mathevet, V. Maris Département Ecologie Evolutive A. Charmantier, P. David Département Interactions, Ecologie et Sociétés S. Caillon Département Ecologie Fonctionnelle E. Kazakou, C. Violle COMMUNAUTES
  • 39. Action structurante au sein du CEFE Département Dynamique et Gouvernance des Systèmes Ecologiques R. Mathevet, V. Maris Département Ecologie Evolutive A. Charmantier, P. David Département Interactions, Ecologie et Sociétés S. Caillon Département Ecologie Fonctionnelle E. Kazakou, C. Violle SHS
  • 40. Equipe Biostatistique et Biologie des Populations • Depuis 2010 : responsable d’équipe • Composition : 4 chercheurs (dont 1 IR), 5 doctorants, 3 post-doctorants, étudiants master, 2 sabbatiques, 1 prof en délégation CNRS • Projet d’équipe : vers un pôle d’écologie statistique
  • 41. Transfert via logiciels E-SURGE démographie mmSAR richesse spécifique • Logiciels gratuits • > 50 téléchargements par mois
  • 42. Formation Population dynamics – Mytilini 2007 Occupancy – Montpellier 2008 Bayesian ecology – St-Andrews 2009 Capture-recapture – Montpellier 2012 • Ateliers de travail annuels • 20aine de personnes • > 150 participants, > 20 pays
  • 43. Enseignement Master STIC pour l’Environnement et l’Ecologie - Co-responsable Master et Mention Modélisation - Enseignement Mathématiques pour le Biologiste Master BIODIV Conservation de la Biodiversité - Membre équipe pédagogique - Enseignement Dynamique des Populations Master Biodiversité, Ecologie, Evolution - Responsable Module Biostatistique - Enseignement Statistiques pour le Biologiste
  • 44. Socio- écosystèmes Communautés Populations Merci de votre attention Olivier Gimenez – Vers une démographie intégrative

Notes de l'éditeur

  1. Il s’agit également de la formation via l’organisation d’ateliers de travail qui réunissent chaque année une 20aine de participants. Depuis mon arrivée au CEFE, j’ai étoffé les thématiques abordées avec la dynamique des populations et l’écologie statistique bayésienne. Ainsi, depuis 2006, ce sont plus de 150 participants de plus de 20 pays différents qui sont venus suivre nos cours.
  2. Enfin, toujours sur les aspects formation, j’attache une grande importance à l’enseignement. Je suis ainsi investi dans 3 formations, blabla.