Oracle で SPARQL！

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Oracle で SPARQL！
日本オラクル株式会社
クラウド・テクノロジー事業統括
Cloud/Big Data/DISプロダクト本部
2016年5月17日更新

以下の事項は、弊社の一般的な製品の方向性に関する概要を説明する
ものです。また、情報提供を唯一の目的とするものであり、いかなる
契約にも組み込むことはできません。以下の事項は、マテリアルや
コード、機能を提供することをコミットメント（確約）するものでは
ないため、購買決定を行う際の判断材料になさらないで下さい。オラ
クル製品に関して記載されている機能の開発、リリースおよび時期に
ついては、弊社の裁量により決定されます。
Oracle と Java は、Oracle Corporation 及びその子会社、関連会社の米国及びその他の国に
おける登録商標です。文中の社名、商品名等は各社の商標または登録商標である場合があります。
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Oracle で SPARQL！
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ここでは、Oracle データベースを使用して、
既存の RDF データに対して SPARQL クエリを
実行するためのエンドポイントを構築する
方法を解説しています。
・クラウド上にデータベースを作成
・ RDF オプションを有効化
・表領域とユーザーの作成
・エンドポイントの構築
・ RDF データのアップロード
・ SPARQL クエリの実行

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セットアップ

データベースの作成
5
Oracle Database Cloud Service（DBCS）で
データベースを起動します。
・ High Performance Edition を選択
・詳細設定はデフォルトの値を使用
・ TCP ポート 3030 を開放します。
後の手順にて、以下の情報が必要となります。
・ DBCS の Identity Domain
・サービスの Public IP アドレスとホスト名
・プラガブル・データベース（PDB）の SID（デフォルトは pdb1）
nslookup コマンドなどを用いて
IP アドレスから oraclecloud.com
で終わるホスト名を確認します。

RDF オプションを有効化
6
$ sqlplus / as sysdba
SQL> ALTER SESSION SET CONTAINER=pdb1;
プラガブル・データベースにログインします。
SQL> @?/md/admin/catsem.sql
SQL> SELECT value FROM mdsys.rdf_parameter;
VALUE
-------------------------
INSTALLED
INSTALLED
INSTALLED
12.1.0.2.0
RDF オプションを有効化するスクリプトを実行し、
インストールされたことを確認します。

表領域とユーザーの作成
7
SQL> CREATE BIGFILE TABLESPACE rdftbs
DATAFILE '/u02/app/oracle/oradata/ORCL/PDB1/rdftbs01.dbf' SIZE 5G;
プラガブル・データベース上に RDF 格納用の表領域を作成します。
SQL> EXECUTE SEM_APIS.CREATE_SEM_NETWORK('rdftbs');
上で作成した表領域を RDF 格納領域として設定します。
SQL> CREATE USER rdfuser IDENTIFIED BY rdfuser
DEFAULT TABLESPACE rdftbs TEMPORARY TABLESPACE temp;
SQL> GRANT connect, resource, unlimited tablespace TO rdfuser;
ユーザーを作成します。

エンドポイントの構築
8
Oracle Support for Apache Jena and Fuseki をこちらから入手し、
クラウド上にアップロードしておきます。
$ unzip oracle_support_..._4.3.zip -d rdf
$ chmod +w ~/rdf/fuseki/config-oracle.ttl
$ vi ~/rdf/fuseki/config-oracle.ttl
oracle:jdbc ... (SERVICE_NAME=pdb1.<identity_domain>.oraclecloud.internal)))";
解凍して、設定ファイルを編集します。
$ cd ~/rdf/fuseki
$ ./fuseki-server --config config-oracle.ttl --port 3030
エンドポイントを起動します。
$ scp oracle_support_..._4.3.zip oracle@<ip_address>:

RDF データのアップロード（青空文庫のデータ）
10
公共の RDF データを取得します。
青空文庫 LOD のサイトのこちら
から青空文庫に関する RDF データを
ダウンロードすることができます。
エンドポイントにアクセスします。
http://<host_name>:3030/
「Control Panel」でファイルを選択
してアップロードします。

SPARQL クエリの実行（青空文庫のデータ）
11
PREFIX rdf:<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX dcterms:<http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dcndl:<http://ndl.go.jp/dcndl/terms/>
SELECT DISTINCT ?title_value ?transcription
WHERE {
?s dcterms:title [
dcndl:transcription ?transcription ;
rdf:value ?title_value ] .
}
LIMIT 100
確認のため、次の SPARQL クエリを実行します。

RDF データのアップロード（ChEMBL のデータ）
12
公共の RDF データを取得します。
ChEMBL のサイトのこちら
から細胞株に関する RDF データを
ダウンロードすることができます。
エンドポイントにアクセスします。
http://<host_name>:3030/
「Control Panel」でファイルを選択
してアップロードします。

SPARQL クエリの実行（ChEMBL のデータ）
13
PREFIX chembl: <http://rdf.ebi.ac.uk/terms/chembl#>
SELECT
(?o AS ?Organism)
(STR(COUNT(?s)) AS ?Count)
WHERE {?s chembl:organismName ?o}
GROUP BY ?o
ORDER BY DESC(COUNT(?s))
確認のため、次の SPARQL クエリを実行します。
--------------------------------------
| organism | count |
======================================
| "Homo sapiens" | "1058" |
| "Mus musculus" | "139" |
| "Rattus norvegicus" | "46" |
| "Cricetulus griseus" | "22" |
| "Chlorocebus aethiops" | "5" |
| "Sus scrofa" | "4" |
| "Canis lupus familiaris" | "4" |

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