Simulación de Electroforesis en Gel de Agarosa empleando el Software SnapGene.pdf

“AÑO DE LA UNIDAD, LA PAZ Y EL DESARROLLO.”
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
BIOTECNOLOGÍA
TEMA:
PRACTICA DE SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA
EMPLEANDO EL SOFTWARE SNAPGENE UTILIZANDO DATOS DEL
ARTÍCULO CIENTÍFICO
“Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades
bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas
– Perú”
DOCENTE:
BLGO. SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN
ALUMNA:
HUIZA LORENZO, PAOLA ARACELLI
MOQUEGUA, 02 DE JUNIO DEL 2023

ÍNDICE
1. INTRODUCCIÓN............................................................................................................4
2. OBJETIVOS .....................................................................................................................4
2.1. Objetivo General .......................................................................................................4
2.2. Objetivos Específicos.................................................................................................5
3. MARCO TEORICO.........................................................................................................5
3.1. Software para la Biología Molecular Cotidiana (SnapGene)................................5
3.2. Centro Nacional para la Información Biotecnológica o National Center for
Biotechnology Information (NCBI)....................................................................................6
3.3. Electroforesis .............................................................................................................6
3.3.1. Tipos de Electroforesis.......................................................................................7
4. MARCO PROCEDIMENTAL........................................................................................8
4.1. MATERIALES Y MÉTODOS .................................................................................8
4.1.1. Materiales y Equipos .........................................................................................8
4.1.2. Elección para elaborar nuestra.........................................................................8
4.2. METODOLOGÍA .....................................................................................................9
4.2.1. Procedimiento del uso del programa SnapGene para realizar el análisis de
las muestras de cepas bacterianas...................................................................................9
5. RESULTADOS................................................................................................................15
6. CONCLUSIONES ..........................................................................................................16
7. BIBLIOGRAFÍA ............................................................................................................17

ÍNDICE DE FIGURAS
Figura 1. Identificación de las cepas bacterianas.....................................................................9
Figura 2: Escogemos nuestra muestra a analizar. ....................................................................9
Figura 3: Pagina del NCBI......................................................................................................10
Figura 4: Código de la secuencia de cepas.............................................................................10
Figura 5: Introducción del Código en el NCBI. ......................................................................11
Figura 6: Visualización de las descargas de las secuencias. ..................................................11
Figura 7: Abrir el SnapGene. ..................................................................................................12
Figura 8: Introducimos la secuencia en el SnapGene.............................................................12
Figura 9: Visualizamos nuestra secuencia en SnapGene........................................................12
Figura 10: Guardamos en SnapGene. .....................................................................................13
Figura 11: Las secuencias guardadas en SnapGene...............................................................13
Figura 12: Visualizar gráfica de la secuencia.........................................................................14
Figura 13: Introducción de las demás secuencias...................................................................14
Figura 14. Resultado de la muestra 1 - Agua Contaminada. ..................................................15
Figura 15. Resultado de las secuencias Completas del Articulo.............................................16

1. INTRODUCCIÓN
La realización del análisis del ADN, resulta importante para comprender ciertos
aspectos de su composición, es aquí en donde entra la electroforesis la cual es una
técnica utilizada para separar o fragmentar las moléculas de ácido nucleicos, esto en
relación a su carga cuando se aplica un voltaje por medio de los electrodos.
La creación de una gráfica en la que podamos visualizar la composición de una
secuencia de ADN, resulta importante ya que nos ayuda a identificar las características
de las mismas, además de ciertas aplicaciones que pueda tener esta con relación al tema
de investigación que estemos desarrollando.
El programa SnapGene nos proporciona una forma sencilla de poder visualizar las
manipulaciones, ediciones, anotaciones que se realicen en las secuencias de ADN. Este
programa incorpora docenas de opciones y parámetros, los cuales ofrecen la posibilidad
de ejecutar archivos de secuencias en diferentes formatos, lo cuales se presentarán en
cadenas en distintos mapas.
En el presente informe se utilizará el programa el programa SnapGene, en el cual
ingresaremos diversas secuencias de cepas bacterianas extraídas de un articulo el cual
es “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades
bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas
– Perú”, y en el que se busca identificar aquellas secuencias bacterias que ayuden a la
biorremediación por hidrocarburos en aquellas zonas afectadas por esta contaminación.
2. OBJETIVOS
2.1. Objetivo General
Aprender el uso y manejo del programa SnapGene, para la realización de un
análisis de secuencia de ADN, tomando a analizar las cepas bacterianas del

siguiente artículo “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y
análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo
en Condorcanqui – Amazonas – Perú”.
2.2. Objetivos Específicos
• Analizar cada una de las secuencias descargadas en la página web NCBI,
con la asimilación del gen agarosa en el programa “SnapGene”.
• Realización de un árbol genealógico en el SnapGene, comprendiendo las
funciones que ofrece el programa.
3. MARCO TEORICO
3.1. Software para la Biología Molecular Cotidiana (SnapGene).
El SnapGene es un programa que permite analizar las secuencias de ADN,
mediante las diversas herramientas que nos ofrece, permitiendo tener un mayor
manejo de datos y de las características de las secuencias, además de advertirnos
de los errores que puedan haber antes de que sucedan.
Cuando nosotros ingresamos una secuencia, los rasgos se transfieren
automáticamente. Anote características comunes automáticamente o anote
características nuevas manualmente.
Registra automáticamente las operaciones para crear un historial gráfico y
almacena las construcciones ancestrales en el archivo final. Exporte una secuencia
a formato GenBank o FASTA. Exporte un mapa o gel de agarosa simulado a

formatos de imagen comunes. Convierta una secuencia, mapa o imagen de gel a
formatos estándar para usar con otro software.
3.2. Centro Nacional para la Información Biotecnológica o National Center for
Biotechnology Information (NCBI)
Es parte de la biblioteca nacional de medicina de Estados Unidos, una rama d de
los institutos Nacional de Salud. Es una fuente de información de biología
molecular que almacena constantemente la información referente a secuencia
genómicas en GenBank, además de otros datos biotecnológicos de relevancia en
diversos bases de datos las cuales servirán para el análisis de secuencias de ADN,
ARN y proteínas.
3.3. Electroforesis
Es una técnica utiliza para separar fragmentos de ADN según la movilidad de estas
en un campo eléctrico. Dependiendo de la técnica que se este usando, la separación
obedece en distinta medida a la carga eléctrica de las moléculas y a su masa. La
electroforesis sirve para separar las moléculas, además, en función de su tamaño.
Esto es posible gracias a la utilización de un medio sólido poroso, como son los
geles de poliacrilamida o los geles de agarosa. Para un mismo tamaño de poro, a
mayor sea el tamaño de la molécula, más difícilmente migrará hacia el cátodo o el
ánodo.
La electroforesis es una técnica muy utilizada en el área de la salud, por ejemplo,
en casos de las enfermedades causadas por expansiones de trinucleótidos, podemos
saber si una persona es susceptible a presentar dicha enfermedad en algún momento

de su vida, también es empleada en el ámbito oncología para la detección y
desarrollo del cáncer, ya que ayuda monitorizar la progresión de un tumor.
3.3.1. Tipos de Electroforesis
Existen varios tipos de electroforesis, dependiendo del modo en el que
realicen.
➢ Electroforesis en acetato de celulosa: se trata de un tipo de electroforesis
en las que el soporte es un papel, que se coloca horizontalmente en un
medio hidratado. Su utilización permite la separación de proteínas de
una forma rápida.
➢ Electroforesis en gel de agarosa: en este caso, se utiliza como soporte
sólido un gel preparado con agarosa. Normalmente se utiliza para
separar moléculas de gran tamaño, como ácidos nucleicos.
➢ Electroforesis en gel de poliacrilamida: en este tipo de electroforesis, se
utiliza gel de poliacrilamida como soporte. Este gel es considerado como
uno de los mejores soportes para electroforesis, pero tiene una
desventaja: es neurotóxico, por lo que debe ser utilizado con precaución.
➢ Electroforesis capilar: en la electroforesis capilar, el soporte es un fino
tubo de sílica fundida. Al contrario que en el resto de tipos, la
electroforesis capilar requiere de un dispositivo que permita detectar la
migración de las moléculas en el soporte y que transmita los resultados
a un ordenador. Esta técnica es bastante eficiente y requiere unos niveles
menores de muestra y de reactivos que el resto de electroforesis.
➢ Isoelectroenfoque: se trata de una técnica que separa las moléculas por
la acción de un campo eléctrico y un gradiente de pH. Esta particularidad

aumenta la resolución de la técnica, que permite separar mejor las
moléculas.
➢ Electroforesis bidimensional: es la combinación de una
isoelectroenfoque y una electroforesis en gel de poliacrilamida. Permite
separar mejores soluciones con una gran cantidad de proteínas
diferentes.
4. MARCO PROCEDIMENTAL
4.1. MATERIALES Y MÉTODOS
4.1.1. Materiales y Equipos
• Software SnapGene
• Computadora o laptop
• Página web NCBI
4.1.2. Elección para elaborar nuestra
Mediante un articulo proporcionado el cual nos habla acera de la
identificación de molecular de las cepas bacterianas aisladas, las cuales
servirán para la bio remediación del petróleo en zonas afectadas por los
derrames de hidrocarburos.
Mediante un artículo proporcionado el cual es “Aislamiento de bacterias
con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de
zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas –
Perú”, identificamos las cepas bacterianas que vamos a analizar, las
cuales se dividen en dos muestras.

Figura 1. Identificación de las cepas bacterianas.
Escogemos la primera muestra la cual es sobre el agua contaminada.
Figura 2: Escogemos nuestra muestra a analizar.
4.2. METODOLOGÍA
4.2.1. Procedimiento del uso del programa SnapGene para realizar el
análisis de las muestras de cepas bacterianas.
Paso 01: Ingresamos a la página web NCBI
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/).

Figura 3: Pagina del NCBI.
Paso 02: Luego de abrir la pagina lo que haremos será ingresar el
número de accesión que se encuentra al lado del lado de la descripción
de la cepa, del artículo.
Figura 4: Código de la secuencia de cepas.
Paso 3: Al ingresar el número de accesión de la cepa en la página web
del NCBI donde nos mostrara la que secuencia de nucleótido pertenece,
nos ubicamos en la parte superior en ENVIAR A, y descargaremos en
formato FASTA para luego usarla.

Figura 5: Introducción del Código en el NCBI.
Paso 4: Realizaremos el mismo procedimiento con cada una de las
secuencias, precaviendo siempre descargarlo en formato FASTA y
nombrando cada una de ellas para su posterior ubicación y luego lo
guardamos en una carpeta.
Figura 6: Visualización de las descargas de las secuencias.
Paso 5: Luego abriremos el programa “SnapGene”, seleccionamos la
opción “open”, elegios en la barra que se desplaza la opción “open
files”.

Figura 7: Abrir el SnapGene.
Seleccionamos la secuencia descargada
Figura 8: Introducimos la secuencia en el SnapGene.
A continuación, se abrirá una ventana en el SnapGene con nuestra
secuencia seleccionada.
Figura 9: Visualizamos nuestra secuencia en SnapGene.

Paso 6: Lo que haremos será irnos a la pestaña de “sequense”, y
ubicarnos en la parte superior en “Tools”, donde seleccionaremos la
opción “Simulate Agarose Gel”, donde se abrirá una ventana y daremos
OK.
Figura 10: Guardamos en SnapGene.
Paso 7: Luego de abrir nuestra secuencia de nuestra cepa bacteriana en
el SnapGene, lo que haremos será guardarlo en formato “SnapGene
DNA”, añadiendo algunas siglas para diferenciarlos de los descargados
en el NCBI, repetiremos el procedimiento con cada una de las
secuencias.
Figura 11: Las secuencias guardadas en SnapGene.

Paso 8: Al seleccionar Ok, se nos abrirá una ventana en donde
ingresaremos nuestra secuencia que guardamos en el SnapGene y se nos
presentará una gráfica de nuestra secuencia.
Figura 12: Visualizar gráfica de la secuencia.
Realizamos el mismo procedimiento con cada una de las secuencias
que fueron guardadas.
Figura 13: Introducción de las demás secuencias.

5. RESULTADOS
Podemos apreciar el resultado obtenido de la muestra 1 Agua Contaminada, la cual
luego de haber introducido las secuencias en el SnapGene nos da la siguiente gráfica.
Resultado de la muestra 2 Suelo Contaminado más la muestra 1, luego de haber
introducido las demás secuencias, dándonos como resultado la siguiente gráfica.
Figura 14. Resultado de la muestra 1 - Agua Contaminada.

6. CONCLUSIONES
Al concluir la práctica, hemos comprendido como es el manejo del programa
SnapGene, y cual es su importancia con respecto al análisis del ADN. Además, la
simulación que realiza con cada una de las secuencias que hemos ingresado nos da un
mayor vistazo acerca de lo que compone, en donde por medio de la electroforesis hemos
podido ver los fragmentos diferentes de ADN que están presentes en cada una de las
secuencias que hemos ingresado en el programa, además se poder comprarlos y
observar cuan grandes son unos con respectos a otros.
Figura 15. Resultado de las secuencias Completas del Articulo.

7. BIBLIOGRAFÍA
➢ SnapGene | Software for everyday molecular biology. (2016). SnapGene.
https://www.snapgene.com/
➢ National Center for Biotechnology Information. (2023). Nih.gov.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
➢ Castillo Rogel, R. T., More Calero, F. J., Cornejo La Torre, M., Fernández Ponce,
J. N., & Mialhe Matonnier, E. L. (2020). Aislamiento de bacterias con potencial
biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por
derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú. Revista de
Investigaciones Altoandinas - Journal of High Andean Research, 22(3), 2015–
2225. https://doi.org/10.18271/ria.2020.656
➢ del. (2022, September 21). Electroforesis: ¿Qué es y para qué sirve? - Genotipia.
Genotipia. https://genotipia.com/electroforesis/
➢ Uptodown Technologies SL. (2023, April 14). SnapGene (Windows). Uptodown.
https://snapgene.uptodown.com/windows

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