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Les données de la
recherche

Pascal Aventurier : données ouvertes de la recherche. Cours Enssib 2013

1
Remerciements / crédits
• Les exposés d’Odile Hologne directrice déléguée à l’IST
– Hologne, O. (2013). Mise en perspective de l’évolution des métiers de l’IST dans un organisme de
recherche. Communication présentée à Frédoc 2013, AUSSOIS, France (2013-10-07 - 2013-10-10).
http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:210664
–

Hologne, O. (2013). Partage des données de la recherche : Politiques, Données, Publications, Compétences … Inra
(Cours, CNAM-INTD). http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:192704

– Hologne, O. (2013). Données de la recherche : rôle des professionnels IST à l'Inra. Communication
présentée à 43. congrès de l'ADBU, Le Havre, France (2013-09-19) .
http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:207958

• Le groupe INRA. Données de la recherche État de l’art,
étude d’opportunité dans le domaine IST
Esther Dzale, Dominique L’Hostis (coordinatrices), Pascal Aventurier,
Véronique Garandel, Diane Le Hénaff, Virginie Lelièvre, Sylvie Cocaud,
Caroline Dandurand. [Wiki en cours de rédaction]
2
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

2
Plan
• Enjeux, définitions et exemples
• Les positions institutionnelles
• La publication des données : Entrepôts,
DataJournals et Citation des données
• Gérer les données (producteur et
gestionnaire) – qualité des données
• Sémantisation des données (Linked data)
• Data librarian et rôle de l’IST

Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

3
Enjeux , définitions, exemples

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

4

4
Sur le site Inria
« Les données constituent les briques de base de la société de l'information. Leur
quantité est en croissance exponentielle. Elles représentent déjà des masses
considérables pour lesquelles on recourt à de nouvelles mesures. Ces données offrent
un potentiel extraordinaire que l'on commence à exploiter. Elles permettent de générer
des connaissances, qui étaient soit hors d'atteinte, soit inexistantes, parce que hors du
domaine du pensable. » Le Monde, 07.01.2013
.0
Pascal Aventurier : données de la recherche. Cours Enssib 2013

5
http://www.statisticbrain.com/average-cost-of-hard-drive-storage/

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

6

6
Données / Données scientifiques
• Produites selon des
critères établit par
les institutions
(gouvernement,
villes)
• Statistiques
• Liées à des rapports

• Données d’observation
ou d’expérimentation
• Pour démontrer une
résultat scientifique
« Cahier de laboratoire »
• Liées à des publications

7
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

7
Données de la recherche
Enjeux
Mettre à disposition des données pour reproduire les
expériences
(éthique , qualité des recherches)
Valorisation supplémentaire des travaux
Réutiliser les données produites par d’autres laboratoires
Conditions d’archivages et de stockage des données

Reproduction des expériences
Ethique

Réutilisation

Valorisation

Partage collaboration
Data mining

Archivage

Bonnes conditions
de production
Interopérabilité

Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

8
Données de la recherche l’OCDE 2007

Enregistrements factuels (chiffres, textes, images et sons), qui
sont utilisés comme sources principales pour la recherche
scientifique et sont généralement reconnus par la communauté
scientifique comme nécessaires pour valider des résultats de
recherche.
recherche Un ensemble de données de recherche constitue une
représentation systématique et partielle du sujet faisant l’objet de
la recherche.
http://www.oecd.org/fr/sti/scitech/principesetlignesdirectricesdelocdepourlaccesauxdonneesdelarecherchefinanceesurfondspublics.htm

9
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

9
Open data
• Une donnée ouverte est une donnée numérique
d'origine publique ou privée.
• Produite par une collectivité ou un service public
• Diffusée de manière structurée selon une
méthodologie et une licence ouverte garantissant son
libre accès et sa réutilisation par tous, sans restriction
technique, juridique ou financière.
• L’ouverture des données s’inscrit dans une tendance
qui considère l'information publique comme un bien
commun ( diffusion est d'intérêt public et général).
Source wikipédia
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

10
11
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

11
Format ?
Exploitabilité ?
Définition ?

12

Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

12
• Data set (jeu de données)
– Un type de « contenant de données », publié et faisant
partie d’une collection ou isolé avec un DOI (digital
Object Identifier) (Green 2009)
– Un ensemble de données correspondant au contenu
d'une table de base de données unique, ou d'une seule
matrice, dans lequel chaque colonne du tableau,
représente une variable particulière, et chaque ligne
correspond à un élément donné de l'ensemble de
données en question. L'ensemble de données répertorie
les valeurs pour chacune des variables (wikipédia)
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

13
Exemple de jeu de données scientifiques
http://doi.pangaea.de/10.1594/PANGAEA.805269

14
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

14
15
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

15
http://commons.wikimedia.org/wiki/File:HMS_Endurance_patrolling_off_th
e_Antarctic_as_penguins_look_on._MOD_45147622.jpg

http://archaeofacts.com/mesoamerican-highlands/archaeology-dissertation

Observation

Enquêtes

Omiques
(génomiques…)

http://commons.wikimedia.org/wiki/File:3Supernova_Bubble.jpg

http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_biology
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

16
Quel type de Données ?
• Données primaires ou brutes : l’information
enregistrée comme des notes, images, données
d’observation, appartenant à un projet de
recherche spécifique
• Données issues d’un traitement : Analyses,
descriptions, conclusions arrangées sur un
support ou dans une publication
• Données publiés: L’information distribuée aux
personnes impliquées dans l’acquisition de
données et leur administration
Pascal Aventurier : Les données

17
Souce : http://cflegacy.research.umn.edu/datamgtq2/data_p.html
de la recherche. Cours ENSSIB

17
Partager les données de la
recherche

Logo by Greg Emmerich / CC-BY-SA

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

18

18
Trouver un exemple
Recherche en médecine

Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

19
Pourquoi partager les données de la
recherche ?

http://prezi.com/ytir00evayoj/the-jord-project-and-implications-for-repositories/
20
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

20
http://openaccess.inist.fr/?Declaration-de-Berlin-sur-le-Libre

Définition d’une contribution au libre accès (22 octobre 2003)
… le libre accès requiert l’engagement de tout un chacun en tant que
producteur de connaissances scientifiques ou détenteur du patrimoine culturel.
Les contributions au libre accès se composent de résultats originaux de
recherches scientifiques, de données brutes et de métadonnées, de documents
sources, de représentations numériques de documents picturaux et
graphiques, de documents scientifiques multimédia.
.0
Pascal Aventurier : données de la recherche. Cours Enssib 2013

21
84% des chercheurs aimeraient utiliser
des jeux de données d’autres chercheurs

Source : http://www.nature.com/news/publishing-frontiers-the-library-reboot-1.12664
22
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

22
Barrières pour partager les données
de la recherche

23
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

23
Open science as a public entreprise
6 domaines clés

• Les scientifiques doivent être plus ouverts entre eux, avec le public et les
médias
• Une plus grande reconnaissance doit être donnée à la collecte de
données, l’analyse et la communication
• Des normes et standards pour le partage de l’information sont
nécessaires et doivent être utilisés
• Les données de publications publiées sous une forme réutilisable pour
démontrer les nouveautés doivent être une obligation
• Plus d’experts dans le management et pour promouvoir l’utilisation des
données digitales sont demandés
• De nouveaux outils sont nécessaires pour développer l’analyse des
données collectées, en forte augmentation
http://royalsociety.org/policy/projects/science-publichttp://royalsociety.org/policy/projects/science-public-enterprise/report/
24
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

24
Les positions institutionnelles

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

25

25
Recommendations of the participants of the workshop on
Open Access to Research Data to the European
Commission (21.2.2013 )

We recommend that the European
Commission should introduce mandatory
data management plans which include a
description of the data sets, information on
data handling beyond project lifetime and
possible repositories for depositing the data
sets.
26
http://www.zbw.eu/presse/pressemitteilungen/docs/recommendations_european_commission.pdf
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

26
Recommendations for an effective Open Data Pilot held
by European Commission on 2 July 2013
•OpenAIRE

•Association of European
Research Libraries (LIBER)
•Confederation of Open Access
Repositories (COAR)

• Sensibiliser les chercheurs sur le besoins et les bénéfices de gérer et
partager les données de la recherche
• Encourager les bibliothèques, data centre, les éditeurs et les acteurs
pertinents de commencer à travailler avec les chercheurs sur le cycle
de gestion des données
• Identifier ce qui est exigé pour tous les acteurs en terme d'expertise
de connaissances et de compétences
• Créer des e-infrastructures interopérables
• Mobiliser les bibliothèques pour aider les communautés scientifiques
dans le plan de gestion de leurs données
Fournir à la Commission des éléments pour prendre des décisions 27
pour augmenter le partage de données
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

27
Open Access Infrastructure
for Research in Europe
• Accompagner l’obligation - CE et le Conseil
Européen de la Recherche (ERC), de déposer en
open access les publications et résultats des
recherches financées par la CE
• Objectifs de OpenAIREplus (2011-2013) :
– Étendre l’open access à toutes les publications
– connexion entre publications et données
– interopérabilité avec les infrastructures existantes
majeures DataCite, Mendeley, ORCID, EUDAT, ..
– Lance en mai 2013 Zenodo (avec le CERN)
– Accord avec Re3data.org (nov 2013)

28

Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

28
Open Access to data
Des obligations de dépôts
• Wellcome Trust
• European Commission,
• the Office of Science and Technology Policy
(OSTP) from the White House.

Fenner, Martin. “The Complete Article.” Gobbledygook, October 20, 2013.
29
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

29
Mastodons - CNRS
Nos capacités de production,
d’acquisition et d’accès aux données
dépassent largement nos capacités de
traitement, d’analyse et d’archivage
Soutenir des actions de recherche
interdisciplinaires (synergie nécessaire
entre chercheurs)

http://www.cnrs.fr/mi/spip.php?article53&lang=fr

1.Stockage, indexation, accès
2. Extraction de connaissances,
Apprentissage Visualisation
3. Qualité, confidentialité et sécurité
4. propriété, droit (usage et oubli)
5. Préservation/archivage

30

Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

30
2013 : Une politique de partage des
données pour l’INRA
L’Inra a une politique de partage des données
Cette politique est mise en œuvre dans le cadre d’un
projet qui implique une cinquantaine de personnes
Les compétences mobilisées sont : scientifiques,
informatique et IST
L’IST est impliqué
Dans la mise en œuvre de la politique
Dans des projets avec les chercheurs
Dans des groupes de travail et des projets internationaux
Source : Hologne, O. (2013). Données de la recherche : rôle des professionnels IST à l'Inra.
Communication présentée à 43. congrès de l'ADBU, Le Havre, France (2013-09-19) .
http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:207958

31
Charte de déontologie de l’Inra

Duée, P.-H. (2013). Charte de déontologie de l’INRA.
http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:188870

32
Des catalyseurs récents
G8+5 Open data for Agriculture (avril 13)
Obtain commitment and action from nations and relevant
stakeholders to promote policies and invest in projects that
open access to publicly funded global agriculturally relevant
data streams, making such data readily accessible to users in
Africa and world-wide, and ultimately supporting a sustainable
increase in food security in developed and developing countries

Research data Alliance (mars 13)
The Research Data Alliance aims to accelerate and
facilitate research data sharing and exchange

Source : Hologne, O. (2013). Données de la recherche : rôle des professionnels IST à l'Inra.
Communication présentée à 43. congrès de l'ADBU, Le Havre, France (2013-09-19) .
http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:207958

33
Research data alliance
http://rd-alliance.org

• Australian National Data Service; iCordi - European
Commission (FP7); RDA/US activity (National
Science Foundation)
• Acceleration internationale de l’innovation “datadriven” et de leur exploitation (discover) en
facilitant le partage des données
• Utilisation et ré-utilisation des données,
harmonisation des standards et “ discoverability”
Livrables : infrastructure, règles, utilisation, standards…
Source : Hologne, O. (2013). Données de la recherche : rôle des professionnels IST à l'Inra.
34
Communication présentée à 43. congrès de l'ADBU, Le Havre, France (2013-09-19) .
http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:207958
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

34
http://www.ands.org.au/
35
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

35
http://www.dcc.ac.uk/
36
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

36
http://www.codata.org/
37
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

37
Publication des données :
Entrepôts, Data Journals et
Citation des données

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

38

38
Intégration des données et des
publications

Report on Integration of Data and Publications39
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

39
40
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

40
Journal

Data policy

Dépôt dans un
« data
Pas de Data policy repository »

Smit, Eefke. “Abelard and Héloise: Why Data and Publications Belong Together.” 41
D-Lib Magazine 17, la recherche. Cours ENSSIB
Pascal Aventurier : Les données deno. 1/2 (January 2011). doi:10.1045/january2011-smit.

41
Définitions
Data Paper :
Publication scientifique dont le but principal est
de décrire un jeu de données ou un ensemble
de jeux de données, publiés dans des data
journals (ex Geoscience data journal)
Dater paper commenté en séance
• The GBS dataset: measurements of satellite
site diversity at 20.7 GHz in the UK.
Geosciences Data journal
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/gdj3.2/abstract

42
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

42
Politique des revues scientifiques

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

43

43
The American Economic Review: Data Availability
Policy
It is the policy of the American Economic Review to publish papers only if the
data used in the analysis are clearly and precisely documented and are
readily available to any researcher for purposes of replication. Authors of
accepted papers that contain empirical work, simulations, or experimental
work must provide to the Review, prior to publication, the data, programs, and
other details of the computations sufficient to permit replication. These will be
posted on the AER Web site. The Editor should be notified at the time of
submission if the data used in a paper are proprietary or if, for some other
reason, the requirements above cannot be met.
As soon as possible after acceptance, authors are expected to send their
data, programs, and sufficient details to permit replication, in electronic form,
to the AER office.
…
Authors are also asked to provide information on how the proprietary data can
be obtained by others in their Readme PDF file. A copy of the programs used
D’après datacite. “2013 DataCite Summer Meeting - Elsevier’s Program to Support
to create the final results is still required. 7, 2013. http://fr.slideshare.net/datacite/elseviersResear...” Technologies, October
program-to-support-research-data-hylke-koerselsevier

44
45

45
http://www.nature.com/authors/policies/availability.html

A condition of publication in a Nature journal
is that authors are required to make
materials, data and associated protocols
promptly available to others without undue
qualifications.
…
Supporting data must be made available to
editors and peer-reviewers at the time of
submission for the purposes of evaluating
the manuscript. Peer-reviewers may be
asked to comment on the terms of access to
materials, methods and/or data sets;
…
After publication, readers who encounter
refusal by the authors to comply with these
policies should contact the chief editor of the
journal

A condition of publication in a
Nature journal is that authors are
required to make materials, data
and associated protocols promptly
available to others without undue
qualifications.

For biological materials such
as mutant strains and cell
lines, the Nature
journals require authors to use
established public
repositories when

one exists
46

46
Data
Citation
References for data sets should include a
persistent identifier, such as a Digital Object
Identifier (DOI). Persistent identifiers ensure
future access to unique published digital
objects, such as a text or data set. Persistent
identifiers are assigned to data sets by digital
archives, such as institutional repositories and
partners in the Data Preservation Alliance for
the Social Sciences (Data-PASS).

dataciteplenaryv3131007073432-phpapp01.pptx

47
Data Journals

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

48

48
• Revues sur les jeux de données

Data Journal

Scientific Data (Nature)
Geoscience Data Journal
CODATA Data Science
Journal Earth System
Science Data
Journal of Chemical &
Engineering Data (ACS
Publications)
Big Data
Biodiversity Data Journal
Genomics Data (Elsevier)
Journal of Open Archaeology
Data

Ne contiennent pas les
données mais des articles de
recherche décrivant les
données
Les données doivent être
accessibles dans des
« répertoires de données »

49
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

49
Data journal (groupe Nature)

50
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

50
Geosciences data journal

Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

51
Geoscience data journal

Structure
Titre - Authors
Résumé
Dataset
Introduction
Experimental Set-Up
Acknowledgements
References

52
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

52
Le jeu de données de l’article

http://badc.nerc.ac.uk/view/badc.nerc.ac.uk__ATOM__dep_11902119479621181
53
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

53
Entrepôts de données

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

54

54
Définition : data repository
• entrepôt de données= data repository,
• Réservoir constitué majoritairement de données de
recherche, brutes ou élaborées, qui sont décrites par des
métadonnées de façon à pouvoir être retrouvées.
• Un identifiant est attribué à chaque ensemble déposé.
• analogie avec les entrepôts de publications (repository )
• Fonction de dépôt, classement,
• Optionnels : embargo, diffusion restreinte, statistiques de
consultation
• outils de recherche, classement thématique
• Exposition en OAI-PMH, (open data repository)
55
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

55
Entrepôts de données
• Des annuaires de répertoires de données
(res3data, datacite metadata search)
• Plus de 400 répertoires de données
– Thématique/généraliste
– Organisation à but non lucratif/Organisation privée
Points communs :
– Génère des identifiants pérennes
– Permettent de diffuser les données en Open licence
ou non
– Métadonnées
56
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

56
Re3data.org
http://www.re3data.org/ (20 mai 2013)

57
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

57
http://www.re3data.org/

58
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

58
DataCite

Recense plus de 480
sites de stockage de
données
Fournit des DOI aux
datasets

59
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

59
DataBib

http://www.databib.org
60
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

60
Data citation index

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

61

61
Data Citation Index
• Indexe les métadonnées de plus de 80 entrepôts
de données sélectionnés
• Points forts
– Pas d’autres outils équivalents
– Intégration dans le Web of Knowledge (en supplément)
– Une seule interface pour rechercher les données et les
publications, utilisation des facettes
– Lien vers les documents citants
62
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

62
Data Repositories
•
•
•
•

Dryad
Figshare
Pangea (données sur la terre)
ICPSR (Inter-university Consortium for
Political and Social Research)

• ….
• Dryad : Joint Data Archiving Policy (JDAP)
63
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

63
64
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

64
Dryad Joint Data Archiving Policy (JDAP)
• Accord avec des journaux “classiques” qui exigent le
dépôt des données dans Dryad
• Au minimum les données ayant servi à l’article
Journaux - 30
environ dont
BMC Ecology
BMC Evolutionary
Genetics
Journal of Heredity
Nature
Nucleic Acids
Research
Paleobiology
PLOS
Science

Métadonnées - Licence CCO
DOI
titre
Journal (vol Issue), Année
Auteurs – auteur contact
Résumé - Mots clés
Nom taxonomique
Localisation géo
Titre et description des données
Embargo

65

Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

65
66
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

66
Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

67

67
Certifier les entrepôts de données
• Data seal of approval DSA – autoévaluation
(http://assessment.datasealofapproval.org/apply
• Cinq principes
Les données sont disponibles sur Internet,
Les données sont accessibles, compte tenu de la législation applicable
concernant les informations personnelles et la propriété intellectuelle,
• Les données sont disponibles dans un format utilisable,
• Les données sont fiables,
• Les données sont citables.
Le producteur (qualité des données), l’entrepôt (conservation et disponibilité) et
l’utilisateur (usage) sont concernées dans la procédure.
•
•

68
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

68
http://trusteddigitalrepository.eu

69

Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

69
Gérer les données
Citation des données
métadonnées
plan de gestion des données

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

70

70
Citation des données

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

71

71
Pourquoi citer les données ?
• Reconnaissance des « producteurs » incite
à la publication ouverte des données
• Lien article et jeu de données : augmentation
de la citation de l’article
• Nécessite un mécanisme robuste de citation
• Collaboration, Financement
• Permet d’établir des métriques sur la citation
Ball, A. & Duke, M. (2012). ‘How to Cite Datasets and Link to
Publications’. DCC How-to Guides. Edinburgh: Digital Curation Centre.
72
Available online: http://www.dcc.ac.uk/resources/how-guides - See more
at: http://www.dcc.ac.uk/resources/how-guides/cite-datasets#x1-12000
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

72
Eléments pour la citation de données
(Ball & Duke 2012, DCC)

Analyse de plusieurs sources bibliographiques
Author. Le createur du jeu de données
Publication date. Date ou le jeu de données est disponible ou la date de la période
d’embargo ou la date ou la précédure d’assurance qualité est complète
Title. Nom de la ressource en elle même mais peut inclure le nom de l’organisme ou
le nom de la collection si il s’agit d’une sous collection
Edition. niveau d’état de traitement des données
Version.
Feature name and URI. Nom d’une caractéristique ISO 19101:2002[ ‘feature’
(e.g. GridSeries, ProfileSeries)
Resource type. Examples: ‘database’, ‘dataset’.
Publisher. organisation qui détient les données ou en assure la qualité
Unique numeric fingerprint (UNF). Cryptographe pour assurer qu’aucune
modification n’a eu lieu ou un identifiant selon un schéma perenne
Location. A persistent URL or URI
73
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

73
Ball & Duke 2012, DCC

74
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

74
Pré-requis pour la citation de
données
• La citation doit être capable d’identifier de manière unique l’objet
cité Mais différentes citations peuvent utiliser différentes méthodes
pour le faire
• Elle doit être capable d’ientifier des sous-ensembles des données
aussi bien que l’ensemble complet
• Elle doit donner au lecteur assez d’information pour accéder aux
jeux de données et fournir un mécanisme pour accéder aux jeu de
données à travers l’infrastructure du web
• Doit pourvoir être utilisé par des humains /des machines pour
construire de nouveaux services.
Voir : http://www.dcc.ac.uk/resources/how-guides/cite-datasets#x1-4000
Duke, M. (2011, Aug. 22). Requirements for data citation: The prequel [Blog post]. Retrieved 22 Aug.
75
2011, from the SageCite blog: http://blogs.ukoln.ac.uk/sagecite/2011/08/22/requirements-for-data-citationPascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB
the-prequel/. - See more at: http://www.dcc.ac.uk/resources/how-guides/cite-datasets#fn6x0

75
Les recommandations Datacite
(http://www.datacite.org/whycitedata)
5 éléments obligatoires de son schéma de
métadonnées (http://schema.datacite.org/)
de la manière suivante : Creator (PublicationYear):
Title. Publisher. Identifier.
Dans le cas où il est souhaitable d'inclure des
informations des propriétés optionnelles Version
et ResourceType : Creator (PublicationYear): Title.
Version. Publisher. ResourceType. Identifier.
76
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

76
Métadonnées des jeux de
données

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

77

77
document commenté en séance
Vocabulary to describe Research Data
Repositories online
http://www.re3data.org/2012/07/vocabulary-to-describe-research-data-repositories-online/

78

78
http://schema.datacite.org/meta/kernel-3/index.html

79

Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

79
80

http://www.dcc.ac.uk/resources/metadata-standards
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

80
Plan de gestion des données
Data Management Plan

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

81

81
Plan de gestion des données
• MIT http://libraries.mit.edu/guides/subjects/datamanagement/
• Digital Curation Center
http://www.dcc.ac.uk/resources/data-management-plans
•
•
•

DMP Online un outil pour créer des plans personnaliés selon le contexte du financer de la
recherche. Pour les chercheurs : exemples, guides et bonnes pratiques
Funders’ data plan requirements : résumés des attentes des financeurs
Summary of funders' expectations for data management and sharing plans
Checklist for a Data Management Plan

• Monash Univ
http://monash.edu/library/researchdata/index.html
82
http://www.zbw.eu/presse/pressemitteilungen/docs/recommendations_european_commission.pdf
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

82
Outil pour la création d’un plan de gestion des
données https://dmp.cdlib.org

University of California Curation Center of the California Digital Library
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

83

83
Que contient un plan de gestion des données ?
http://monash.edu/library/researchdata/advice/data-managment-brochure.pdf

1.
2.
3.
4.
5.
6.

Copyright, Propriété intellectuelle (IP), éthique : comment sont-ils
reliés à vos données de recherche ?
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Méthodes pour organiser les données et la documentation les
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Optimiser l’impact de vos recherches en diffusant vos données et
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Prendre des dispositions pour les données après la fin de votre
projet de recherche
84
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

84
Données sémantiques et liés

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

85

85
Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

86

86
Lier les données
• Utiliser des formats qui permettent de lier ses
données avec les données d’autres sources
• Exemple : Données de recherche et thesaurus, luimême relier à d’autres ressources (catalogue de
documents)
• Pour
– Enrichir son jeu de données
– Construire de nouvelles interfaces intelligentes
– Nouveaux modes de recherche
– Mieux documenter les données, à travers des ontologies
87
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

87
.0
Pascal Aventurier : données de la recherche. Cours Enssib 2013

88
Environment

skos:Concept

rdfs:Resource

geospecies:ObservationMethod
owl:Thing

event:Event

geospecies:Project

ArthropodCollectionPheromone

geo:SpatialThing
ArthropodCollectionTrap
ObservationCampaign
observedSpecies:geospecies:SpeciesConcept
observationYear:dc:Date
Trapping

Study

Geospecies:Observation

observation:Observation
pheromone:ArthropodCollectionPheromone
trap:ArthropodCollectionTrap
numberOfTrap:qud:Quantity

Observation
ObservationSite

assemblyDate:dc:Date
disassemblyDate:dc:Date
localisation:igeo:Commune
maxHeightTrees:qud:Quantity
background:string
siteOfObservation
minHeightTrees:qud:Quantity
surface: qud:Quantity
numberOfTrees:qud:Quantity
configutationType: Environment
numberCensusTrees:qud:Quantity
E. Dzalé (IST Inra)
numberOfNests:qud:Quantity
numberOfButterflies:qud:Quantity
http://forum.gfii.fr/forum/etat-de-l-art-pourquoi-investir-et-se-former-dans-le-web-semantique-et-le-web-desPascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis
donnees?symfony=29fimn3pc9lm2a62chsbv5p7n5internaitional 17/06/2013

89
.0
Pascal Aventurier : données de la recherche. Cours Enssib 2013

90
Data librarian et rôle de l’IST

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

91

91
LIBER 10 recommendations pour la
Gestion des données de la
recherche
…
Offrir un plan de gestion des données
- S’engager dans le développement de standards de
métadonnées
- Participer activement aux plans de gestion des données de votre
institut
- Supporter le cycle de vie des données en fournissant des
services pour le stockage, la « découverte » et l’accès permanent
- Mettre en place un catalogue des données
- Mettre en place des identifiants pérennes
-…
92
http://www.libereurope.eu/news/ten-recommendations-for-libraries-to-get-started-with-research-data-management
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

92
http://altbibl.io/dst4l
93
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

93
http://www.dcc.ac.uk/

Lien vers la plaquette
http://www.dcc.ac.uk/webfm_send/1345

94
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

94
Conclusion

Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de
l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013

95

95
Conclusion
• Données n’appartiennent pas aux éditeurs :
contexte différent des publications
• Des compétences à développer
• Droit et licence : un élément clé pour les
données
• However, libraries are particularly well positioned to fill
the data-management gap, says Michener. They have
long experience helping faculty members and they are
not likely to disappear, he says. “Libraries have a
significant amount of trust capital.”*
* http://www.nature.com/news/publishing-frontiers-the-library-reboot-1.12664

96

Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

96
http://www.donneesdelarecherche.fr/

97
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

97
Prêt pour un Data Cake ?

Merci de votre attention
Pascal.Aventurier@paca.inra.fr

http://epicgraphic.com/data-cake/
98
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

98
• OECD Principles and Guidelines for Access to Research Data from
Public Funding http://www.oecd.org/science/scitech/38500813.pdf
• Dossier Nature
http://www.nature.com/news/specials/scipublishing/index.html
• Royal Society Final report, case studies of data use and data
repositories and the launch event
published June 2012
http://royalsociety.org/policy/projects/science-publicenterprise/report/
• Research Data Curation Bibliography . Charles W. Bailey, Jr.
http://digital-scholarship.org/rdcb/rdcb.htm
•
99
Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB

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Données ouvertes de la recherche : nouvelles pratiques de publication et de partage. Cours Enssib

  • 1. Les données de la recherche Pascal Aventurier : données ouvertes de la recherche. Cours Enssib 2013 1
  • 2. Remerciements / crédits • Les exposés d’Odile Hologne directrice déléguée à l’IST – Hologne, O. (2013). Mise en perspective de l’évolution des métiers de l’IST dans un organisme de recherche. Communication présentée à Frédoc 2013, AUSSOIS, France (2013-10-07 - 2013-10-10). http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:210664 – Hologne, O. (2013). Partage des données de la recherche : Politiques, Données, Publications, Compétences … Inra (Cours, CNAM-INTD). http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:192704 – Hologne, O. (2013). Données de la recherche : rôle des professionnels IST à l'Inra. Communication présentée à 43. congrès de l'ADBU, Le Havre, France (2013-09-19) . http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:207958 • Le groupe INRA. Données de la recherche État de l’art, étude d’opportunité dans le domaine IST Esther Dzale, Dominique L’Hostis (coordinatrices), Pascal Aventurier, Véronique Garandel, Diane Le Hénaff, Virginie Lelièvre, Sylvie Cocaud, Caroline Dandurand. [Wiki en cours de rédaction] 2 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 2
  • 3. Plan • Enjeux, définitions et exemples • Les positions institutionnelles • La publication des données : Entrepôts, DataJournals et Citation des données • Gérer les données (producteur et gestionnaire) – qualité des données • Sémantisation des données (Linked data) • Data librarian et rôle de l’IST Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 3
  • 4. Enjeux , définitions, exemples Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 4 4
  • 5. Sur le site Inria « Les données constituent les briques de base de la société de l'information. Leur quantité est en croissance exponentielle. Elles représentent déjà des masses considérables pour lesquelles on recourt à de nouvelles mesures. Ces données offrent un potentiel extraordinaire que l'on commence à exploiter. Elles permettent de générer des connaissances, qui étaient soit hors d'atteinte, soit inexistantes, parce que hors du domaine du pensable. » Le Monde, 07.01.2013 .0 Pascal Aventurier : données de la recherche. Cours Enssib 2013 5
  • 6. http://www.statisticbrain.com/average-cost-of-hard-drive-storage/ Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 6 6
  • 7. Données / Données scientifiques • Produites selon des critères établit par les institutions (gouvernement, villes) • Statistiques • Liées à des rapports • Données d’observation ou d’expérimentation • Pour démontrer une résultat scientifique « Cahier de laboratoire » • Liées à des publications 7 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 7
  • 8. Données de la recherche Enjeux Mettre à disposition des données pour reproduire les expériences (éthique , qualité des recherches) Valorisation supplémentaire des travaux Réutiliser les données produites par d’autres laboratoires Conditions d’archivages et de stockage des données Reproduction des expériences Ethique Réutilisation Valorisation Partage collaboration Data mining Archivage Bonnes conditions de production Interopérabilité Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 8
  • 9. Données de la recherche l’OCDE 2007 Enregistrements factuels (chiffres, textes, images et sons), qui sont utilisés comme sources principales pour la recherche scientifique et sont généralement reconnus par la communauté scientifique comme nécessaires pour valider des résultats de recherche. recherche Un ensemble de données de recherche constitue une représentation systématique et partielle du sujet faisant l’objet de la recherche. http://www.oecd.org/fr/sti/scitech/principesetlignesdirectricesdelocdepourlaccesauxdonneesdelarecherchefinanceesurfondspublics.htm 9 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 9
  • 10. Open data • Une donnée ouverte est une donnée numérique d'origine publique ou privée. • Produite par une collectivité ou un service public • Diffusée de manière structurée selon une méthodologie et une licence ouverte garantissant son libre accès et sa réutilisation par tous, sans restriction technique, juridique ou financière. • L’ouverture des données s’inscrit dans une tendance qui considère l'information publique comme un bien commun ( diffusion est d'intérêt public et général). Source wikipédia Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 10
  • 11. 11 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 11
  • 12. Format ? Exploitabilité ? Définition ? 12 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 12
  • 13. • Data set (jeu de données) – Un type de « contenant de données », publié et faisant partie d’une collection ou isolé avec un DOI (digital Object Identifier) (Green 2009) – Un ensemble de données correspondant au contenu d'une table de base de données unique, ou d'une seule matrice, dans lequel chaque colonne du tableau, représente une variable particulière, et chaque ligne correspond à un élément donné de l'ensemble de données en question. L'ensemble de données répertorie les valeurs pour chacune des variables (wikipédia) Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 13
  • 14. Exemple de jeu de données scientifiques http://doi.pangaea.de/10.1594/PANGAEA.805269 14 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 14
  • 15. 15 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 15
  • 17. Quel type de Données ? • Données primaires ou brutes : l’information enregistrée comme des notes, images, données d’observation, appartenant à un projet de recherche spécifique • Données issues d’un traitement : Analyses, descriptions, conclusions arrangées sur un support ou dans une publication • Données publiés: L’information distribuée aux personnes impliquées dans l’acquisition de données et leur administration Pascal Aventurier : Les données 17 Souce : http://cflegacy.research.umn.edu/datamgtq2/data_p.html de la recherche. Cours ENSSIB 17
  • 18. Partager les données de la recherche Logo by Greg Emmerich / CC-BY-SA Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 18 18
  • 19. Trouver un exemple Recherche en médecine Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 19
  • 20. Pourquoi partager les données de la recherche ? http://prezi.com/ytir00evayoj/the-jord-project-and-implications-for-repositories/ 20 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 20
  • 21. http://openaccess.inist.fr/?Declaration-de-Berlin-sur-le-Libre Définition d’une contribution au libre accès (22 octobre 2003) … le libre accès requiert l’engagement de tout un chacun en tant que producteur de connaissances scientifiques ou détenteur du patrimoine culturel. Les contributions au libre accès se composent de résultats originaux de recherches scientifiques, de données brutes et de métadonnées, de documents sources, de représentations numériques de documents picturaux et graphiques, de documents scientifiques multimédia. .0 Pascal Aventurier : données de la recherche. Cours Enssib 2013 21
  • 22. 84% des chercheurs aimeraient utiliser des jeux de données d’autres chercheurs Source : http://www.nature.com/news/publishing-frontiers-the-library-reboot-1.12664 22 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 22
  • 23. Barrières pour partager les données de la recherche 23 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 23
  • 24. Open science as a public entreprise 6 domaines clés • Les scientifiques doivent être plus ouverts entre eux, avec le public et les médias • Une plus grande reconnaissance doit être donnée à la collecte de données, l’analyse et la communication • Des normes et standards pour le partage de l’information sont nécessaires et doivent être utilisés • Les données de publications publiées sous une forme réutilisable pour démontrer les nouveautés doivent être une obligation • Plus d’experts dans le management et pour promouvoir l’utilisation des données digitales sont demandés • De nouveaux outils sont nécessaires pour développer l’analyse des données collectées, en forte augmentation http://royalsociety.org/policy/projects/science-publichttp://royalsociety.org/policy/projects/science-public-enterprise/report/ 24 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 24
  • 25. Les positions institutionnelles Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 25 25
  • 26. Recommendations of the participants of the workshop on Open Access to Research Data to the European Commission (21.2.2013 ) We recommend that the European Commission should introduce mandatory data management plans which include a description of the data sets, information on data handling beyond project lifetime and possible repositories for depositing the data sets. 26 http://www.zbw.eu/presse/pressemitteilungen/docs/recommendations_european_commission.pdf Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 26
  • 27. Recommendations for an effective Open Data Pilot held by European Commission on 2 July 2013 •OpenAIRE •Association of European Research Libraries (LIBER) •Confederation of Open Access Repositories (COAR) • Sensibiliser les chercheurs sur le besoins et les bénéfices de gérer et partager les données de la recherche • Encourager les bibliothèques, data centre, les éditeurs et les acteurs pertinents de commencer à travailler avec les chercheurs sur le cycle de gestion des données • Identifier ce qui est exigé pour tous les acteurs en terme d'expertise de connaissances et de compétences • Créer des e-infrastructures interopérables • Mobiliser les bibliothèques pour aider les communautés scientifiques dans le plan de gestion de leurs données Fournir à la Commission des éléments pour prendre des décisions 27 pour augmenter le partage de données Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 27
  • 28. Open Access Infrastructure for Research in Europe • Accompagner l’obligation - CE et le Conseil Européen de la Recherche (ERC), de déposer en open access les publications et résultats des recherches financées par la CE • Objectifs de OpenAIREplus (2011-2013) : – Étendre l’open access à toutes les publications – connexion entre publications et données – interopérabilité avec les infrastructures existantes majeures DataCite, Mendeley, ORCID, EUDAT, .. – Lance en mai 2013 Zenodo (avec le CERN) – Accord avec Re3data.org (nov 2013) 28 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 28
  • 29. Open Access to data Des obligations de dépôts • Wellcome Trust • European Commission, • the Office of Science and Technology Policy (OSTP) from the White House. Fenner, Martin. “The Complete Article.” Gobbledygook, October 20, 2013. 29 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 29
  • 30. Mastodons - CNRS Nos capacités de production, d’acquisition et d’accès aux données dépassent largement nos capacités de traitement, d’analyse et d’archivage Soutenir des actions de recherche interdisciplinaires (synergie nécessaire entre chercheurs) http://www.cnrs.fr/mi/spip.php?article53&lang=fr 1.Stockage, indexation, accès 2. Extraction de connaissances, Apprentissage Visualisation 3. Qualité, confidentialité et sécurité 4. propriété, droit (usage et oubli) 5. Préservation/archivage 30 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 30
  • 31. 2013 : Une politique de partage des données pour l’INRA L’Inra a une politique de partage des données Cette politique est mise en œuvre dans le cadre d’un projet qui implique une cinquantaine de personnes Les compétences mobilisées sont : scientifiques, informatique et IST L’IST est impliqué Dans la mise en œuvre de la politique Dans des projets avec les chercheurs Dans des groupes de travail et des projets internationaux Source : Hologne, O. (2013). Données de la recherche : rôle des professionnels IST à l'Inra. Communication présentée à 43. congrès de l'ADBU, Le Havre, France (2013-09-19) . http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:207958 31
  • 32. Charte de déontologie de l’Inra Duée, P.-H. (2013). Charte de déontologie de l’INRA. http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:188870 32
  • 33. Des catalyseurs récents G8+5 Open data for Agriculture (avril 13) Obtain commitment and action from nations and relevant stakeholders to promote policies and invest in projects that open access to publicly funded global agriculturally relevant data streams, making such data readily accessible to users in Africa and world-wide, and ultimately supporting a sustainable increase in food security in developed and developing countries Research data Alliance (mars 13) The Research Data Alliance aims to accelerate and facilitate research data sharing and exchange Source : Hologne, O. (2013). Données de la recherche : rôle des professionnels IST à l'Inra. Communication présentée à 43. congrès de l'ADBU, Le Havre, France (2013-09-19) . http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:207958 33
  • 34. Research data alliance http://rd-alliance.org • Australian National Data Service; iCordi - European Commission (FP7); RDA/US activity (National Science Foundation) • Acceleration internationale de l’innovation “datadriven” et de leur exploitation (discover) en facilitant le partage des données • Utilisation et ré-utilisation des données, harmonisation des standards et “ discoverability” Livrables : infrastructure, règles, utilisation, standards… Source : Hologne, O. (2013). Données de la recherche : rôle des professionnels IST à l'Inra. 34 Communication présentée à 43. congrès de l'ADBU, Le Havre, France (2013-09-19) . http://prodinra.inra.fr/?locale=en#!ConsultNotice:207958 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 34
  • 35. http://www.ands.org.au/ 35 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 35
  • 36. http://www.dcc.ac.uk/ 36 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 36
  • 37. http://www.codata.org/ 37 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 37
  • 38. Publication des données : Entrepôts, Data Journals et Citation des données Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 38 38
  • 39. Intégration des données et des publications Report on Integration of Data and Publications39 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 39
  • 40. 40 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 40
  • 41. Journal Data policy Dépôt dans un « data Pas de Data policy repository » Smit, Eefke. “Abelard and Héloise: Why Data and Publications Belong Together.” 41 D-Lib Magazine 17, la recherche. Cours ENSSIB Pascal Aventurier : Les données deno. 1/2 (January 2011). doi:10.1045/january2011-smit. 41
  • 42. Définitions Data Paper : Publication scientifique dont le but principal est de décrire un jeu de données ou un ensemble de jeux de données, publiés dans des data journals (ex Geoscience data journal) Dater paper commenté en séance • The GBS dataset: measurements of satellite site diversity at 20.7 GHz in the UK. Geosciences Data journal http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/gdj3.2/abstract 42 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 42
  • 43. Politique des revues scientifiques Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 43 43
  • 44. The American Economic Review: Data Availability Policy It is the policy of the American Economic Review to publish papers only if the data used in the analysis are clearly and precisely documented and are readily available to any researcher for purposes of replication. Authors of accepted papers that contain empirical work, simulations, or experimental work must provide to the Review, prior to publication, the data, programs, and other details of the computations sufficient to permit replication. These will be posted on the AER Web site. The Editor should be notified at the time of submission if the data used in a paper are proprietary or if, for some other reason, the requirements above cannot be met. As soon as possible after acceptance, authors are expected to send their data, programs, and sufficient details to permit replication, in electronic form, to the AER office. … Authors are also asked to provide information on how the proprietary data can be obtained by others in their Readme PDF file. A copy of the programs used D’après datacite. “2013 DataCite Summer Meeting - Elsevier’s Program to Support to create the final results is still required. 7, 2013. http://fr.slideshare.net/datacite/elseviersResear...” Technologies, October program-to-support-research-data-hylke-koerselsevier 44
  • 45. 45 45
  • 46. http://www.nature.com/authors/policies/availability.html A condition of publication in a Nature journal is that authors are required to make materials, data and associated protocols promptly available to others without undue qualifications. … Supporting data must be made available to editors and peer-reviewers at the time of submission for the purposes of evaluating the manuscript. Peer-reviewers may be asked to comment on the terms of access to materials, methods and/or data sets; … After publication, readers who encounter refusal by the authors to comply with these policies should contact the chief editor of the journal A condition of publication in a Nature journal is that authors are required to make materials, data and associated protocols promptly available to others without undue qualifications. For biological materials such as mutant strains and cell lines, the Nature journals require authors to use established public repositories when one exists 46 46
  • 47. Data Citation References for data sets should include a persistent identifier, such as a Digital Object Identifier (DOI). Persistent identifiers ensure future access to unique published digital objects, such as a text or data set. Persistent identifiers are assigned to data sets by digital archives, such as institutional repositories and partners in the Data Preservation Alliance for the Social Sciences (Data-PASS). dataciteplenaryv3131007073432-phpapp01.pptx 47
  • 48. Data Journals Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 48 48
  • 49. • Revues sur les jeux de données Data Journal Scientific Data (Nature) Geoscience Data Journal CODATA Data Science Journal Earth System Science Data Journal of Chemical & Engineering Data (ACS Publications) Big Data Biodiversity Data Journal Genomics Data (Elsevier) Journal of Open Archaeology Data Ne contiennent pas les données mais des articles de recherche décrivant les données Les données doivent être accessibles dans des « répertoires de données » 49 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 49
  • 50. Data journal (groupe Nature) 50 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 50
  • 51. Geosciences data journal Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 51
  • 52. Geoscience data journal Structure Titre - Authors Résumé Dataset Introduction Experimental Set-Up Acknowledgements References 52 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 52
  • 53. Le jeu de données de l’article http://badc.nerc.ac.uk/view/badc.nerc.ac.uk__ATOM__dep_11902119479621181 53 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 53
  • 54. Entrepôts de données Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 54 54
  • 55. Définition : data repository • entrepôt de données= data repository, • Réservoir constitué majoritairement de données de recherche, brutes ou élaborées, qui sont décrites par des métadonnées de façon à pouvoir être retrouvées. • Un identifiant est attribué à chaque ensemble déposé. • analogie avec les entrepôts de publications (repository ) • Fonction de dépôt, classement, • Optionnels : embargo, diffusion restreinte, statistiques de consultation • outils de recherche, classement thématique • Exposition en OAI-PMH, (open data repository) 55 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 55
  • 56. Entrepôts de données • Des annuaires de répertoires de données (res3data, datacite metadata search) • Plus de 400 répertoires de données – Thématique/généraliste – Organisation à but non lucratif/Organisation privée Points communs : – Génère des identifiants pérennes – Permettent de diffuser les données en Open licence ou non – Métadonnées 56 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 56
  • 57. Re3data.org http://www.re3data.org/ (20 mai 2013) 57 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 57
  • 58. http://www.re3data.org/ 58 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 58
  • 59. DataCite Recense plus de 480 sites de stockage de données Fournit des DOI aux datasets 59 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 59
  • 60. DataBib http://www.databib.org 60 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 60
  • 61. Data citation index Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 61 61
  • 62. Data Citation Index • Indexe les métadonnées de plus de 80 entrepôts de données sélectionnés • Points forts – Pas d’autres outils équivalents – Intégration dans le Web of Knowledge (en supplément) – Une seule interface pour rechercher les données et les publications, utilisation des facettes – Lien vers les documents citants 62 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 62
  • 63. Data Repositories • • • • Dryad Figshare Pangea (données sur la terre) ICPSR (Inter-university Consortium for Political and Social Research) • …. • Dryad : Joint Data Archiving Policy (JDAP) 63 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 63
  • 64. 64 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 64
  • 65. Dryad Joint Data Archiving Policy (JDAP) • Accord avec des journaux “classiques” qui exigent le dépôt des données dans Dryad • Au minimum les données ayant servi à l’article Journaux - 30 environ dont BMC Ecology BMC Evolutionary Genetics Journal of Heredity Nature Nucleic Acids Research Paleobiology PLOS Science Métadonnées - Licence CCO DOI titre Journal (vol Issue), Année Auteurs – auteur contact Résumé - Mots clés Nom taxonomique Localisation géo Titre et description des données Embargo 65 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 65
  • 66. 66 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 66
  • 67. Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 67 67
  • 68. Certifier les entrepôts de données • Data seal of approval DSA – autoévaluation (http://assessment.datasealofapproval.org/apply • Cinq principes Les données sont disponibles sur Internet, Les données sont accessibles, compte tenu de la législation applicable concernant les informations personnelles et la propriété intellectuelle, • Les données sont disponibles dans un format utilisable, • Les données sont fiables, • Les données sont citables. Le producteur (qualité des données), l’entrepôt (conservation et disponibilité) et l’utilisateur (usage) sont concernées dans la procédure. • • 68 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 68
  • 69. http://trusteddigitalrepository.eu 69 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 69
  • 70. Gérer les données Citation des données métadonnées plan de gestion des données Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 70 70
  • 71. Citation des données Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 71 71
  • 72. Pourquoi citer les données ? • Reconnaissance des « producteurs » incite à la publication ouverte des données • Lien article et jeu de données : augmentation de la citation de l’article • Nécessite un mécanisme robuste de citation • Collaboration, Financement • Permet d’établir des métriques sur la citation Ball, A. & Duke, M. (2012). ‘How to Cite Datasets and Link to Publications’. DCC How-to Guides. Edinburgh: Digital Curation Centre. 72 Available online: http://www.dcc.ac.uk/resources/how-guides - See more at: http://www.dcc.ac.uk/resources/how-guides/cite-datasets#x1-12000 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 72
  • 73. Eléments pour la citation de données (Ball & Duke 2012, DCC) Analyse de plusieurs sources bibliographiques Author. Le createur du jeu de données Publication date. Date ou le jeu de données est disponible ou la date de la période d’embargo ou la date ou la précédure d’assurance qualité est complète Title. Nom de la ressource en elle même mais peut inclure le nom de l’organisme ou le nom de la collection si il s’agit d’une sous collection Edition. niveau d’état de traitement des données Version. Feature name and URI. Nom d’une caractéristique ISO 19101:2002[ ‘feature’ (e.g. GridSeries, ProfileSeries) Resource type. Examples: ‘database’, ‘dataset’. Publisher. organisation qui détient les données ou en assure la qualité Unique numeric fingerprint (UNF). Cryptographe pour assurer qu’aucune modification n’a eu lieu ou un identifiant selon un schéma perenne Location. A persistent URL or URI 73 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 73
  • 74. Ball & Duke 2012, DCC 74 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 74
  • 75. Pré-requis pour la citation de données • La citation doit être capable d’identifier de manière unique l’objet cité Mais différentes citations peuvent utiliser différentes méthodes pour le faire • Elle doit être capable d’ientifier des sous-ensembles des données aussi bien que l’ensemble complet • Elle doit donner au lecteur assez d’information pour accéder aux jeux de données et fournir un mécanisme pour accéder aux jeu de données à travers l’infrastructure du web • Doit pourvoir être utilisé par des humains /des machines pour construire de nouveaux services. Voir : http://www.dcc.ac.uk/resources/how-guides/cite-datasets#x1-4000 Duke, M. (2011, Aug. 22). Requirements for data citation: The prequel [Blog post]. Retrieved 22 Aug. 75 2011, from the SageCite blog: http://blogs.ukoln.ac.uk/sagecite/2011/08/22/requirements-for-data-citationPascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB the-prequel/. - See more at: http://www.dcc.ac.uk/resources/how-guides/cite-datasets#fn6x0 75
  • 76. Les recommandations Datacite (http://www.datacite.org/whycitedata) 5 éléments obligatoires de son schéma de métadonnées (http://schema.datacite.org/) de la manière suivante : Creator (PublicationYear): Title. Publisher. Identifier. Dans le cas où il est souhaitable d'inclure des informations des propriétés optionnelles Version et ResourceType : Creator (PublicationYear): Title. Version. Publisher. ResourceType. Identifier. 76 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 76
  • 77. Métadonnées des jeux de données Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 77 77
  • 78. document commenté en séance Vocabulary to describe Research Data Repositories online http://www.re3data.org/2012/07/vocabulary-to-describe-research-data-repositories-online/ 78 78
  • 79. http://schema.datacite.org/meta/kernel-3/index.html 79 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 79
  • 80. 80 http://www.dcc.ac.uk/resources/metadata-standards Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 80
  • 81. Plan de gestion des données Data Management Plan Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 81 81
  • 82. Plan de gestion des données • MIT http://libraries.mit.edu/guides/subjects/datamanagement/ • Digital Curation Center http://www.dcc.ac.uk/resources/data-management-plans • • • DMP Online un outil pour créer des plans personnaliés selon le contexte du financer de la recherche. Pour les chercheurs : exemples, guides et bonnes pratiques Funders’ data plan requirements : résumés des attentes des financeurs Summary of funders' expectations for data management and sharing plans Checklist for a Data Management Plan • Monash Univ http://monash.edu/library/researchdata/index.html 82 http://www.zbw.eu/presse/pressemitteilungen/docs/recommendations_european_commission.pdf Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 82
  • 83. Outil pour la création d’un plan de gestion des données https://dmp.cdlib.org University of California Curation Center of the California Digital Library Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 83 83
  • 84. Que contient un plan de gestion des données ? http://monash.edu/library/researchdata/advice/data-managment-brochure.pdf 1. 2. 3. 4. 5. 6. Copyright, Propriété intellectuelle (IP), éthique : comment sont-ils reliés à vos données de recherche ? Où stocker les données numériques et les sauvegarder ? Méthodes pour organiser les données et la documentation les décrivant Partager vos données: au bon moment et avec les bonnes personnes Optimiser l’impact de vos recherches en diffusant vos données et des informations de base Prendre des dispositions pour les données après la fin de votre projet de recherche 84 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 84
  • 85. Données sémantiques et liés Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 85 85
  • 86. Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 86 86
  • 87. Lier les données • Utiliser des formats qui permettent de lier ses données avec les données d’autres sources • Exemple : Données de recherche et thesaurus, luimême relier à d’autres ressources (catalogue de documents) • Pour – Enrichir son jeu de données – Construire de nouvelles interfaces intelligentes – Nouveaux modes de recherche – Mieux documenter les données, à travers des ontologies 87 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 87
  • 88. .0 Pascal Aventurier : données de la recherche. Cours Enssib 2013 88
  • 89. Environment skos:Concept rdfs:Resource geospecies:ObservationMethod owl:Thing event:Event geospecies:Project ArthropodCollectionPheromone geo:SpatialThing ArthropodCollectionTrap ObservationCampaign observedSpecies:geospecies:SpeciesConcept observationYear:dc:Date Trapping Study Geospecies:Observation observation:Observation pheromone:ArthropodCollectionPheromone trap:ArthropodCollectionTrap numberOfTrap:qud:Quantity Observation ObservationSite assemblyDate:dc:Date disassemblyDate:dc:Date localisation:igeo:Commune maxHeightTrees:qud:Quantity background:string siteOfObservation minHeightTrees:qud:Quantity surface: qud:Quantity numberOfTrees:qud:Quantity configutationType: Environment numberCensusTrees:qud:Quantity E. Dzalé (IST Inra) numberOfNests:qud:Quantity numberOfButterflies:qud:Quantity http://forum.gfii.fr/forum/etat-de-l-art-pourquoi-investir-et-se-former-dans-le-web-semantique-et-le-web-desPascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis donnees?symfony=29fimn3pc9lm2a62chsbv5p7n5internaitional 17/06/2013 89
  • 90. .0 Pascal Aventurier : données de la recherche. Cours Enssib 2013 90
  • 91. Data librarian et rôle de l’IST Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 91 91
  • 92. LIBER 10 recommendations pour la Gestion des données de la recherche … Offrir un plan de gestion des données - S’engager dans le développement de standards de métadonnées - Participer activement aux plans de gestion des données de votre institut - Supporter le cycle de vie des données en fournissant des services pour le stockage, la « découverte » et l’accès permanent - Mettre en place un catalogue des données - Mettre en place des identifiants pérennes -… 92 http://www.libereurope.eu/news/ten-recommendations-for-libraries-to-get-started-with-research-data-management Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 92
  • 93. http://altbibl.io/dst4l 93 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 93
  • 94. http://www.dcc.ac.uk/ Lien vers la plaquette http://www.dcc.ac.uk/webfm_send/1345 94 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 94
  • 95. Conclusion Pascal Aventurier : Une introduction aux données ouvertes de la recherche. Journée d’étude « Les enjeux de l’Open Access pour la recherche ». Agropoolis internaitional 17/06/2013 95 95
  • 96. Conclusion • Données n’appartiennent pas aux éditeurs : contexte différent des publications • Des compétences à développer • Droit et licence : un élément clé pour les données • However, libraries are particularly well positioned to fill the data-management gap, says Michener. They have long experience helping faculty members and they are not likely to disappear, he says. “Libraries have a significant amount of trust capital.”* * http://www.nature.com/news/publishing-frontiers-the-library-reboot-1.12664 96 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 96
  • 97. http://www.donneesdelarecherche.fr/ 97 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 97
  • 98. Prêt pour un Data Cake ? Merci de votre attention Pascal.Aventurier@paca.inra.fr http://epicgraphic.com/data-cake/ 98 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 98
  • 99. • OECD Principles and Guidelines for Access to Research Data from Public Funding http://www.oecd.org/science/scitech/38500813.pdf • Dossier Nature http://www.nature.com/news/specials/scipublishing/index.html • Royal Society Final report, case studies of data use and data repositories and the launch event published June 2012 http://royalsociety.org/policy/projects/science-publicenterprise/report/ • Research Data Curation Bibliography . Charles W. Bailey, Jr. http://digital-scholarship.org/rdcb/rdcb.htm • 99 Pascal Aventurier : Les données de la recherche. Cours ENSSIB 99