Las universidades de investigación están a la vanguardia de la educación superior, con el objetivo principal de lograr la excelencia en la investigación a través de varios campos y ofrecer una educación de alta calidad con estándares internacionales. Las principales instituciones de educación superior salvadoreñas que invierten en investigación son la Universidad de El Salvador, la UCA, la Universidad Don Bosco y la Universidad Andrés Bello. Los institutos técnicos se centran principalmente en producir grandes cantidades de graduados preparados para el trabajo. La educación a distancia