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La Génomique, un outil pour
la sélection des ovins
Webinaire génétique ovine – 28 mai 2024
BUISSON Diane et LOYWYCK Valérie, Idele
INTRODUCTION
• Un marqueur moléculaire est une séquence
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• Séquençage
INTRODUCTION
Les données génomiques sont avant tout un outil
COLLECTIF qui va servir :
1. A mettre en place la sélection génomique
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1. LA SÉLECTION GÉNOMIQUE
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1. LA SÉLECTION GÉNOMIQUE
Les équations de prédictions sont d’autant plus fiables que :
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Principe de la sélection génomique
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IMPORTANCE DU CONTRÔLE
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1. LA SÉLECTION GÉNOMIQUE
• Précision intermédiaire entre ascendance et
descendance
• Connaissance plus précoce des animaux
• Index disponible dès l’âge de 3 mois
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• L’index génomique seul ne suffit pas
• En Lacaune : sur 4-5 agneaux génotypés, 1 seul est gardé
pour l’IA
• En ROLP et en C : ce ratio est de 1 pour 2-3
Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 7
L’index génomique
1. LA SÉLECTION GÉNOMIQUE
• Accroissement du progrès
génétique en CLO…
Progression plus rapide sur les
caractères en sélection
Sélection de nouveaux
caractères (rusticité, thermo-
tolérance, résistance au
parasitisme, …)
Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 8
Une sélection efficace : ex. Lacaune lait
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1700
1900
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2300
2500
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2010
2011
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2014
2015
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Index
moyen
Millésime de la cohorte
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Un outil intéressant dans la gestion des anomalies
génétiques
CONCLUSION
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CONCLUSION
• Importance majeure pour améliorer la sélection
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filiations et à l’assignation de parentés
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anomalies
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assistée par gènes
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CONCLUSION
• Le contrôle de performances, indispensable à la
sélection génomique, qu’il soit réalisé :
• En ferme
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PERSPECTIVES
• Les coûts des génotypages peuvent encore baisser
grâce aux évolutions technologiques ou aux volumes
commandés
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allaitant et développement de la SAG (OVIGEN)
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en ovin lait ?
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04-La génomique, un outil pour la sélection des ovins

  • 1. La Génomique, un outil pour la sélection des ovins Webinaire génétique ovine – 28 mai 2024 BUISSON Diane et LOYWYCK Valérie, Idele
  • 2. INTRODUCTION • Un marqueur moléculaire est une séquence particulière d’ADN qui est corrélée à un caractère observable et mesurable. • La caractérisation de ces marqueurs grâce à la lecture de l’ADN a ouvert de nouvelles voies en génétique animale Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 2 Qu’est-ce qu’une information moléculaire ? Phénotype A Phénotype B
  • 3. INTRODUCTION Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 3 Comment sont collectées les données moléculaires ? 3 Prise de sang Obtention du génotypage Lecture de l’ADN Extraction d’ADN • Différents types de puces à ADN • LD : ≈ 10 000 marqueurs • MD : ≈ 50 000 marqueurs • HD : ≈ 600 000 marqueurs • Séquençage
  • 4. INTRODUCTION Les données génomiques sont avant tout un outil COLLECTIF qui va servir : 1. A mettre en place la sélection génomique 2. A faire de l’assignation de parenté et du contrôle de filiations 3. A faire de la sélection assistée par gènes Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 4 A quoi ces données moléculaires peuvent-elles servir ?
  • 5. 1. LA SÉLECTION GÉNOMIQUE Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 5
  • 6. 1. LA SÉLECTION GÉNOMIQUE Les équations de prédictions sont d’autant plus fiables que : • La taille population de référence ↗ • Les phénotypes sont bien connus • Les deux populations sont connectées Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 6 Principe de la sélection génomique Génotypes Population en sélection Equations de prédiction génomique INDEX GENOMIQUE Phénotypes Génotypes + Population de référence ou Population d’apprentissage IMPORTANCE DU CONTRÔLE DE PERFORMANCES
  • 7. 1. LA SÉLECTION GÉNOMIQUE • Précision intermédiaire entre ascendance et descendance • Connaissance plus précoce des animaux • Index disponible dès l’âge de 3 mois • Optimisation de la gestion des béliers en CIA • L’index génomique seul ne suffit pas • En Lacaune : sur 4-5 agneaux génotypés, 1 seul est gardé pour l’IA • En ROLP et en C : ce ratio est de 1 pour 2-3 Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 7 L’index génomique
  • 8. 1. LA SÉLECTION GÉNOMIQUE • Accroissement du progrès génétique en CLO… Progression plus rapide sur les caractères en sélection Sélection de nouveaux caractères (rusticité, thermo- tolérance, résistance au parasitisme, …) Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 8 Une sélection efficace : ex. Lacaune lait 1500 1700 1900 2100 2300 2500 2700 2900 3100 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021 2022 Index moyen Millésime de la cohorte +82 dl / an +122 dl / an • … Et diffusion vers les utilisateurs • IA • Vente de béliers de MN génotypés
  • 9. 2. ASSIGNATION DE PARENTÉ ET CONTRÔLE DE FILIATION 9
  • 10. 2. ASSIGNATION DE PARENTÉ ET CONTRÔLE DE FILIATION Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 10 Es-tu mon père ? Est-ce que mon père est parmi vous? Taille grandissante des élevages + Main d’œuvre rare et chère Obtention des paternités = une contrainte monte naturelle majoritaire lutte en paternité coûteuse en temps, en organisation et difficile à mettre en place pour certains élevages (pâturage, grands troupeaux) Races rustiques Ex: Préalpes du Sud, Mérinos d’Arles Races bouchères - testage sur descendance des aptitudes bouchères
  • 11. 2. ASSIGNATION DE PARENTÉ ET CONTRÔLE DE FILIATION Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 11 L’assignation de parenté  Progrès génétique  Diversité génétique  Connexion entre les élevages RACE ELEVAGE Comparaison de l’information aux 249 balises placées sur le génome
  • 12. 2. ASSIGNATION DE PARENTÉ ET CONTRÔLE DE FILIATION Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 12 L’assignation de parenté  Progrès génétique  Diversité génétique  Connexion entre les élevages RACE ELEVAGE Je suis ton père * * Fiabilité de 96%
  • 13. 3. SÉLECTION ASSISTÉE PAR GÈNES 13
  • 14. 3. SÉLECTION ASSISTÉE PAR GÈNES • Les caractères sous contrôle d’un gène majeur • La plupart des caractères sont sous contrôle de milliers de gènes… • … mais dans certains cas, il peut exister 1 gène majeur qui affecte fortement le caractère Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 14 Quels sont les caractères concernés ?
  • 15. 3. SÉLECTION ASSISTÉE PAR GÈNES • En cas d’anomalie récessive : • Les individus porteurs de l’allèle malade ne présentent pas de symptômes (porteurs sains) Diffusion de l’anomalie dans la population • Grâce à la SAG, il est alors possible : • d’intégrer les marqueurs moléculaires liés aux anomalies sur les puces à ADN • D’éradiquer les allèles malade, donc l’anomalie Projet CASDAR PRESAGE (2021-2024) pour préparer la création d’un observatoire des anomalies génétiques en petits ruminants Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 15 Un outil intéressant dans la gestion des anomalies génétiques
  • 17. CONCLUSION • Importance majeure pour améliorer la sélection Meilleure gestion des généalogies grâce au contrôle des filiations et à l’assignation de parentés Possibilité d’étudier et d’intégrer des caractères complexes dans les objectifs de sélection grâce au progrès génétique accru :  longévité fonctionnelle, thermo-tolérance, efficacité alimentaire, résistance au parasitisme… • Un rôle clé pour repérer, comprendre et gérer les anomalies génétiques • Utilisation des outils génomiques pour trouver les mutations causales et comprendre le déterminisme génétique des anomalies • Possibilité de gérer les anomalies grâce à la sélection assistée par gènes Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 17
  • 18. CONCLUSION • Le contrôle de performances, indispensable à la sélection génomique, qu’il soit réalisé : • En ferme • En station • Sur des plateformes de phénotypages Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 18
  • 19. PERSPECTIVES • Les coûts des génotypages peuvent encore baisser grâce aux évolutions technologiques ou aux volumes commandés • Mise en place de la sélection génomique en ovin allaitant et développement de la SAG (OVIGEN) • Vers la possibilité de génotyper des individus en ferme en ovin lait ? • Outil intéressant pour aider au choix du renouvellement Génétique ovine - Webinaire 28 mai 2024 19
  • 20. Merci pour votre attention !