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27_05_2015    Antoine Blanchard
Retour sur 5 années
d’évolution des
problématiques IST
Rapport d’étonnement
2P_
Qui suis-je ?
• Double formation ingénieur agronome et MSc en
sociologie des sciences
• Blogueur de science depuis 2008 (« Enro »)
• 2004 : stage bibliométrie à l’OST
• 2005-2008 : spécialiste information brevet dans
l’industrie
• 2009-2014 : directeur associé de Deuxième labo
• 2014-… : chargé du programme numérique de
l’IdEx Bordeaux
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l’IST dans la recherche ?
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recherche
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financé
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• Portails documentaires,
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• Le rêve d’un portail de la recherche française
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Mettre fin aux cimetières à informations…
• Rapport de l’Académie des sciences sur les structures de la r
 (septembre 2012) :
– « La facilité de diffusion par voie électronique de questionnaires
construits de manière peu rationnelle par des personnes très
éloignées des laboratoires et n’ayant pas une connaissance
réelle de la vie des laboratoires amène les chercheurs à passer
un temps de plus en plus grand à remplir de trop nombreux
formulaires qui nourrissent des “cimetières à informations” dont
la taille semble seulement limitée par celle des serveurs qui
hébergent ces formulaires une fois remplis. »
• La règle devrait être : « input once, output many »
12P_
…et faire ce que l’IST sait faire !
13P_
Projet Conditor
• Expérience pilote (mars 2013 à février 2014) : bâtir un référentiel bibliographique pour partager
les métadonnées décrivant la production scientifique nationale et mettre en commun et les
inventaires de cette production scientifique.
• Ce n’est pas une archive (le texte intégral n’est pas inclus), ni un outil de d’aide à la décision
(aucun indicateur n’est produit), ni un portail (il n’est pas prévu d’interface web pour les
utilisateurs finaux), ni un CRIS (pas de gestion de la recherche)… mais un référentiel contenant
des données de qualité permettant l’interopérabilité.
• Pour ce faire, Conditor met en commun les bases de données bibliographiques des
établissements participant et les traite par :
– curation et traitement des métadonnées
– détection des doublons
– enrichissement par d’autres référentiels (Répertoire national des structures de recherche, identifiants
uniques ORCID et idRef…)
• L’expérience pilote a permis de reconnaître que c’était « faisable » et que ça permettrait à
terme d’éviter les saisies de données redondantes, à condition d’améliorer le traitement du
corpus (notamment la détection des doublons et l’incorporation des référentiels des structures
et des auteurs), d’investir dans le nettoyage et la vérification manuels en sus du traitement
automatique.
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=> il faut automatiser la chaîne de traitement de l’IST, et on a besoin de professionnels pour
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• Le président de l’ANR nous écrit (mai 2015) :
– « Par ailleurs, je tiens à vous rappeler que l’ANR a
réaffirmé son engagement pour le libre accès aux
publications en signant, aux côtés de 25 établissements de
recherche, une convention de partenariat en faveur des
archives ouvertes et en particulier de la plateforme
commune d'archives ouvertes "HAL", en avril 2013. (…)
De plus, l’ANR mentionne explicitement dans son appel à
projets générique 2015 sa recommandation de dépôt
des publications dans l’archive ouverte HAL ou toute
archive institutionnelle (p.21 guide du déposant). »
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incertain de l’auteur
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Thèse de David Pontille (2004)
24P_
25P_
26P_
27P_
28P_
29P_
Cas de l’affaire Voinnet
• « Maria Teresa Ruiz placed the responsibility for a problematic figure in Ruiz et al. on her co-author
Voinnet »
• « Andrew Hamilton confirmed that the criticised data in Hamilton et al. originated from Voinnet as well. »
• « Susana Rivas admitted that the suspicious figure in Voinnet et al. does contain her own data, though it
was assembled by Voinnet. »
• « Yvonne Pinto, declined any responsibility for the incriminated figures in the PNAS paper by Voinnet,
Pinto & Baulcombe. According to Hamilton, group leader Baulcombe was not personally involved in the
compilation of figures at that time. »
• « James Carrington, referred the liability for the discrepancies in two collaboratively-produced Science
publications distinctly onto the Voinnet lab. »
• « Jonathan Jones, group leader at The Sainsbury Laboratory (TSL) in Norwich, made clear that the
critical figure in his Science paper, Navarro et al. was created in Voinnet’s lab »
• « Former collaborators indicated that a certain likely manipulated image in Sansregret et al. was
generated in the lab of Voinnet. »
• « Edith Heard, professor at the Institut Curie in Paris, also passed the responsibility for the reported
inconsistencies in two of her papers in PLoS Genetics onto Voinnet and his former employee Constance
Ciaudo. »
29
30P_
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33
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Plus que de bonnes pratiques, une condition
de l’intégrité scientifique
« We often forget that scientific knowledge is reliable not because
scientists are more clever, objective or honest than other people,
but because their claims are exposed to criticism and replication.
The key to protecting science, therefore, is to strengthen self-
correction. Publication, peer-review and misconduct investigations
should focus less on what scientists do, and more on what they
communicate. »
35P_
Toute omission trompeuse est une fraude !
• « A good start would be to redefine misconduct as distorted
reporting: ‘any omission or misrepresentation of the
information necessary and sufficient to evaluate the validity
and significance of research, at the level appropriate to the
context in which the research is communicated’. »
• « By focusing on reporting practices, the community would
respect scientific autonomy but impose fairness. A scientist
should be free to decide, for example, that ‘fishing’ for
statistical significance is necessary. However, guidelines
would require a list of every test used, allowing others to infer
the risk of false positives. »
36P_
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Katja Bargum (2006), « Write and Wrong »,
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37P_
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ça ?
38P_
Grosse marge de progression
39P_
D’autant plus que le financement des activités
de gestion des données de la recherche est…
40P_
Une préoccupation récurrente
« L'affectation sur des projets courts, comme c'est le cas en tout cas
à l’Inria, me semble compromettre l'investissement dans ces projets.
Comment s'investir dans un projet quand on ne sait pas combien de
temps on va rester dessus ? ou quand on va être affecté ailleurs
dans quelques mois ? Personnellement, je considère que
l'investissement du développeur est la condition nécessaire pour
insuffler un potentiel d'évolution à un logiciel : coder en pensant à
l'avenir influe sur les décisions d'architectures, structures de
données et autres. Quid alors des logiciels développés sans
vision de l'avenir car sans investissement possible ? Je
pense qu'ils finissent en grande partie à la poubelle. »
— un IR Inria le 13 novembre 2012
41P_
Sur le blog de Deuxième labo
42P_
Sur le blog de Deuxième labo
1. Les archivistes s’occupent aussi d’archivage électronique
2. Les archives d’un établissement d’enseignement supérieur et de recherche naissent souvent au m
3. L’archivage institutionnel de la recherche est extrêmement réglementé
4. Les archives d’un chercheur appartiennent à son institution
5. Si vous possédez chez vous des documents historiques d’intérêt général pour une discipline ou u
6. L’archivage de la recherche s’occupe également des données scientifiques
7. L’archiviste n’est pas que le professionnel du stockage, c’est aussi le professionnel de l’éliminatio
8. Les archives de la recherche posent des problèmes spécifiques en terme de gestion
9. Les archives de la recherche se préoccupent aussi de ce qui fait la vie du laboratoire, loin d’être c
10. Les archives sont valorisées pour ne pas tomber dans l’oubli
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Merci de votre
attention !
antoine.blanchard@u-bordeaux.fr
@enroweb
http://www.enroweb.com/blogscie

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Retour sur 5 années d'évolution des problématiques IST : rapport d'étonnement

  • 1. 27_05_2015    Antoine Blanchard Retour sur 5 années d’évolution des problématiques IST Rapport d’étonnement
  • 2. 2P_ Qui suis-je ? • Double formation ingénieur agronome et MSc en sociologie des sciences • Blogueur de science depuis 2008 (« Enro ») • 2004 : stage bibliométrie à l’OST • 2005-2008 : spécialiste information brevet dans l’industrie • 2009-2014 : directeur associé de Deuxième labo • 2014-… : chargé du programme numérique de l’IdEx Bordeaux
  • 3. 3P_
  • 4. 4P_ Quelle est la place de l’IST dans la recherche ?
  • 5. 5P_ Cycle de la vie de la recherche Idée de recherche Demande de financement Projet financé Rapport final Publications scientifiques
  • 6. 6P_ Laissons parler les directeurs/rices d’unité • Portails documentaires, archives scientifiques, numérisation, besoin de documentation • Gestion des affiliations, recensement des publications, archives ouvertes, édition mutualisée • Visibilité des publications, indicateurs bibliométriques, droit des données et publications, gestion des données de la recherche
  • 7. 7P_ Cycle de la vie de la recherche Idée de recherche Demande de financement Projet financé Rapport final Publications scientifiques ISTIST
  • 8. 8P_ Chaîne de l’IST « publique » Idée de recherche Demande de financement Projet financé Rapport final Publications scientifiques • CV normalisé • liste des publications • impact • référentiel des projets • présence web du projet • auto-archivage • signalement
  • 9. 9P_ Pourquoi faire ? • Le rêve d’un portail de la recherche française
  • 10. 10P_ Pendant ce temps en France…
  • 11. 11P_ Mettre fin aux cimetières à informations… • Rapport de l’Académie des sciences sur les structures de la r  (septembre 2012) : – « La facilité de diffusion par voie électronique de questionnaires construits de manière peu rationnelle par des personnes très éloignées des laboratoires et n’ayant pas une connaissance réelle de la vie des laboratoires amène les chercheurs à passer un temps de plus en plus grand à remplir de trop nombreux formulaires qui nourrissent des “cimetières à informations” dont la taille semble seulement limitée par celle des serveurs qui hébergent ces formulaires une fois remplis. » • La règle devrait être : « input once, output many »
  • 12. 12P_ …et faire ce que l’IST sait faire !
  • 13. 13P_ Projet Conditor • Expérience pilote (mars 2013 à février 2014) : bâtir un référentiel bibliographique pour partager les métadonnées décrivant la production scientifique nationale et mettre en commun et les inventaires de cette production scientifique. • Ce n’est pas une archive (le texte intégral n’est pas inclus), ni un outil de d’aide à la décision (aucun indicateur n’est produit), ni un portail (il n’est pas prévu d’interface web pour les utilisateurs finaux), ni un CRIS (pas de gestion de la recherche)… mais un référentiel contenant des données de qualité permettant l’interopérabilité. • Pour ce faire, Conditor met en commun les bases de données bibliographiques des établissements participant et les traite par : – curation et traitement des métadonnées – détection des doublons – enrichissement par d’autres référentiels (Répertoire national des structures de recherche, identifiants uniques ORCID et idRef…) • L’expérience pilote a permis de reconnaître que c’était « faisable » et que ça permettrait à terme d’éviter les saisies de données redondantes, à condition d’améliorer le traitement du corpus (notamment la détection des doublons et l’incorporation des référentiels des structures et des auteurs), d’investir dans le nettoyage et la vérification manuels en sus du traitement automatique.
  • 14. 14P_ Référencement des publications => il faut automatiser la chaîne de traitement de l’IST, et on a besoin de professionnels pour construire et gérer cette chaîne
  • 15. 15P_ Ma prédiction La gestion de référentiels recherche va devenir le nouveau « métier caché » de l’IST (comme le catalogage et la gestion des abonnements aujourd’hui) 15
  • 16. 16P_ Effet collatéral sur les annuaires de labo http://labokitsch.tumblr.com/
  • 17. L’annuaire du futur est déjà là !
  • 18. 18P_ L’an 1 des archives ouvertes
  • 19. Titre FAI Pays Ville Lien Detection of Bonamia ostreae and B. exitiosa (Haplosporidia) in Ostrea edulis from the Adriatic Sea (Italy) Florida Atlantic University United States Boca Raton Recherche Google Scholar : bonamia crassostrea In situ adsorption of mercury, methylmercury and other elements by iron oxyhydroxides and organic matter in lake sediments Institut Polytechnique LaSalle-Beauvais France Beauvais Recherche Google : ubiquitous metallic trace element in surficial waters L’Ifremer comme modèle • mandat de dépôt • archive institutionnelle <-> annuaire • informations visiteurs envoyées aux chercheurs
  • 20. 20P_ L’allergie française au mandat de dépôt
  • 21. 21P_ L’allergie française au mandat de dépôt • Le président de l’ANR nous écrit (mai 2015) : – « Par ailleurs, je tiens à vous rappeler que l’ANR a réaffirmé son engagement pour le libre accès aux publications en signant, aux côtés de 25 établissements de recherche, une convention de partenariat en faveur des archives ouvertes et en particulier de la plateforme commune d'archives ouvertes "HAL", en avril 2013. (…) De plus, l’ANR mentionne explicitement dans son appel à projets générique 2015 sa recommandation de dépôt des publications dans l’archive ouverte HAL ou toute archive institutionnelle (p.21 guide du déposant). »
  • 22. 22P_ Le statut enviable mais incertain de l’auteur
  • 23. 23P_ Thèse de David Pontille (2004)
  • 24. 24P_
  • 25. 25P_
  • 26. 26P_
  • 27. 27P_
  • 28. 28P_
  • 29. 29P_ Cas de l’affaire Voinnet • « Maria Teresa Ruiz placed the responsibility for a problematic figure in Ruiz et al. on her co-author Voinnet » • « Andrew Hamilton confirmed that the criticised data in Hamilton et al. originated from Voinnet as well. » • « Susana Rivas admitted that the suspicious figure in Voinnet et al. does contain her own data, though it was assembled by Voinnet. » • « Yvonne Pinto, declined any responsibility for the incriminated figures in the PNAS paper by Voinnet, Pinto & Baulcombe. According to Hamilton, group leader Baulcombe was not personally involved in the compilation of figures at that time. » • « James Carrington, referred the liability for the discrepancies in two collaboratively-produced Science publications distinctly onto the Voinnet lab. » • « Jonathan Jones, group leader at The Sainsbury Laboratory (TSL) in Norwich, made clear that the critical figure in his Science paper, Navarro et al. was created in Voinnet’s lab » • « Former collaborators indicated that a certain likely manipulated image in Sansregret et al. was generated in the lab of Voinnet. » • « Edith Heard, professor at the Institut Curie in Paris, also passed the responsibility for the reported inconsistencies in two of her papers in PLoS Genetics onto Voinnet and his former employee Constance Ciaudo. » 29
  • 30. 30P_ Réutilisation des données en libre accès • Co-auteur ou dans les remerciements ? • Encore du chemin à parcourir dans les labos…
  • 32. 32P_ Tribune dans « Le Monde » (juillet 2013)
  • 33. 33P_ Initiatives françaises pour la reproductibilité de la recherche 33
  • 34. 34P_ Plus que de bonnes pratiques, une condition de l’intégrité scientifique « We often forget that scientific knowledge is reliable not because scientists are more clever, objective or honest than other people, but because their claims are exposed to criticism and replication. The key to protecting science, therefore, is to strengthen self- correction. Publication, peer-review and misconduct investigations should focus less on what scientists do, and more on what they communicate. »
  • 35. 35P_ Toute omission trompeuse est une fraude ! • « A good start would be to redefine misconduct as distorted reporting: ‘any omission or misrepresentation of the information necessary and sufficient to evaluate the validity and significance of research, at the level appropriate to the context in which the research is communicated’. » • « By focusing on reporting practices, the community would respect scientific autonomy but impose fairness. A scientist should be free to decide, for example, that ‘fishing’ for statistical significance is necessary. However, guidelines would require a list of every test used, allowing others to infer the risk of false positives. »
  • 36. 36P_ La tentation de la promesse Katja Bargum (2006), « Write and Wrong », Nature, 22 juin, vol. 441, n° 7096 , p. 1024
  • 38. 38P_ Grosse marge de progression
  • 39. 39P_ D’autant plus que le financement des activités de gestion des données de la recherche est…
  • 40. 40P_ Une préoccupation récurrente « L'affectation sur des projets courts, comme c'est le cas en tout cas à l’Inria, me semble compromettre l'investissement dans ces projets. Comment s'investir dans un projet quand on ne sait pas combien de temps on va rester dessus ? ou quand on va être affecté ailleurs dans quelques mois ? Personnellement, je considère que l'investissement du développeur est la condition nécessaire pour insuffler un potentiel d'évolution à un logiciel : coder en pensant à l'avenir influe sur les décisions d'architectures, structures de données et autres. Quid alors des logiciels développés sans vision de l'avenir car sans investissement possible ? Je pense qu'ils finissent en grande partie à la poubelle. » — un IR Inria le 13 novembre 2012
  • 41. 41P_ Sur le blog de Deuxième labo
  • 42. 42P_ Sur le blog de Deuxième labo 1. Les archivistes s’occupent aussi d’archivage électronique 2. Les archives d’un établissement d’enseignement supérieur et de recherche naissent souvent au m 3. L’archivage institutionnel de la recherche est extrêmement réglementé 4. Les archives d’un chercheur appartiennent à son institution 5. Si vous possédez chez vous des documents historiques d’intérêt général pour une discipline ou u 6. L’archivage de la recherche s’occupe également des données scientifiques 7. L’archiviste n’est pas que le professionnel du stockage, c’est aussi le professionnel de l’éliminatio 8. Les archives de la recherche posent des problèmes spécifiques en terme de gestion 9. Les archives de la recherche se préoccupent aussi de ce qui fait la vie du laboratoire, loin d’être c 10. Les archives sont valorisées pour ne pas tomber dans l’oubli
  • 43. 43P_ Merci de votre attention ! antoine.blanchard@u-bordeaux.fr @enroweb http://www.enroweb.com/blogscie

Notes de l'éditeur

  1. Les items de l’enquête sont significatifs.
  2. logique : c’est l’étape de production documentaire au cœur de l’IST mais l’activité documentaire est à toutes les étapes et c’est l’ensemble du cycle qui donne son sens à ces objets documentaires
  3. Peu importe le circuit de l’édition scientifique, voici le traitement que le pays et les contribuables sont en droit d’attendre de l’IST
  4. Tribune dans Le Monde, décembre 2013
  5. Il y a un vrai problème de déperdition de l&amp;apos;information et de saisies multiples qui ne sont pas réutilisées. Or on peut avoir plus d’informations tout en remplissant moins de formulaires !
  6. Schéma du projet Conditor, vers un référentiel de la production scientifique française. Source : Annie Coret et Raymond Berard, “Dispositifs de signalement”, Journée Renatis, Cachan, 4 juillet 2012
  7. Source : euroCRIS Membership Meeting, Paris, 11 mai 2015.
  8. Comment est-ce que ça touche les professionnels de l’IST ? Aujourd’hui ils référencent les publications manuellement
  9. Avec des fonctionnalités tout à fait excitantes comme une extension qui augmente la lecture de Pubmed et un portail / méta-moteur de la recherche
  10. Tous devraient faire comme l’Inserm !
  11. Et c’est tout ? On est loin du mandat de dépôt Horizon 2020…
  12. L’affaire m’a marqué par le nombre de co-auteurs impliqués qui déclinent toute responsabilité et se disent ignorants de ce qui a pu se passer…
  13. La recherche reproductible est un &amp;quot;minimum atteignable&amp;quot; pour évaluer la validité d&amp;apos;un résultat scientifique et ne pas se contenter d&amp;apos;une situation où un résultat est soit répliqué (donc validé indépendamment par la communauté), soit non répliqué (donc sujet à caution).
  14. =&amp;gt; Reporter l’attention sur ce que le chercheur rapporte de ce qu’il a fait
  15. Se doter de règles et chartes dictant l’ensemble des informations nécessaires et suffisantes à une “bonne” publication.
  16. La sociologie économique a développé la notion d’économie de la promesse (“business of expectations”) pour décrire la façon dont des organisations arrivent à organiser les attentes du marché et à s’en servir pour façonner le développement et le devenir de technologies, créant des bulles technologiques qui peuvent finir par éclater. Cette notion a été reprise ensuite par les sociologues et philosophes des sciences pour caractériser la fuite en avant du discours scientifique qui entretient une promesse perpétuelle de bienfaits sans précédent pour l’humanité. Ces promesses permettent de fixer des objectifs à moyen et long terme, d’attirer l’attention des politiques et du législateur, et d’obtenir des financements et les moyens de travailler. “Promettre plus que ses résultats ne prouvent” est même largement reconnu comme une tentation permanente du chercheur qui communique.
  17. Extrait de l&amp;apos;enquête sur les usages et besoins d&amp;apos;IST des Unités de recherche, réalisée auprès des DU CNRS (mars 2015).
  18. Mais ce souci de la conservation longue durée n’est apparemment pas le souci des chercheurs, qui s’inscrivent bien plus dans la courte durée que leur métier le laisserait penser.