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Introduction à l’Open Science
FAIR is not a FAIRy tale !
Patrick Ruch
@patrickruch
Master ID, HEG Genève
Objectifs pédagogiques I
Savoir définir et appliquer le concept d’Open science
Comprendre les modèles institutionnels encadrant la
recherche (agences, notion de sciences régulées...)
Assimiler les principes du FAIR (Findable, Accessible,
Interoperable, Re-usable) dans la gestion des données
Objectifs pédagogiques II
Pouvoir définir les principaux concepts du FAIR
Comprendre le contexte historique et societal lié au
développement du FAIR
Comprendre les problèmes que le FAIR entend résoudre
Comprendre les enjeux que le FAIR pose en terme
d’infrastructure
Pouvoir élaborer et mettre en place une gestion des
données conforme au FAIR selon l’institution et le projet
Logistique
6 séances
#1 Introduction: Sommaire et contexte institutionnel
#2 Open science: pourquoi et pourquoi pas ?
#3 F A: Moteurs et accès
#4 I R: Intéropérabilité et Ré-utilisabilité
#5 TP
#6 TP
Date Horaire Sujet
Jeudi 6.10.22 8h45-12h00 Findable
Jeudi 13.10.22 8h45-12h00 Access
Jeudi 03.11.22 8h45-12h00 Interoperable
Jeudi 10.11.22 8h45-12h00 Re-usable
Jeudi 17.11.22 8h45-12h00 Anonymisation
Jeudi 1.12.22 8h45-12h00 Deposition
Sources
Christian Gutknecht, SNF
Francis André, CNRS-DIST
Carole Goble, University of Manchester
Wilkinson et al, 2016: The FAIR Guiding Principles for
scientific data management and stewardship, Scientific
Data
Philippe Bornet et Davide Picca, UNIL
Transparents de différent projets (SPHN, TF on DLM,
CINECA, …)
Un débat… et une auto-citation 
Vers une science régulée: le FAIR !
Deux piliers de la régulation des données
FAIR GDPR/RGPD*
* Règlement Général sur la Protection des Données
Deux piliers de la régulation des données
FAIR GDPR/RGPD*
* Règlement Général sur la Protection des Données
F.A.I.R.
• Findable
• Accessible
• Interoperable
• Reusable
F.A.I.R.
• Find  Trouvable, Découvrable, Visible
• Accessible  L’intégralité du contenu est disponible
• Interopérabilité sémantique  Lisible, Compréhensible,
Standardisé
• Ré-utilisable  Du point de vue légale
Science comme « collège invisible » [T. Kuhn]
Open Access ~1990
Dermatology Online Journal
Open Data ~1995
Open Science ~2003
Quizz on OA and OD
Question 1
All Open Access content is public domain
Question 2
Open Access is a new publication model developed to address the 21st century
challenges related to scientific publications
Question 3
An author can fully give up the ownership on his/her publication, for instance to
a publisher or to his/her employer (e.g. university)
Question 4
You can apply data and text mining tools to any Open Access contents you
have legally access to
Question 5
Today, Open Access publications account for more than half of the total
publications published every year
Question 6
Open Access content can be freely re-used in any manner
Question 7
All Open Access literature is peer-reviewed
Question 8
All scientific literature is peer-reviewed
Question 9
Open Access contents are following higher scientific standards
Question 10
If an author deposits the pre-print of an article in some Open Access archives
then the final article will be Open Access
Question 11
Can you please cite one Open Access archive ?
Question 12
If an article in PDF is Open Access then all the content of the article is
necessary Open Access
Syllabus
Research funding
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Licenses
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FAIR
Peer-review
Science comme collège invisible [T. Kuhn]
Open Access ~1990 2018
Dermatology Online Journal Directive SNF 
Open Data ~1995 TDM ?
Open Science ~2003
Text et Data Mining
80’s et 90’s: droits de copie = droit de fouille
~2000: exclusion du “Data and Text Mining”
2014: TDM Exceptions
An exception to copyright exists which allows researchers to make copies of any
copyright material for the purpose of computational analysis if they already have
the right to read the work (that is, they have “lawful access” to the work). This
exception only permits the making of copies for the purpose of text and data
mining for non-commercial research [UK, pending in other countries]
Exemple…
Directives SNF: Open Access
Open Access en Suisse, Acte I
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Attitude critique
En particulier, les bibliothèques doivent lutter (ou pas)
contre:
1. Les intérêts commerciaux / corporations
2. Les restrictions à l’accès, y compris via contrat
3. Le droit d’auteur et ses nombreux ayant-droits et droits
voisins
4. L’administration de la recherche (e.g. le PAT croît plus
vite que les chercheurs et les enseignants…)
Impact sur les professionnels ?
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Archivage institutionnel (Création d’indicateurs)
Open Data Data Management Plan
Définition des dictionnaires de données
Archivage/indexation des données
Open Science Nexialisme*: le bibliothécaire comme producteur ?
Cf. présentation de la RTS du mardi des 100ans
Impact sur les professionnels ?
Open Access Vérification des licences
Transfert financiers (APC)
Archivage institutionnel
Open Data Data Management Plan
Définition des dictionnaires de données
Archivage/indexation des données
Open Science Nexialisme: le bibliothécaire comme producteur ?
Cf. présentation de la RTS, mardi
vs. présentation de FORS de jeudi
« Data owner »
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https://www.hesge.ch/heg/100id-programme
Les institutions et l’écosystème de la recherche
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  • 1. www.sib.swiss Introduction à l’Open Science FAIR is not a FAIRy tale ! Patrick Ruch @patrickruch Master ID, HEG Genève
  • 2. Objectifs pédagogiques I Savoir définir et appliquer le concept d’Open science Comprendre les modèles institutionnels encadrant la recherche (agences, notion de sciences régulées...) Assimiler les principes du FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Re-usable) dans la gestion des données
  • 3. Objectifs pédagogiques II Pouvoir définir les principaux concepts du FAIR Comprendre le contexte historique et societal lié au développement du FAIR Comprendre les problèmes que le FAIR entend résoudre Comprendre les enjeux que le FAIR pose en terme d’infrastructure Pouvoir élaborer et mettre en place une gestion des données conforme au FAIR selon l’institution et le projet
  • 4. Logistique 6 séances #1 Introduction: Sommaire et contexte institutionnel #2 Open science: pourquoi et pourquoi pas ? #3 F A: Moteurs et accès #4 I R: Intéropérabilité et Ré-utilisabilité #5 TP #6 TP Date Horaire Sujet Jeudi 6.10.22 8h45-12h00 Findable Jeudi 13.10.22 8h45-12h00 Access Jeudi 03.11.22 8h45-12h00 Interoperable Jeudi 10.11.22 8h45-12h00 Re-usable Jeudi 17.11.22 8h45-12h00 Anonymisation Jeudi 1.12.22 8h45-12h00 Deposition
  • 5. Sources Christian Gutknecht, SNF Francis André, CNRS-DIST Carole Goble, University of Manchester Wilkinson et al, 2016: The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship, Scientific Data Philippe Bornet et Davide Picca, UNIL Transparents de différent projets (SPHN, TF on DLM, CINECA, …)
  • 6. Un débat… et une auto-citation 
  • 7. Vers une science régulée: le FAIR !
  • 8. Deux piliers de la régulation des données FAIR GDPR/RGPD* * Règlement Général sur la Protection des Données
  • 9. Deux piliers de la régulation des données FAIR GDPR/RGPD* * Règlement Général sur la Protection des Données
  • 10. F.A.I.R. • Findable • Accessible • Interoperable • Reusable
  • 11. F.A.I.R. • Find  Trouvable, Découvrable, Visible • Accessible  L’intégralité du contenu est disponible • Interopérabilité sémantique  Lisible, Compréhensible, Standardisé • Ré-utilisable  Du point de vue légale
  • 12. Science comme « collège invisible » [T. Kuhn] Open Access ~1990 Dermatology Online Journal Open Data ~1995 Open Science ~2003
  • 13. Quizz on OA and OD
  • 14. Question 1 All Open Access content is public domain
  • 15. Question 2 Open Access is a new publication model developed to address the 21st century challenges related to scientific publications
  • 16. Question 3 An author can fully give up the ownership on his/her publication, for instance to a publisher or to his/her employer (e.g. university)
  • 17. Question 4 You can apply data and text mining tools to any Open Access contents you have legally access to
  • 18. Question 5 Today, Open Access publications account for more than half of the total publications published every year
  • 19. Question 6 Open Access content can be freely re-used in any manner
  • 20. Question 7 All Open Access literature is peer-reviewed
  • 21. Question 8 All scientific literature is peer-reviewed
  • 22. Question 9 Open Access contents are following higher scientific standards
  • 23. Question 10 If an author deposits the pre-print of an article in some Open Access archives then the final article will be Open Access
  • 24. Question 11 Can you please cite one Open Access archive ?
  • 25. Question 12 If an article in PDF is Open Access then all the content of the article is necessary Open Access
  • 27. Science comme collège invisible [T. Kuhn] Open Access ~1990 2018 Dermatology Online Journal Directive SNF  Open Data ~1995 TDM ? Open Science ~2003
  • 28. Text et Data Mining 80’s et 90’s: droits de copie = droit de fouille ~2000: exclusion du “Data and Text Mining” 2014: TDM Exceptions An exception to copyright exists which allows researchers to make copies of any copyright material for the purpose of computational analysis if they already have the right to read the work (that is, they have “lawful access” to the work). This exception only permits the making of copies for the purpose of text and data mining for non-commercial research [UK, pending in other countries]
  • 30. Directives SNF: Open Access Open Access en Suisse, Acte I Archivage institutionnel – 2006 “Déclaration de Berlin”
  • 32. Hautes Ecoles depuis longtemps actives…
  • 34. Aucun besoin de régulation !
  • 38. M. Gutknecht… et les méchantes universités… https://wisspub.files.wordpress.com/2014/10/2016-02-29- decision-cour-de-justice.pdf
  • 39. Attitude critique En particulier, les bibliothèques doivent lutter (ou pas) contre: 1. Les intérêts commerciaux / corporations 2. Les restrictions à l’accès, y compris via contrat 3. Le droit d’auteur et ses nombreux ayant-droits et droits voisins 4. L’administration de la recherche (e.g. le PAT croît plus vite que les chercheurs et les enseignants…)
  • 40. Impact sur les professionnels ? Open Access Vérification des licences Transfert financiers (Abonnements  APC) Archivage institutionnel (Création d’indicateurs) Open Data Data Management Plan Définition des dictionnaires de données Archivage/indexation des données Open Science Nexialisme*: le bibliothécaire comme producteur ? Cf. présentation de la RTS du mardi des 100ans
  • 41. Impact sur les professionnels ? Open Access Vérification des licences Transfert financiers (APC) Archivage institutionnel Open Data Data Management Plan Définition des dictionnaires de données Archivage/indexation des données Open Science Nexialisme: le bibliothécaire comme producteur ? Cf. présentation de la RTS, mardi vs. présentation de FORS de jeudi « Data owner » « Data generator » « Data processor » https://www.hesge.ch/heg/100id-programme
  • 42. Les institutions et l’écosystème de la recherche • SwissUniversities • Hautes Ecoles • SNF • […]