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8

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AP5-R
AP4-R
AP3-R
AP2-R
AP1-R
AP5-D
AP4-D
AP3-D
AP2-D
AP1-D

4

CD: Chau Doc

CD5-R
CD4-R
CD3-R
CD2-R
CD1-R

2

TC: Tan Chau

CD5-D
CD4-D
CD3-D
CD2-D
CD1-D

0

TC5-R
TC4-R
TC3-R
TC2-R
TC1-R

-2

CP5-R
CP4-R
CP3-R
CP2-R
CP1-R
TC5-D
TC4-D
TC3-D
TC2-D
TC1-D

Dimension 2 : 26.40% variances

-4

CP5-D
CP4-D
CP3-D
CP2-D
CP1-D

CP: Chau Phu

-6

-8
-12

-10

-8

-6

-4

-2

0

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M

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1

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9

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10 Aspergillus nomius 549
Discrimination des aliments Bio des autres
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microorganismes par PCR-DGGE: Application aux
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Facteurs impactant les flores microbiennes
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12
Analyse factorielle (ACP
à la française) des profils
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26S) à partir de pêches
du verger ou récupérées
dans des plateaux de la
coopérative et issues de
trois types d’agriculture

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extraits de pêches récupérées dans
des plateaux ou dans le verger de la
coopérative

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des profils génétiques
levuriens (ADNr 26S)
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ou récupérées dans
des plateaux de la
coopérative et issues
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d’agriculture
13
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Mexique
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extraits de graines de cafés verts
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française) des profils DGGE
de bactéries (ADNr 16S) de
cafés du Mexique
(Biologiques et
conventionnels)

14
Conclusions

- Les traitements appliqués aux aliments ont une influence sur leur écologie
microbienne
- Variations de l’écologie microbienne sur les aliments est mesurable par une
technique d’approche globale

La discrimination des aliments en fonction des itinéraires techniques est donc
possible

15
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Présentation de l'appel à manifestation d'intérêt
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Développement de méthodes rapides pour l'authentification des produits biolog...
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Nouvelles approches analytiques pour la détection des fraudes
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Les enjeux technico-économiques de l'authentification
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Méthodologie d’évaluation des matériaux d’emballage - Témoignage de Nomacorc....
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Exemple pratique de mise en place d’une démarche de maitrise de risque en usi...
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Mettre en place une démarche de maitrise du risque allergène. La maîtrise du ...
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Résidus de pesticides : Identifier les risques pour mieux les réduire et les ...
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Outil moléculaire global pour déterminer l’origine géographique des aliments ou discriminer les procédés alimentaires : applications aux poissons d'aquaculture et aux fruits. Authentification de l’origine des produits.

  • 1. Atelier « Authentification de l’origine géographique : intérêt pour les signes de qualité» Outil moléculaire global pour déterminer l’origine géographique des aliments ou discriminer les procédés alimentaires : Applications aux poissons d'aquaculture et aux fruits Montet Didier, El Sheikha Aly, Le Nguyen Doan Duy, Leesing ratanaporn, Bigot Céline, Meile J-Christophe didier.montet@cirad.fr
  • 2. Détermination de l’origine Idée: L'environnement a un effet sur le les micro-éléments présents sur l’aliment Micro-organismes Algues Insectes (entiers ou non) Résidus chimiques Métaux lourds Isotopes ...
  • 3. PCR-DGGE Aliment Extraction des ADN totaux (animaux, végétaux, microbiens, viraux) Amplicons d’ADN bactérien de même taille (236 pb) mais différents par la séquence Amplification spécifique des ADN bactériens de régions variables du gène de l’ARNr 16S par PCR Séparation des ADN par DGGE Analyse comparative des séquences et détermination
  • 4. Amplicons de même taille Bactérie 1 Bactérie 2 Bactérie 3 GCCGGC ATGC CGGCCG TACG GC clamp
  • 5. Pangasiculture dans le delta du Mékong Photos J. Lazard
  • 6. Empreintes DGGE des bactéries issues de poissons péchés dans différentes fermes à la saison des pluies eu Vietnam Chau Phu An Phu Chau Doc L. plantarum E. coli
  • 7. CP1-R CP2-R CP3-R CP4-R CP5-R CP1-D CP2-D CP3-D CP4-D CP5-D R: Saison des pluies D: Saison sèche L. plantarum E. coli Profil DGGE des bactéries des poissons issues de la même ferme à deux saisons différentes (CP: Chau Phu)
  • 8. 8 6 AP: An Phu AP5-R AP4-R AP3-R AP2-R AP1-R AP5-D AP4-D AP3-D AP2-D AP1-D 4 CD: Chau Doc CD5-R CD4-R CD3-R CD2-R CD1-R 2 TC: Tan Chau CD5-D CD4-D CD3-D CD2-D CD1-D 0 TC5-R TC4-R TC3-R TC2-R TC1-R -2 CP5-R CP4-R CP3-R CP2-R CP1-R TC5-D TC4-D TC3-D TC2-D TC1-D Dimension 2 : 26.40% variances -4 CP5-D CP4-D CP3-D CP2-D CP1-D CP: Chau Phu -6 -8 -12 -10 -8 -6 -4 -2 0 2 4 6 8 10 Dimension 1 : 46.24% variances Analyse factorielle des profils DGGE des bactéries des poissons de 4 districts différents de la province de Angiang au Vietnam à la saison des pluies et à la saison sèche R: Saison des pluies ; D: Saison sèche
  • 9. Profils DGGE des 26S rADN de différentes variétés de Physalis de 4 régions d’Egypte 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4 1 2 3 4 Q Q: Qalyoubia M: Minufiya B: Beheira A: Alexandria (1,2) Fruits with husk; (3,4) Fruits without husk M B A
  • 10. Analyse factorielle de variance des profils des bandes 26S rADN de différentes variétés de Physalis de 4 régions d’Egypte Minufiya Beheira Alexandria Qalyoubia
  • 11. DGGE de souches pures de moisissures 1 Penicillium roquefortii 2 Cladosporium musae CMR55 3 Cladosporium musae C62 4 Fusarium avenaceum 5 Fusarium osyporum 6 Mucor racemosus 7 Aspergillus ochraceus 8 Aspergillus carbonarius 9 Aspergillus bombycis 10 Aspergillus nomius 549
  • 12. Discrimination des aliments Bio des autres pratiques culturales par analyse globale des microorganismes par PCR-DGGE: Application aux nectarines Facteurs impactant les flores microbiennes - Peu de produits chimiques (…cides/fertilisants) - Pas d’OGM - Contrôle biologique (Bacillus thuringiensis) - Fertilisants organiques 12
  • 13. Analyse factorielle (ACP à la française) des profils DGGE de levures (ADNr 26S) à partir de pêches du verger ou récupérées dans des plateaux de la coopérative et issues de trois types d’agriculture Profils DGGE d’ADN levuriens extraits de pêches récupérées dans des plateaux ou dans le verger de la coopérative Analyse par Cluster des profils génétiques levuriens (ADNr 26S) de pêches du verger ou récupérées dans des plateaux de la coopérative et issues de trois types d’agriculture 13
  • 14. Analyse par Cluster des profils génétiques bactériens (ADNr 16S) de cafés du Mexique (Biologiques et conventionnels) Profils DGGE d’ADN bactériens extraits de graines de cafés verts du Mexique (Biologiques et conventionnelles) Analyse factorielle (ACP à la française) des profils DGGE de bactéries (ADNr 16S) de cafés du Mexique (Biologiques et conventionnels) 14
  • 15. Conclusions - Les traitements appliqués aux aliments ont une influence sur leur écologie microbienne - Variations de l’écologie microbienne sur les aliments est mesurable par une technique d’approche globale La discrimination des aliments en fonction des itinéraires techniques est donc possible 15
  • 16. Outil moléculaire global pour déterminer l’origine géographique des aliments ou discriminer les procédés alimentaires : Applications aux poissons d'aquaculture et aux fruits Questions didier.montet@cirad.fr