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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł 
ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
OŊʼnĽŀň, ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ, ńŃňňĽĶĽŀĽʼn͐ň… 
Sébastien Plutniak1 Marion Maisonobe2 
1Lisst-Cers, Ehess — 2Lisst-Cieu, Labex SMS 
Ǩǩ mai ǩǧǨǫ 
ResTO, Toulouse
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
IłʼnŇŃĸŊķʼnĽŃł 
LĹň ŃĶľĹķʼnĽĺň ĸĹ ķĹʼn ĵʼnĹŀĽĹŇ 
LĹň ŃĶľĹķʼnĽĺň ĸĹ ķĹʼn ĵʼnĹŀĽĹŇ 
Indiquer des pistes à approfondir plutôt que proposer un tutoriel pas à pas. 
Fournir des éléments de réponse aux questions : 
Qu’est-ce que R ? 
R peut-il apporter quelque chose à mes travaux et comment l’évaluer ? 
Échange d’expériences.
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
IłʼnŇŃĸŊķʼnĽŃł 
D͐ŇŃŊŀ͐ ĸĹ ŀ’ĵʼnĹŀĽĹŇ 
D͐ŇŃŊŀ͐ ĸĹ ŀ’ĵʼnĹŀĽĹŇ 
lj IłʼnŇŃĸŊķʼnĽŃł 
NJ QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ? 
Nj L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R 
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Ǎ L’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ R 
ǎ Lĵ ŋĽňŊĵŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň ĵŋĹķ R 
Ǐ DĹŊŎ ĹŎĹŁńŀĹň ĸĹ ńĵŇķŃŊŇň Ĺʼn ĸ’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
IłʼnŇŃĸŊķʼnĽŃł 
TŃŊŇ ĸĹ ʼnĵĶŀĹ 
TŃŊŇ ĸĹ ʼnĵĶŀĹ 
Mais avant toute chose… 
Types de données que chacun a à traiter ? 
Quelles limites avec les outils que chacun utilise actuellement ? 
En conséquence, quels besoins ? 
Déjà utilisé R ?
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ? 
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň 
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň 
Les principales solutions actuelles pour le calcul scientifique 
SPSS, SAS ; 
Python (NumPy) ; 
MATLAB ; 
R. 
Alors, pourquoi R ?
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ? 
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň 
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň 
Deux mots d’histoire 
Dans les années ǨǰǮǧ, au Bell Laboratories (New Jersey, É.-U.) John Chambers 
et ses collaborateurs développent S, un système dédié de traitement des 
données qui est à la fois un langage interactif et un environnement de 
programmation. 
John Chambers, Ǩǰǰǯ, Programming with Data. 
Au début des années Ǩǰǰǧ, Robert Gentleman et Ross Ihaka (université 
d’Auckland) développent une solution de traitement statistique pour 
Macintosh en partant de S : R. 
En ǨǰǰǬ, ils placent leur création sous licence libre. 
Depuis, des centaines d’extensions ont été produites et entretenues par la 
communauté. (Aujourd’hui, Ǩǩ mai ǩǧǨǫ, ǬǬǪǨ packages sont disponibles.)
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ? 
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň 
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň 
Un accroissement fulgurant du nombre de packages… 
Joseph Rickert, http://blog.revolutionanalytics.com/2013/05/how-r-grows.html 
(NB : cet élégant graphique a été généré sous R avec ggplotǩ…)
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ? 
R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň 
DĹňķŇĽńʼnĽŃł ŀŃĻĽķĽĹŀŀĹ ĸĹ R 
Distributions et interfaces 
utilisation en ligne de commande ; 
Rgui ; 
Rstudio ; 
Rcommander.
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R 
LĹň ĺŃłķʼnĽŃłň ĸ’ĵĽĸĹ Ľłʼn͐ĻŇ͐Ĺň ĸĵłň R 
LĹň ĺŃłķʼnĽŃłň ĸ’ĵĽĸĹ Ľłʼn͐ĻŇ͐Ĺň ĸĵłň R 
Une attitude fondamentale : l’auto-documentation 
RňĽʼnĹSĹĵŇķļ() : recherche dans l’ensemble des documents (manuels, 
documentation, archives des listes de diffusion) du site de R : 
RsiteSearch(un sujet) 
ļĹŀń.ňĹĵŇķļ() : rechercher un sujet dans l’ensemble de l’aide. 
help.search(un sujet) 
ļĹŀń() ŃŊ ?() : afficher la page d’aide relative à un sujet ou une fonction 
help(un sujet) ou 
?(un sujet) 
ĹŎĵŁńŀĹ() : exécuter les exemples contenus dans l’aide d’une fonction. 
example(nom d’une fonction)
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R 
RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ 
RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ 
Tutoriels (les principaux en français) 
Poinsot, ǩǧǧǬ, R pour les statophobes 
ElementR, R pour Géographes 
Barnier, R pour les sociologues 
Barnier, Introduction à R 
Kauffmann, Aide mémoire R 
Goulet, Introduction programmation R 
et de nombreux autres (avant tout en anglais). 
Cette sélection est à télécharger ici : 
http://tinyurl.com/restomethode
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R 
RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ 
RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ 
Sites internet 
Le site du projet : 
http://cran.r-project.org/ 
Les site de communautés : 
http://www.r-bloggers.com/ 
http://stackoverflow.com 
R-help list 
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help 
Hadley Wickham Vocabulary : 
http://adv-r.had.co.nz/Vocabulary.html
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R 
RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ 
RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ 
Livres 
Springer, la collection « Use R ! » : 
Spector, P, ǩǧǧǯ, Data manipulation with R 
Sarkar, D. ǩǧǧǯ, Lattice : multivariate data visualization with R. 
et autres (ǯ titres actuellement). 
Aux PUR : 
Cocaud, M., J. Cellier, ǩǧǨǩ, Le traitement des données en Histoire et Sciences Sociales 
Cornillon P-.A., et. al., ǩǧǨǩ, Statistiques avec R 
Revues 
R-Journal 
Journal of Statistical SoƜwares
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R 
SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň 
SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň 
L’exemple d’une instruction simple 
a <- 4.2 
« ǫ.ǩ » est un nombre en virgule flottante, 
« a » contiendra une information de type numérique, 
trouver une place en mémoire où mettre « ǫ.ǩ » , 
enregistrer « a » comme pointeur vers cette place en mémoire. 
R est à la fois : 
un langage interprété (contra Fortran, C… : typage dynamique), 
un système d’exploration interactif (contra SAS), 
un environnement de programmation.
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R 
SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň 
SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň 
Modes : ce qu’un objet peut contenir 
łŊŁĹŇĽķ : nombres réels ; 
ķŃŁńŀĹŎ : nombres complexes : 
ŀŃĻĽķĵŀ : valeurs booléennes (vrai/faux) ; 
ķļĵŇĵķʼnĹŇ : chaînes de caractères ; 
ĺŊłķʼnĽŃł : fonction ; 
ŀĽňʼn : données diverses ; 
ĹŎńŇĹňňĽŃł : expressions non évaluées. 
Classes : types d’objets 
ŋĹķʼnŃŇ : vecteurs ; 
ŁĵʼnŇĽŎ : matrices ; 
ŀĽňʼn : liste ; 
ĸĵʼnĵ.ĺŇĵŁĹ data.frames.
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R 
SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň 
SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň 
Fonctions d’« introspection » 
as.x() : convertir comme… 
is.x() : tester si l’objet est de la classe… 
typeof() : donner le type d’un objet. 
mode() : donne le mode d’un objet. 
class() : donner la classe d’un objet.
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R 
SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň 
UłĹ ňŏłʼnĵŎĹ ńĵŇʼnĽķŊŀĽ͖ŇĹŁĹłʼn ňŃŊńŀĹ 
L’assignation 
i = 3 
i <- 3 
3 -> i 
assign(”i”, 3) 
L’indiçage 
v <- c(10, 20, 30) 
vecteur[ entier positif ] : v[1] renvoie Ǩǧ 
vecteur[ entier négatif ] : v[-1] renvoie Ǫǧ 
vecteur[ valeur booléenne ] : v[FALSE, TRUE, TRUE] renvoie ǩǧ, Ǫǧ 
vecteur[ chaîne de caractère ] : (pour les dataframes et les listes)
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R 
SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň 
Lĵ Ň͐ķŊŇňĽŋĽʼn͐ ĸĵłň R 
Les structures de contrôle 
If…then, while,for 
La vectorisation : en R tout est vecteur 
soient Y et Z des vecteurs de longueur n 
for (i in Ǩ :n) X[i] <­Y[ 
i] + Z[i] 
X <- Y + Z 
idem X <- Y + ǩ 
apply : appliquer une fonction soit aux lignes ou aux colonnes 
lapply : appliquer une fonction aux éléments d’une liste (retour une liste) 
sapply : appliquer une fonction aux éléments d’une liste (retour un vecteur) 
mapply : appliquer une fonction à plusieurs listes parallèlement
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
L’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ R 
L’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ R 
L’import/export 
Un standard : le format .csv (encodage, > read.csv) ; 
des objets spécifiques (l’objet « graph ») ; 
et les sorties numériques. 
L’analyse via l’application de fonctions 
Les fonctions ; 
l’écriture d’un script ; 
avec une bonne pratique : les commentaires. 
Le développement de fonctions et d’extensions 
Créer une petite fonction dans un script ; 
créer un script avec plusieurs fonctions ; 
et créer une extension (Julien Barnier)
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
Lĵ ŋĽňŊĵŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň ĵŋĹķ R 
Lĵ ŋĽňŊĵŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň ĵŋĹķ R 
Exploration et représentation (EDA) ; 
les fonctions plot et ggplotǩ ; 
et les sorties graphiques (exportation png, svg, pdf…).
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
Lĵ ŋĽňŊĵŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň ĵŋĹķ R 
ĻĻńŀŃʼnNJ
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
DĹŊŎ ĹŎĹŁńŀĹň ĸĹ ńĵŇķŃŊŇň Ĺʼn ĸ’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł 
L’école buissonière 
L’utiliser ponctuellement ; 
en le combinant avec d’autres logiciels ; 
Un atelier sous l’emprise plus générale de R 
Structurer l’information dans l’ordinateur orientée vers une exploitation 
automatisée 
Travailler par script : notion d’automatisation, notion d’inclusion 
Plein texte : notion d’interopérabilité, point sur la pérennité
. 
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TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň 
DĹŊŎ ĹŎĹŁńŀĹň ĸĹ ńĵŇķŃŊŇň Ĺʼn ĸ’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł 
Questions, discussions… 
marion.maisonobe@univ-tlse2.fr 
sebastien.plutniak@ehess.fr

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  • 1. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň OŊʼnĽŀň, ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ, ńŃňňĽĶĽŀĽʼn͐ň… Sébastien Plutniak1 Marion Maisonobe2 1Lisst-Cers, Ehess — 2Lisst-Cieu, Labex SMS Ǩǩ mai ǩǧǨǫ ResTO, Toulouse
  • 2. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň IłʼnŇŃĸŊķʼnĽŃł LĹň ŃĶľĹķʼnĽĺň ĸĹ ķĹʼn ĵʼnĹŀĽĹŇ LĹň ŃĶľĹķʼnĽĺň ĸĹ ķĹʼn ĵʼnĹŀĽĹŇ Indiquer des pistes à approfondir plutôt que proposer un tutoriel pas à pas. Fournir des éléments de réponse aux questions : Qu’est-ce que R ? R peut-il apporter quelque chose à mes travaux et comment l’évaluer ? Échange d’expériences.
  • 3. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň IłʼnŇŃĸŊķʼnĽŃł D͐ŇŃŊŀ͐ ĸĹ ŀ’ĵʼnĹŀĽĹŇ D͐ŇŃŊŀ͐ ĸĹ ŀ’ĵʼnĹŀĽĹŇ lj IłʼnŇŃĸŊķʼnĽŃł NJ QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ? Nj L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R nj LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R Ǎ L’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ R ǎ Lĵ ŋĽňŊĵŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň ĵŋĹķ R Ǐ DĹŊŎ ĹŎĹŁńŀĹň ĸĹ ńĵŇķŃŊŇň Ĺʼn ĸ’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł
  • 4. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň IłʼnŇŃĸŊķʼnĽŃł TŃŊŇ ĸĹ ʼnĵĶŀĹ TŃŊŇ ĸĹ ʼnĵĶŀĹ Mais avant toute chose… Types de données que chacun a à traiter ? Quelles limites avec les outils que chacun utilise actuellement ? En conséquence, quels besoins ? Déjà utilisé R ?
  • 5. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ? R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň Les principales solutions actuelles pour le calcul scientifique SPSS, SAS ; Python (NumPy) ; MATLAB ; R. Alors, pourquoi R ?
  • 6. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ? R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň Deux mots d’histoire Dans les années ǨǰǮǧ, au Bell Laboratories (New Jersey, É.-U.) John Chambers et ses collaborateurs développent S, un système dédié de traitement des données qui est à la fois un langage interactif et un environnement de programmation. John Chambers, Ǩǰǰǯ, Programming with Data. Au début des années Ǩǰǰǧ, Robert Gentleman et Ross Ihaka (université d’Auckland) développent une solution de traitement statistique pour Macintosh en partant de S : R. En ǨǰǰǬ, ils placent leur création sous licence libre. Depuis, des centaines d’extensions ont été produites et entretenues par la communauté. (Aujourd’hui, Ǩǩ mai ǩǧǨǫ, ǬǬǪǨ packages sont disponibles.)
  • 7. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ? R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň Un accroissement fulgurant du nombre de packages… Joseph Rickert, http://blog.revolutionanalytics.com/2013/05/how-r-grows.html (NB : cet élégant graphique a été généré sous R avec ggplotǩ…)
  • 8. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň QŊ’Ĺňʼn ķĹ ŅŊĹ R ? R, ńĵŇŁĽ ĸ’ĵŊʼnŇĹň DĹňķŇĽńʼnĽŃł ŀŃĻĽķĽĹŀŀĹ ĸĹ R Distributions et interfaces utilisation en ligne de commande ; Rgui ; Rstudio ; Rcommander.
  • 9. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R LĹň ĺŃłķʼnĽŃłň ĸ’ĵĽĸĹ Ľłʼn͐ĻŇ͐Ĺň ĸĵłň R LĹň ĺŃłķʼnĽŃłň ĸ’ĵĽĸĹ Ľłʼn͐ĻŇ͐Ĺň ĸĵłň R Une attitude fondamentale : l’auto-documentation RňĽʼnĹSĹĵŇķļ() : recherche dans l’ensemble des documents (manuels, documentation, archives des listes de diffusion) du site de R : RsiteSearch(un sujet) ļĹŀń.ňĹĵŇķļ() : rechercher un sujet dans l’ensemble de l’aide. help.search(un sujet) ļĹŀń() ŃŊ ?() : afficher la page d’aide relative à un sujet ou une fonction help(un sujet) ou ?(un sujet) ĹŎĵŁńŀĹ() : exécuter les exemples contenus dans l’aide d’une fonction. example(nom d’une fonction)
  • 10. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ Tutoriels (les principaux en français) Poinsot, ǩǧǧǬ, R pour les statophobes ElementR, R pour Géographes Barnier, R pour les sociologues Barnier, Introduction à R Kauffmann, Aide mémoire R Goulet, Introduction programmation R et de nombreux autres (avant tout en anglais). Cette sélection est à télécharger ici : http://tinyurl.com/restomethode
  • 11. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ Sites internet Le site du projet : http://cran.r-project.org/ Les site de communautés : http://www.r-bloggers.com/ http://stackoverflow.com R-help list https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help Hadley Wickham Vocabulary : http://adv-r.had.co.nz/Vocabulary.html
  • 12. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň L’ĵńńŇĹłʼnĽňňĵĻĹ ĸĹ R RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ RĹňňŃŊŇķĹň ĸĹ ĺŃŇŁĵʼnĽŃł Ĺł ŀĽĻłĹ Livres Springer, la collection « Use R ! » : Spector, P, ǩǧǧǯ, Data manipulation with R Sarkar, D. ǩǧǧǯ, Lattice : multivariate data visualization with R. et autres (ǯ titres actuellement). Aux PUR : Cocaud, M., J. Cellier, ǩǧǨǩ, Le traitement des données en Histoire et Sciences Sociales Cornillon P-.A., et. al., ǩǧǨǩ, Statistiques avec R Revues R-Journal Journal of Statistical SoƜwares
  • 13. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň L’exemple d’une instruction simple a <- 4.2 « ǫ.ǩ » est un nombre en virgule flottante, « a » contiendra une information de type numérique, trouver une place en mémoire où mettre « ǫ.ǩ » , enregistrer « a » comme pointeur vers cette place en mémoire. R est à la fois : un langage interprété (contra Fortran, C… : typage dynamique), un système d’exploration interactif (contra SAS), un environnement de programmation.
  • 14. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň Modes : ce qu’un objet peut contenir łŊŁĹŇĽķ : nombres réels ; ķŃŁńŀĹŎ : nombres complexes : ŀŃĻĽķĵŀ : valeurs booléennes (vrai/faux) ; ķļĵŇĵķʼnĹŇ : chaînes de caractères ; ĺŊłķʼnĽŃł : fonction ; ŀĽňʼn : données diverses ; ĹŎńŇĹňňĽŃł : expressions non évaluées. Classes : types d’objets ŋĹķʼnŃŇ : vecteurs ; ŁĵʼnŇĽŎ : matrices ; ŀĽňʼn : liste ; ĸĵʼnĵ.ĺŇĵŁĹ data.frames.
  • 15. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň Fonctions d’« introspection » as.x() : convertir comme… is.x() : tester si l’objet est de la classe… typeof() : donner le type d’un objet. mode() : donne le mode d’un objet. class() : donner la classe d’un objet.
  • 16. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň UłĹ ňŏłʼnĵŎĹ ńĵŇʼnĽķŊŀĽ͖ŇĹŁĹłʼn ňŃŊńŀĹ L’assignation i = 3 i <- 3 3 -> i assign(”i”, 3) L’indiçage v <- c(10, 20, 30) vecteur[ entier positif ] : v[1] renvoie Ǩǧ vecteur[ entier négatif ] : v[-1] renvoie Ǫǧ vecteur[ valeur booléenne ] : v[FALSE, TRUE, TRUE] renvoie ǩǧ, Ǫǧ vecteur[ chaîne de caractère ] : (pour les dataframes et les listes)
  • 17. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň LĹň ňń͐ķĽĺĽķĽʼn͐ň ĸĹ R SʼnŇŊķʼnŊŇĹ Ĺʼn ŁĵłĽńŊŀĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň Lĵ Ň͐ķŊŇňĽŋĽʼn͐ ĸĵłň R Les structures de contrôle If…then, while,for La vectorisation : en R tout est vecteur soient Y et Z des vecteurs de longueur n for (i in Ǩ :n) X[i] <­Y[ i] + Z[i] X <- Y + Z idem X <- Y + ǩ apply : appliquer une fonction soit aux lignes ou aux colonnes lapply : appliquer une fonction aux éléments d’une liste (retour une liste) sapply : appliquer une fonction aux éléments d’une liste (retour un vecteur) mapply : appliquer une fonction à plusieurs listes parallèlement
  • 18. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň L’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ R L’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ R L’import/export Un standard : le format .csv (encodage, > read.csv) ; des objets spécifiques (l’objet « graph ») ; et les sorties numériques. L’analyse via l’application de fonctions Les fonctions ; l’écriture d’un script ; avec une bonne pratique : les commentaires. Le développement de fonctions et d’extensions Créer une petite fonction dans un script ; créer un script avec plusieurs fonctions ; et créer une extension (Julien Barnier)
  • 19. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň Lĵ ŋĽňŊĵŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň ĵŋĹķ R Lĵ ŋĽňŊĵŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň ĵŋĹķ R Exploration et représentation (EDA) ; les fonctions plot et ggplotǩ ; et les sorties graphiques (exportation png, svg, pdf…).
  • 20. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň Lĵ ŋĽňŊĵŀĽňĵʼnĽŃł ĸĹ ĸŃłł͐Ĺň ĵŋĹķ R ĻĻńŀŃʼnNJ
  • 21. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň DĹŊŎ ĹŎĹŁńŀĹň ĸĹ ńĵŇķŃŊŇň Ĺʼn ĸ’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł L’école buissonière L’utiliser ponctuellement ; en le combinant avec d’autres logiciels ; Un atelier sous l’emprise plus générale de R Structurer l’information dans l’ordinateur orientée vers une exploitation automatisée Travailler par script : notion d’automatisation, notion d’inclusion Plein texte : notion d’interopérabilité, point sur la pérennité
  • 22. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TŇĵŋĵĽŀŀĹŇ ĵŋĹķ R Ĺł ňķĽĹłķĹň ļŊŁĵĽłĹň Ĺʼn ňŃķĽĵŀĹň DĹŊŎ ĹŎĹŁńŀĹň ĸĹ ńĵŇķŃŊŇň Ĺʼn ĸ’ŊʼnĽŀĽňĵʼnĽŃł Questions, discussions… marion.maisonobe@univ-tlse2.fr sebastien.plutniak@ehess.fr