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VARUME,
un observatoire de la
variabilité génétique
des races
Stéphanie Minéry
21 juin 2024
Introduction
VARUME =observatoire de
la VARiabilité génétique
des RUMinants et des Equidés.
Projet CASDAR « innovation et
partenariat » 2012-2014
Pour répondre au besoin des filières
d’avoir des outils de surveillance de
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• Le 1er bilan diffusé en 2015 en bovin
• Edition annuelle en bovin et caprin
• Publication régulière en ovin
• L’IFCE en charge des bilans pour la filière équine
80 bilans édités
Abondance
Brune
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Blonde d’Aquitaine
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races
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suivantes :
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Que trouve-t-on dans
ces bilans?
• Un bilan par race
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• Critères de variabilité génétique issus de la probabilité d’origine des
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Bilan 2023 :
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• Indicateurs calculés sur les
femelles avec 2 parents
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Importance de la qualité des
pedigree
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• Détermine la fiabilité des indicateurs
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« Une race connue en moyenne sur 2 générations
aura des indicateurs moins fiables qu’une race
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• Seuil ngen ≥ 5 : indicateurs fiables,
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Exemple en
race Normande
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Brahman
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4ie génération
<20%
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10ie génération
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Normande
Quelques résultats : ancêtres
majeurs
• Elevation (1965) contribue à
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femelles analysées [nées 2019-
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• O-MAN Just contribue à 10,7%
mais il est le descendant
d’Elevation : à lui seul, il
contribue à 6,3% (contribution
marginale)
• 7 taureaux contribuent à 50%
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analysées
Ex. en Prim’Holstein
Consanguinité et parenté
• Consanguinité moy de 1,1%
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d'individus non apparentés qui
contribuent génétiquement à la
prochaine génération)
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Merci de votre
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Stéphanie Minéry
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Sophie Moureaux
sophie.moureaux@idele.fr
Définitions
• Taille efficace : Effectif d’une population qui, en conditions «
idéales » (pas de sélection) subirait le même accroissement
accroissement de consanguinité ou de parenté que la
la population étudiée.
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analyse généalogique, on suppose que tous les fondateurs
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analysée, si tous les fondateurs avaient une contribution
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UMT_EBIS La variabilité génétique - 20240621 - 03_VARUME.pptx

  • 1. VARUME, un observatoire de la variabilité génétique des races Stéphanie Minéry 21 juin 2024
  • 2. Introduction VARUME =observatoire de la VARiabilité génétique des RUMinants et des Equidés. Projet CASDAR « innovation et partenariat » 2012-2014 Pour répondre au besoin des filières d’avoir des outils de surveillance de la variabilité génétique de leurs races.
  • 3. Observatoire en place depuis 2015 • Le 1er bilan diffusé en 2015 en bovin • Edition annuelle en bovin et caprin • Publication régulière en ovin • L’IFCE en charge des bilans pour la filière équine
  • 4. 80 bilans édités Abondance Brune Jersiaise Montbéliarde Normande Pie Rouge Prim’Holstein Simmental Française Tarentaise Aubrac Blonde d’Aquitaine Charolaise Gasconne des Pyrénées Limousine Parthenaise Rouge des Prés Salers Bazadaise Blanc Bleu Bleue du Nord Brahman Bretonne Pie Noir Hereford Raço di Biou Rouge Flamande Vosgienne Angus Casta Ferrandaise Alpine Angora Fossés Lorraine Massif Central Poitevine Provençale Pyrénées Saanen Savoie Berrichon du Cher Charmoise Ile de France Moutons Charollais Moutons Vendéens Rouge de l’Ouest Suffolk Texel Bizet Blanc du Massif Central Causses du Lot Est à Laine Mérinos Grivette Lacaune Lacaune viande GID Limousine Martinik Mérinos d’Arles Noir du Velay Préalpes du Sud Rava Romane Tarasconnaise Avranchin Berrichon de l’Indre Bleu du Maine Boulonnaise Clun-Forest Cotentin Dorset-Down Finnoise Hampshire Mérinos de Rambouillet Romanov Roussin Solognote Southdown 33 races bovines 10 races caprines 37 races ovines Lourdaise Maraichine Mirandaise Nantaise
  • 5. Où trouver les bilans ? • Sur site d’IDELE « varume » dans moteur de recherche • Actuellement en ligne, résultats des années suivantes : • 2019 • 2020 • 2021 • 2022 • 2023
  • 6. Que trouve-t-on dans ces bilans? • Un bilan par race • Basé sur l’analyse des généalogies • De nombreux indicateurs • Démographiques (effectif, pyramide des âges, intervalle de génération …) • Qualité des pedigree • Critères de variabilité génétique issus de la probabilité d’origine des gènes et d’identité des gènes : nombre de fondateurs, ancêtres majeurs, intervalle de génération, consanguinité, parenté, taille efficace … • Utilise le logiciel Pedig® développé par Didier Boichard (UMT eBIS, INRAE)
  • 7. Quelle population analysée ? • Cohorte des 4 dernières années de naissance des femelles Bilan 2023 : Femelles nées de 2019 à 2022 • Indicateurs calculés sur les femelles avec 2 parents connus
  • 8. Importance de la qualité des pedigree • Calcul du nombre moyen de génération connues (ngen) • Détermine la fiabilité des indicateurs (« contrôle qualité ») « Une race connue en moyenne sur 2 générations aura des indicateurs moins fiables qu’une race connue sur 10 générations » • Seuil ngen ≥ 5 : indicateurs fiables, ngen ≥ 2,5 : bilan VARUME publié Ngen=2 équivaut à « On connaît les parents et les 4 grands-parents »
  • 9. Equilibre par génération ? Dans les 2 cas, ngen = 2 Génération 1 : 100 % des ancêtres sont connus Génération 2 : 100% Génération 1 : 100 % des ancêtres sont connus Génération 2 : 50% (2/4) Génération 3 : 25% (2/8) Génération 4 : 25% (4/16)
  • 10. Equilibre par génération ? Exemple en race Normande On connait en moyenne les femelles sur 11,8 générations, et jusqu’à la 8ième génération, on est encore à 95% d’ancêtres connus
  • 11. Profondeur des pedigree Brahman Ngen=2,5 Ngen=11,8 4ie génération <20% d’ancêtres connus 10ie génération 90% d’ancêtres connus Normande
  • 12. Quelques résultats : ancêtres majeurs • Elevation (1965) contribue à 12,4% au pool de gènes des femelles analysées [nées 2019- 2022] • O-MAN Just contribue à 10,7% mais il est le descendant d’Elevation : à lui seul, il contribue à 6,3% (contribution marginale) • 7 taureaux contribuent à 50% des gènes des femelles analysées Ex. en Prim’Holstein
  • 13. Consanguinité et parenté • Consanguinité moy de 1,1% pour la pop. analysée • Parenté moyenne de 0,9% • Parenté des parents de 0,6% • Taille efficace de 665 (≈nombre d'individus non apparentés qui contribuent génétiquement à la prochaine génération) Ex. en Charolaise
  • 14. Les évolutions par année de naissance Charolaise Montbéliarde
  • 15. Races laitières Races allaitantes • Races allaitantes consanguinité moy. de 1,7% contre 3,6% en races laitières • Pour un même niveau de génération connue (8,9 en moyenne en races allaitantes et 8,4 en races laitières)
  • 16. • Taille efficace autour de 100 en races laitières et 370 en allaitantes (avec une plus grande disparité selon les races) • Pas forcément en lien avec la taille de la population Races laitières Races allaitantes
  • 17. Conclusion et Perspectives • Analyser une race à travers ces différents critères • Faire une analyse des évolutions dans le temps de ces indicateurs • Ajouter des indicateurs basés sur les informations moléculaires
  • 18. Merci de votre attention Stéphanie Minéry stéphanie.minery@idele.fr UMT e-Bis contact@umt-e-bis.com Sophie Moureaux sophie.moureaux@idele.fr
  • 19. Définitions • Taille efficace : Effectif d’une population qui, en conditions « idéales » (pas de sélection) subirait le même accroissement accroissement de consanguinité ou de parenté que la la population étudiée. • Fondateur : tout individu dont les parents ne sont pas connus au sein de la généalogie étudiée. En analyse analyse généalogique, on suppose que tous les fondateurs fondateurs sont porteurs d’allèles uniques et différents. différents. • Le nombre de fondateurs efficaces représente un équivalent de la variabilité génétique de la population analysée, si tous analysée, si tous les fondateurs avaient une contribution contribution équilibrée.

Notes de l'éditeur

  1. Fruit d’une collaboration entre différents organismes : Institut de l’Elevage,  l’INRAE, Eliance (ALLICE à l’époque), Races de France et l’IFCE (Institut français du cheval et de l’équitation)
  2. Nb ancêtres par génération G = 2 exp G : 2 4 8 16 Calcul cas 1 = (0,5+0,5)+(0,25+0,25+0,25+0,25) = 2 Calcul cas 2 = (0,5+0,5)+(0,25+0,25)+(0,125+0,125)+(0,625+0,625+0,625+0,625) =1+0,5+0,25+0,25 = 2
  3. ELEVATION = arrière-arrière-grand-père de O-MAN JUST
  4. Si questions