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La diversité génétique des races bovines laitières
Impact de la sélection génomique sur la diversité génétique des races
bovines laitières Abondance, Tarentaise et Vosgienne.
Pascal Croiseau, Stephanie Minéry et Gwendal Restoux
p. 2
La diversité génétique des races bovines laitières
Impact de la sélection génomique sur la consanguinié
• La sélection génomique a commencé en 2008
• Augmentation du progrès génétique
• Raccourcissement de l’intervalle de génération
• On espérait une diminution de l’accroissement de la consanguinité (∆F)
Augmentation du ∆F :
• Holstein
• the Netherlands (Doekes et al. 2018)
• USA (Forutan et al. 2018; Makanjuola et al. 2020)
• Poland (Topolski and Jagusiak 2020)
• France (Doublet et al. 2019)
• Australia (Scott et al. 2021)
• Italy (Ablondi 2022)
• Jersey (Makanjuola et al. 2020)
• Finnish Ayrshire (Sarviaho et al. 2023)
Baisse du ∆F :
• Normande
• Doublet et al., 2019
• Montbéliarde
• Doublet et al., 2019
• Aberdeen Angus
• Lozada-Soto et al. 2021
Montbéliarde Holstein
p. 3
La diversité génétique des races bovines laitières
La consanguinité chez les races bovines laitières régionales
• Quelques spécificités
• Population plus petite
• Intensité de sélection différente
• Schémas de sélection différents
Quelle est la conséquence de la mise en place de la sélection
génomique pour les races bovines laitières régionales sur la
diversité génétique?
p. 4
La diversité génétique des races bovines laitières
Données utilisées
Races Veaux/an Nb animaux
Animaux
génotypés
Années
Abondance 25,020 807,387 16,427 2000-2020
Tarentaise 9,514 259,150 8,882 2000-2020
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La diversité génétique des races bovines laitières
Contribution des taureaux du top10 par année de naissance
Utilisation raisonnée des taureaux
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La diversité génétique des races bovines laitières
Contribution des taureaux du top10 par année de naissance
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Evolution de la consanguinité - Abondance
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2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
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2012
2013
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2015
2016
2017
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2020
∆F = 1.19
∆F = 0,99
∆F = 2.76
∆F = 0.68
∆f = 0.63
∆f = 1.07
FROH
Apparentement
Fped
Diminution du ∆F
p. 12
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0.08
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2004
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Evolution de la consanguinité - Tarentaise
∆F = 0,35
∆F = 0,93
∆F = 0,64
∆F = 0,96
∆f = 0,52
∆f = 0,36
FROH
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Fped
Légère augmentation du ∆F
p. 13
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2003
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Evolution de la consanguinité - Vosgienne
∆F = 0,53
∆F = 0,23
∆F = 0,51 ∆F = 0,09
∆f = 0,03
∆f = 0,39
FROH
Kinship
Fped
Diminution du ∆F
p. 14
La diversité génétique des races bovines laitières
Evolution du progrès génétique (ISU) - Abondance
Légère augmentation du progrès génétique après SG
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La diversité génétique des races bovines laitières
Evolution du progrès génétique (ISU) - Tarentaise
progrès génétique stable après SG
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La diversité génétique des races bovines laitières
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progrès génétique stable après SG
p. 17
La diversité génétique des races bovines laitières
Conclusion
• L’introduction de la sélection génomique a eu un impact sur :
 Le progrès génétique
 augmentation du progrès génétique en race Abondance sur la voie male
 stabilité en race Abondance sur la voie femelle
 La conduite des schémas de sélection
 Diminution de l’intervalle de génération
 Utilisation plus raisonnée des meilleurs taureaux
 Réduction de nombre de taureaux utilisés à l’échelle de la population (possibilité de tester plus de
candidats et de mieux sélectionner ceux qui auront des descendants)
• Conséquences sur la consanguinité maîtrisées
 Diminution de l’accroissement annuel de la consanguinité en races Abondance et Vosgienne
 Légère augmentation en race Tarentaise
p. 18
La diversité génétique des races bovines laitières
Perspectives
• Dépression de consanguinité: une perte de fitness ou de
performance induite par une augmentation de la consanguinité
 Qu’est ce que le fardeau génétique:
 Accumulation de mutations récessives délétères
rares
 Ces mutations ségrègent dans la population et
sont difficiles à éliminer en l’absence de
consanguinité
p. 19
La diversité génétique des races bovines laitières
Perspectives
• Objectifs : cartographier le fardeau génétique le long du génome
 Différentes méthodes décrites dans la littérature
 Des premiers résultats…
Race vosgienne – prod. laitière
p. 20
La diversité génétique des races bovines laitières
Perspectives
• Objectifs : cartographier le fardeau génétique le long du génome
 Différentes méthodes décrites dans la littérature
 Des premiers résultats…
• Comment inclure ces informations dans des modèles de prédiction génomique

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UMT_EBIS La variabilité génétique - 20240621 - 01_impact_SG_diversité_génétique.pptx

  • 1. p. 1 La diversité génétique des races bovines laitières Impact de la sélection génomique sur la diversité génétique des races bovines laitières Abondance, Tarentaise et Vosgienne. Pascal Croiseau, Stephanie Minéry et Gwendal Restoux
  • 2. p. 2 La diversité génétique des races bovines laitières Impact de la sélection génomique sur la consanguinié • La sélection génomique a commencé en 2008 • Augmentation du progrès génétique • Raccourcissement de l’intervalle de génération • On espérait une diminution de l’accroissement de la consanguinité (∆F) Augmentation du ∆F : • Holstein • the Netherlands (Doekes et al. 2018) • USA (Forutan et al. 2018; Makanjuola et al. 2020) • Poland (Topolski and Jagusiak 2020) • France (Doublet et al. 2019) • Australia (Scott et al. 2021) • Italy (Ablondi 2022) • Jersey (Makanjuola et al. 2020) • Finnish Ayrshire (Sarviaho et al. 2023) Baisse du ∆F : • Normande • Doublet et al., 2019 • Montbéliarde • Doublet et al., 2019 • Aberdeen Angus • Lozada-Soto et al. 2021 Montbéliarde Holstein
  • 3. p. 3 La diversité génétique des races bovines laitières La consanguinité chez les races bovines laitières régionales • Quelques spécificités • Population plus petite • Intensité de sélection différente • Schémas de sélection différents Quelle est la conséquence de la mise en place de la sélection génomique pour les races bovines laitières régionales sur la diversité génétique?
  • 4. p. 4 La diversité génétique des races bovines laitières Données utilisées Races Veaux/an Nb animaux Animaux génotypés Années Abondance 25,020 807,387 16,427 2000-2020 Tarentaise 9,514 259,150 8,882 2000-2020 Vosgienne 3,738 99,833 4,466 2000-2020
  • 5. p. 5 La diversité génétique des races bovines laitières Contribution des taureaux du top10 par année de naissance Utilisation raisonnée des taureaux
  • 6. p. 6 La diversité génétique des races bovines laitières Contribution des taureaux du top10 par année de naissance
  • 7. p. 7 La diversité génétique des races bovines laitières Contribution des taureaux du top10 par année de naissance
  • 8. p. 8 La diversité génétique des races bovines laitières Evolution de l’intervalle de génération
  • 9. p. 9 La diversité génétique des races bovines laitières Evolution de l’intervalle de génération
  • 10. p. 10 La diversité génétique des races bovines laitières Evolution de l’intervalle de génération
  • 11. p. 11 La diversité génétique des races bovines laitières Evolution de la consanguinité - Abondance 0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.10 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 ∆F = 1.19 ∆F = 0,99 ∆F = 2.76 ∆F = 0.68 ∆f = 0.63 ∆f = 1.07 FROH Apparentement Fped Diminution du ∆F
  • 12. p. 12 La diversité génétique des races bovines laitières 0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.10 2000 2002 2004 2006 2008 2010 2012 2014 2016 2018 2020 Evolution de la consanguinité - Tarentaise ∆F = 0,35 ∆F = 0,93 ∆F = 0,64 ∆F = 0,96 ∆f = 0,52 ∆f = 0,36 FROH Kinship Fped Légère augmentation du ∆F
  • 13. p. 13 La diversité génétique des races bovines laitières 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2020 Evolution de la consanguinité - Vosgienne ∆F = 0,53 ∆F = 0,23 ∆F = 0,51 ∆F = 0,09 ∆f = 0,03 ∆f = 0,39 FROH Kinship Fped Diminution du ∆F
  • 14. p. 14 La diversité génétique des races bovines laitières Evolution du progrès génétique (ISU) - Abondance Légère augmentation du progrès génétique après SG
  • 15. p. 15 La diversité génétique des races bovines laitières Evolution du progrès génétique (ISU) - Tarentaise progrès génétique stable après SG
  • 16. p. 16 La diversité génétique des races bovines laitières Evolution du progrès génétique (ISU) - Vosgienne progrès génétique stable après SG
  • 17. p. 17 La diversité génétique des races bovines laitières Conclusion • L’introduction de la sélection génomique a eu un impact sur :  Le progrès génétique  augmentation du progrès génétique en race Abondance sur la voie male  stabilité en race Abondance sur la voie femelle  La conduite des schémas de sélection  Diminution de l’intervalle de génération  Utilisation plus raisonnée des meilleurs taureaux  Réduction de nombre de taureaux utilisés à l’échelle de la population (possibilité de tester plus de candidats et de mieux sélectionner ceux qui auront des descendants) • Conséquences sur la consanguinité maîtrisées  Diminution de l’accroissement annuel de la consanguinité en races Abondance et Vosgienne  Légère augmentation en race Tarentaise
  • 18. p. 18 La diversité génétique des races bovines laitières Perspectives • Dépression de consanguinité: une perte de fitness ou de performance induite par une augmentation de la consanguinité  Qu’est ce que le fardeau génétique:  Accumulation de mutations récessives délétères rares  Ces mutations ségrègent dans la population et sont difficiles à éliminer en l’absence de consanguinité
  • 19. p. 19 La diversité génétique des races bovines laitières Perspectives • Objectifs : cartographier le fardeau génétique le long du génome  Différentes méthodes décrites dans la littérature  Des premiers résultats… Race vosgienne – prod. laitière
  • 20. p. 20 La diversité génétique des races bovines laitières Perspectives • Objectifs : cartographier le fardeau génétique le long du génome  Différentes méthodes décrites dans la littérature  Des premiers résultats… • Comment inclure ces informations dans des modèles de prédiction génomique