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La sélection pour la
résistance au parasitisme
dans les races ovines
laitières des Pyrénées-
Atlantiques
Jean-Michel Astruc
IDELE
Webinaire UMT STAR – 1er décembre 2023
Pourquoi s’intéresser autant aux
strongles digestifs?
• Strongles digestifs acquis uniquement au pâturage avec l’ingestion d’herbe, dotés
de grandes capacités d’adaptation
• Pertes économiques substantielles : les vers parasites entraînent de la mortalité
et des pertes de production laitière + coût des traitements
• l’écotoxicité de certains antiparasitaires : effets néfastes sur la faune non-cible,
insectes coprophages des prairies en particulier.
• Les grandes capacités d’adaptation des strongles digestifs leur ont permis de
développer des résistances aux antiparasitaires => RISQUE D’IMPASSE
THERAPEUTIQUE
=> un objectif de sélection pertinent
La sélection = 1 levier de l’approche intégrée
du parasitisme gastro-intestinal chez les ovins
Éliminer les strongles gastro-intestinaux
• Emploi raisonné des anthelminthiques
(Traitement ciblé sélectif, nouvelles cibles / molécules)
• Fourrages bio-actifs
Augmenter la résistance de l’hôte
• Vaccination, apports protéiques
• Résistance génétique
Tarir les sources
de contamination
• Gestion agronomique (pâturage)
Utiliser le contexte du DGF et les résultats de
recherche acquis
• Les OPG sont le critère communément utilisé pour mesurer la résistance.
Relativement lourd et coûteux => bélier = population cible
• Existence de schémas collectifs en France avec centres de rassemblement de
béliers dont les retenus ont un impact significatif sur la population (IA > MN).
 Définition d’un protocole d’épreuve des béliers visant à
exhiber la variabilité de la réponse sans générer des effets
néfastes sur les béliers
 Faisabilité d’une sélection pour la résistance au parasitisme
• Très forte corrélation génétique (≈ 1) entre les
résistances à différentes espèces de strongles
gastro-intestinaux.
• Très forte corrélation génétique (≈ 0,9) entre
infestations naturelles et infestations
expérimentales.
Un protocole standardisé de phénotypage
J-15
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Protocole d’infestation expérimentale
avec Haemonchus contortus
J0
Infestation 1
HT1début ΔHT1
J30
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HT1fin
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J45
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HT2début ΔHT2
J75
OPG2
HT2fin
T3
Primo-
infestation
Seconde
infestation
Traitements
Infestations (doses de L3 à adapter à la race et l’âge)
Mesures de l’excrétion d’œufs dans les matières fécales : OPG
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le parasite (Haemonchus
contortus), élevés dans les
mêmes conditions et d'âge
identique
Objectif : exprimer les différences entre les béliers
sans perturber les béliers (âge béliers, dose larves, etc)
CDEO / OS ROLP - 12 séries de phénotypage
en Manech tête rousse en 15 ans depuis 2008
0
50
100
150
200
250
2008 2009 2011 2013 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021 2022
Âge des béliers par campagne d’infestation - MTR
1 an 2 ans 3 ans 4 ans 5 ans+
0
20
40
60
80
100
120
140
160
2008
2009
2011
2013
2015
2016
2017
2018
2019
2020
2021
2022
Âge des béliers par campagne
d’infestation - BB
1 an 2 ans 3 ans 4 ans 5 ans+
Avec la SG : phénotypage à 2-3 ans => 1 an
Des caractères héritables
(OPG > variation d’HT)
0
0,05
0,1
0,15
0,2
0,25
0,3
0,35
0,4
OPG
infestation 1
OPG
infestation 2
variation HT 1variation HT 2 LAIT CELLULES
Estimation héritabilité en MANECH TETE ROUSSE et BASCO-
BEARNAISE
HT hématocrite
OPG œufs / gramme
Un déterminisme
essentiellement
polygénique
« De manière générale,
aucun gène à effet
majeur n’a pu être
identifié dans toutes ces
études. »
« De nombreuses zones du
génome (QTL) associées à la
résistance, identifiées dans plus
de 20 régions chromosomiques
dans différentes races ovines »
Corrélations entre caractères de résistance /
résilience parasitisme
0 0,2 0,4 0,6 0,8 1
OPG2 x HT1
OPG1 x HT2
OPG1 x HT1
OPG2 x HT2
HT1 x HT2
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Corrélations génétiques entre caractères de RESISTANCE et
RESILIENCE en Manech tête rousse
 Les animaux les plus résistants sont aussi les plus résilients
 Les animaux les plus résistants et les plus résilients à la 1ère
infestation le sont aussi à la 2ème.
Non estimable
Évaluation génétique de la résistance au
parasitisme dans les ROLP
o Jusqu’en 2022 (depuis 2017) : évaluation génétique polygénique
(fondée sur phénotypes et pedigree).
o Depuis 2023 : évaluation génomique => permet d’inclure la
résistance au parasitisme dans l’étape principale de sélection des
jeunes agneaux
o Index diffusés:
• OPG1 et OPG2
• ΔHT1 et ΔHT2
• Synthèse OPG = ¼ OPG1 + ¾ OPG2
• Synthèse HT = ½ (ΔHT1 + ΔHT2)
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Question
majeure : quel
critère pour
quel objectif de
sélection ?
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0
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20
30
40
50
60
70
0 10 20 30 40 50 60 70 80
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Béliers 2023
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Béliers 2023
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perf + génom
On peut
sélectionner des
béliers avant
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les plus détériorateurs
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• Nouveauté 2023 indexation
génomique
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Le temps des questions : la résistance des béliers mesurés et
sélectionnés en centre se transmet-elle aux filles en ferme?
HT hématocrite
OPG œufs / gramme
Source : Aguerre
et al, 2018
 Oui, La résistance d’un bélier se
transmet à ses filles en ferme au
pâturage (race MTR)
o Les filles issues de pères résistants
excrètent en moyenne 2 fois moins
d’œufs que les filles des béliers
sensibles,
o La proportion de filles avec des
intensités d’excrétion faibles est plus
importante chez les filles issues de
béliers résistants que chez les filles
issues de béliers sensibles.
OPG 178 brebis nées de
béliers sensibles
OPG 222 brebis nées de
béliers résistants
OPG
OPG
Nb
de
brebis
Nb
de
brebis
Faibles corrélations entre résistance (OPG) et
caractères sélectionnés
Des corrélations génétiques
plutôt faibles => La sélection de
la résistance au parasitisme ne
constituera pas un prix trop
lourd à payer
Des corrélations génétiques
moins faibles en BB qu’en MTR.
Traduit la
résistance
de l’ovin
-0,03
0,1
-0,19
-0,12
0,04
0,04
-0,5
-0,3
-0,6 -0,5 -0,4 -0,3 -0,2 -0,1 0 0,1 0,2
LAIT
TB
TP
CELLULES
ANGLE TRAYON
PROF MAM
LAIT x TP
LAIT x Plancher-Jarret
Corrélations génétiques entre OPG2 et caractères en
sélection en Manech tête rousse
Faibles corrélations entre résilience (ΔHT) et
caractères sélectionnés
Des corrélations génétiques plutôt
faibles => La sélection de la
résistance au parasitisme ne
constituera pas un prix trop lourd à
payer
Des corrélations génétiques bien
moins faibles (ou pas estimées) en
BB qu’en MTR.
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qu’en MTR (1664)
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résilience
de l’ovin
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-0,5
-0,3
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LAIT
TB
TP
CELLULES
ANGLE TRAYON
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LAIT x TP
LAIT x Plancher-Jarret
Corrélations génétiques entre ΔHT2 et caractères en
sélection en Manech tête rousse
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-400 -200 0 200 400 600 800 1000 1200
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Demain : un gain collectif à l’échelle de la
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 La résistance au parasitisme doit être intégrée dans le
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 La pondération entre caractères de production, caractères
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l’objet d’un choix de compromis de l’Organisme de
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Enseignements et perspectives
 La résistance au parasitisme : une expérience concrète de réussite d’un
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 Quid des autres races laitières ? Il est vraisemblable que la race Lacaune
lait s’engage le processus de sélection.
 L’implantation CDEO de la plateforme PHENOPASTO
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 La résistance au parasitisme peut être un argument vertueux pour le
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La sélection pour la
résistance au parasitisme
dans les races ovines
laitières des Pyrénées-
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Jean-Michel Astruc (IDELE)
Webinaire UMT STAR – 9 novembre 2023

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  • 1. La sélection pour la résistance au parasitisme dans les races ovines laitières des Pyrénées- Atlantiques Jean-Michel Astruc IDELE Webinaire UMT STAR – 1er décembre 2023
  • 2. Pourquoi s’intéresser autant aux strongles digestifs? • Strongles digestifs acquis uniquement au pâturage avec l’ingestion d’herbe, dotés de grandes capacités d’adaptation • Pertes économiques substantielles : les vers parasites entraînent de la mortalité et des pertes de production laitière + coût des traitements • l’écotoxicité de certains antiparasitaires : effets néfastes sur la faune non-cible, insectes coprophages des prairies en particulier. • Les grandes capacités d’adaptation des strongles digestifs leur ont permis de développer des résistances aux antiparasitaires => RISQUE D’IMPASSE THERAPEUTIQUE => un objectif de sélection pertinent
  • 3. La sélection = 1 levier de l’approche intégrée du parasitisme gastro-intestinal chez les ovins Éliminer les strongles gastro-intestinaux • Emploi raisonné des anthelminthiques (Traitement ciblé sélectif, nouvelles cibles / molécules) • Fourrages bio-actifs Augmenter la résistance de l’hôte • Vaccination, apports protéiques • Résistance génétique Tarir les sources de contamination • Gestion agronomique (pâturage)
  • 4. Utiliser le contexte du DGF et les résultats de recherche acquis • Les OPG sont le critère communément utilisé pour mesurer la résistance. Relativement lourd et coûteux => bélier = population cible • Existence de schémas collectifs en France avec centres de rassemblement de béliers dont les retenus ont un impact significatif sur la population (IA > MN).  Définition d’un protocole d’épreuve des béliers visant à exhiber la variabilité de la réponse sans générer des effets néfastes sur les béliers  Faisabilité d’une sélection pour la résistance au parasitisme • Très forte corrélation génétique (≈ 1) entre les résistances à différentes espèces de strongles gastro-intestinaux. • Très forte corrélation génétique (≈ 0,9) entre infestations naturelles et infestations expérimentales.
  • 5. Un protocole standardisé de phénotypage J-15 T1 Protocole d’infestation expérimentale avec Haemonchus contortus J0 Infestation 1 HT1début ΔHT1 J30 OPG1 HT1fin T2 J45 Infestation 2 HT2début ΔHT2 J75 OPG2 HT2fin T3 Primo- infestation Seconde infestation Traitements Infestations (doses de L3 à adapter à la race et l’âge) Mesures de l’excrétion d’œufs dans les matières fécales : OPG Mesures de l’hématocrite : HT Mâles n’ayant jamais connu le parasite (Haemonchus contortus), élevés dans les mêmes conditions et d'âge identique Objectif : exprimer les différences entre les béliers sans perturber les béliers (âge béliers, dose larves, etc)
  • 6. CDEO / OS ROLP - 12 séries de phénotypage en Manech tête rousse en 15 ans depuis 2008 0 50 100 150 200 250 2008 2009 2011 2013 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021 2022 Âge des béliers par campagne d’infestation - MTR 1 an 2 ans 3 ans 4 ans 5 ans+ 0 20 40 60 80 100 120 140 160 2008 2009 2011 2013 2015 2016 2017 2018 2019 2020 2021 2022 Âge des béliers par campagne d’infestation - BB 1 an 2 ans 3 ans 4 ans 5 ans+ Avec la SG : phénotypage à 2-3 ans => 1 an
  • 7. Des caractères héritables (OPG > variation d’HT) 0 0,05 0,1 0,15 0,2 0,25 0,3 0,35 0,4 OPG infestation 1 OPG infestation 2 variation HT 1variation HT 2 LAIT CELLULES Estimation héritabilité en MANECH TETE ROUSSE et BASCO- BEARNAISE HT hématocrite OPG œufs / gramme Un déterminisme essentiellement polygénique « De manière générale, aucun gène à effet majeur n’a pu être identifié dans toutes ces études. » « De nombreuses zones du génome (QTL) associées à la résistance, identifiées dans plus de 20 régions chromosomiques dans différentes races ovines »
  • 8. Corrélations entre caractères de résistance / résilience parasitisme 0 0,2 0,4 0,6 0,8 1 OPG2 x HT1 OPG1 x HT2 OPG1 x HT1 OPG2 x HT2 HT1 x HT2 OPG1 x OPG2 Corrélations génétiques entre caractères de RESISTANCE et RESILIENCE en Manech tête rousse  Les animaux les plus résistants sont aussi les plus résilients  Les animaux les plus résistants et les plus résilients à la 1ère infestation le sont aussi à la 2ème. Non estimable
  • 9. Évaluation génétique de la résistance au parasitisme dans les ROLP o Jusqu’en 2022 (depuis 2017) : évaluation génétique polygénique (fondée sur phénotypes et pedigree). o Depuis 2023 : évaluation génomique => permet d’inclure la résistance au parasitisme dans l’étape principale de sélection des jeunes agneaux o Index diffusés: • OPG1 et OPG2 • ΔHT1 et ΔHT2 • Synthèse OPG = ¼ OPG1 + ¾ OPG2 • Synthèse HT = ½ (ΔHT1 + ΔHT2) • Synthèse parasitisme = ¾ synthèse OPG + ¼ synthèse HT Question majeure : quel critère pour quel objectif de sélection ?
  • 10. Intérêt d’un index génomique : CD & précision 0 10 20 30 40 50 60 70 0 10 20 30 40 50 60 70 80 CD ΔHT2 CD OPG2 Béliers 2023 ascendance Béliers 2023 génomique Béliers 2022 perf + génom On peut sélectionner des béliers avant phénotypage
  • 11. Quelle utilisation des index ? Utilisation orientée • Cas de résistance aux AH • Béliers résistants Élimination des béliers les plus détériorateurs • faible pression de sélection Utilisation en R&D (lignées divergentes de béliers / mesurer l’impact en élevage) Un travail et des bénéfices collectifs Une diffusion à tous les éleveurs (IA>MN) Choix des jeunes béliers futurs reproducteurs • Nouveauté 2023 indexation génomique • Faire progresser la population
  • 12. Le temps des questions : la résistance des béliers mesurés et sélectionnés en centre se transmet-elle aux filles en ferme? HT hématocrite OPG œufs / gramme Source : Aguerre et al, 2018  Oui, La résistance d’un bélier se transmet à ses filles en ferme au pâturage (race MTR) o Les filles issues de pères résistants excrètent en moyenne 2 fois moins d’œufs que les filles des béliers sensibles, o La proportion de filles avec des intensités d’excrétion faibles est plus importante chez les filles issues de béliers résistants que chez les filles issues de béliers sensibles. OPG 178 brebis nées de béliers sensibles OPG 222 brebis nées de béliers résistants OPG OPG Nb de brebis Nb de brebis
  • 13. Faibles corrélations entre résistance (OPG) et caractères sélectionnés Des corrélations génétiques plutôt faibles => La sélection de la résistance au parasitisme ne constituera pas un prix trop lourd à payer Des corrélations génétiques moins faibles en BB qu’en MTR. Traduit la résistance de l’ovin -0,03 0,1 -0,19 -0,12 0,04 0,04 -0,5 -0,3 -0,6 -0,5 -0,4 -0,3 -0,2 -0,1 0 0,1 0,2 LAIT TB TP CELLULES ANGLE TRAYON PROF MAM LAIT x TP LAIT x Plancher-Jarret Corrélations génétiques entre OPG2 et caractères en sélection en Manech tête rousse
  • 14. Faibles corrélations entre résilience (ΔHT) et caractères sélectionnés Des corrélations génétiques plutôt faibles => La sélection de la résistance au parasitisme ne constituera pas un prix trop lourd à payer Des corrélations génétiques bien moins faibles (ou pas estimées) en BB qu’en MTR. Effectifs plus faibles en BB (448) qu’en MTR (1664) Traduit la résilience de l’ovin -0,07 0,1 -0,02 -0,09 0,22 0,11 -0,5 -0,3 -0,6 -0,5 -0,4 -0,3 -0,2 -0,1 0 0,1 0,2 0,3 LAIT TB TP CELLULES ANGLE TRAYON PROF MAM LAIT x TP LAIT x Plancher-Jarret Corrélations génétiques entre ΔHT2 et caractères en sélection en Manech tête rousse
  • 15. Pas de corrélation entre index parasitisme et index de synthèse ISOL • Corrélations entre index de synthèse parasitisme et index ISOL y = 0,0001x + 0,0231 -1,5 -1 -0,5 0 0,5 1 1,5 -400 -200 0 200 400 600 800 1000 1200 Index PARASITISME Index ISOL 663 agneaux MTR « 2023 » Corrélation 0.04 non significative
  • 16. Demain : un gain collectif à l’échelle de la population  La résistance au parasitisme doit être intégrée dans le critère de sélection composite pour le choix des béliers.  La pondération entre caractères de production, caractères de la sphère mammaire et résistance au parasitisme fera l’objet d’un choix de compromis de l’Organisme de Sélection.  Vers un objectif de sélection plus équilibré.  Des résultats attendus sur le moyen / long terme => la lutte « intégrée » est d’autant plus importante. • ISOL + k x PARASITISME à utiliser dès le choix des agneaux 2024
  • 17. Enseignements et perspectives  La résistance au parasitisme : une expérience concrète de réussite d’un travail collectif o R&D (vétérinaires, généticiens)  OS/ES o OS/ES  éleveurs  Quid des autres races laitières ? Il est vraisemblable que la race Lacaune lait s’engage le processus de sélection.  L’implantation CDEO de la plateforme PHENOPASTO (CDEO/FEDATEST/CIIRPO, pour des ovins tournés vers la transition agroécologique) propose un service de fourniture de larves et de phénotypage de la résistance au parasitisme.  La résistance au parasitisme peut être un argument vertueux pour le soutien à la sélection des petits ruminants
  • 18. La sélection pour la résistance au parasitisme dans les races ovines laitières des Pyrénées- Atlantiques Jean-Michel Astruc (IDELE) Webinaire UMT STAR – 9 novembre 2023