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検索式作成WS
2016/12/25
尼崎総合医療センター Hospital Care
Research Unit
片岡裕貴 辻本啓
京都大学大学院 辻本康
自己紹介
2
世界初
病院職員を対象とした
連続ワークショップ
3
4
What
is
known
ベストのエビデンス
・最適な臨床決断には入手可能な最適なエビデンス、
理想的には系統的レビューのエビデンスを必要とす
る
・EBMは、エビデンスが信頼できるものかどうか、
すなわち、診断検査、患者の予後、治療選択肢につ
いてどれほど確信をおけるものかを提供する。
・エビデンスだけでは臨床決断をするのに決して十
分ではない
5
G Guyatt 2015
6
What is not
known
ステップ2 先人に学ぶ
7
SRの計画書作成WSをいろんな病院でやっています
8
SR&MAの全体像
9
構造化された疑問 探して選ぶ漠然とした疑問
評価する発表 まとめる
第一回 第二,三回
第四回第五-七回第八回
SR&MAの全体像:
10
構造化された疑問
系統的な検索
・データベースの選択
・検索式の作成
・文献の選択基準
・事前登録
漠然とした疑問
選択文献を対象とした
批判的吟味
・事前に規定した
評価基準(Risk of bias)
発表
結果の統合とまとめ
(=meta-analysis)
第一回 第二,三回
第四回第五-七回第八回
探して選ぶために
CQに基いて
・データベースを選ぶ
・検索式を作る(MEDLINE→他のもの)
・選択基準に基いて選ぶ
11
今回はガイドラインの方針として
・データベースを選ぶ(MEDLINEと医中誌)
・検索式を作る(MEDLINE→他のもの)
・選択基準に基いて選ぶ
12
今日やること
・データベースを選ぶ(MEDLINEと医中誌)
・検索式を作る(MEDLINE→他のもの)
・選択基準に基いて選ぶ
13
別の絵として示すと
データベースから出てきた論文
PubMedから
CENTRALから
Science Citation Indexから
医中誌から
重複を除く
タイトルとアブストラクトで抽出
本文も込みで抽出
該当論文
除外理由
=PRISMAフローチャートと
呼びます
そのために
以下のやり方について説明、実施できる
・目標検索数を決める
・MeSHの確認
・先行レビューの検索式を参照
・フリーワードを探す、選ぶ
・pearl growing
・検索結果の調整
・RayyanとMEDLINEとMendeleyの連携
15
環境の確認
PCの動作
電源
WiFi
16
復習:統制語とは?
検索可能な各論文に人力で付与されている
キーワード
階層性があるので、その上位、下位のどこ
まで検索するかを規定することができる
17
18
レクチャー
系統的検索と発見的検索
QUIZ:以下のうち正しい記載はどれでしょうか?
・系統的検索の目指すのは網羅的な検索
・PubMedとMEDLINEは同じものである
・統制語を用いた検索では、文字列が一致
したもののみを検索する
・系統的検索に用いる検索式にアウトカム
は入れない
19
検索についてどの程度知っていますか?
20
???
普段の検索
明日の東京の天気は?
21
発見的検索と系統的検索
発見的検索 系統的検索
日常の検索 向く 不向き
目的 適当な情報を一本釣りする 全体像を把握する
問に対する答え 1つあれば十分
他に何があるか、は問題ではない
該当するものすべてが必要
やり方 より答えの出る確率の高い
検索ワードを選ぶ
該当するものの一部だけを見て
選ぶ
?
記録 残らない 必ず残す
(検索日、データベース
検索ワード)
22
諏訪, 2013
系統的検索のもっともよい方法?
23
系統的検索のもっともよい方法
24
諏訪, 2013
全部読む
流石にそれは無理なので
検索システムにお願い!
25
諏訪,山下, 2015
だけ抽出
検索システムごとの差
命令そのまま
• Cochrane Library
• PubMed(Advanced)
• Ovid Medline
• 医中誌
裏でいろいろと気を回してくれる
• PubMed
• Google Scholar
26
検索システムごとの差
命令そのまま
• Cochrane Library
• PubMed(Advanced)
• Ovid Medline
• 医中誌
裏でいろいろと気を回してくれる
• PubMed
• Google Scholar
27
データベース
医学分野では
28
http://onlinelibrary.wiley.com/cochraneli
brary/search?searchRow.searchOptions.s
earchProducts=clinicalTrialsDoi
http://login.jamas.or.jp/
http://www.embase.com/login
参考) http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_1_3_medline_and_embase.htm
検索システム
29
http://onlinelibrary.wiley.com/cochraneli
brary/search?searchRow.searchOptions.s
earchProducts=clinicalTrialsDoi
http://login.jamas.or.jp/
http://www.embase.com/login
参考) http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_1_3_medline_and_embase.htm
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/advanced
http://ovidsp.tx.ovid.com
臨床試験登録データベースとは?
出版バイアス=ポジティブな結果が報告されやすい
試験開始前から試験を登録し結果を公開する義務を与える
例)UMIN-CTR
ClinicalTrials.gov
ICTRP
30
http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_3_unpublished_and_ongoing_studies.htm
http://www.umin.ac.jp/ctr/index-j.htm
https://clinicaltrials.gov/
http://www.who.int/ictrp/en/
介入のレビューを行う場合、最低限以下を含むこと
・原著の検索
MEDLINE
EMBASE
CENTRAL
・臨床試験登録の検索
ClinicalTrials.gov
ICTRP
31
※他のデータベースを組み合わせるかどうかは、RQの種類による
網羅的な検索式をつくる
32
問題提示
糖尿病の医療費は1兆2088億円
33
インドア派:トジルDr.
自宅で文献検索
漠然とした疑問
トジルDr.の漠然とした疑問
34
糖尿病の患者さんに対して、胃
の病気ではないのに胃を切除す
る手術(減量手術)を行ってい
るときいた。そんな蛮行ゆるさ
れるのか・・・
かえって死をはやめるのでは?
現存するエビデンスを調べたい。
先輩の意見
都合の良い文献だけをpick up
して紹介して、エビデンスが有
ると主張してもダメです。
やっていることはセールスマン
とかわらないですね。
フェアーな臨床的判断をするた
めには、現存するすべての関連
する研究をまとめたのちに、判
断する必要が有ります。
また、その判断に至ったまでの
過程を見える化する必要があり
ます。
35
構造化された疑問
P: 糖尿病患者
I: 減量手術
C: 手術しない
O: 死亡
36
→このPICOについて簡単な
検索式を用いて調べたい
PICOをそのままPubMed検索式に
#1 diabetes
#2 gastrectomy
#3 death OR mortality
#1 AND #2 AND #3
→ 0件
2016/4/3 実施
検索のポイント
A AND B
A OR B
A NOT B
38
A
A
A
B
B
B
検索のポイント
各種検索ツールで検索しているのは
いわゆる 抄録 だけ!
(基本的に本文は検索していない)
39
タイトル
著者情報
雑誌情報
アブストラクト
統制語
検索のポイント
検索の”網羅性と適合率”
網羅性: 関連のある研究をできるだけ拾う
適合率: 関連のない研究をできるだけ拾わない
40
検索のポイント 構造化からの検索式
※治療・介入に関するreviewの場合
Patients #1 健康状態を示す用語
Intervention #2 介入を表す用語
http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_4_2_structure_of_a_search_strategy.htm
※アウトカムに関連する用語は入れない!
検索のポイント
統制語(controlled indexing terms)を使う
データベース毎に固有のものがある
例:MeSH (MEDLINE), EMTREE (EMBASE)
“gastric resection”や”partial gastrectomy”の
MeSHは”gastrectomy”
注意点:そのMeSH wordがいつ作られたかもチェック
42
MeSHを知ろう!
Medical Subject Headings
MEDLINEで検索可能な各論文に人力で付与
されているキーワード
階層性があるので、その上位、下位のどこ
まで検索するかを規定することができる
※Cochrane LibraryではMEDLINEのMeSHがそのまま統
制語として流用されている(ややこしい)
43
PubMedのアブストからだと(新しいものにはついていない)
44
こんな感じで
45
46
47
48
類似語
上位概念 下位概念
Meshの検索画面へ
49
まずはPに関する言葉を入れる
50
結果からぴったりなものを探して選択
51
上位?下位?
52
MeSHの解説を読む
Diabetes Mellitus, Type 2
Year introduced: 2005 (1984)
Previous Indexing:
Diabetes Mellitus (1966-1983)
53
54
クリック1
クリック2
[Mesh]がMeSHを検索しろ、という命令です
55
クリック2
56
一方でOvidだと
57
2016/11/22実施
58
クリック
数まで分かる!
59
クリックで
式まですぐ行けます!
60
検索のポイント3
キーワードも加える
MeSHをつけているのは必ずしもその分野の
専門ではない司書さんです
また、つけるまでに一定のタイムラグ(半
年くらい)があります
なので、追加で関連しそうなキーワードも
orで検索しておきましょう
61
再出:PICOを検索式に
#1 AND #2 AND #3
→ 0件
2016/4/3 実施
P: 糖尿病患者 #1 diabetes
I: 減量手術 #2 gastrectomy
C: 手術しない
O: 死亡 #3 death AND mortality
どこがマズイか分かりますか?
PICOを検索式に
#1 AND #2 AND #3
→ 0件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 #1 diabetes
I: 減量手術 #2 gastrectomy
C: 手術しない
O: 死亡 #3 death OR mortality
ポイント 構造化からの検索式
アウトカムは検索ワードに入れない!
再出:PICOを検索式に
#1 AND #2 AND #3
→ 0件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 #1 diabetes
I: 減量手術 #2 gastrectomy
C: 手術しない
O: 死亡 #3 death OR mortality
ポイント 統制語
統制語を使っていない!
再出:PICOを検索式に
#1 AND #2 AND #3
→ 0件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 #1 diabetes
I: 減量手術 #2 gastrectomy
C: 手術しない
O: 死亡 #3 death OR mortality
ポイント 網羅性
ポイント キーワードをORで加える
目標とする数(数字はエキスパートオピニオンです)
検索結果をどこまで広げるか、どこまで狭めるか、
については自分達がレビューできる数から決める。
• 実際の臨床ですぐ使う:100以下
• 医師が研究のために調べる:1000くらい
• 系統的レビュー・ガイドラインとして
:2-3000あるいはそれ以上10000くらいまで?
66
QUIZ:以下のうち正しい記載はどれでしょうか?
・系統的検索の目指すのは網羅的な検索
・PubMedとMEDLINEは同じものである
・統制語を用いた検索では、文字列が一致
したもののみを検索する
・系統的検索に用いる検索式にアウトカム
は入れない
67
QUIZ:以下のうち正しい記載はどれでしょうか?
○系統的検索の目指すのは網羅的な検索
X PubMedとMEDLINEは同じものである
X 統制語を用いた検索では、文字列が一致
したもののみを検索する
○系統的検索に用いる検索式にアウトカム
は入れない
68
以下のやり方について説明、実施できる
・目標検索数を決める
・MeSHの確認
・先行レビューの検索式を参照
・フリーワードを探す、選ぶ
・pearl growing
・検索結果の調整
69
私がより遠くまで見渡せたとすれば、それ
は巨人の肩の上に乗ることによってです。
70
参照すべきもの
・
・原著の確認に
国内外の(診療)ガイドライン
・先行SR(玉石混交)
71
PとIに関連するガイドラインの探し方 (優先順)
1. 疾患名+guidelineでググる
2. UpToDateやDynaMed参照
3. PとIに関連するメジャーな学会Web pageを探す
4. 上司に聞く
5. Mindsの医療提供者向け診療ガイドライン・カテゴ
リー別を参照し、日本語診療ガイドラインをみつけ、”
はじめに”や引用文献一覧を探す
https://minds.jcqhc.or.jp/n/medical_user_main.p
hp
72
コクランレビューを探す時
73
Advanced searchで
74
調べたいP
良さそうな
統制語を選ぶ
クリック
75
先人に学ぶ
76
Ctrl+F
Command+F
でMEDLINEと入れて検索
知らない記号がたくさん $?
77
PubMedとOvid Medlineの違い
PubMedは使える機能がすこし減る
>Ovidが使える人は断然Ovid
使えない場合は、PubMed advanced
78
[参考] PubMedとOvid Medline、EBSCO Medlineについて
79
同じデータベース
(MEDLINEを検索している)
→ほとんど同じと考えてください
PubMedの欠点:
1. 検索に使える演算子が少ない
複雑なfree word検索が必要な場合は検索の難易度が上がる
or ノイズが増える
2. 検索結果のダウンロードが面倒(件数上限があり、前半/
後半など、分けてダウンロードをしないといけない)
MEDLINE PubMedでの注意
1. 近接演算子はつかえない
2. ワイルドカードは使えない
3. 前方一致は*のみ(400パターンまで許容)
4. サーチタグが無いとAutomatic Term
Mappingが作動
5. “and”や”or”などは必ず大文字で使用
80
Automatic Term Mappingとは
free word(=統制語でない言葉)をそのままPubMed
で入れると生じる便利な機能(系統的レビューの
本番の検索では邪魔)
語尾に[tiab]や[mh]などのサーチタグを
つけることでoffできる
※また、フレーズ検索は””で囲わないとこ
の機能でバラバラにされて検索される
81
Automatic Term Mappingとは
82
裏でいろいろ”おせっかい”されている!
83
PubMedで使えるゆらぎの演算子
前方一致 語尾に“*”をつける
例:
disease*=disease, diseases などが検索対象
84
参考:(PubMedで使えない)ゆらぎの演算子
前方一致 $, $n (=n文字目までの制限でゆらぎを許容)
ワイルドカード #, ?(#は何かwordが必ず入るが、?はなくてもOK)
例:
disease$=disease, diseases など
dog$2= dog, dogs (≠doghouse)
wom#n= woman, women
colo?r= color, colour
85
参考:(PubMedで使えない)MEDLINE Ovidの位置演算子
近接演算子:ADJ もしくは スペース=その語順で近接している語をhit
近接演算子:ADJn=語順不同でn語以内に近接しているものをhit
例:blood pressure = blood adj pressure
例:continuous adj2 dialysis =continuous peritoneal
dialysis, continuous venoveous dialysis etc.
86
ストップワード
出現頻度の高い一般的な語(例:the, or, of な
ど)は、ノイズを低減するため、検索対象から
除外されることがあります。
それらの語をストップワードと呼びます。
※仕様が結構変わるらしいので、ストップワードであることが
分からなかったら試しに検索してみましょう
(参考) PubMedストップワード一覧
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/table/pub
medhelp.T.stopwords/
87
MEDLINE® 2016 Database Guide
Ovidの検索式の“.tw.”って?
フリーワードでタイトルを検索してくれる
サーチタグのこと
先行研究の検索語がこれなら
PubMed用には [tiab]に変更
例
diabetes.tw.
>diabetes[tiab]へ変更
88
“/” スラッシュや”exp ~~/”など
スラッシュで統制語を示します
PubMedなら[mh]に変更
例
exp diabetes/
>diabetes [mh]へ変更
注意! exp ~~/はMeSH treeの下位概念もまと
めて検索しているがPubMedでも[mh]のみで
automatic explosionによって同じように検索
されている
89
用語の説明1:フィルターとは?
検索で研究デザインを指定する式のこと
→Cochrane reviewなどの系統的レビュー
で使われるものには、RCT用があります
他は系統的レビューでは普通は使いませ
ん!
90
用語の説明1:フィルター
最終的な検索式のイメージ
#1 Pを検索するブロック
#2 Iを検索するブロック
#3 RCTフィルター
#4 #1 AND #2 AND #3
91
用語の説明2:variant spellingsとは?
“tumour”と”tumor”
“hematoma”と”Haematoma”など
PubMedではワイルドカードが使えないた
め、想定されるものがあれば free wordと
して[tiab]をつけてOR で加える
92
質問?
93
14:40まで
休み時間
94
それでは、みなさんもやってみましょう
・グループで一つのPICOに
・ワークシートに基づき、
グループPICOに対する検索式を作成
・P、Iを検索するブロック
統制語[mh] OR フリーワード[tiab]
Exp 統制語/ or フリーワード.tw.
95
15:10まで
シェア
15:20まで
96
そのために
以下のやり方について説明、実施できる
・目標検索数を決める
・MeSHの確認
・先行レビューの検索式を参照
・フリーワードを探す、選ぶ
・pearl growing
・検索結果の調整
・RayyanとMEDLINEとMendeleyの連携
97
関連するフリーワードも調べてみたい
http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi
98
あとは
先行研究を眺めて考える
99
より良い検索式のために:Pearl growing
既知の文献が検索式にひっかかるか確認
#1 既にある検索式
AND
#2 XXX[PMID]
これで検索結果が1となればOK
ならなければ、式の網羅性を上げる
ブラッシュアップ
100
そのために
引用検索
101
引用検索といっても3種類あります!
1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連
する記述に関する参考文献を見つける
(=二次文献のリファレンスチェック)
2. 見つかった参考文献を”引用している文
献”をGoogle scholarを用いて行います
(=被引用検索)
3. 最終スクリーニングで組み入れになった
文献の参考文献を見つける (=組み入れ
文献のリファレンスチェック)
102
今回取り扱うのは上の2種類!
1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連
する記述に関する参考文献を見つける
(=二次文献のリファレンスチェック)
2. 見つかった参考文献を”引用している文
献”をGoogle scholarを用いて行います
(=被引用検索)
3. 最終スクリーニングで組み入れになった
文献の参考文献を見つける (=組み入れ
文献のリファレンスチェック)
103
こちらはさっきやりました!
1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連
する記述に関する参考文献を見つける
(=二次文献のリファレンスチェック)
104
今からは被引用検索を説明します
1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連
する記述に関する参考文献を見つける
(=二次文献のリファレンスチェック)
2. 見つかった参考文献を”引用している文
献”をGoogle scholarを用いて行います
(=被引用検索/逆引き)
3. 最終スクリーニングで組み入れになった
文献の参考文献を見つける (=組み入れ
文献のリファレンスチェック)
105
Google Scholarを用いた被引用検索の方法
106
注意!Web of Scienceの方がこの機能は優れていますが、今回はfreeで使えること
からGoogle Scholarを使用しています。使える人はWeb of Scienceでも良いです。
Google Scholarを用いた被引用検索の方法
107
219の文献から引用されていました (数は毎回変わることあり)
108
文献リストをざっと見て、今回のPICOにばっちり当てはまる臨床研究を簡単にリスト化
109
文献リストをざっと見て、今回のPICOにばっちり当てはまる臨床研究を簡単にリスト化
110
見つかった文献リストの文献が、みなさんが作った検索式の結果から抜けて無いか確認
(抜けてたら改良する)
111
検索式から抜けていた!
112
抜けていた時はその文献をみてみる
113
抜けていた時はその文献をみてみる
114
検索したMeSHが付与されてなかった!
115
Free wordを追加したらヒットしました!
116
そのために
以下のやり方について説明、実施できる
・目標検索数を決める
・MeSHの確認
・先行レビューの検索式を参照
・フリーワードを探す、選ぶ
・pearl growing
・RayyanとMEDLINEとMendeleyの連携
117
質問?
118
それでは、みなさんもやってみましょう
・該当文献に対する引用検索
・それが作った式に当てはまるか確認
・微調整
119
16:00まで
シェア
16:10まで
120
16:20まで
休み時間
121
そのために
以下のやり方について説明、実施できる
・目標検索数を決める
・MeSHの確認
・先行レビューの検索式を参照
・フリーワードを探す、選ぶ
・pearl growing
・RayyanとMEDLINEとMendeleyの連携
122
PubMed検索結果から
Send toをクリック→File→Fromat XML
でダウンロード(直接Rayyanへのインポート
可能)
123
他のデータベース検索の検索結果と合わせる場合
124
ここをクリックして
Testフォルダを作る
名前はデータベース名+日付!
さっきのxmlは直接インポートできないので
一度、Rayyanにインポートして、
risでエクスポートすればOK!
(やり方は後述)
125
xml ris
Ovidの場合
126
ここを機関のmaxに クリック
127
RIS
フルレコード
クリック
あとは
128
次の数字
移動クリック
エクスポート
クリック
129
ファイルをドラッグすると
こんな風に書誌情報が並ぶ
右クリックからSelect All
130
全部選択した状態で
131
.risにして保存する
132
Rayyanにもどります
133
Titleは適当に
Select fileからさっきのrisを
アップロード
134
インポート後に別のcitationを加えたかっ
たら
↓左にあるここから
135
注意:
サーバーでの処理に少し時間がかかるので
アップロードしてもすぐにリストが出てこ
ないことがあります
136
仲間を増やそう
137
クリック
メンバーのメアドを入れて
Invite
つづいて
138
クリック
選択基準は?
Minds
3-4 クリニカルクエスチョンの設定
ただし、
これには研究デザインが含まれていない!?
139
通常は介入のレビューなら
・Pの定義
・Iの定義
・研究デザイン
・言語、出版の状態
の4つの条件で選択します
140
あとはキーボードで
組み入れ “I” を1回
除外 “E” を2回
“↑↓”で、文献を移動
141
Abstractとtitleだけを見て、どんどんexcludeしていく
注意:
Full textを取り寄せる文献を減らすことが目的
迷ったら組み入れる
142
よりやりやすく
143
加えると青字でハイライト
加えると赤字でハイライト
最後に
144
クリック
こんな感じでタイトル&アブストラクトのレビュー終了です
145
※重要 最初は50本程度でレビューをしてみて、
ある程度合致する基準になっているかを確認すること!
合致しないようなら、CQ班に基準がおかしい、とフィードバックし修正
Exportのやり方
146
クリック
件数があっていることを
確認
147
クリック
148
クリック
クリック
Mendeleyを使う場合は、
BibTexを選ぶ
149
クリック
Excelで二次抽出をやるために
こちらもエクスポートしておく
Exportのやり方
150
クリック:Conflictは
full textレビューをやるので、
こちらもエクスポート
あとは
メールのリンク先からダウンロードすれば
Citation managerにインポートできます。
151
これ
フルテキストレビューのとき
Minds 4-3_二次スクリーニング後の一覧表
さっきエクスポートしたcsvのデータと
合わせて使いましょう
それぞれの項目をフルテキストから抜書き
→除外かどうかの判断
後で二人の結果を照合
152
質問?
153
srws.hcru@gmail.com
参考資料
1. Lefebvre C, Manheimer E, Glanville J. Chapter 6: Searching for studies. Box 6.4 d.
Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 5.1.0 (updated March
2011). 2010. 1-46 p.
available from http://community.cochrane.org/handbook
2. 『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索概説』諏訪敏幸 近畿病院図書室協議会 2013
3. 京都大学医学図書館 基礎から学ぶPubMedの使い方
http://www.lib.med.kyoto-u.ac.jp/pdf/pubmed_howto.pdf
4. PubMed Tutorial
https://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/cover.html
5. Ovid Online Training http://www.ovid.com/site/support/training.jsp#tabs1
“MEDLINE”
https://www.brainshark.com/wkovid/vu?pi=zGizVDdlez34XJz0&cmpid=Brainshark:MedlineI
ntro
“Special techniques in MEDLINE”
https://www.brainshark.com/wkovid/vu?pi=zFvzXHuX2z34XJz0&cmpid=Brainshark:Medline
SpecialTechniques
154
さらにPubmedを知りたい方は
日本医学図書館協会 図解 PubMedの使い方
http://iss.ndl.go.jp/books/R100000002-
I025001084-00
東大図書館PubMedの使い方
http://www.lib.m.u-
tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf
山梨大学付属図書館
PubMedとOvid MEDLINEの比較一覧
http://www.lib.yamanashi.ac.jp/db/ovid_ma/ovid
%20medline%20vs%20pubmed%20for%20Yaman
ashi%20Univ_200712.pdf
155
補足
・医中誌
・文献の重複削除
・その他のTIPS
156
補足:医中誌シソーラス (統制語)の調べ方
157
フリーワードと演算子
158
フリーワード/TA
And, or
※TAはタイトルとアブストラクトを検索するサーチタグ
まず関連した統制語を調べる
159
統制語の位置付けをみる
160
統制語の詳細
161
統制語の詳細
162
これだと少しずれる
163
検索式にすると
164
文献の重複削除
精治寮病院 阪野正大
尼崎総合医療センター Hospital Care Research Unit
片岡裕貴 辻本啓
京都大学大学院 辻本康
今日の目標
• 重複文献の削除と、分割作業ができる
166
1. MendeleyやEndnoteに入っている各文献をBibTexでエクスポート
文献リスト(MedlineやEmbaseなどの
データベースごとに作成)をBibTex形式で
エクスポート
167
Mendeleyの例
168
File→Export→ファイルの種類:BibTeXを選択
→保存
文献を1つ選択
→Ctrl + A(Macintoshでは
command+A)
ですべての文献を選択
Endnoteの例
169
File→Export→ファイルの種類:Text File、Output style: BibTex Export
Copy(BibTex Exportの設定を変更し、abstractが出力されるようにし、
BibTex Export Copyという新しいOutput styleを作成する:詳細は後
述)を選択、Export Selected Referencesにチェックを入れる→保存
Edit→Output Styles→Open Style MangerとしてBibTex Exportに
チェックを入れ、マウスで選択→Edit→Bibliography直下の
Templatesにおいて、各reference typeのテンプレートに”
| `abstract = `{Abstract},q”を追加→File→Save as→Style
Name:BibTex Export Copyと入力→Save
※コメントに補足あり
文献を1つ選択→Ctrl + A(Macintoshでは
command+A)ですべての文献を選択
2. JabRefを用いてcsvファイルに変換
・ http://www.jabref.org/からJabRef
(free software)をダウンロード
170
JabRefの例
171
↑文献を1つ選択し、
Ctrl+A(Macintoshではcommand+A)
ですべての文献を選択
→File→Export→File name: 任意の
ファイル名、Files of type:Open
Office/LibreOffice CSVを選択→Save
File→Open database
→BibTexファイルを選択しOpen
で文献リストをインポート
3.CSVファイルをExcelで開いて、全部統合
・各CSVファイル(MedlineやEmbaseなどのデー
タベースごとの書誌情報のファイル)をExcelで開
く
・1つのセルに含まれる内容(journal名、abstract)が、横方向に
複数のセルに分割されて表示される場合→contaminate関数を用
いて内容を1つのセルに表示→分割された表示の箇所を消去する
Contaminate関数の例
AbstractがAA2からCD2まで分割されて表示されていた場合
=CONCATENATE(AA2,AB2,AC2,AD2,AE2,AF2,AG2,AH2,AI2,
AJ2,AK2,AL2,AM2,AN2,AO2,AP2,AQ2,AR2,AS2,AT2,AU2,AV2
,AW2,AX2,AY2,AZ2,BA2,BB2,BC2,BD2,BE2,BF2,BG2,BH2,BI
2,BJ2,BK2,BL2,BM2,BN2,BO2,BP2,BQ2,BR2,BS2,BT2,BU2,B
V2,BW2,BX2,BY2,BZ2,CA2,CB2,CC2,CD2)
172
3.CSVファイルをExcelで開いて、全部統合
あとは、コピーアンドペーストで
1つのExcelファイル(excelブック:xlsx)に
統合する
173
4.タイトルを並び替えて確認し、[等の不要な記号を削除
・1つのセルを選択し、
Ctrl+A(Macintoshではcommand+A)で
すべてのセルを選択
174
「データ」リボンの「並べ替え」ボタン
先頭行をデータの見出しとして使
用するにチェック
最優先されるキー:Title
→OK
Excelの例
175
Ctrl+H(Macintoshではcommand+H)で置換の入力フォー
ムを表示
→検索する文字列に”[“を入力→次を検索→”[“の記載を一つ
一つ確認し、不要であると判断できる箇所について置換を
選択→次を検索と置換を繰り返す→”]”についても同様に置
換によって削除
5. 雑誌名かつ論文タイトルが同じものを自動削除
・https://www.microsoft.com/ja-
jp/atlife/tips/archive/office/tips/00
2.aspx を参照し、雑誌名かつ論文タイト
ルが同じものを自動削除
・データ→重複の削除→先頭行をデータの
見出しとして使用するにチェック→Titleと
Journalにチェック→OK
176
重複の自動削除の例1
177
重複の自動削除の例2
178
6.手動での削除
・タイトル・ジャーナル名の大文字、小文
字の表記の違い、同じジャーナル名の異
なった表記などから同一の文献と推定でき、
authorとページ数が一致したものを削除
・バックアップを取りながら、データを1つ
1つ確認して削除
179
7.再度CSVにして、Rayyanにアップロード
・xlsxファイルからコピーアンドペースト
で、100件(スクリーニング基準確認作業
用)のcsvファイルを1つ作成
・残りの文献については500件ごとに1つの
csvファイルを作成
・Rayyanに、ファイル名と同じ名前の
フォルダをファイル数分、作成
・作成した各CSVファイルをRayyanの
フォルダにアップロード(1つのフォルダに
1つのcsvファイルをアップロード)
180
Rayyanにcsvファイルがアップロードできない場合
・エクセルにて、CSVファイルの改行を削
除した後、再度アップロードする
・ 該当するCSVファイルを開く→Ctrl+H(Macintosh
ではcommand+H)で置換の入力フォームを表示させる
→検索する文字列のテキスト入力欄を選択し、
Ctrl+J(Macintoshではcommand+J)→何も入力されな
い→すべて置換を選択→CSVファイルを上書き保存し、
一旦CSVファイルを閉じる→エクセルで再度CSVファ
イルを開くと改行が削除されている
181
診断精度の場合の検索とたくさんのTIPS
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182

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20161225午後検索式作成w sv1218答え抜き

Editor's Notes

  1. https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b5/Rubin2.jpg
  2. https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/b/b5/Rubin2.jpg
  3. https://pixabay.com/ja/%E9%9A%8E%E6%AE%B5-%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B9-%E5%AE%9F%E8%A1%8C%E3%81%99%E3%82%8B%E7%94%B7-%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%88-%E6%89%8B%E9%A0%86-101433/
  4. 赤でかこった部分は2人以上いないとできません
  5. 赤でかこった部分は2人以上いないとできません
  6. 参考にこのさきの文献抽出に関する流れです 1. Yamakawa K, Aihara M, Ogura H, Yuhara H, Hamasaki T, Shimazu T. Recombinant human soluble thrombomodulin in severe sepsis: a systematic review and meta-analysis. J Thromb Haemost [Internet]. 2015;n/a – n/a. Available from: http://doi.wiley.com/10.1111/jth.12841
  7. https://pixabay.com/ja/%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%AA-%E6%9C%AC-%E8%AA%AD%E3%81%BF-%E6%95%99%E8%82%B2-%E7%9F%A5%E8%AD%98-%E5%AE%B6%E8%B3%83-%E3%82%AD%E3%82%A7%E3%83%AB%E3%83%84%E3%82%A7-%E3%81%93%E3%81%AE%E6%9C%AC%E3%81%AF-488679/
  8. みなさん 何だと思いますか?
  9. それは、全部読むこと
  10. MEDLINEは一番良く知られた医療系データベースです。 1600万件以上の文献が含まれています。 ただし、これだけでは全ての医学雑誌に載った文献を網羅することはできません。 ついで有名なのがEMBASEになります。 ヨーロッパ系の医学雑誌や薬の開発情報に強いデータベースとされ、2700の雑誌、600万以上のMEDLINEに収載されていない論文が載っているとされます。 Embase includes six million+ records and 2,700+ journals that are not covered by MEDLINE. また、RCTについては、Cochraneの中にも検索用データベースがあります。 日本独自のデータベースといえば医中誌ですね。 この他にも看護系研究に強いデータベースや精神科系の研究に強いデータベースなどいろいろあります。 みなさんのRQに応じて検索データベースを選ぶことになります。
  11. MEDLINEを検索するフリーサイトが皆さんご存知PubMedになります。 先程もお話したように、有料のMEDLINE検索サービスが使えない場合には、PubMedのadvanced search builderを用いて検索式を作っていくことになります。
  12. 自分のRQに関連した
  13. つづいてCochrane libraryに関して、検索式を作っていきましょう https://pixabay.com/ja/%E4%BD%9C%E6%A5%AD-macbook-%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%BF-%E3%83%A9%E3%83%83%E3%83%97%E3%83%88%E3%83%83%E3%83%97-%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%88%E3%83%96%E3%83%83%E3%82%AF-690680/
  14. 平成24年度国民医療費の現状より。
  15. 1どうしたらいいですか?と会場にふる。 2構造化してくださいと。会場にふる。
  16. Narrative review 都合の良い文献だけをpick upして紹介して、エビデンスが有ると主張してもEBMとはいえません。 やっていることは、お薬セールスマンの人とかわらないですね。 フェアーな臨床的判断をするためには、現存するすべての 関連する研究を総括したのちに、判断する必要が有ります。 その判断に至ったまでの課程を見える化する必要があります。 https://pixabay.com/ja/%E6%AD%8C-%E9%9F%B3%E6%A5%BD-%E3%83%91%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%BC%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%82%B9-%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%86%E3%82%A4%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88-%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%82%B7%E3%83%A3%E3%83%B3-%E5%A3%B0-531290/
  17. 糖尿病
  18. 言葉の説明 網羅性の高い検索=該当する研究に関して漏れが少ない 適合率の高い検索=検索結果の中に含まれる誤った研究が少ない 会場にふる。”さっきの検索式ではどのような問題点があるでしょうか。いまから勉強してもらってまた聞きますね。” Handbook 6.4.4  Sensitivity versus precision 
  19. ポイント: #1はP #2はI ここに「Outcome」は入らない!  →実際の文献を読んでヒトが判断する  アブストラクトにすべてのアウトカムが載っているとは限らないため
  20. 同じくくりの言葉にしましょう、とか、これはこのくくりの下位にあります。など 例:赤とんぼ ギンヤンマは同じくくり。上位語はトンボ。さらに上位のくくりは昆虫 MeSHは その”くくり”で一括検索できる→網羅的 medline 言い換えると・・・ MeSHは同じ概念に違う単語が沢山有る場合に有効 しかし、注意点はMeSHを作っている人はその分野の専門家ではない ★以下重要!!!!!!!★ MEDLINEでは1976年以前はabstractがほとんどなく、Abstractの中の単語では検索できず、また、1990年代以前はデザインに関するindexがほとんどないため、Publication typeやMeSHでは検索できない ∴  一つの状態を表すwordはMeSH+free wordであることが必須!
  21. 問題点の例 他の用語はかんがえられないか?MeSHを使っていない。Free textでさらに追加。 系統的レビューではアウトカムは検索式に加えない。 今回はRCTは少ないかもしれないのでフィルターの使用は不適切 減量手術はGastrectomyのみではない Diabetesのfree text wordのバリエーションを考慮していない(ex. Diabetic patient)
  22. 問題点の例 他の用語はかんがえられないか?MeSHを使っていない。Free textでさらに追加。 系統的レビューではアウトカムは検索式に加えない。 今回はRCTは少ないかもしれないのでフィルターの使用は不適切 減量手術はGastrectomyのみではない Diabetesのfree text wordのバリエーションを考慮していない(ex. Diabetic patient)
  23. 問題点の例 他の用語はかんがえられないか?MeSHを使っていない。Free textでさらに追加。 系統的レビューではアウトカムは検索式に加えない。 今回はRCTは少ないかもしれないのでフィルターの使用は不適切 減量手術はGastrectomyのみではない Diabetesのfree text wordのバリエーションを考慮していない(ex. Diabetic patient)
  24. 問題点の例 他の用語はかんがえられないか?MeSHを使っていない。Free textでさらに追加。 系統的レビューではアウトカムは検索式に加えない。 今回はRCTは少ないかもしれないのでフィルターの使用は不適切 減量手術はGastrectomyのみではない Diabetesのfree text wordのバリエーションを考慮していない(ex. Diabetic patient)
  25. EndnoteのBibliography直下のTemplatesにおいて、各reference typeのテンプレートの例(以下をコピーアンドペーストして、使用することができます。コピアンドペーストできなかった記号もあるため、元のtemplateを参照していただき、適宜記号を補ってください。) Generic @misc{|`RN`Record Number,| |   `author = `{Author}, |   `title = `{Title}, |   `abstract = `{Abstract}, |   `year = `{Year}, |   `journal = `{Journal}, |   `volume = `{Volume}, |   `number = `{Number}, |   `pages = `{Pages}, |   `month = `{Date}, |   `ISBN/ISSN = `{ISBN/ISSN}, |   `DOI = `{DOI}, |   `type = `{Reference Type}, |   `notes = `{Notes} Book @book{|`RN`Record Number,| |   `author = `{Author}, |   `title = `{Title}, |   `abstract = `{Abstract}, |   `year = `{Year}, |   `publisher = `{Publisher}, |   `address = `{Place Published}, |   `volume = `{Volume}, |   `edition = `{Edition}, |   `series = `{Series Title}, |   `pages = `{Number of Pages}, |   `ISBN = `{ISBN}, |   `DOI = `{DOI}, |   `type = `{Reference Type}, |   `notes = `{Notes} Book Selection @inbook{|`RN`Record Number,| |   `author = `{Author}, |   `title = `{Title}, |   `abstract = `{Abstract}, |   `year = `{Year}, |   `booktitle = `{Book Title}, |   `editor = `{Editor}, |   `series = `{Series Title}, |   `publisher = `{Publisher}, |   `address = `{Place Published}, |   `volume = `{Volume}, |   `edition = `{Edition}, |   `chapter = `{Chapter}, |   `pages = `{Pages}, |   `ISBN = `{ISBN}, |   `DOI = `{DOI},, |   `type = `{Reference Type}, |   `notes = `{Notes} Conference Proceedings @inproceedings{|`RN`Record Number,| |   `author = `{Author}, |   `title = `{Title}, |   `abstract = `{Abstract}, |   `year = `{Year}, |   `booktitle = `{Conference Name}, |   `editor = `{Editor}, |   `series = `{Series Title}, |   `address = `{Place Published}, |   `publisher = `{Publisher}, |   `volume = `{Volume}, |   `pages = `{Pages}, |   `ISBN = `{ISBN}, |   `DOI = `{DOI}, |   `type = `{Reference Type}, |   `notes = `{Notes} Edited Book @book{|`RN`Record Number,| |   `author = `{Editor}, |   `title = `{Title}, |   `abstract = `{Abstract}, |   `year = `{Year}, |   `publisher = `{Publisher}, |   `address = `{Place Published}, |   `volume = `{Volume}, |   `edition = `{Edition}, |   `series = `{Series Title}, |   `ISBN = `{ISBN}, |   `DOI = `{DOI}, |   `type = `{Reference Type}, |   `notes = `{Notes} Journal Article @article{|`RN`Record Number,| |   `author = `{Author}, |   `title = `{Title}, |   `abstract = `{Abstract}, |   `year = `{Year}, |   `journal = `{Journal}, |   `volume = `{Volume}, |   `number = `{Issue}, |   `pages = `{Pages}, |   `month = `{Date}, |   `ISBN/ISSN = `{ISSN}, |   `DOI = `{DOI}, |   `type = `{Reference Type}, |   `notes = `{Notes} Magazine Article @article{|`RN`Record Number,| |   `author = `{Author}, |   `title = `{Title}, |   `abstract = `{Abstract}, |   `year = `{Year}, |   `journal = `{Magazine}, |   `volume = `{Volume}, |   `number = `{Issue Number}, |   `pages = `{Pages}, |   `month = `{Date}, |   `ISSN = `{ISSN}, |   `DOI = `{DOI}, |   `type = `{Reference Type}, |   `notes = `{Notes} Pamphret @booklet{|`RN`Record Number,| |   `author = `{Author}, |   `title = `{Title}, |   `abstract = `{Abstract}, |   `year = `{Year}, |   `publisher = `{Publisher}, |   `address = `{Place Published}, |   `pages = `{Pages}, |   `ISBN = `{ISBN}, |   `DOI = `{DOI}, |   `type = `{Reference Type}, |   `notes = `{Notes} Report @techreport{|`RN`Record Number,| |   `author = `{Author}, |   `title = `{Title}, |   `abstract = `{Abstract}, |   `year = `{Year}, |   `institution = `{Institution}, |   `number = `{Report Number}, |   `type = `{Type}, |   `month = `{Date}, |   `DOI = `{DOI}, |   `type = `{Reference Type}, |   `notes = `{Notes} Serial @incollection{|`RN`Record Number,| |   `author = `{Author}, |   `title = `{Title}, |   `abstract = `{Abstract}, |   `year = `{Year}. |   `booktitle = `{Secondary Title}, |   `editor = `{Editor}, |   `series = `{Series Title}, |   `publisher = `{Publisher}, |   `address = `{Place Published}, |   `volume = `{Volume}, |   `edition = `{Edition}, |   `chapter = `{Chapter}, |   `pages = `{Pages}, |   `ISBN = `{ISBN}, |   `DOI = `{DOI}, |   `type = `{Reference Type}, |   `notes = `{Notes} Thesis @phdthesis{|`RN`Record Number,| |   `author = `{Author}, |   `title = `{Title}, |   `abstract = `{Abstract}, |   `year = `{Year}, |   `university = `{University}, |   `type = `{Thesis Type}, |   `DOI = `{DOI}, |   `type = `{Reference Type}, |   `notes = `{Notes} Unpublished Work @unpublished{|`RN`Record Number,| |   `author = `{Author}, |   `title = `{Title}, |   `abstract = `{Abstract}, |   `year = `{Year}, |   `booktitle = `{Series Title}, |   `publisher = `{Institution}, |   `address = `{Place Published}, |   `pages = `{Pages}, |   `DOI = `{DOI}, |   `type = `{Reference Type}, |   `notes = `{Notes}
  26. Contaminate関数の例 AbstractがAA2からCD2まで分割されて表示されていた場合 =CONCATENATE(AA2,AB2,AC2,AD2,AE2,AF2,AG2,AH2,AI2,AJ2,AK2,AL2,AM2,AN2,AO2,AP2,AQ2,AR2,AS2,AT2,AU2,AV2,AW2,AX2,AY2,AZ2,BA2,BB2,BC2,BD2,BE2,BF2,BG2,BH2,BI2,BJ2,BK2,BL2,BM2,BN2,BO2,BP2,BQ2,BR2,BS2,BT2,BU2,BV2,BW2,BX2,BY2,BZ2,CA2,CB2,CC2,CD2)