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关于超级计算环境
迟学斌
中国科学院计算机网络信息中心
超级计算中心
2002 年 7 月 20 日
内容
• 动机
• 硬件平台建设
• 系统应用软件
• 基础并行软件平台
• 科学计算平台
• 应用领域
• 网格试验平台建设
• 我们的目标
动机
• “ 十五”院信息化基础设施
– 改善科学研究所需的计算环境
– 更好地为我院知识创新工作服务
– 提高我院在超级计算领域的影响
• 国际发展动态
– 美国、欧洲和日本( 98% )
– Earth Simulator , 40 万亿次
– 众多超级计算中心
动机
• 国内发展状况
– 曙光系列,神威系列,银河系列
– 国家高性能计算中心
– CERNET 高性能计算中心
– 北京市高性能计算机应用中心
– 上海超级计算中心
– 北京应用物理与计算数学研究所高性能中心
– 中科院计算机网络信息中心
动机
• 院内需求分析
– 区域气候-环境-生态耦合模式
• 需要 2.5—3G 的内存, 40—50G 的硬盘,主频
500M Hz 的单 CPU ,大约需要运行 8 个月
– 第一原理材料设计
• 处理几百甚至上千个原子的体系;需要 7G 内存
, 50G 硬盘, 64 个 Fe 原子体系, 1 个 k 点
(Gamma) , 12500 个平面波, 384 个能带,基态
,无结构弛豫, SP3 上 128 个节点并行时间为
12 分钟
硬件平台建设
• 超级计算机( 2TFLOPS )
– 集群计算机系统( cluster )
– 大规模计算机系统( MPP )
– 共享存储计算机系统( SMP )
• 海量存储系统( 100TB )
– 磁盘阵列( RAID )
– 磁带库( RAIT )
系统应用软件
• 用户使用环境
• 网格技术( Grid Technology )
• GLOBUS
• GPDK
• 异构系统资源的统一管理
• 网络计算服务
基础并行软件平台
• 数值代数软件
– BLAS
– LAPACK
– ScaLAPACK
• 偏微分方程数值求解软件
– PETSc
• 快速富氏变换
– FFTW
科学计算平台
• 生物信息学
– 利用 EST 数据库发现新基因
• 地质与地球物理科学
– 三维地震成像数值模拟
• 材料科学
– 第一原理材料设计
– 聚合物加工过程的基础研究
科学计算平台
• 计算机辅助药物分子设计和药物筛选
• 生态环境
– 区域气候、环境和生态数值模拟
• 基础科学和应用科学
– 高精度差分方程与复杂流动的数值模拟
– 大系统的稳定性和分枝
– 网格并行自动生成器
应用领域
• 生物信息学
– 基因组序列拼接
– 蛋白质结构预测
• 材料科学
– 高温液态分子结构分析
• 生态环境
– 环境监控与预报数值模拟
网格试验平台建设
grid.ustc.edu.cn
WAN
grid.ncic.ac.cn
入口:
grid.nhpc.ac.cn
155Mbps 教育网
1Gbps 校园网
东区、西区、安
大
10Mbps 科研网
100Mbps 园区网
曙光 2000 、曙光
3000
grid.cnc.ac.cn
我们的目标
• 十六字:建立中心、完善环境、奠定基
础、探索途径
– 建立中心 - 建立具有世界水准的、我院的超
级计算中心(万亿次计算能力、万亿字节存
储能力)
– 完善环境 - 完善我院科学计算环境
– 奠定基础 - 奠定网格计算的坚实基础
– 探索途径 - 探索通过计算进行科学发现的有
效途径
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  1. 一、主要存储与备份设备小释 ---- 磁盘阵列---- 磁盘阵列是将多个类型、容量、接口甚至品牌一致的专用硬磁盘或普通硬磁盘连成一个阵列,使其能以某种快速、准确和安全的方式来读写磁盘数据。 ---- 光盘塔---- 光盘塔由几台或十几台CD ROM驱动器并联构成,通过软件控制某台光驱的读写操作,使之按照人们的要求自动读取信息。 ---- 光盘库---- 光盘库是一种可存放几十张或几百张光盘、并带有机械臂和一个光盘驱动器的光盘柜,其机械结构比较复杂,但库容量较大。 ---- 磁带库---- 磁带库是一种可将多台磁带机整合到一个封闭机构中的箱式磁带备份设备,一般由数台磁带机、机械手和10到数十盒磁带构成,并可由机械手手臂自动实现磁带拆卸和装填,存储容量可达到数百BP。 二、小览备份技术 ---- 逐个文件的备份---- 它是最流行的一种备份方法。备份时,通过操作系统,打开文件,读取文件,写入磁带,然后关闭文件,实现数据备份。因为通过操作系统,占用较多的系统资源,而且在大量小文件的备份情况下性能很差。虽然如此,它仍是一种最经济的备份方法。 ---- 映像备份---- 它在备份时不以文件为单位,而是直接针对磁盘或驱动器,直接按扇区或簇读取数据,由于跳过了操作系统,具有较高的备份性能。但大部分软件均建议或要求在做映像备份时,不要去访问该磁盘。 ---- 集中管理和控制---- 针对网络上的多个备份设备,可以从一台机器上直接加以管理和控制。这对于大型网络的备份是非常有必要的。 ---- 推技术---- 推技术是一种代理程序,它安装在需要备份的客户机上,按照备份服务器的要求,代理程序产生需要备份文件的列表,将这些文件进行打包压缩,送到备份服务器上。它代理了一部分备份服务器的工作,提高了网络备份的效率。 ---- RAIT(Redundant Array of Inexpensive Tape)---- 将多个相同的磁带驱动器做成一个阵列,既可以提高备份性能,又可以提高磁带的容错性。 ---- 并行流技术---- 并行流技术指在同一个备份服务器上连接了多个备份设备,同时也提交多个备份任务,它们分别针对不同的磁带设备。这样可以达到并行操作。但它不像RAIT技术那样具备容错的功能。 三、几种流行的存储技术 DAS ---- 即直接连接存储(Direct Attachment Storage,DAS)或服务器直连存储。DAS数据存储设备直接挂接在各种服务器或客户端扩展接口下,服务器通过I/O通道服务来直接访问DAS中的数据。DAS本身是硬件的堆叠,不带有任何存储操作系统,而应用服务器本身的操作系统与第三方应用软件挂接,使得DAS设备的价格相对比较便宜。 SAN ---- 即存储局域网(Storage Area Network,SAN)。SAN是独立于服务器网络系统之外几乎拥有无限存储的高速存储网络,它以光纤通道作为传输媒体,以光纤通道和SCSI的应用协议作为存储访问协议,将存储子系统网络化。 ---- 光纤通道技术具有带宽高、误码率低和距离长等特点,特别适合于海量数据传输领域,所以被应用于主机和存储器间的连接通道和组网技术中。 NAS ---- 即网络挂接存储(Network Attachment Storage,NAS)。这种技术可以满足无专用直接连接存储设备的主机存储需要。由于NAS具有协议公开、操作简单和适应范围广的特点,特别是在以文件处理为基础的多用户网络计算环境中,NAS更以其良好的扩展能力成为重要的存储手段。 ---- NAS主要由基础网络设施和具有网络共享能力的智能网络存储服务器构成。基础网络设施可以和主机应用共享企业网,这种网络基于TCP/IP协议,由路由器和交换机构成。智能网络存储服务器主要有两类。一类是带有直接连接存储的通用服务器,运行NFS和CIFS等网络共享协议,并通过网络端口将通用服务器连到网上。另一类是为智能磁盘阵列配置前置机,前置机运行专门的实时数据存取操作系统,而该操作系统专门运行NFS和CIFS等网络共享协议。