Ce diaporama a bien été signalé.

Chromosome segmentation lab1

0

Partager

Prochain SlideShare
บทนำ
บทนำ
Chargement dans…3
×
1 sur 5
1 sur 5

Chromosome segmentation lab1

  1. 1. การตัดแยกภาพโครโมโซมแบบอัตโนมัติ (Automatic Chromosome Segmentation ) กระบวนการตัดแยกภาพโครโมโซม เปนขั้นตอนหนึ่งในกระบวนการคัดแยกภาพโครโมโซมในลักษณะการจัด หมวดหมู โดยภาพที่ใชในการจัดเรียงจะอยูในลักษณะโครโมโซมที่กระจายตัว โดยการทดลองในครั้งนี้ เปนการรวมวิธีการเพื่อใชในการตัดแยกภาพโครโมโซมออกเปนมาในลักษณะเปนชิ้นเดี่ยวๆ โดยมีกระบวนการดังตอไป ขั้นตอน และ วิธีการตัดแยกภาพโครโมโซม Chromosome Image Gray scale Adaptive Threshold Pre-processing Connect component Flood Fill Neighbor Canny edge Detection Finding contour
  2. 2. โดยในแตละขั้นตอนสามารถอธิบายดังตอไปนี้ 1. นําภาพโครโมโซมเขาสูระบบ โดยภาพที่ใชเปนภาพโครโมโซม ชนิดไฟลนามสกุล .JPG แสดงดังภาพที่ 1 ภาพที่ 1 ภาพโครโมโซม ชนิดไฟลนามสกุล .JPG ที่ใชในการทดสอบ 2. แปลงขอมูลภาพใหเปนภาพ Gray scale ในกระบวนนี้ทําการหาคาเฉลี่ยของหนึ่งพิกเซล จะใหในหนึ่งพิเซลมีคาเพียง คาเดียว R+G+B = src(x, y) 3 โดยกระบวนการนี้จะหาทุกพิกเซลของภาพ ผลจากการแปลงภาพเปนภาพ Gray scale แสดงดังภาพที่ 2 ภาพที่ 2 ภาพโครโมโซมหลังจากผานการแปลง Gray scale 3. เปนขั้นตอนการแปลงภาพ Gary scale ใหเปนภาพ Binary image โดยจะเปนการพิจารณากําหนดใหคาพิกเซลภาพ เปน O และ 1 โดยแยกระหวาง วัตถุกับพื้นหลัง วิธีการที่ใชในการแปลงภาพเปน Binary image คือ Adaptive Thresholding โดย วิธีนี้จะหาคากลางที่ใชในการแบงวาคาพิกเซลเทาใดจึงจะเปนกําหนดใหวัตถุในภาพเปน background หรือ foreground โดยจะ กําหนดคาเฉลี่ยน้ําหนักใหทุกพิกเซลใหมีคาเทากัน จากนั้นจะหาคา T(x,y) จากสูตร T(x, y) = mean โดยคา mean ที่ไดจะ เกิดจากการกําหนด คา blockSize X blockSize ของพิกเซลรอบขางพิกเซลที่พิจารณา 1, T(x, y) > src(x, y)  dst(x, y) =   0, T(x, y) < src(x, y) 
  3. 3. โดยผลการทํา Binary image แสดงดังภาพที่ 3 ภาพที่ 3 ภาพโครโมโซมหลังจากผานการทํา Binary image จะพบวาภาพโครโมโซมบางตัวพื้นที่ภายในยังมีสีคลายกับสีพื้นหลัง เกิดจากคาแถบลายภายในของโครโมซมในบางตัวมีสีที่ คลายกับสีของพื้นหลัง ดังนั้นจากภาพดังกลาวจะตองหาวิธีการกําหนดคาสีดําลงไปในจุดสีขาวในโครโมโซม โดยจะใช วิธีการ FoodFill 4. FoodFill เปนวิธีการชวยอุดชิ้นสวนที่ขาดหาไปของภาพ โดยวิธการดังกลาวประกอบดวย Connect component, ี neighbor pixel เปนตนโดยสามารถอธิบายดังนี้ Connect component การใช เปนการหาการเชื่อมตอขององคประกอบภายในภาพ และกําหนดสัญญาลักษณใหกับ จุดทุกจุดของ component โดยขั้นตอนการทํางาน ดังนี้ - เลือกพิกเซลในภาพและกําหนด Label ใหกับพิกเซลนั้น - กําหนด Label ที่เหมือนกันให neighbor pixel โดยจะตองมีคาพิกเซลทีเหมือนกัน ่ - ทําการ Lebel ใหกับ neighbor pixel ตางๆ - เลือก Label อื่นๆและพิกเซลทียังไมกําหนด Label ทําการกําหนด Label และพิจาณาตามขั้นตอนจนครบทุก ่ พิกเซล Neighbor เปนการกําหนดคาพิกเซลโดยพิจารณาจากพิกเซลรอบขางโดยรูปแบบการพิจารณามี 2 วิธี คือ พิจารณา แบบ 4 จุดรอบขางดังภาพที่ 4 แบบ 4 ชุด แบบ 8 ชุด ภาพที่ 4 การกําหนดคาพิกเซลโดยพิจารณาจากพิกเซลรอบขาง
  4. 4. โดยผลจากการทํา FoodFill แสดงดังภาพที่ 5 ภาพที่ 5 ผลจากการทํา FoodFill 5. ขั้นตอนการหาเสนขอบภาพโครโมโซม Contour ในขั้นตอนดังกลาวใช Canny Algorithm ในการหาเสนขอบภาพ โดยมีวิธีการคือ อัลกอริทึมจะพยายามรวบรวมพิกเซลของเสนขอบภาพจนกลายเปน Contour โดยรูปแบบของ Contour จะมี ลักษณะเปน hysteresis threshold คือ จะประกอบดวยคา threshold 2 ลักษณะคือ upper threshold และ lower threshold ซึ่ง พิจารณาจากการหาคา Gradient ของแตละพิกเซลโดยถาคา ดังกลาวในพิกเซลมีคาสูง จะเปน upper threshold และถาคาต่ําจะ เปน lower threshold ถาคาของพิกเซลต่ากวา lower threshold พิกเซลนั้นจะไมไดรับการพิจารณาใหเปน Contour line แตถาคา ํ พิกเซลอยูในชวงระหวาง upper threshold และ lower threshold จะไดรับการพิจารณาใหเปน Contour line แตจะตองมีลักษณะ การเชื่อมตอกันของคาพิกเซลทีมีคา Threshold ที่สูง เปนตน ผลการหา Contour line แสดงดังภาพที่ 6 หลังจากได contour line ่ จะสามารถหาตําแหนง จุดใดจุดหนึ่งใน Contour และ ขอบเขตของ Contour และจะสามารถสราง กรอบสี่เหลี่ยมครอบภาพได ดังแสดงในภาพที่ 7 ภาพที่ 6 ผลการหา Contour line
  5. 5. ภาพที่ 7 กรอบสี่เหลี่ยมครอบภาพโครโมโซม

×