More Related Content Similar to 第52回生命科学夏の学校 (15) More from yayamamo @ DBCLS Kashiwanoha (12) 第52回生命科学夏の学校1. 文献情報活用術
山本泰智
ライフサイエンス統合データベースセンター
@yayamamo
2. In 1993
NCSA/University of Illinois
第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
4. As We May Think
Dr. Vannevar Bush From The Atlantic Monthly, July 1945: 101-108.
Mendel's concept of the laws of genetics was lost to
the world for a generation because his publication
did not reach the few who were capable of grasping
and extending it;
and this sort of catastrophe is undoubtedly being
repeated all about us, as truly significant attainments
become lost in the mass of the inconsequential.
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6. memex
©2011 ACM 0001-0782/11/0200
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8. DBCLSテキスト処理サービス
主にこれらの文献関連データを利
用したサービス
これらの辞書データなどを用いた
日本語対応
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10. Allie inMeXes
文献で使われる略語 文献で使われる英語
を検索 表現を検索
キュレーション支援
日本語
随時更新
無料
TogoDoc Suite
文献情報を管理
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13. 生命科学分野の文献中には略語が多い
2200万件
研究者により自由に略語が生み出されている
発表文献数は増加 (PubMedには2000報以上追加/日)
5万6千略語
多くの多義語・類義語が存在 (出現頻度10以上)
読み手に誤解と混乱を生じさせる Year 2012
PC: personal computer, primary care, prostate cancer, ...
Alcoholic chronic pancreatitis: ACP, alcoholic CP, ...
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14. 生命科学分野の文献中には略語が多い
2200万件
研究者により自由に略語が生み出されている
発表文献数は増加 (PubMedには2000報以上追加/日)
5万6千略語
多くの多義語・類義語が存在 (出現頻度10以上)
読み手に誤解と混乱を生じさせる Year 2012
PC: personal computer, primary care, prostate cancer, ...
Alcoholic chronic pancreatitis: ACP, alcoholic CP, ...
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17. 約2200万件
reactive oxygen species
ROS
high-performance liquid
chromatography
FTIR
superoxide dismutase
SOD
MEDLINEに含まれる全文献情報を対象に抽出
約1200万ペア
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18. Allie
日本語訳があれば提示
reactive oxygen species / 活性酸素種, 反応性酸素生成物
よく使われる分野を提示、絞り込みも可
Biochemistry / 生化学, 生物化学
出現文献情報を提示
ROS - (1980) Evidence for both oxygen and non-oxygen dependent
mechanisms of antibody sensitized target cell lysis by human monocytes.
同じ文献で使われている他の略語 (共起略語) も提示
ROS -SOD, NO, NAC, ...
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20. 生物化学分野で頻出する略語
略語 展開形 展開形 (和訳) 頻度
ROS reactive oxygen species ((単複同形)) 活性酸素種, 反応性酸素生成物 23263
(カルシウムとジアシルグリセロールにより活性化されるタンパク質リン
PKC protein kinase C 酸化酵素ファミリー) プロテインキナーゼC, リン脂質依存性タンパク質 18579
リン酸化酵素, リン脂質依存性タンパク質キナーゼ
LDL low-density lipoprotein 低密度リポタンパク質, 低比重リポ蛋白, 低比重リポタンパク質 16633
WT wild-type 野生型 14845
EGF epidermal growth factor 上皮増殖因子, 上皮細胞増殖因子, 上皮成長因子, 上皮細胞成長因子 14149
(活性酸素消去酵素) スーパーオキシドジスムターゼ, スーパーオキサイド
SOD superoxide dismutase 13781
ジスムターゼ
HDL high-density lipoprotein 高密度リポタンパク質, 高比重リポタンパク質, 高比重リポ蛋白 11991
ER endoplasmic reticulum (解剖) 小胞体 11715
mitogen-activated protein (細胞内シグナル伝達を担うリン酸化酵素) マイトジェン活性化プロテイ
MAPK 10870
kinase ンキナーゼ, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ, MAPキナーゼ
(代表的な細胞増殖抑制因子) トランスフォーミング増殖因子β, 形質転換
TGF-beta transforming growth factor-beta 9833
増殖因子β, トランスフォーミング成長因子β
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27. 少し進んだ使い方
were _ correlated with の _ に当たる副詞はどんな語が多く
MEDLINE中では使われているのだろう?
正規表現フィルタを使うと検索可能
検索に時間がかかる場合があるので注意
第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
33. 日々流される情報の横
必要な情報の取得が困難
電子ジャーナル、読後は
DPFファイルがPCに蓄積
研究者の興味に基づく情報の取得・
整理が可能な環境を実現出来ないか?
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34. TogoDoc Suite
TogoDoc
TogoDocClient
TogoDocMobile
文献の検索と整理の効率化
研究活動の効率化、DB構築の効率化
TogoDocClientは東京大学との共同開発
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38. 注意点
OpenIDは http:// から始まる標記がユーザーIDであること
例 http://openid.dbcls.jp/user/your_user_name
OpenIDを入力する際に、your_user_name だけ入力するのは誤り
OpenIDサーバー自体にログインする際 your_user_name を入力
→ OpenIDサーバーにログインと、OpenIDを利用したサービスにログイ
ンの違いを認識する
Windowsでは圧縮ファイルのダブルクリックでは解凍にならない
→ 対象ファイルアイコンを右クリックして表示されるメニューから「全
て展開(T)...」を選択する
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Editor's Notes \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n \n