Description of EDIT Geographic tools (in catalan)

1. Geo-inquiets
21 octubre 2010
Eines geogràfiques del projecte EDIT
Pere Roca Ristol
Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC)

2. Eines geogràfiques del projecte EDIT
Àrees de treball WP 5:
-taxonomic editing
-publishing of edited data
-data storage and exchange
-collections & specimens
-descriptions;
-fieldwork
-literature
-geography

3. Digitalització
inserció a base dades
Museus d’història natural
Bancs de llavors
herbaris
centres d’investigació
( info georeferenciada o susceptible
a ser-ho)
Taxonomia: classificació dels éssers vius en grups.
Exemplars d’invertebrats a diferents centres
Eines geogràfiques del projecte EDT

4. Regne Animalia
(115 milions de registres…georeferenciats!)
Regne Plantae
(39 milions de registres…georeferenciats!)
GBIF: Global Biodiversity Information Facility
Molta informació… però amb errors
No útil, en general, per “fer ciència”
Eines geogràfiques del projecte EDIT

5. Dos “necessitats geogràfiques” bàsiques:
-eina de fàcil us per a la publicació de mapes amb dades (georeferenciades) d’usuari.
Anàlisis mínim de la qualitat de les meves dades
EDIT mapViewer
-visualitzar informació temàtica georeferenciada provinent de diferents fonts
EDIT mapREST services
Passos:
1) Construcció d’una infraestructura centralitzada de dades geográfiques
-edició de capes GIS: http://edit.csic.es/GISdownloads.html
-introducció informació en bases de dades (postGIS)
-instal.lació de programari servidor (GeoServer, ImageMagick, PHP…)
2)Programació aplicacions web (mapRest services i EDIT mapViewer)
Eines geogràfiques del projecte EDIT

6. Elements fonamentals
Eines de servidor: generació i
manipulació d’ imátges per a la
descàrrega, connexió base de
dades, creació SLDs…
EDIT mapViewer mapREST services
Servidors de mapes ( i escala)
Base de dades geogràfica
Totes les eines usades i creades son de codi obert
XML-XSLT
OpenLayers
(mapBuilder en
primera versió)
Ajax
Eines geogràfiques del projecte EDIT

7. Base dades geogràfica
a Madrid (CSIC)
Base de dades remota
(no geogràfica)
Museus, Jardins Botànics,
centres d’investigació---
L’usuari construeix les URLs amb la
informació a simbolitzar (polígons o
punts) i els paràmetres a aplicar en la
simbolització
exemple: especie 1 present en àrees
amb codi 1, 2 i 3.
especie 2 en àrees 4 i 5.
Aplicar estil “a” a especie 1,i estil “b”
a especie 2
Usuari defineix estilo “a” i “b”: color
farcit, estil línea…
Imatge (mapa)
Arxiu de simbolització
(JSON)
(a usar en aplicació web local)
Especialment útil en bases de dades distribuides
Dóna total llibertat a l’usuari en definir la
simbolització
Exemples d’ús (múltiples portals taxonòmics)
1) Distribucions
EDIT PalmWeb portal
EDIT Diptera portal
EDIT Cichorieae portal
2) Registres puntuals
Mercantour/Alpi Marittime ATBI
Gemer ATBI
Ús per a distribucions (polígons) y registres (punts)
mapREST services
URL
Eines geogràfiques del projecte EDIT

8. Capa poligonal TDWG nivell 3 i TDWG nivell 4 amb els codis i estils especificats:
tdwg4:c:MXEDU|b:MXETA||tdwg3:a:MXC,CUB|b:MXE,MXG|c:MXS,MXT
Definició d’estils(a,b,c,d): color farcit, color línea, estil línea…
a:329d2a,483eef,2,2_2|b:ab8dc9F,da1029,2,5_7|c:d2e347|d:f7555d
Exemples (http://dev.e-taxonomy.eu/trac/wiki/MapRestServiceExamples) i una API (
http://dev.e-taxonomy.eu/trac/wiki/MapRestServiceApi)
mapREST services (imatge com a resposta)
Eines geogràfiques del projecte EDIT

9. El JSON com a resposta és usat per OpenLayers per mostrar distribucions d’espècies
[{"bbox":"-46.3,-34.82,87.506,47.09",
"legend":"http://edit.csic.es/v1/sld/a93bbc32e48351a0693533bd29e65742.sld",
"layers":[{"tdwg": "tdwg3","session": "","sld": "tdwg3_a93bbc32e48351a0693533bd29e65742.sld"},{"tdwg":
"tdwg1","session": "","sld": "tdwg1_a93bbc32e48351a0693533bd29e65742.sld"}]}]
mapREST services (JSON com a resposta)
Eines geogràfiques del projecte EDIT

10. arcxiu CSV
EDIT mapViewer http://edit2.br.fgov.be/edit_wp5/geo/mapviewer/maps.html
Dades georeferenciades en
latitud / longitud i datum
WGS84, en notación decimal
Operacions bàsiques:
-Composició del mapa (afegir/treure capes) i
navegació (zoom in/out, pan…)
-Simbolització dades usuari
-Interrogació dades
-Llegenda, escala, ‘key map’
-Impressió (descàrrega) en diferents formats i
resolucions
Operacions més complexes:
-creació y simbolització dels nostres propis polígons
-afegir capes WMS remotes
-reprojectar
-accés informació de GBIF
-Google i Yahoo maps
-Anàlisi geo-espacial:
1) Número de registres per unitat espacial
(polígon)
2) Número de gèneres por unitat espacial
3) Relació número de gèneres/núm. registres
4) Anàlisi completitud de l’inventari
Eines geogràfiques del projecte EDIT
Firefox recomanat (no IE !!)

11. Recomanacions d’ús:
1) Començar per lo més bàsic: càrrega arxius CSV, composició i descàrrega del mapa.
2) Ampliació funcionalitats (estructura modular)
3) No Internet Explorer!
4) “Estudiar” videos: http://edit2.br.fgov.be/edit_wp5/edit_info/edit_videos.html
Què aporta de nou EDIT mapViewer?
-Facilitat en la càrrega i simbolització de dades puntuals i descàrrega de mapes “on-line”, en
diferents formats i resol.lucions
-Fàcil adaptació de la versió existent: l’HTML es crea dinàmicament (des d’un JSON definint capes
i estils d’un Geoserver). EDIT mapViewer versió “catalana”?
Dificultats trobades:
-No hi ha un ”equip GIS”: edició GIS, base dades, CSS, javascript, PHP… tot una persona!
-Poca experiència inicial en programació
-Importància del programari escollit (ex: mapBuilder-OpenLayers)
-Incompatibilitats entre navegadors
-Tècnicament: impressió a alta resolució i a diferents formats
-Falta de “feedback”; seguretat? Rendiment?
-Idees (i esforç implicat) que s’han hagut de deixar a mitges: evaluació fiabilitat dels inventaris
Eines geogràfiques del projecte EDIT

12. Alta pendent al final de la curva.
Si seguissim buscant trobariem
noves espècies.
Zona amb inventari incomplet
Baixa pendent al final de la curva.
Tot i que seguissim buscant, seria
dificil trobar noves espècies.
La unitat territorial està
biològicament exhausta
Zona amb inventari complet
Visualització en
forma de mapa
Anàlisi de la fiabilitat dels inventaris: curves d’acumulació
A on tinc més possibilitats de trobar una nova espècie?
Eines geogràfiques del projecte EDIT