SlideShare une entreprise Scribd logo
1  sur  1
Télécharger pour lire hors ligne
Седьмое домашнее задание
Анализ РНК
1. Определение генов
По ридам РНК и референсному геному определить позиции генов. Оценить
уровень экспрессии по среднему покрытию.
2. Оценка точности
Сравнить c реальными позициями генов. Определить процент верно и неверно
определенных генов. Смысла подгонять нет.
Данные:
Папка: /storage/labnas/NGS/7/
Данные:
SRR546813.fastq
Геном:
MG1655-K12.fasta
Гены:
genes.txt

Contenu connexe

En vedette (12)

Ngs 2 0_0
Ngs 2 0_0Ngs 2 0_0
Ngs 2 0_0
 
Biotech2012spring 1-overview 0
Biotech2012spring 1-overview 0Biotech2012spring 1-overview 0
Biotech2012spring 1-overview 0
 
Плюрипотентность 101
Плюрипотентность 101Плюрипотентность 101
Плюрипотентность 101
 
Nbt1004 1315
Nbt1004 1315Nbt1004 1315
Nbt1004 1315
 
Slides 2
Slides 2Slides 2
Slides 2
 
Ngs 1
Ngs 1Ngs 1
Ngs 1
 
Slides 3
Slides 3Slides 3
Slides 3
 
Vvedenie v bioinformatiku_2
Vvedenie v bioinformatiku_2Vvedenie v bioinformatiku_2
Vvedenie v bioinformatiku_2
 
Seminar mol biol_1_spring_2013
Seminar mol biol_1_spring_2013Seminar mol biol_1_spring_2013
Seminar mol biol_1_spring_2013
 
Рак 101 (Мария Шутова, ИоГЕН РАН)
Рак 101 (Мария Шутова, ИоГЕН РАН)Рак 101 (Мария Шутова, ИоГЕН РАН)
Рак 101 (Мария Шутова, ИоГЕН РАН)
 
Graph genome
Graph genome Graph genome
Graph genome
 
Biotech autumn2012-02-ngs2
Biotech autumn2012-02-ngs2Biotech autumn2012-02-ngs2
Biotech autumn2012-02-ngs2
 

Plus de BioinformaticsInstitute

Comparative Genomics and de Bruijn graphs
Comparative Genomics and de Bruijn graphsComparative Genomics and de Bruijn graphs
Comparative Genomics and de Bruijn graphsBioinformaticsInstitute
 
Биоинформатический анализ данных полноэкзомного секвенирования: анализ качес...
 Биоинформатический анализ данных полноэкзомного секвенирования: анализ качес... Биоинформатический анализ данных полноэкзомного секвенирования: анализ качес...
Биоинформатический анализ данных полноэкзомного секвенирования: анализ качес...BioinformaticsInstitute
 
Вперед в прошлое. Методы генетической диагностики древней днк
Вперед в прошлое. Методы генетической диагностики древней днкВперед в прошлое. Методы генетической диагностики древней днк
Вперед в прошлое. Методы генетической диагностики древней днкBioinformaticsInstitute
 
"Зачем биологам суперкомпьютеры", Александр Предеус
"Зачем биологам суперкомпьютеры", Александр Предеус"Зачем биологам суперкомпьютеры", Александр Предеус
"Зачем биологам суперкомпьютеры", Александр ПредеусBioinformaticsInstitute
 
Иммунотерапия раковых опухолей: взгляд со стороны системной биологии. Максим ...
Иммунотерапия раковых опухолей: взгляд со стороны системной биологии. Максим ...Иммунотерапия раковых опухолей: взгляд со стороны системной биологии. Максим ...
Иммунотерапия раковых опухолей: взгляд со стороны системной биологии. Максим ...BioinformaticsInstitute
 
Секвенирование как инструмент исследования сложных фенотипов человека: от ген...
Секвенирование как инструмент исследования сложных фенотипов человека: от ген...Секвенирование как инструмент исследования сложных фенотипов человека: от ген...
Секвенирование как инструмент исследования сложных фенотипов человека: от ген...BioinformaticsInstitute
 
Инвестиции в биоинформатику и биотех (Андрей Афанасьев)
Инвестиции в биоинформатику и биотех (Андрей Афанасьев)Инвестиции в биоинформатику и биотех (Андрей Афанасьев)
Инвестиции в биоинформатику и биотех (Андрей Афанасьев)BioinformaticsInstitute
 

Plus de BioinformaticsInstitute (20)

Nanopores sequencing
Nanopores sequencingNanopores sequencing
Nanopores sequencing
 
A superglue for string comparison
A superglue for string comparisonA superglue for string comparison
A superglue for string comparison
 
Comparative Genomics and de Bruijn graphs
Comparative Genomics and de Bruijn graphsComparative Genomics and de Bruijn graphs
Comparative Genomics and de Bruijn graphs
 
Биоинформатический анализ данных полноэкзомного секвенирования: анализ качес...
 Биоинформатический анализ данных полноэкзомного секвенирования: анализ качес... Биоинформатический анализ данных полноэкзомного секвенирования: анализ качес...
Биоинформатический анализ данных полноэкзомного секвенирования: анализ качес...
 
Вперед в прошлое. Методы генетической диагностики древней днк
Вперед в прошлое. Методы генетической диагностики древней днкВперед в прошлое. Методы генетической диагностики древней днк
Вперед в прошлое. Методы генетической диагностики древней днк
 
Knime & bioinformatics
Knime & bioinformaticsKnime & bioinformatics
Knime & bioinformatics
 
"Зачем биологам суперкомпьютеры", Александр Предеус
"Зачем биологам суперкомпьютеры", Александр Предеус"Зачем биологам суперкомпьютеры", Александр Предеус
"Зачем биологам суперкомпьютеры", Александр Предеус
 
Иммунотерапия раковых опухолей: взгляд со стороны системной биологии. Максим ...
Иммунотерапия раковых опухолей: взгляд со стороны системной биологии. Максим ...Иммунотерапия раковых опухолей: взгляд со стороны системной биологии. Максим ...
Иммунотерапия раковых опухолей: взгляд со стороны системной биологии. Максим ...
 
Секвенирование как инструмент исследования сложных фенотипов человека: от ген...
Секвенирование как инструмент исследования сложных фенотипов человека: от ген...Секвенирование как инструмент исследования сложных фенотипов человека: от ген...
Секвенирование как инструмент исследования сложных фенотипов человека: от ген...
 
Инвестиции в биоинформатику и биотех (Андрей Афанасьев)
Инвестиции в биоинформатику и биотех (Андрей Афанасьев)Инвестиции в биоинформатику и биотех (Андрей Афанасьев)
Инвестиции в биоинформатику и биотех (Андрей Афанасьев)
 
Biodb 2011-everything
Biodb 2011-everythingBiodb 2011-everything
Biodb 2011-everything
 
Biodb 2011-05
Biodb 2011-05Biodb 2011-05
Biodb 2011-05
 
Biodb 2011-04
Biodb 2011-04Biodb 2011-04
Biodb 2011-04
 
Biodb 2011-03
Biodb 2011-03Biodb 2011-03
Biodb 2011-03
 
Biodb 2011-01
Biodb 2011-01Biodb 2011-01
Biodb 2011-01
 
Biodb 2011-02
Biodb 2011-02Biodb 2011-02
Biodb 2011-02
 
Ngs 6
Ngs 6Ngs 6
Ngs 6
 
Ngs 4
Ngs 4Ngs 4
Ngs 4
 
Ngs 2
Ngs 2Ngs 2
Ngs 2
 
Ngs 1 2
Ngs 1 2Ngs 1 2
Ngs 1 2
 

Ngs 7

  • 1. Седьмое домашнее задание Анализ РНК 1. Определение генов По ридам РНК и референсному геному определить позиции генов. Оценить уровень экспрессии по среднему покрытию. 2. Оценка точности Сравнить c реальными позициями генов. Определить процент верно и неверно определенных генов. Смысла подгонять нет. Данные: Папка: /storage/labnas/NGS/7/ Данные: SRR546813.fastq Геном: MG1655-K12.fasta Гены: genes.txt