This is a Japanese manual of IGOR Pro. IGOR Pro is a scientific data analysis software, numerical computing environment and programming language, supplied by WaveMetrics.
このスライドは、IGOR Proの日本語マニュアルである。 IGOR Proは、WaveMetrics社が提供する科学データ解析ソフトウェア、数値計算環境、プログラミング言語である。
3. IGOR PROの使い方(初級② Table & Graphの作製)
1. Data Tableの作製
(ミカエリス・メンテン編)
右のTableのように数値を入力する
こ こ で、 Wa v e 0 は 基 質 濃 度 [ S ] に 、
Wave1は反応速度V0に対応する。
2. Graphの作製
Menu ! Windows ! New Graph ! グラフのY Wave(= Y軸) と X Wave (= X軸) の選択
! Do it(ここでは、 Y軸: wave1、X軸: wave0を選択する)
Y軸 X軸
Graph
出力
※ More choices ! Addから複数データのプロットが可能。
4. New Name
3. Waveの名前変更
Data table ! 右クリック ! Rename [wave name]
waveの指定 ! 黄色矢印 をクリック
! New nameを入力 選択
Shift + 選択: まとめて選択
Command + 選択: 個別選択
4. Graphの編集 mode ! Markers
Size ! 6 ~ 7
(Graph内でダブルクリック)
Symbol ! " or #
使用頻度の高いMode Color ! Black
Markers 透過度の有無
! 一般的なシンボル表示
Lines between points
! 点&線表示
Dots
! データポイントが多い場合に
Bars
! 棒グラフ表示
5. Error bar...: 誤差を付加する。 Offsetの入力
offset...: 各データを水平・垂直移動
できる。
誤差の選択
(軸上でダブルクリック)
Axis
Ticks & Grids 軸目盛の向き
グリットの有無
グラフの大きさ
最大値 最小値
Axis ! Select All Axesを選択
Mode ! Linear (常数表示) or Log (対数表示)
Standoff ! off Tick Demension ! location
Mirror (軸で囲む) ! no ticks ! inside
Thickness (軸の太さ) ! 2.0 ~ 2.50 ! Do it.
Font ! Arial、Font size ! 28 ~ 32、offset ! -0.5
6. (補足説明)
軸のマニュアル設定
Computed Manual Ticks: 軸目盛のマニュアル設定 inhibit ticks ! 指定した数字を表示しない。
Major ticks ! Tick increment: 主目盛の幅 (Defaultは、-----の設定)
Digits after dp: 小数点以下、何点まで表示するか? Zero is “o”: 必ず”0”表示になる。
Minor Ticks ! Number per major tick: 副目盛の数 ※ inf: 無限大のこと。
11. 6. MACROの作製
Menu ! Windows ! Procedure Windows
! Procedure Windows
空のProcedure windowsが出力される。
Procedure windows内に
macro [Macroの名前]()
...
...
end
と入力する。
macro Test()とendの間に
Command windowの命令文をCopy&Pasteする。
! Compileを押せば、完了。
Menu ! Macros ! Testが追加されている。 Compile
※ Command line ! % Test() でも同処理が可能。
練習②: (新規Graph作成後に)Command lineに% Test()と入力する
! MacroによりGraphを再現する
12. 7. MACROの保存
Menu ! File !Save Procedure Copy... (.ipf 形式で保存する)
8. IGOR上でのMACROの呼び出し
Menu ! File ! Open File ! Procedure... ! .ipf Fileを選択する ! Compile
9. ipf Fileの自動読み込み
Mac/Users ! Documents (書類) ! WaveMetrics ! Igor Pro 6 User Files
! Igor Procedures: フォルダ内にipf fileを移動・保存する。
※ Igor Procedures内に保存するとだけでipf fileが自動読み込みされる。
※ アプリケーション自身にMACRO等は保存されない。
10. ipf Fileの手動読み込み (IGOR起動を軽くするために)
Mac/Users ! Documents (書類) ! WaveMetrics ! Igor Pro 6 User Files
! User Procedures: フォルダ内にipf fileを移動・保存する。
ipf Fileを呼び出すためには
新規のProcedure window ! # include “File name”と入力 ! Compile
※ # (シャープ) が必要。
11. ipf Fileを表示する
Menu ! Windows ! Procedure Windows ! Procedure Windowsの下に表示される
13. IGOR PROの使い方(初級④ Macro if 構文の作製)
1. if構文の作成
Procedure windows内に
macro [Macro name](n)
variable n // 変数 n を定義する
if(n==0)
...
endif
end 作成例
と入力する ! Compile
(n)は、引数を意味する。
2. Macroの実行
上記のMacroは
% [Macro name](1) で呼び出せる。引数nは、
好みの数字を設定できる。
if構文により、同一Macro内に複数の命令文が
作成できる。
(補足)
=: 代入演算子 (数式の場合、左辺に右辺を代入する)
==: “等しい”を意味する比較演算子 (数学的なイコールと同義)
//...[改行]: Macroに無視される命令
14. IGOR PROの使い方(初級⑤ 回帰直線)
line: 直線による回帰
1. IGORの組み込み解析式
poly: n 項か次数 n-1 を伴う多項式による回帰
Menu ! Analysis ! Curve Fitting... gauss: ガウス曲線による回帰
lor: ローレンツによる回帰
2. 回帰直線 (Line Fit) exp: 減衰指数曲線、dblexp: 減衰指数曲線の和
exp_XOffset : 減衰指数曲線による回帰
(GraphがActiveな状態) Menu ! Analysis
dblexp_XOffset : 2つの減衰指数曲線による回帰
! Quick Fit ! line sin: シヌソイドによる回帰
Hill: Hill の方程式、S 字関数による回帰
Sigmoid: Hill の方程式と異なる形状をもつ S 字関数による回帰
Power: 累乗法による回帰
LogNormal: ログノーマルのピーク形状を回帰
命令文
V_chisq: カイ2乗値
V_q: カイ2乗分布の信頼度 (重み付けの際有効)
V_Pr: ピアソンの相関 (線形相関係数)
V_Rab: 切片と傾きの不確定性の間の相関 結果
W_Sigma: 各回帰係数に対する推定標準誤差
練習③: (新規Graph作成後に)Command lineに% CurveFit/....をCopy&Pasteする
! 命令文によりFittingを再現する
15. IGOR PROの使い方(初級⑥ 定義関数を用いたデータ解析)
1. 解析式の作製 (ミカエリス・メンテンの式の続き)
Menu ! Analysis !Curve fitting ! Function and Data
! New fit function...をクリック
IGORには、定義済みの関数が少ないので、
自分で作成する必要がある。
Fit Function Name ! 名前をつける
Fit coefficients (フィット係数): 解析により得られ
る係数 (ここではVmax, Km) 独立変数
係数
Independent Variables (独立変数): 解析の結果に
左右されない変数 (ここではS)。
解析式
Fit expression: 解析式を入力する。
※ 定義した表記を用いる。
(もしNo errorならば)
! Save Fit Function Now
16. 2. 解析式の設定
Function and Data
Function ! Fitting
Y Data (GraphのY軸) ! wave1 関数の選択
X Data (GraphのX軸) ! wave0
X & Y軸データ
(補足)
_calculated_(自動計算)は、waveのX軸である
Point関数(= 配列番号)が選ばれる。
Data options
Range (データ範囲)
重み付け
! Start: 解析領域の開始 (X軸の値)
! End: 解析領域の終わり (X軸の値) データ範囲
何も記入しないとすべてのデータが使われる
Weighting (重み付け)
! 誤差のwaveを選択する。今回は設定しない。
17. 初期値
Coefficients
範囲制限
Initial Guess (初期値) ! 適当な値を入力する。
この場合、Vmax=100、Km=20くらい。
Hold?: その値を固定するかしないか。 データ固定
Constraints: 係数の範囲を制限する。
Output Options ポイント点
Length ! Fittingのポイント数を指定
(Auto or 200 ~ 300) X軸全体
X Range Full Width of Graph ! on
(Fit曲線をX軸全体に反映する)
Textbox
Add Textbox ! on
最後に、Do itで完了。
18. 3. 解析結果の見方
右のような解析結果が得られる。
! OK
Fitting curve上で右クリック
! Send to Back or Backward
(Fitting curveがシンボルの後ろに
表示される。)
Command windowに結果の履歴が残る。
(補足)
W_coef: フィッティングで決定された
最後の係数の格納Wave
V_npnts: waveに含まれるデータ数
V_numNaNs: NaN(Not a Number)の数
V_numINFs: INF (無限値)の数
V_startRow: 最初のポイント
V_endRow: 最後のポイント 解析結果
※ Nan関数: “何もなし”を返す関数
19. 4. Browse Waves の活用法
Menu ! Data ! Browse Waves
! Fit Dataを選択する
複数回解析した場合には有効 解析結果が見れる
5. FitFunctionの作製
Menu ! Windows ! Procedure windows
下のようなFitFunction関数が書き込まれていることに気づく。先程定義した関数である。
まず、Functionであることに気づく。
カッコ内は、(未知数, 変数)の定義名の順。
未知数(w)を決定するのが、Fittingの目的である。
無くても良い!
ここが必要!!
w[...]=...と定義する。
w[...]でf()を書き換える。
6. FitFunctionの保存
Menu ! File !Save Procedure Copy... ※ Procedureは、.ipf 形式で保存される。
20. 7. Graphの画像保存
保存したいGraphをActiveな状態にする ! File ! save graphics ! TIF or PNG (or JPEG)
TIF: 高品質画像。"screenで出力するのがコツ。RGBが一般的。
PNG: 背景透明のGraphが作製可能。Transparent ! on
TIF保存の場合 PNG保存の場合
論文の場合、Other DPI 300以上。
Procedure windowにGraphを再現する
8. GraphをCommandとして保存する
Macroが書き込まれている
Graphを赤$で削除時にClose windowが表示される
Menu ! Windows ! Graphsから呼び出し可能
21. IGOR PROの使い方(初級⑦ データの取り扱い方)
1. 外部データ(Text file)の取り込み
Menu ! Data ! Load Waves ! Load General Text....
! wavenameを付ける ! load
先頭の名前が、Wave nameとして引き継がれる。
データの呼び出し
Menu ! Window ! New table ! データの選択 ! OK
Skip_column: 読み込まない列の選択
2. 外部データ(From excel)の貼付け (Better)
Excelデータのコピー ! 先頭の名前ごと、IGOR Data
TableにCopy & Pasteする。
先頭の名前が、Wave nameとして引き継がれる。
3. Wave data (From Igor)をExcel)に貼付け
Waveデータのコピー (Waveの先頭でShift + Command + %) ! ExcelにPasteする。
4. Excel ! IGOR ! Excelへの貼付け
Excelセルの数式が数値データとしてExcelに貼付け可能となる。
22. 5. 最近のData File の呼び出し 6. Data Tableへのデータ追加
Menu ! Table ! Append Columns to Table
最近のpxp Fileが読み込み可能
最近のipf File等が読み込み可能
解析デモが見られる
(なかなか良い)
Edit data column only: Wave data(Y軸)のみ追加
Edit index and data column: XおよびY軸データの追加
23. IGOR PROの使い方 ( 初級⑧ カテゴリープロット)
1. Data Tableの作成 文字列 変数列
Data Tableに、右のような文字列と変数列
を入力する
カテゴリープロットには、変数列と文字列の両方を使用する。
2. プロットの仕方
Menu ! Windows ! New ! Category plot...
X軸waveに文字列を、Y軸waveに変数列を選択する
! Do it ! 右のGraphが出力される。
3. Graphの設定
30 %がBetter
31. IGOR PROの使い方 (初級⑬ Data Browserの活用法)
1. IGORのデータはどこで保存されているのか?
Menu ! Data ! Data Browser
Data Browserは、全データを確認できる。
IGORのDataは階層的なFolderに保存されている。
Rootはもっとも浅い階層を意味する。
Display内のすべての項目をCheckする。
(WavesとPlotだけでも可)
SIN関数を選択した場合のプロットを
図示している。
作図しなくてもデータは見られる!
このプロットは、X軸 = POINT変数、Y軸 = SIN関数である。
32. 2. Data Browserの使い方
New Folder...: 新規フォルダを追加する。
Save copy...: Dataをpxp Fileとして保存する。
Browse Expt...: 他のpxp FileからWaveを読み込む。
Delete...: 選択したWaveを削除する。
Preferences...: Browserのフォント等を設定する。
Execute Cmd...: ???
Waveの選択 ! Command + D: waveの複製
Rename Wave root: もっとも浅い階層
Wave nameをクリック ! 少し待つ (白くなる) ! Nameの変更可能
※ フォルダが違えば、同じWave Nameが可能である
Waveのフォルダ間移動 (Control + クリック)
Wave シンボルを選択 (or 複数選択) ! ドラッグ!
Data Tableとして表示する
Wave シンボルを選択 (or 複数選択) ! ダブルクリック
作業フォルダの設定
Control + クリック ! Set Current Data Folder
※ データのインポートは作業フォルダで行われる
※ フォルダパスを打つ必要がない