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       IGOR PROの使い方(初級編)
① IGORの基礎                    ⑦ データの取り扱い方

② Table & Graphの作製           ⑧ カテゴリープロット

③ Graph macroの作製             ⑨ ショートカットの活用法

④ Macro if 構文の作製             ⑩ 代表的な組込み関数

                             ⑪ WAVEを用いた計算方法
⑤ 回帰直線
                             ⑫ Layoutの活用法
⑥ 定義関数を用いたデータ解析
(ミカエリス・メンテン式)                ⑬ Data Browserの活用法

        Presented by Satoshi Kume
             Osaka Prefecture University
IGOR PROの使い方(初級① IGORの基礎)
1. Waveについて
                                     列を
Data Tableにおける列をWave、                     Wave   と呼ぶ
行を配列と呼ぶ。
Pointは、配列番号を意味する。
                              行を
(補足説明)
1次元Waveが初期設定。1次元Waveには、XとY    配列
                               と呼ぶ
軸データが独自にある。Waveは、Y軸データに対
応する。1∼4次元Waveまで作成可能である。

2. Waveの性質
Waveの名前は、アルファベット2文字以上である。
                                   例えば...
Waveの上書きは出来ない。
大文字と小文字は区別されない。

3. Waveの種類
Waveには、変数列と文字列がある。
簡単には、
最初に数字を打てば、変数列(wave)に          (補足説明)
   文字を打てば、文字列(textWave)になる。   変数列と文字列の相互変換は可能である。
IGOR PROの使い方(初級② Table & Graphの作製)
1. Data Tableの作製
(ミカエリス・メンテン編)

 右のTableのように数値を入力する

 こ こ で、 Wa v e 0 は 基 質 濃 度 [ S ] に 、
 Wave1は反応速度V0に対応する。

2. Graphの作製
   Menu ! Windows ! New Graph ! グラフのY Wave(= Y軸) と X Wave (= X軸) の選択
   ! Do it(ここでは、 Y軸: wave1、X軸: wave0を選択する)




       Y軸                 X軸
                                                   Graph
                                       出力




 ※ More choices ! Addから複数データのプロットが可能。
New Name
3. Waveの名前変更
Data table ! 右クリック ! Rename [wave name]
waveの指定 ! 黄色矢印 をクリック
! New nameを入力                                 選択
       Shift + 選択: まとめて選択
       Command + 選択: 個別選択



4. Graphの編集                 mode ! Markers
                            Size ! 6 ~ 7
(Graph内でダブルクリック)
                            Symbol ! " or #
使用頻度の高いMode                 Color ! Black

Markers                                            透過度の有無
! 一般的なシンボル表示
Lines between points
! 点&線表示
Dots
! データポイントが多い場合に
Bars
! 棒グラフ表示
Error bar...: 誤差を付加する。                                               Offsetの入力
offset...: 各データを水平・垂直移動
できる。
                                                  誤差の選択

(軸上でダブルクリック)
Axis
                                                  Ticks & Grids         軸目盛の向き



                                                                           グリットの有無

                            グラフの大きさ
                                                 最大値      最小値

Axis ! Select All Axesを選択
Mode ! Linear (常数表示) or Log (対数表示)
Standoff ! off                                         Tick Demension ! location
Mirror (軸で囲む) ! no ticks                               ! inside
Thickness (軸の太さ) ! 2.0 ~ 2.50                          ! Do it.
Font ! Arial、Font size ! 28 ~ 32、offset ! -0.5
(補足説明)
軸のマニュアル設定




Computed Manual Ticks: 軸目盛のマニュアル設定           inhibit ticks ! 指定した数字を表示しない。
Major ticks ! Tick increment: 主目盛の幅          (Defaultは、-----の設定)
Digits after dp: 小数点以下、何点まで表示するか?            Zero is “o”: 必ず”0”表示になる。
Minor Ticks ! Number per major tick: 副目盛の数   ※ inf: 無限大のこと。
(Special)




                                    イタリック、ボールド等の設定

                                     上付き
                                     下付き




Font: フォントの設定
Font size: フォントサイズの設定


                                      Waveシンボルの同期
                                      特殊文字

                                      画像の挿入
                                      (Layoutの方がオススメ)
(Graph内で右クリック)
                                                 (図外でダブルクリック)
Append Traces to Graph...
データの追加
Remove from Graph
データの削除                                               -1だと、余白なし設定
Modify from Graph...
Graph windowの設定
                                                        Windowの大きさ
                                                          (Absolute)
Add Annotation
                                                           20 ~ 24 cm
注釈の追加

                                                            16 ~ 20 cm




                                     XとY軸を入れ替える


                                    2次元グラフ作成時に使用
※ Annotation ! Legend
                            ※ Graphとして保存する場合のコツ
        Width mode & Height mode: Auto ! Absolute (Graphの大きさを固定する)
IGOR PROの使い方(初級③ Graph macroの作製)
1. Command Bufferのフォント変更
 (Command bufferまたは履歴エリアを選択する)
 Menu ! Misc ! Command Buffer (or History Area)
 ! Set Text Format... (Default: Osaka)
 ※ Capture Prefs... ! Check Text format (すべてに反映される)

2. Command windowの拡大
 Command windowで右クリック ! Magnification ! 125~200%
 を選択 ! Set as Default For... (Defaultに設定できる)
 ※ LogとCommand bufferは別設定。



3. TableのDefault設定

 ※ Table の大きさ & 位置の調整
 Menu ! Table ! Font ! 任意
 Menu ! Table ! Font size ! 任意
 Menu ! Table ! Capture Table Prefs...
 ! すべてCheck ! Capture Prefs
4. GraphのDefault設定

 (Graph上)
 Graph modify ! Font: Arial, Font size: 28
 ※ 軸ラベルを削除する。


 Menu ! Graph ! Capture Graph Prefs...
 ! Check (任意) ! Capture Prefs




5. Commandの履歴を見る。
 編集後のGraph                       Command window
                       履歴エリア



                                             Command line
                          Command windowには、Graph編集に使った履歴が残っている。
         練習①: (新規Graph作成後に)Command lineに履歴をCopy & Pasteする。
                        ! CommandによりGraphを再現する。
6. MACROの作製

   Menu ! Windows ! Procedure Windows
   ! Procedure Windows
   空のProcedure windowsが出力される。



         Procedure windows内に
         macro [Macroの名前]()
         ...
         ...
         end
         と入力する。


macro Test()とendの間に
Command windowの命令文をCopy&Pasteする。
! Compileを押せば、完了。

Menu ! Macros ! Testが追加されている。              Compile
※ Command line ! % Test() でも同処理が可能。
   練習②: (新規Graph作成後に)Command lineに% Test()と入力する
               ! MacroによりGraphを再現する
7. MACROの保存
 Menu ! File !Save Procedure Copy... (.ipf 形式で保存する)

8. IGOR上でのMACROの呼び出し
 Menu ! File ! Open File ! Procedure... ! .ipf Fileを選択する ! Compile

9. ipf Fileの自動読み込み
 Mac/Users ! Documents (書類) ! WaveMetrics ! Igor Pro 6 User Files
 ! Igor Procedures: フォルダ内にipf fileを移動・保存する。
 ※ Igor Procedures内に保存するとだけでipf fileが自動読み込みされる。
 ※ アプリケーション自身にMACRO等は保存されない。

10. ipf Fileの手動読み込み (IGOR起動を軽くするために)
 Mac/Users ! Documents (書類) ! WaveMetrics ! Igor Pro 6 User Files
 ! User Procedures: フォルダ内にipf fileを移動・保存する。

 ipf Fileを呼び出すためには
 新規のProcedure window ! # include “File name”と入力 ! Compile
 ※ # (シャープ) が必要。

11. ipf Fileを表示する
 Menu ! Windows ! Procedure Windows ! Procedure Windowsの下に表示される
IGOR PROの使い方(初級④ Macro if 構文の作製)
1. if構文の作成
  Procedure windows内に
  macro [Macro name](n)
    variable n // 変数 n を定義する
    if(n==0)
    ...
    endif
  end                            作成例
  と入力する ! Compile
  (n)は、引数を意味する。
2. Macroの実行
上記のMacroは
% [Macro name](1) で呼び出せる。引数nは、
好みの数字を設定できる。
if構文により、同一Macro内に複数の命令文が
作成できる。
          (補足)
          =: 代入演算子 (数式の場合、左辺に右辺を代入する)
          ==: “等しい”を意味する比較演算子 (数学的なイコールと同義)
          //...[改行]: Macroに無視される命令
IGOR PROの使い方(初級⑤ 回帰直線)
                                     line: 直線による回帰
1. IGORの組み込み解析式
                                     poly: n 項か次数 n-1 を伴う多項式による回帰
Menu ! Analysis ! Curve Fitting...   gauss: ガウス曲線による回帰
                                     lor: ローレンツによる回帰
2. 回帰直線 (Line Fit)                   exp: 減衰指数曲線、dblexp: 減衰指数曲線の和
                                     exp_XOffset : 減衰指数曲線による回帰
(GraphがActiveな状態) Menu ! Analysis
                                     dblexp_XOffset : 2つの減衰指数曲線による回帰
! Quick Fit ! line                   sin: シヌソイドによる回帰
                                     Hill: Hill の方程式、S 字関数による回帰
                                     Sigmoid: Hill の方程式と異なる形状をもつ S 字関数による回帰
                                     Power: 累乗法による回帰
                                     LogNormal: ログノーマルのピーク形状を回帰



                                                                 命令文
V_chisq: カイ2乗値
V_q: カイ2乗分布の信頼度 (重み付けの際有効)
V_Pr: ピアソンの相関 (線形相関係数)
V_Rab: 切片と傾きの不確定性の間の相関                               結果
W_Sigma: 各回帰係数に対する推定標準誤差
       練習③: (新規Graph作成後に)Command lineに% CurveFit/....をCopy&Pasteする
                            ! 命令文によりFittingを再現する
IGOR PROの使い方(初級⑥ 定義関数を用いたデータ解析)
1. 解析式の作製 (ミカエリス・メンテンの式の続き)

Menu ! Analysis !Curve fitting ! Function and Data
! New fit function...をクリック

     IGORには、定義済みの関数が少ないので、
     自分で作成する必要がある。



            Fit Function Name ! 名前をつける


Fit coefficients (フィット係数): 解析により得られ
る係数 (ここではVmax, Km)                                          独立変数
                                                     係数
Independent Variables (独立変数): 解析の結果に
左右されない変数 (ここではS)。
                                                          解析式
Fit expression: 解析式を入力する。
※ 定義した表記を用いる。
(もしNo errorならば)
! Save Fit Function Now
2. 解析式の設定
 Function and Data

 Function ! Fitting
 Y Data (GraphのY軸) ! wave1        関数の選択
 X Data (GraphのX軸) ! wave0
                                           X & Y軸データ

 (補足)
 _calculated_(自動計算)は、waveのX軸である
 Point関数(= 配列番号)が選ばれる。


 Data options

 Range (データ範囲)
                                             重み付け
 ! Start: 解析領域の開始 (X軸の値)
 ! End: 解析領域の終わり (X軸の値)            データ範囲
 何も記入しないとすべてのデータが使われる


 Weighting (重み付け)
 ! 誤差のwaveを選択する。今回は設定しない。
初期値
Coefficients
                                                範囲制限

Initial Guess (初期値) ! 適当な値を入力する。
この場合、Vmax=100、Km=20くらい。
Hold?: その値を固定するかしないか。                        データ固定
Constraints: 係数の範囲を制限する。




Output Options                         ポイント点
Length ! Fittingのポイント数を指定
(Auto or 200 ~ 300)                                  X軸全体
X Range Full Width of Graph ! on
(Fit曲線をX軸全体に反映する)
                                   Textbox
Add Textbox ! on



最後に、Do itで完了。
3. 解析結果の見方

右のような解析結果が得られる。
! OK


Fitting curve上で右クリック
! Send to Back or Backward
(Fitting curveがシンボルの後ろに
表示される。)



Command windowに結果の履歴が残る。

(補足)
W_coef: フィッティングで決定された
最後の係数の格納Wave
V_npnts: waveに含まれるデータ数
V_numNaNs: NaN(Not a Number)の数
V_numINFs: INF (無限値)の数
V_startRow: 最初のポイント
V_endRow: 最後のポイント                解析結果
※ Nan関数: “何もなし”を返す関数
4. Browse Waves の活用法
     Menu ! Data ! Browse Waves
     ! Fit Dataを選択する

       複数回解析した場合には有効                                    解析結果が見れる


5. FitFunctionの作製
Menu ! Windows ! Procedure windows
下のようなFitFunction関数が書き込まれていることに気づく。先程定義した関数である。
                                     まず、Functionであることに気づく。
                                     カッコ内は、(未知数, 変数)の定義名の順。
                                     未知数(w)を決定するのが、Fittingの目的である。
                   無くても良い!

                 ここが必要!!
                                     w[...]=...と定義する。

                                     w[...]でf()を書き換える。

6. FitFunctionの保存
     Menu ! File !Save Procedure Copy... ※ Procedureは、.ipf 形式で保存される。
7. Graphの画像保存
保存したいGraphをActiveな状態にする ! File ! save graphics ! TIF or PNG (or JPEG)
TIF: 高品質画像。"screenで出力するのがコツ。RGBが一般的。
PNG: 背景透明のGraphが作製可能。Transparent ! on
    TIF保存の場合                         PNG保存の場合




      論文の場合、Other DPI 300以上。
                                          Procedure windowにGraphを再現する
8. GraphをCommandとして保存する
                                          Macroが書き込まれている
Graphを赤$で削除時にClose windowが表示される




                                      Menu ! Windows ! Graphsから呼び出し可能
IGOR PROの使い方(初級⑦ データの取り扱い方)
1. 外部データ(Text file)の取り込み
 Menu ! Data ! Load Waves ! Load General Text....
 ! wavenameを付ける ! load

 先頭の名前が、Wave nameとして引き継がれる。

 データの呼び出し
 Menu ! Window ! New table ! データの選択 ! OK
                                                    Skip_column: 読み込まない列の選択
2. 外部データ(From excel)の貼付け (Better)
 Excelデータのコピー ! 先頭の名前ごと、IGOR Data
 TableにCopy & Pasteする。

 先頭の名前が、Wave nameとして引き継がれる。

3. Wave data (From Igor)をExcel)に貼付け
 Waveデータのコピー (Waveの先頭でShift + Command + %) ! ExcelにPasteする。

4. Excel ! IGOR ! Excelへの貼付け
 Excelセルの数式が数値データとしてExcelに貼付け可能となる。
5. 最近のData File の呼び出し         6. Data Tableへのデータ追加
                               Menu ! Table ! Append Columns to Table

            最近のpxp Fileが読み込み可能
            最近のipf File等が読み込み可能

            解析デモが見られる
            (なかなか良い)


                        Edit data column only: Wave data(Y軸)のみ追加
                        Edit index and data column: XおよびY軸データの追加
IGOR PROの使い方 ( 初級⑧ カテゴリープロット)
1. Data Tableの作成                             文字列 変数列
   Data Tableに、右のような文字列と変数列
   を入力する



           カテゴリープロットには、変数列と文字列の両方を使用する。

2. プロットの仕方
   Menu ! Windows ! New ! Category plot...
   X軸waveに文字列を、Y軸waveに変数列を選択する
   ! Do it ! 右のGraphが出力される。


3. Graphの設定



30 %がBetter
IGOR PROの使い方(初級⑨ ショートカットの活用法)
 1. Show info
     GraphがActiveな状態 ! Command + i (or menu ! Graph ! show info)
    これらのシンボルをGraphにドラッグすることで各点のデータを読み取ることができる。
            Start

            End
カーサー                          配列数        X軸データ       Y軸データ
     ※ シンボルをしまうときは、逆にドラッグする。
     ※※ これらのシンボルは、Menu ! Analysis ! Data option ! RangeのStartとEndに対応する。
     ※※※ Command line上では、pcsr(A)およびpcsr(B)と表記される。 xcsr(A)およびxcsr(B)もある。
            両シンボルを使うことにより、Fitting rangeを視覚的に決定できる
 2. 便利機能
(GraphがActiveな状態) Command + option (alt) + i: Graph上でデータタグを表示する (Get info)
※ Command + Shift + alt + 左クリックでも上記と同じ。
Graph上のシンボル (or Fitting curve)を1秒以上クリック: Manual Offsetの設定
Graph上でカーソル囲み + 右クリック: Expand etc                               選択部分の拡大
Option (Alt) + 左クリック: Graph内データを左右上下同時移動する。                     横方向のみの拡大
(Graphの軸を移動した場合には、余白の調整が可能である。)                                 縦方向のみの拡大

Option (Alt) + Shift + 左クリック: Graph内データを左右あるいは
上下移動する。
3. 使用頻度の高いショートカット
Command + S: pxp Fileの保存。
Command + A: Graphの全体を表示する (= Autoscale)。
Command + Z: (1つ前まで)戻る。
Command + D: GraphあるいはData Tableを複製する。
Command + M: Procedure windowを開く。
Command + J: Command windowに切り替える。
Command + T: ツールを表示する。※ Menu ! Graph ! Show Tools
Command + K: Command lineをClearにする。
 Command + C: コピー。
Command + X: 切り取り。
Command + V: 貼付け (※ Command + Shift + V: 2次元軸に貼付け)。
4. 使用頻度の低いショートカット
Command + H: Windowをすべて隠す。
Command + Y: Window Title or Window Nameを変更する。
Command + W: GraphあるいはData Tableの削除。
Command + L: ロードデータ。
Command + F: Command line および履歴エリアを検索する。
IGOR PROの使い方 (初級⑩ 代表的な組込み関数)
1. PRINT操作関数の活用法
  PRINTは、計算結果、配列等を返す操作関数である。
  例えば、あるデータだけを返すことができる。
  % print wave0[配列番号]
  四則演算や三角関数等の計算もできる。
                                                  Print wave0
  3$6+8$9-15÷5は、
                                                  wave全体を返す。
  % print 3*6+8*9-15/5と入力
                                                  Print “wave0”
                                                  waveを文字列として返す。
2. よく使う組込み関数
    LN関数: 自然対数を返す。ex. print LN(10)
    LOG関数: 10の常対数を返す。ex. print LOG(10)
    SQRT関数: 平方根を返す。ex. print SQRT(2)
    EXP関数: eのX乗を返す。ex. print EXP(10)
    X^Y: XのY乗を返す。ex.: print 2^2
    SIN、COS、TAN関数: そのままです。
    ex. print sin(10)、 print cos(10)、 print tan(10)
    ROUND関数: 四捨五入を返す関数。
    ex. print ROUND(1.1111)
    小数点第2位までを表示する場合
    ex. print ROUND(1.1111*100)/100
IGOR PROの使い方 (初級⑪ Waveを用いた計算方法)
1. POINT変数
           POINT変数は、配列番号をWaveに返す特殊な変数である。
           POINT変数は、pと表記する。
2. WaveのX軸を見る
 Menu ! windows ! New table ! Edit index and data columnの設定 で出力する。




                                            wave0.x: WaveのX軸
                                            wave0.d: Waveのデータ

               1次元waveのX軸は、配列番号(= p)である(Default)。
      また、waveのX軸は、等間隔の連続する数値であることが定義である。

2. Wave= を活用する。
   % wave0=1           // Waveがすべて1になる。
   % wave0=p          // 配列番号を返す (Defaultなら、% wave0=xと同義)。
   % wave0=p+5        // 配列番号 + 5
   % wave0=10^(p/99*5-3) // ちょっと複雑な計算
3. WaveとWaveとの計算
 % wave0=wave0+3      // 同一waveが使用可能。
 % wave1=wave0*5    // 異なるwaveが使用可能。
 % wave1=wave0*wave1 // 複数のWaveが使用可能。
4. 関数内でのWaveの計算
 % wave1=3+3*sin(wave0)   // 関数内でwaveが使用可能。
 % wave0=LN(wave0+10)     // 関数内でwave計算が可能。
 % wave0=LN(wave0*wave1) // 関数内で複数のwaveが使用可能。
5. 配列番号を指定しての代入・計算
 % wave1[0]=3             // 配列番号 0 に3を代入する。
 % wave1[0,100]=3         // 配列番号 0 ~ 100 に3を代入する。

 % wave0[0]=3*p+1         // 配列番号 0 に計算結果を返す。
 % wave0[0,100]=3*p+1     // 配列番号 0 ~ 100 に計算結果を返す。
6. データを間引く
 % wave1=wave0[3*p]        // 配列番号 0, 3, 6, 9...番目を代入する。
 % wave1=wave1[3*p]        // 同じwaveでも可能。

 % wave1=wave0[300-3*p]    // 配列番号 300, 297, 294...番目を代入する。
 % wave1=wave1[300-3*p]    // 同じwaveでも可能。
IGOR PROの使い方 (初級⑫ Layoutの活用法)
 Menu ! Windows ! New Layout ! Do it (New Page Layout)

       アイコンの選択                 操作ツールを有効にする

                               描写ツールを有効にする

Layout貼付けのコツ (※ 操作ツール: ON)

GraphをLayout上にCopy&Pasteする。
(※ GraphとLayoutを同期させない方がよい)
 Graphのサイズ変更
 Graph上右クリック ! Scale PICT...




                     同倍率で変更する



 Add Annotation形式で、文字等が入力可能
                                    ズーム (%)
操作ツールの場合                     描写ツールの場合 (テキスト編集に適当)
 Menu ! Layout ! ...         右クリック ! ...



                                             テキストの設定




                                             Graphの配置設定




Layoutの保存
(LayoutがActiveな状態) File ! Save Graphics...
             複数のGraphを1枚のFigureとして出力可能
IGOR PROの使い方 (初級⑬ Data Browserの活用法)

1. IGORのデータはどこで保存されているのか?

Menu ! Data ! Data Browser

Data Browserは、全データを確認できる。
IGORのDataは階層的なFolderに保存されている。
Rootはもっとも浅い階層を意味する。


Display内のすべての項目をCheckする。
(WavesとPlotだけでも可)

SIN関数を選択した場合のプロットを
図示している。


作図しなくてもデータは見られる!

       このプロットは、X軸 = POINT変数、Y軸 = SIN関数である。
2. Data Browserの使い方
                                 New Folder...: 新規フォルダを追加する。
                                 Save copy...: Dataをpxp Fileとして保存する。
                                 Browse Expt...: 他のpxp FileからWaveを読み込む。
                                 Delete...: 選択したWaveを削除する。
                                 Preferences...: Browserのフォント等を設定する。
                                 Execute Cmd...: ???
                                 Waveの選択 ! Command + D: waveの複製

   Rename Wave                             root: もっとも浅い階層
     Wave nameをクリック ! 少し待つ (白くなる) ! Nameの変更可能
     ※ フォルダが違えば、同じWave Nameが可能である
   Waveのフォルダ間移動                                        (Control + クリック)
     Wave シンボルを選択 (or 複数選択) ! ドラッグ!
   Data Tableとして表示する
     Wave シンボルを選択 (or 複数選択) ! ダブルクリック
   作業フォルダの設定
     Control + クリック ! Set Current Data Folder
     ※ データのインポートは作業フォルダで行われる
     ※ フォルダパスを打つ必要がない

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  • 1. 120811 ver 1.0 IGOR PROの使い方(初級編) ① IGORの基礎 ⑦ データの取り扱い方 ② Table & Graphの作製 ⑧ カテゴリープロット ③ Graph macroの作製 ⑨ ショートカットの活用法 ④ Macro if 構文の作製 ⑩ 代表的な組込み関数 ⑪ WAVEを用いた計算方法 ⑤ 回帰直線 ⑫ Layoutの活用法 ⑥ 定義関数を用いたデータ解析 (ミカエリス・メンテン式) ⑬ Data Browserの活用法 Presented by Satoshi Kume Osaka Prefecture University
  • 2. IGOR PROの使い方(初級① IGORの基礎) 1. Waveについて 列を Data Tableにおける列をWave、 Wave と呼ぶ 行を配列と呼ぶ。 Pointは、配列番号を意味する。 行を (補足説明) 1次元Waveが初期設定。1次元Waveには、XとY 配列 と呼ぶ 軸データが独自にある。Waveは、Y軸データに対 応する。1∼4次元Waveまで作成可能である。 2. Waveの性質 Waveの名前は、アルファベット2文字以上である。 例えば... Waveの上書きは出来ない。 大文字と小文字は区別されない。 3. Waveの種類 Waveには、変数列と文字列がある。 簡単には、 最初に数字を打てば、変数列(wave)に (補足説明)    文字を打てば、文字列(textWave)になる。 変数列と文字列の相互変換は可能である。
  • 3. IGOR PROの使い方(初級② Table & Graphの作製) 1. Data Tableの作製 (ミカエリス・メンテン編) 右のTableのように数値を入力する こ こ で、 Wa v e 0 は 基 質 濃 度 [ S ] に 、 Wave1は反応速度V0に対応する。 2. Graphの作製 Menu ! Windows ! New Graph ! グラフのY Wave(= Y軸) と X Wave (= X軸) の選択 ! Do it(ここでは、 Y軸: wave1、X軸: wave0を選択する) Y軸 X軸 Graph 出力 ※ More choices ! Addから複数データのプロットが可能。
  • 4. New Name 3. Waveの名前変更 Data table ! 右クリック ! Rename [wave name] waveの指定 ! 黄色矢印 をクリック ! New nameを入力 選択 Shift + 選択: まとめて選択 Command + 選択: 個別選択 4. Graphの編集 mode ! Markers Size ! 6 ~ 7 (Graph内でダブルクリック) Symbol ! " or # 使用頻度の高いMode Color ! Black Markers 透過度の有無 ! 一般的なシンボル表示 Lines between points ! 点&線表示 Dots ! データポイントが多い場合に Bars ! 棒グラフ表示
  • 5. Error bar...: 誤差を付加する。 Offsetの入力 offset...: 各データを水平・垂直移動 できる。 誤差の選択 (軸上でダブルクリック) Axis Ticks & Grids 軸目盛の向き グリットの有無 グラフの大きさ 最大値 最小値 Axis ! Select All Axesを選択 Mode ! Linear (常数表示) or Log (対数表示) Standoff ! off Tick Demension ! location Mirror (軸で囲む) ! no ticks ! inside Thickness (軸の太さ) ! 2.0 ~ 2.50 ! Do it. Font ! Arial、Font size ! 28 ~ 32、offset ! -0.5
  • 6. (補足説明) 軸のマニュアル設定 Computed Manual Ticks: 軸目盛のマニュアル設定 inhibit ticks ! 指定した数字を表示しない。 Major ticks ! Tick increment: 主目盛の幅 (Defaultは、-----の設定) Digits after dp: 小数点以下、何点まで表示するか? Zero is “o”: 必ず”0”表示になる。 Minor Ticks ! Number per major tick: 副目盛の数 ※ inf: 無限大のこと。
  • 7. (Special) イタリック、ボールド等の設定 上付き 下付き Font: フォントの設定 Font size: フォントサイズの設定 Waveシンボルの同期 特殊文字 画像の挿入 (Layoutの方がオススメ)
  • 8. (Graph内で右クリック) (図外でダブルクリック) Append Traces to Graph... データの追加 Remove from Graph データの削除 -1だと、余白なし設定 Modify from Graph... Graph windowの設定 Windowの大きさ (Absolute) Add Annotation 20 ~ 24 cm 注釈の追加 16 ~ 20 cm XとY軸を入れ替える 2次元グラフ作成時に使用 ※ Annotation ! Legend ※ Graphとして保存する場合のコツ Width mode & Height mode: Auto ! Absolute (Graphの大きさを固定する)
  • 9. IGOR PROの使い方(初級③ Graph macroの作製) 1. Command Bufferのフォント変更 (Command bufferまたは履歴エリアを選択する) Menu ! Misc ! Command Buffer (or History Area) ! Set Text Format... (Default: Osaka) ※ Capture Prefs... ! Check Text format (すべてに反映される) 2. Command windowの拡大 Command windowで右クリック ! Magnification ! 125~200% を選択 ! Set as Default For... (Defaultに設定できる) ※ LogとCommand bufferは別設定。 3. TableのDefault設定 ※ Table の大きさ & 位置の調整 Menu ! Table ! Font ! 任意 Menu ! Table ! Font size ! 任意 Menu ! Table ! Capture Table Prefs... ! すべてCheck ! Capture Prefs
  • 10. 4. GraphのDefault設定 (Graph上) Graph modify ! Font: Arial, Font size: 28 ※ 軸ラベルを削除する。 Menu ! Graph ! Capture Graph Prefs... ! Check (任意) ! Capture Prefs 5. Commandの履歴を見る。 編集後のGraph Command window 履歴エリア Command line Command windowには、Graph編集に使った履歴が残っている。 練習①: (新規Graph作成後に)Command lineに履歴をCopy & Pasteする。 ! CommandによりGraphを再現する。
  • 11. 6. MACROの作製 Menu ! Windows ! Procedure Windows ! Procedure Windows 空のProcedure windowsが出力される。 Procedure windows内に macro [Macroの名前]() ... ... end と入力する。 macro Test()とendの間に Command windowの命令文をCopy&Pasteする。 ! Compileを押せば、完了。 Menu ! Macros ! Testが追加されている。 Compile ※ Command line ! % Test() でも同処理が可能。 練習②: (新規Graph作成後に)Command lineに% Test()と入力する ! MacroによりGraphを再現する
  • 12. 7. MACROの保存 Menu ! File !Save Procedure Copy... (.ipf 形式で保存する) 8. IGOR上でのMACROの呼び出し Menu ! File ! Open File ! Procedure... ! .ipf Fileを選択する ! Compile 9. ipf Fileの自動読み込み Mac/Users ! Documents (書類) ! WaveMetrics ! Igor Pro 6 User Files ! Igor Procedures: フォルダ内にipf fileを移動・保存する。 ※ Igor Procedures内に保存するとだけでipf fileが自動読み込みされる。 ※ アプリケーション自身にMACRO等は保存されない。 10. ipf Fileの手動読み込み (IGOR起動を軽くするために) Mac/Users ! Documents (書類) ! WaveMetrics ! Igor Pro 6 User Files ! User Procedures: フォルダ内にipf fileを移動・保存する。 ipf Fileを呼び出すためには 新規のProcedure window ! # include “File name”と入力 ! Compile ※ # (シャープ) が必要。 11. ipf Fileを表示する Menu ! Windows ! Procedure Windows ! Procedure Windowsの下に表示される
  • 13. IGOR PROの使い方(初級④ Macro if 構文の作製) 1. if構文の作成 Procedure windows内に macro [Macro name](n) variable n // 変数 n を定義する if(n==0) ... endif end 作成例 と入力する ! Compile (n)は、引数を意味する。 2. Macroの実行 上記のMacroは % [Macro name](1) で呼び出せる。引数nは、 好みの数字を設定できる。 if構文により、同一Macro内に複数の命令文が 作成できる。 (補足) =: 代入演算子 (数式の場合、左辺に右辺を代入する) ==: “等しい”を意味する比較演算子 (数学的なイコールと同義) //...[改行]: Macroに無視される命令
  • 14. IGOR PROの使い方(初級⑤ 回帰直線) line: 直線による回帰 1. IGORの組み込み解析式 poly: n 項か次数 n-1 を伴う多項式による回帰 Menu ! Analysis ! Curve Fitting... gauss: ガウス曲線による回帰 lor: ローレンツによる回帰 2. 回帰直線 (Line Fit) exp: 減衰指数曲線、dblexp: 減衰指数曲線の和 exp_XOffset : 減衰指数曲線による回帰 (GraphがActiveな状態) Menu ! Analysis dblexp_XOffset : 2つの減衰指数曲線による回帰 ! Quick Fit ! line sin: シヌソイドによる回帰 Hill: Hill の方程式、S 字関数による回帰 Sigmoid: Hill の方程式と異なる形状をもつ S 字関数による回帰 Power: 累乗法による回帰 LogNormal: ログノーマルのピーク形状を回帰 命令文 V_chisq: カイ2乗値 V_q: カイ2乗分布の信頼度 (重み付けの際有効) V_Pr: ピアソンの相関 (線形相関係数) V_Rab: 切片と傾きの不確定性の間の相関 結果 W_Sigma: 各回帰係数に対する推定標準誤差 練習③: (新規Graph作成後に)Command lineに% CurveFit/....をCopy&Pasteする ! 命令文によりFittingを再現する
  • 15. IGOR PROの使い方(初級⑥ 定義関数を用いたデータ解析) 1. 解析式の作製 (ミカエリス・メンテンの式の続き) Menu ! Analysis !Curve fitting ! Function and Data ! New fit function...をクリック IGORには、定義済みの関数が少ないので、 自分で作成する必要がある。 Fit Function Name ! 名前をつける Fit coefficients (フィット係数): 解析により得られ る係数 (ここではVmax, Km) 独立変数 係数 Independent Variables (独立変数): 解析の結果に 左右されない変数 (ここではS)。 解析式 Fit expression: 解析式を入力する。 ※ 定義した表記を用いる。 (もしNo errorならば) ! Save Fit Function Now
  • 16. 2. 解析式の設定 Function and Data Function ! Fitting Y Data (GraphのY軸) ! wave1 関数の選択 X Data (GraphのX軸) ! wave0 X & Y軸データ (補足) _calculated_(自動計算)は、waveのX軸である Point関数(= 配列番号)が選ばれる。 Data options Range (データ範囲) 重み付け ! Start: 解析領域の開始 (X軸の値) ! End: 解析領域の終わり (X軸の値) データ範囲 何も記入しないとすべてのデータが使われる Weighting (重み付け) ! 誤差のwaveを選択する。今回は設定しない。
  • 17. 初期値 Coefficients 範囲制限 Initial Guess (初期値) ! 適当な値を入力する。 この場合、Vmax=100、Km=20くらい。 Hold?: その値を固定するかしないか。 データ固定 Constraints: 係数の範囲を制限する。 Output Options ポイント点 Length ! Fittingのポイント数を指定 (Auto or 200 ~ 300) X軸全体 X Range Full Width of Graph ! on (Fit曲線をX軸全体に反映する) Textbox Add Textbox ! on 最後に、Do itで完了。
  • 18. 3. 解析結果の見方 右のような解析結果が得られる。 ! OK Fitting curve上で右クリック ! Send to Back or Backward (Fitting curveがシンボルの後ろに 表示される。) Command windowに結果の履歴が残る。 (補足) W_coef: フィッティングで決定された 最後の係数の格納Wave V_npnts: waveに含まれるデータ数 V_numNaNs: NaN(Not a Number)の数 V_numINFs: INF (無限値)の数 V_startRow: 最初のポイント V_endRow: 最後のポイント 解析結果 ※ Nan関数: “何もなし”を返す関数
  • 19. 4. Browse Waves の活用法 Menu ! Data ! Browse Waves ! Fit Dataを選択する 複数回解析した場合には有効 解析結果が見れる 5. FitFunctionの作製 Menu ! Windows ! Procedure windows 下のようなFitFunction関数が書き込まれていることに気づく。先程定義した関数である。 まず、Functionであることに気づく。 カッコ内は、(未知数, 変数)の定義名の順。 未知数(w)を決定するのが、Fittingの目的である。 無くても良い! ここが必要!! w[...]=...と定義する。 w[...]でf()を書き換える。 6. FitFunctionの保存 Menu ! File !Save Procedure Copy... ※ Procedureは、.ipf 形式で保存される。
  • 20. 7. Graphの画像保存 保存したいGraphをActiveな状態にする ! File ! save graphics ! TIF or PNG (or JPEG) TIF: 高品質画像。"screenで出力するのがコツ。RGBが一般的。 PNG: 背景透明のGraphが作製可能。Transparent ! on TIF保存の場合 PNG保存の場合 論文の場合、Other DPI 300以上。 Procedure windowにGraphを再現する 8. GraphをCommandとして保存する Macroが書き込まれている Graphを赤$で削除時にClose windowが表示される Menu ! Windows ! Graphsから呼び出し可能
  • 21. IGOR PROの使い方(初級⑦ データの取り扱い方) 1. 外部データ(Text file)の取り込み Menu ! Data ! Load Waves ! Load General Text.... ! wavenameを付ける ! load 先頭の名前が、Wave nameとして引き継がれる。 データの呼び出し Menu ! Window ! New table ! データの選択 ! OK Skip_column: 読み込まない列の選択 2. 外部データ(From excel)の貼付け (Better) Excelデータのコピー ! 先頭の名前ごと、IGOR Data TableにCopy & Pasteする。 先頭の名前が、Wave nameとして引き継がれる。 3. Wave data (From Igor)をExcel)に貼付け Waveデータのコピー (Waveの先頭でShift + Command + %) ! ExcelにPasteする。 4. Excel ! IGOR ! Excelへの貼付け Excelセルの数式が数値データとしてExcelに貼付け可能となる。
  • 22. 5. 最近のData File の呼び出し 6. Data Tableへのデータ追加 Menu ! Table ! Append Columns to Table 最近のpxp Fileが読み込み可能 最近のipf File等が読み込み可能 解析デモが見られる (なかなか良い) Edit data column only: Wave data(Y軸)のみ追加 Edit index and data column: XおよびY軸データの追加
  • 23. IGOR PROの使い方 ( 初級⑧ カテゴリープロット) 1. Data Tableの作成 文字列 変数列 Data Tableに、右のような文字列と変数列 を入力する カテゴリープロットには、変数列と文字列の両方を使用する。 2. プロットの仕方 Menu ! Windows ! New ! Category plot... X軸waveに文字列を、Y軸waveに変数列を選択する ! Do it ! 右のGraphが出力される。 3. Graphの設定 30 %がBetter
  • 24. IGOR PROの使い方(初級⑨ ショートカットの活用法) 1. Show info GraphがActiveな状態 ! Command + i (or menu ! Graph ! show info) これらのシンボルをGraphにドラッグすることで各点のデータを読み取ることができる。 Start End カーサー 配列数 X軸データ Y軸データ ※ シンボルをしまうときは、逆にドラッグする。 ※※ これらのシンボルは、Menu ! Analysis ! Data option ! RangeのStartとEndに対応する。 ※※※ Command line上では、pcsr(A)およびpcsr(B)と表記される。 xcsr(A)およびxcsr(B)もある。 両シンボルを使うことにより、Fitting rangeを視覚的に決定できる 2. 便利機能 (GraphがActiveな状態) Command + option (alt) + i: Graph上でデータタグを表示する (Get info) ※ Command + Shift + alt + 左クリックでも上記と同じ。 Graph上のシンボル (or Fitting curve)を1秒以上クリック: Manual Offsetの設定 Graph上でカーソル囲み + 右クリック: Expand etc 選択部分の拡大 Option (Alt) + 左クリック: Graph内データを左右上下同時移動する。 横方向のみの拡大 (Graphの軸を移動した場合には、余白の調整が可能である。) 縦方向のみの拡大 Option (Alt) + Shift + 左クリック: Graph内データを左右あるいは 上下移動する。
  • 25. 3. 使用頻度の高いショートカット Command + S: pxp Fileの保存。 Command + A: Graphの全体を表示する (= Autoscale)。 Command + Z: (1つ前まで)戻る。 Command + D: GraphあるいはData Tableを複製する。 Command + M: Procedure windowを開く。 Command + J: Command windowに切り替える。 Command + T: ツールを表示する。※ Menu ! Graph ! Show Tools Command + K: Command lineをClearにする。 Command + C: コピー。 Command + X: 切り取り。 Command + V: 貼付け (※ Command + Shift + V: 2次元軸に貼付け)。 4. 使用頻度の低いショートカット Command + H: Windowをすべて隠す。 Command + Y: Window Title or Window Nameを変更する。 Command + W: GraphあるいはData Tableの削除。 Command + L: ロードデータ。 Command + F: Command line および履歴エリアを検索する。
  • 26. IGOR PROの使い方 (初級⑩ 代表的な組込み関数) 1. PRINT操作関数の活用法 PRINTは、計算結果、配列等を返す操作関数である。 例えば、あるデータだけを返すことができる。 % print wave0[配列番号] 四則演算や三角関数等の計算もできる。 Print wave0 3$6+8$9-15÷5は、 wave全体を返す。 % print 3*6+8*9-15/5と入力 Print “wave0” waveを文字列として返す。 2. よく使う組込み関数 LN関数: 自然対数を返す。ex. print LN(10) LOG関数: 10の常対数を返す。ex. print LOG(10) SQRT関数: 平方根を返す。ex. print SQRT(2) EXP関数: eのX乗を返す。ex. print EXP(10) X^Y: XのY乗を返す。ex.: print 2^2 SIN、COS、TAN関数: そのままです。 ex. print sin(10)、 print cos(10)、 print tan(10) ROUND関数: 四捨五入を返す関数。 ex. print ROUND(1.1111) 小数点第2位までを表示する場合 ex. print ROUND(1.1111*100)/100
  • 27. IGOR PROの使い方 (初級⑪ Waveを用いた計算方法) 1. POINT変数 POINT変数は、配列番号をWaveに返す特殊な変数である。 POINT変数は、pと表記する。 2. WaveのX軸を見る Menu ! windows ! New table ! Edit index and data columnの設定 で出力する。 wave0.x: WaveのX軸 wave0.d: Waveのデータ 1次元waveのX軸は、配列番号(= p)である(Default)。 また、waveのX軸は、等間隔の連続する数値であることが定義である。 2. Wave= を活用する。 % wave0=1 // Waveがすべて1になる。 % wave0=p // 配列番号を返す (Defaultなら、% wave0=xと同義)。 % wave0=p+5 // 配列番号 + 5 % wave0=10^(p/99*5-3) // ちょっと複雑な計算
  • 28. 3. WaveとWaveとの計算 % wave0=wave0+3 // 同一waveが使用可能。 % wave1=wave0*5 // 異なるwaveが使用可能。 % wave1=wave0*wave1 // 複数のWaveが使用可能。 4. 関数内でのWaveの計算 % wave1=3+3*sin(wave0) // 関数内でwaveが使用可能。 % wave0=LN(wave0+10) // 関数内でwave計算が可能。 % wave0=LN(wave0*wave1) // 関数内で複数のwaveが使用可能。 5. 配列番号を指定しての代入・計算 % wave1[0]=3 // 配列番号 0 に3を代入する。 % wave1[0,100]=3 // 配列番号 0 ~ 100 に3を代入する。 % wave0[0]=3*p+1 // 配列番号 0 に計算結果を返す。 % wave0[0,100]=3*p+1 // 配列番号 0 ~ 100 に計算結果を返す。 6. データを間引く % wave1=wave0[3*p] // 配列番号 0, 3, 6, 9...番目を代入する。 % wave1=wave1[3*p] // 同じwaveでも可能。 % wave1=wave0[300-3*p] // 配列番号 300, 297, 294...番目を代入する。 % wave1=wave1[300-3*p] // 同じwaveでも可能。
  • 29. IGOR PROの使い方 (初級⑫ Layoutの活用法) Menu ! Windows ! New Layout ! Do it (New Page Layout) アイコンの選択 操作ツールを有効にする 描写ツールを有効にする Layout貼付けのコツ (※ 操作ツール: ON) GraphをLayout上にCopy&Pasteする。 (※ GraphとLayoutを同期させない方がよい) Graphのサイズ変更 Graph上右クリック ! Scale PICT... 同倍率で変更する Add Annotation形式で、文字等が入力可能 ズーム (%)
  • 30. 操作ツールの場合 描写ツールの場合 (テキスト編集に適当) Menu ! Layout ! ... 右クリック ! ... テキストの設定 Graphの配置設定 Layoutの保存 (LayoutがActiveな状態) File ! Save Graphics... 複数のGraphを1枚のFigureとして出力可能
  • 31. IGOR PROの使い方 (初級⑬ Data Browserの活用法) 1. IGORのデータはどこで保存されているのか? Menu ! Data ! Data Browser Data Browserは、全データを確認できる。 IGORのDataは階層的なFolderに保存されている。 Rootはもっとも浅い階層を意味する。 Display内のすべての項目をCheckする。 (WavesとPlotだけでも可) SIN関数を選択した場合のプロットを 図示している。 作図しなくてもデータは見られる! このプロットは、X軸 = POINT変数、Y軸 = SIN関数である。
  • 32. 2. Data Browserの使い方 New Folder...: 新規フォルダを追加する。 Save copy...: Dataをpxp Fileとして保存する。 Browse Expt...: 他のpxp FileからWaveを読み込む。 Delete...: 選択したWaveを削除する。 Preferences...: Browserのフォント等を設定する。 Execute Cmd...: ??? Waveの選択 ! Command + D: waveの複製 Rename Wave root: もっとも浅い階層 Wave nameをクリック ! 少し待つ (白くなる) ! Nameの変更可能 ※ フォルダが違えば、同じWave Nameが可能である Waveのフォルダ間移動 (Control + クリック) Wave シンボルを選択 (or 複数選択) ! ドラッグ! Data Tableとして表示する Wave シンボルを選択 (or 複数選択) ! ダブルクリック 作業フォルダの設定 Control + クリック ! Set Current Data Folder ※ データのインポートは作業フォルダで行われる ※ フォルダパスを打つ必要がない