15. Submission System における入力の流れ
1. Contact person を入力
メール受信、メール内リンクを開く
2. Hold date を指定
"Create new submission"をクリックしてスタート
2014年6月12日 第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ) 15
22. 登録開始メールについて
Subject: DDBJ: Starting the submission
To: mishima@nig.ac.jp
National Institute of Genetics
Dear Hanako Mishima
Thank you for using DDBJ.
This email contains a link for proceeding of your nucleotide data submission.
Please click the link below, then, you can continue your registration.
http://ddbj.nig.ac.jp/submission/submissions/5036c6ee55d698c0ad000324/mail_confirmation?token=47444d24e210
6dd81a323f6ed559b715ec8cbbab
If you are not related person of the submission, please discard the email .
Note : You must activate your new submission within 1 hour. If you failed
to activate, please try again from the "Contact person" page.
Note : You can not reply to this mail.
If you encounter trouble while using this submission system, please send an
email to ddbjsub@ddbj.nig.ac.jp and let us know the browser's URL of
your submission.
Thank you,
DNA Data Bank of Japan
コンタクトパーソンメールアドレス宛に登録開始用のリンクを含むメールが自動的
に送信されます。
1時間以内にメール内のリンクから登録を続けてください。
"1.Contact person" ページのEmailアドレスが間違っている場合はメールが届きま
せん。Emailアドレスを修正し、再度Next をクリックしてください。
メール本文内でリンクがかかっている場合はここをクリック
すればブラウザが開きます。
リンクがかかっていない場合は、ここをコピーしてブラウザ
のURL欄に張り付け、リターンキーを押します。
2014年6月12日 第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ) 22
33. 登録完了メール
Contact person : mishima@nig.ac.jp
Hanako Mishima
National Institute of Genetics
DDBJ center, DDBJ
1111 Yata
Mishima, Shizuoka, 411-8540
Japan
Thank you very much for choosing DDBJ for data submission.
We have received your data. We will soon check and annotate them on the basis of
the manual and rules common to the DDBJ, EMBL-Bank, and GenBank.
If you do not hear from DDBJ after 5 working days after receiving this notice,
please contact us at the following address indicating your Entry ID.
Email address: ddbjsub@ddbj.nig.ac.jp
Sincerely,
DNA Data Bank of Japan
DDBJ Center
National Institute of Genetics
Research Organization of Information
and Systems
Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan
fax: +81-55-981-6849
[Hold-date]
2013-03-29
[Entry ID]
5065382e55d69849870005fe.entry01
5065382e55d69849870005fe.entry02
From: ddbjsub@ddbj.nig.ac.jp
Subject: DDBJ: Web submission completed
2014年6月12日 第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ) 33
34. • 塩基配列がmulti-fasta形式で入力されていないため、annotation画面の表
示がおかしくなる
• クローニング時に人為的に加えられたvector、adapter、linker、primer領域は
トリミングする
→ VecScreenでチェック(http://ddbj.nig.ac.jp/vecscreen/)
• genetic code が適切に入力されていないため、CDSが翻訳エラーになる
→ 補足資料:「genetic codeについて」を参照
• 開始コドンや終止コドンが含まれない部分配列の場合にCDS の locationが
部分配列指定で入力されていないために翻訳エラーになる
→ Location記述法(http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref9-j.html) やタンパク
質コード配列; CDS feature について(http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/cds-
j.html などを参考に修正する
• "MGA:No entry name is found other than [ COMMON ], without feature
[ DATATYPE/type=MGA ]."という訳の分からないエラーが表示される
→ /organism、/mol_typeを入力する前に"Confirm"をクリックしたため、
annotationを入力してから"Confirm"をクリックする
よくある入力ミス
2014年6月12日 第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ) 34
51. こちらもご覧ください。
Organism qualifier に記載する生物名
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html
生物名入力におけるカテゴリーの選択について
塩基配列が由
来するサンプ
ルに応じて
Categoryを切り
替えてください。
Categoryに応じ
て生物名入力
欄が切り替わ
ります。
Category 内容
Select only for virus, environmental sample, etc. デフォルトです。以下のカテゴリーでない場合に選択しま
す。
Viruses/Phages VirusやPhageの場合に選択します、生物名入力補完辞書
がVirus、Phageに切り替わります。
Environmental Samples 環境サンプルの場合に選択します。Scientific name: 入力
欄に自答的に uncultured が記載されます。
Artificial Construct クローニングベクター、発現ベクター、合成配列の場合に
選択します。
A known species but unregistered in taxonomy database 学名がvalidであるが、NCBI taxonomy databaseで見つから
ない場合に選択します。
Not found in taxonomy database, but already registered in
other sequence data
NCBI taxonomy databaseに無いが、以前の登録で同じ生
物名を使用したことのある場合に選択します。
A novel species to be proposed in the paper 新種を報告する場合に選択します。
2014年6月12日 第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ) 51
56. Category: A known species but unregistered in taxonomy
database 選択時の入力
taxonomic lineageを入力してくだ
さい(必須)
生物名をvalidであるものと報告して
いる論文を入力してください(必須)
そのほかの情報が存在する場合
に入力します
学名を入力します
参考
Organism qualifier に記載する生物名: database で見つからない場合
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html#novel
2014年6月12日 第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ) 56
57. Category: Not found in taxonomy database, but already
registered in other sequence data 選択時の入力
生物名をvalid nameとして報告して
いる論文を入力してください(任意)
そのほかの情報が存在する場合
に入力します
学名を入力します
参考
Organism qualifier に記載する生物名: database で見つからない場合
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html#novel
2014年6月12日 第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ) 57
58. Category: A novel species to be proposed in the paper
選択時の入力
そのほかの情報が存在する場合に入力します。
taxonomic lineageを入力してくだ
さい(必須)。
論文で提唱する新種名(学名)を
入力します。
論文が公開されるまでは、学名がvalid nameになってないため、
暫定名で登録します。
暫定名の書式は、
Genus sp. ##-yyyy
の通りです。##を登録者名のイニシャル、yyyはその時の年に置
き換えます。
参考
Organism qualifier に記載する生物名:種が同定されていない、または、新種提唱の場合
http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/ref8-j.html#unidentified
2014年6月12日 第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ) 58
70. CDSフィーチャーにおける翻訳エラーと説明ページへのリンク
Message Link
[WARNING] 'codon_start' qualifier should be selected. The value is automatically set 1. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC22
[WARNING] 'transl_table' qualifier should be selected. The value is automatically set 1. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC23
[WARNING] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not [Met]. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC24
[WARNING] [#Value] codons are not translatable. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC25
[ERROR] Untranslatable codon [#Codon] is found in the sequence range. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC18
[ERROR] First codon [#Codon] is not a start codon. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC19
[ERROR] Final codon [#Codon] is not a stop codon. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC20
[ERROR] Stop codon '*' is found in the range. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC21
[ERROR] Description of Location [#location of CDS feature] is illegal. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC04
[ERROR] 'codon_start' qualifier is duplicated. The value is automatically set 1. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC05
[ERROR] 'codon_start' qualifier has invalid value [#Value]. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC06
[ERROR] 'transl_table' qualifier is duplicated. The value is automatically set 1. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC07
[ERROR] 'transl_table' qualifier has invalid value [#Value]. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC08
[ERROR] Amino acid abbreviation [#abbreviation] in 'transl_except' qualifier is illegal. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC09
[ERROR] 'transl_except' qualifier has invalid value [#Value]. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC10
[ERROR] Location of 'transl_except' qualifier [#Value] is overlapped. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC11
[ERROR] Location of 'transl_except' qualifier [#Value] is invalid. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC12
[ERROR] Base range of 'transl_except' qualifier [#Value] is mismatched in reading frame. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC13
[ERROR] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not changed from conceptual translation. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC14
[ERROR] Amino acid of 'transl_except' qualifier [#Value] is not [TERM]. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC15
[ERROR] Stop codon is specified by 'transl_except' qualifier [#Value] in mid of CDS location. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC16
[ERROR] Entry [#Entry name] is NOT found in sequence entries. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC17
[FATAL] Proper 'Codon Table' is not found in 'src' folder. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC01
[FATAL] Proper 'Amino Table' is not found in 'src' folder. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC02
[FATAL] Unable to execute Translation. http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/validator-j.html#TC03
翻訳エラーの内容により、リンク先の記載内容に基づき修正してください
2014年6月12日 第29回 DDBJing 講習会 (DDBJ) 70