“SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA CON EL SOFTWARE SNAPGENE”.pdf

ELECTROFORESIS
EN GEL DE
AGAROSA
BIOTECNOLOGÍA
ELABORADO POR:
GIANELLA MAYLI MARRÓN TERRAZAS

UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
“Año de la unidad, la paz y el desarrollo”
BIOTECNOLOGÍA
VII CICLO
TRABAJO ENCARGADO
SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA
EMPLEANDO EL SOFTWARE SNAPGENE
DOCENTE:
SOTO GONZALES, HERBERT HERNAN
PRESENTADO POR:
MARRON TERRAZAS, GIANELLA MAYLI
ILO, 02 DE JUNIO 2023

FACULTAD DE INGENIERÍA Y ARQUITECTURA
1
ÍNDICE
INTRODUCCIÓN_________________________________________________________ 2
OBJETIVOS_____________________________________________________________ 3
OBJETIVO GENERAL___________________________________________________________ 3
OBJETIVOS ESPECÍFICOS _______________________________________________________ 3
MARCO TEÓRICO _______________________________________________________ 3
SNAPGENE __________________________________________________________________ 3
ELECTROFORESIS _____________________________________________________________ 4
GEL DE AGAROSA_____________________________________________________________ 5
METODOLOGÍA _________________________________________________________ 6
MATERIALES Y EQUIPOS _______________________________________________________ 6
PROCEDIMIENTO _____________________________________________________________ 6
RESULTADOS __________________________________________________________ 10
CONCLUSIONES ________________________________________________________ 10
BIBLIOGRAFIA _________________________________________________________ 11

2
INTRODUCCIÓN
Para realizar el análisis del ADN, es crucial comprender ciertas partes de su estructura. La
electroforesis es una técnica que separa o fragmenta las moléculas de ácido nucleico utilizando un
voltaje a través de los electrodos. La creación de una representación gráfica de la composición de
una secuencia de ADN es crucial porque nos ayuda a identificar sus características y aplicaciones
posibles en relación con el tema de investigación que estamos desarrollando. El programa
SnapGene nos permite visualizar fácilmente las modificaciones, ediciones y anotaciones que se
realizan en las secuencias de ADN.
En este programa se incluyen numerosas opciones y configuraciones que permiten la
ejecución de archivos de secuencias en varios formatos, que se presentan encadenados en varios
mapas. El presente informe utilizará el programa SnapGene para incluir varias secuencias de cepas
bacterianas extraídas de un artículo titulado "Aislamiento de bacterias con potencial
biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo
en Condorcanqui - Amazonas - Perú". El objetivo es identificar las secuencias bacterianas que
contribuyan a la biorremediación por hidrocarburos en las zonas afectadas.
El informe detallará el proceso de simulación, desde la importación o creación de
secuencias de ADN hasta la visualización de la migración de fragmentos en el gel virtual. Además,
se discutirán los beneficios y desventajas de la simulación en SnapGene, así como si es útil para
planificar y analizar experimentos de electroforesis en gel de agarosa.

3
OBJETIVOS
OBJETIVO GENERAL
 Realizar electroforesis en gel de agarosa y su secuencia de ADN utilizando el
software SnapGene con datos del artículo científico “Aislamiento de bacterias con
potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona
impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”
OBJETIVOS ESPECÍFICOS
 Aplicar conceptos fundamentales sobre secuencias de ADN y simulaciones con la
ayuda de plataformas de datos como NCBI.
 Analizar cada una de las secuencias descargadas en la página web NCBI
utilizando el programa "SnapGene" para asimilar el gen agarosa.
 Elaborar un árbol genealógico utilizando SnapGene y comprender sus funciones.
MARCO TEÓRICO
SNAPGENE
Es un programa de software que se utiliza en biología molecular y genética para diseñar,
visualizar y simular secuencias de ADN. Es una herramienta poderosa que permite a los científicos
manipular y analizar genes de manera eficiente.
Al permitir la importación y modificación de secuencias de ADN, SnapGene facilita la
creación de construcciones genéticas complejas. Los usuarios pueden agregar y eliminar
fragmentos de ADN, fusionar secuencias, realizar mutaciones y optimizar secuencias para su
clonación.

4
El programa proporciona una visualización gráfica fácil de entender de las secuencias de
ADN que permite a los investigadores ver y analizar elementos clave como sitios de restricción,
marcas, promotores y regiones codificantes de manera rápida y precisa. Además, SnapGene ofrece
herramientas de búsqueda de secuencias y funciones de alineación que facilitan la identificación y
el análisis de regiones particulares.
La capacidad de SnapGene para simular la clonación y la amplificación de secuencias de
ADN es una de sus características más notables. Los usuarios pueden predecir cómo las
construcciones genéticas se comportarán en experimentos reales, lo que ayuda an optimizar el
diseño experimental y evitar errores costosos.
ELECTROFORESIS
Es un método utilizado en biología y bioquímica para identificar moléculas cargadas
eléctricamente, como fragmentos de ADN, proteínas y ácidos nucleicos, en función de su tamaño
y carga.
El proceso de electroforesis requiere la aplicación de una corriente eléctrica a través de un
gel, generalmente de agarosa o poliacrilamida, que actúa como medio poroso. La corriente
eléctrica impulsa las moléculas cargadas a través del gel, moviéndose las más pequeñas y cargadas
positivamente más rápidamente hacia el polo negativo y las más grandes y cargadas negativamente
más lentamente hacia el polo negativo.
Al terminar la electroforesis, las moléculas se separan en bandas separadas en el gel, lo que
permite su visualización y análisis posteriores. Para facilitar la interpretación de los resultados,
estas bandas se pueden teñir con colorantes o marcadores de peso molecular específicos.

5
En la genética, la electroforesis es un método común para separar y analizar fragmentos de
ADN, ya sea para identificar variantes genéticas, realizar pruebas de paternidad, clonar genes o
analizar secuencias. En otros campos de la biología y la ciencia, también se utiliza para separar y
purificar proteínas en bioquímica.
GEL DE AGAROSA
En biología molecular y genética, el gel de agarosa es un material gelatinoso que se utiliza
ampliamente para separar y analizar fragmentos de ADN, ARN y proteínas. Está hecho de agarosa,
un polisacárido producido por las algas marinas.
La agarosa se disuelve en un tampón apropiado y se calienta hasta que se disuelva por
completo para hacer gel de agarosa. A continuación, una bandeja de electroforesis se llena de
solución de agarosa líquida y se insertan peines para crear pocillos o pozos en el gel. El gel de
agarosa se encuentra listo para su uso una vez que se solidifique.
El gel de agarosa crea una matriz porosa durante la electroforesis que permite que las
moléculas cargadas eléctricamente se muevan. La resolución y separación de los fragmentos de
ADN o proteínas en el gel depende de la concentración de agarosa utilizada. Los fragmentos más
pequeños se mueven a través de los poros del gel más rápido que los fragmentos más grandes.
Una vez que se ha completado la electroforesis, se puede teñir el gel de agarosa con
colorantes como el bromuro de etidio para mostrar las bandas de ADN o proteínas. Para su análisis
posterior, se pueden tomar fotografías o identificar estas bandas utilizando técnicas de imagen.

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METODOLOGÍA
MATERIALES Y EQUIPOS
 Software SnapGene
 Computadora o laptop
 Página web NCBI
PROCEDIMIENTO
1. Obtenemos datos de secuencias en el artículo “Aislamiento de bacterias con
impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”
2. Ingresamos a la página web NCBI e ingresamos el número de sucesión de la
secuencia.
Fuente. Castillo Rogel
Figura 01. Página web NCBI

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3. Al ingresar el número de accesión de la cepa en la página web del NCBI donde nos
mostrara la que secuencia de nucleótido pertenece, nos ubicamos en la parte
superior en ENVIAR A, y descargaremos en formato FASTA para luego usarla.
4. Realizaremos el mismo procedimiento con cada una de las secuencias, nombrando
cada una de ellas para su posterior ubicación y luego lo guardamos en una carpeta.
5. Luego abriremos el programa “SnapGene”, seleccionamos la opción “open”,
elegios en la barra que se desplaza la opción “open files”, seleccionamos la
secuencia descargada y podremos observar la secuencia seleccionada.
Figura 02. Descarga de la secuencia en FASTA
Figura 03. Secuencias nombradas en descarga.

8
6. Lo que haremos será irnos a la pestaña de “sequense”, y ubicarnos en la parte
superior en “Tools”, donde seleccionaremos la opción “Simulate Agarose Gel”,
donde se abrirá una ventana y daremos OK.
7. Descargamos las secuencias añadiendo algunas siglas para diferenciarlos de los
descargados en el NCBI, repetiremos el procedimiento con cada una de las
secuencias.
Figura 04. Secuencia en SnapGene.
Figura 05. Descarga de la secuencia en SnapGene DNA

9
8. Al seleccionar Ok, se nos abrirá una ventana en dondeingresaremos nuestra
secuencia que guardamos en el SnapGene y se nos presentará una gráfica de nuestra
secuencia y realizamos el mismo procedimiento con todas las secuencias del
artículo elegido.
Figura 06. Secuencias guardadas en SnapGene DNA
Figura 07. Gráfica de la secuencia

10
RESULTADOS
Luego de ingresar todas nuestras secuencias, obtenemos los siguientes resultados.
CONCLUSIONES
Con la práctica, llegamos a la conclusión de que hemos mejorado nuestra comprensión del
manejo del programa SnapGene y su relevancia para el análisis del ADN. Además, la simulación
que se ha realizado con cada una de las secuencias que se han ingresado en el programa nos permite
obtener una mejor comprensión de lo que compone, ya que hemos podido ver los fragmentos
distintos de ADN presentes en cada una de las secuencias que se han ingresado en el programa a
través de la electroforesis, además de poder comprarlos y comparar sus dimensiones entre sí.
Figura 08. Resultado de todas las secuencias

11
BIBLIOGRAFIA
 SnapGene | Software for everyday molecular biology. (2016). SnapGene.
https://www.snapgene.com/
 National Center for Biotechnology Information. (2023). Nih.gov.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
 Castillo Rogel, R. T., More Calero, F. J., Cornejo La Torre, M., Fernández
Ponce,J. N., & Mialhe Matonnier, E. L. (2020). Aislamiento de bacterias con
impactada porderrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú. Revista
de Investigaciones Altoandinas - Journal of High Andean Research,22(3), 2015 –
2225. https://doi.org/10.18271/ria.2020.656

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