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北里大学R勉強会( Kitasato.R) の超初心者向けR講習会の初回のスライドです。
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- 2. 本日の資料 このスライドはあとで共有します Kitasato.Rというサイトを作りました https://sites.google.com/site/kitasator/ kitasato.r@googlegroups.comというML作りました
- 3. このウェブサイトの使い方 Google アカウント(Gmail)があれば、編集でき ます 勉強会の予定、個人のメモなどご自由に 希望者は松前まで。 メーリングリスト 分からないこと、とか、気楽に＆自由にお使い 下さい 交流会を企画したい
- 4. 本日の進め方 1. 自己紹介（できれば全員） 2. 今回の勉強会の目的 3. Rとはなにか？ 1. Rとバイオインフォマティクス 2. 研究現場におけるRの利用例 3. Rの勉強の仕方について 4. Rを触ってみる 1. 教科書 第2章 5. 次回以降の進め方 1. メーリングリストとこのウェブサイトの利用について 2. 輪読会担当割り振り 6. 質問、コメントなど 7. （最後に）Rをインストールしたい方がいれば対応します
- 5. 自己紹介
- 6. 自己紹介（松前） ポスドク: 医学部解剖学（旧 埴原単位） 主な研究テーマは、次世代シーケンサー (NGS)を活用したヒトゲノム解析 日本人の起源（縄文人のゲノム解読） 少数民族のゲノム研究と倫理問題 標本とゲノムを繋ぐデータベース開発 修士〜博士: 東京医科歯科大・難治疾患研究所 生命情報学分野 バイオインフォマティクス 海産無脊椎動物の遺伝子発現解析 インフルエンザウイルスのパスウェイデータ ベース構築 Rはあくまでもデータ解析の一部・作図に使 用 学士: 東海大で情報工学を学ぶ その他：科学教育 2006〜2011年頃まで：「NPO法人 数理の翼」の運営 1980年に数学者・廣中平祐が始めた高校生向け科学セ ミナー 2008〜2011年まで：雑誌「理科の探検」 企画委員 CMC出版より 4月30日発売予定 2013 分子生物学会
- 7. 自己紹介（みなさま） 名前 所属 Rの経験（ある場合にはどんなことをしてい るか） その他、ご自由に一言
- 8. 2. この会の目的 経緯 3月19日一般教育部の浜崎先生＋理学部伊東先生のラボと合同セミ ナーを行った際の飲み会でRを使ってみたいという相談を受ける 4月10日 浜崎先生とポスドクの中森さんがラボにいらしてご相談 どうせなら、いろんな人に使えるようになって貰おう！ この部屋の確保など諸々の準備は、浜崎先生とポスドクの中森さんに していただきました（ありがとうございます） ＜全員の目標＞これまでexcelで作成してきた、実習や論文のデー タの図をRで作成できるようになる。 こんな図を作ってみたい、という目標があるとベター。なくてもOK。 トラブルが起きてもパニックにならずに、問題解決に向けた取り組み ができるようになる。 Rは選択肢のひとつ。 ExcelとRにおけるデータ処理の長所短所が分か り、状況に応じて、使い分けができるようになる。 分子生物学で例えると、ピペットマンの使い方や、電気泳動の仕方が 分かるようなレベル （今回は）統計解析や個別の解析の勉強会ではない たのしくやりましょう！
- 9. この会の将来的な目的 北里における、R情報交換の場 参加者による自主的な勉強会の機会 今後の展開 個別のデータ解析の勉強会を開催する 他のプログラミング言語を習得したことがある人 は、他のプログラミング言語とRで同じデータ処 理を行うプログラムを書いてみる。 データの文字列処理、など プログラミング言語毎における、長所短所が分かり、 状況に応じて、使い分けが出来るようになる。
- 10. 3. Rとは何か？
- 11. Rとは何か？ “R is a free software environment for statistical computing and graphics.” http://www.r-project.org/ “オープンソース”: ソースコードが公開されているソフトウェアのこと 誰でも開発・再配布できる Linux,Android,Apache, プログラミング言語(PHP, Ruby, Perl, Python etc.) 誰がどうやって開発しているのか？ 統計学者、Ross Ihaka とRobertClifford Gentlemanが1996年に開発 現在では、有志による国際開発チーム”R Development CoreTeam”がコアな部分の 設計を担当 オーストリアのViennaUniversity of Economics and Businessに拠点を置く非営利団 体”The R Foundation”が管理 寄付による運用 寄付者や支援機関のリストがHPで公開されている。行政、大学,Googleなどの企業、 個人などさまざま 日本からの寄付：KansaiUniversity Faculty Commerce , Shigeru Mase, Minato Nakazawa Ross Ihaka
- 12. ユーザサイドから見たR 長所 無料,Windows, Mac, Linux全部揃っている オープンソースの中では、圧倒的に開発チームも継続的・安定して いる ユーザが多い 本やインターネット上に使い方の情報が多い（日本語も多い） 人に聞ける さまざまな拡張機能がある、自分でも作れる 学術分野で使いたいような細かい図表の作成が出来て便利 Excelのカラフルな3D円グラフ… 短所 細かいことをやろうと思うとプログラミング必須、とっつき辛い “R”という単語は検索しづらい 有償ソフトウェアではないので、バグなどの問題もある
- 13. Rのダウンロード CRAN http://cran.r-project.org/ 本体のダウンロード CRANに登録されているパッケージ：4月20日現在、5457件 統計学、社会科学から、疫学、生態学、ライフサイエンスまで 全部を網羅している人はいない！分野毎に詳しい人がいる
- 14. 3.1 Rとバイオインフォマティクス 広義のバイオインフォマティクス ゲノム解析（私の専門）、バイオイメージング、質量分析、バ イオデータベース開発、タンパク質構造予測、等 ゲノム系の解析（遺伝統計学、遺伝子発現解析（マイクロアレ イ・RNA-seq）、全ゲノムクロマチン免疫沈降シーケンス （ChIP-Seq）など）では、Rのパッケージが使われることが良 い 新しい解析手法を開発した場合には、Bioinformatics (IF 7, Oxford Journals)といった、バイオインフォマティクス関連ジャーナル への論文掲載を目指す Nature Biotech, Nature Methods, Genome Research, BMC Bioinformatics, PLoS Computational Biology, Brief in Bioinformatics, BMC Genomics, PLoS ONE, Nucleic Acids Research, Genome Biology, 等 CRANのほか、Bioconductorにパッケージを登録
- 15. Bioconductor http://www.bioconductor.org/ “Bioconductor provides tools for the analysis and comprehension of high-throughput genomic data. “ ライフサイエンス専用のパッケージリスト DNAアレイ、次世代シーケンサ、質量分析、イメージング等 のデータ解析を行うパッケージのうち、（ソフトウェアとし ての）厳しい審査をパスしたもの 理研でバイオインフォマティクスのPIをされている二階堂 さんによる審査経緯のブログ http://blog.hackingisbelieving.org/2012/05/bioconductor.html 理研CDB上田泰己ラボに所属していた当時に開発したプログラ ムの登録における苦労話（？）が書かれている
- 17. 3.2 研究におけるR（私の作図例） • 論文のFigureをPNGやPDFなどのフォー マットで出力 • 目盛り・レジェンド・色・線のタイプ 等を自分で指定 (論文投稿準備中につき割愛) (Published data) heatmap
- 18. 地図データの利用（フィールドデータ） • 地図を描く • 地理情報をマッピングする • 距離の計算 Google Map RのパッケージをCRANから 追加インストールして利用
- 20. 3.3 Rの勉強方法 https://sites.google.com/site/kitasator/basic_info A. 個別の関数の機能は、Rのhelpを読む（英語） B. 本を買う（有料） C. インターネットのリソースを活用する（タダ） 解説サイト・動画 質問サイト D. 講習会に参加する（無料・有料） A. 大学・研究機関主催 B. 自主的な勉強会 まずはコピペでいいから動かしてみる（習うより慣れ ろ）
- 21. Rの有名なサイト 検索！検索！検索！ 情報科学の活用では「情報検索能力」が重要 RjpWiki: http://www.okada.jp.org/RWiki/ 日本語のR情報の最大サイト。上級者まで使える RTips: http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r.html 本勉強会で使う基本技の解説 バイオスタティスティクス: http://stat.biopapyrus.net/ バイオ系でよく使う作図の基本技〜統計解析まで掲載 Seek R: http://seekr.jp/ Rに特化した検索サイト
- 26. Rの勉強会 Kashiwa.R 東大柏キャンパス を中心としたRの勉強会 Tokyo.R 都内のRユーザの為の勉強会 • 企業の人が多い • 研究開発、IT、マーケティ ング、研究支援サービス他 • ⇒企業におけるRの需要が 多い！！
- 27. 求人サイト
- 28. JREC-IN
- 30. 4. Rを触ってみる！
- 31. 注意事項 この実習室のRのバージョンは2.14.1です Rはバージョンによって動作が変わることがあります 特にR 2.x.x とR 3.x.x系 ご自身のPCにインストールされる際はご注意ください もしも、ご自身のPCと実習で違う結果が出たら… メーリングリストで報告をして下さい！ OS (windows 8, Mac OS 10.8.5, とか） Rのバージョン 使用したコマンドを正確に（コピペ） 入力データ 出てきた結果
- 32. 5. 次回以降の進め方
- 34. 輪読会の担当決め 輪読担当（ボランティア） 人前で説明することで深く理解できる（すぐに使いたい 人向け） 分からない・間違えることは恥ずかしいことではない あなたが間違えた場所＝みんなも間違える可能性が高い ので、孤軍奮闘せずに情報共有をする 間違えたことから、意外な道が開けることも！ 私はみなさんの分からない点について、学習のサポート、 アドバイスをします 今日のスライドを作るのに使った時間は7時間くらい 間違えた回数・格闘した時間が技能向上に比例する（学 生の皆さんの積極的な参加を希望します。。） あとから輪読担当に立候補してもOK