aaa.pptx

TIN SINH HỌC
BIOINFORMATICS
Giới thiệu môn học

GIỚI THIỆU CHUNG
2
1. KHAI THÁC DỮ LiỆU TRÊN MẠNG INTERNET
-Nguyên tắc cơ bản về tìm kiếm thông tin trên
Internet
- Giới thiệu về CSDL sinh học lớn trên mạng Internet
-Khai khác các phần mềm trực tuyến: Blast (tìm
kiếm trình tự tương đồng), ORFfinder (tìm khung đọc
mở) của NCBI
2.LÀM QUEN MỘT SỐ CÔNG CỤ PHẦN MỀM PHÂN
TÍCH DNA, RNA, PROTEIN
- Clustalx; TreeView
- DNA club; NTSYSPC
- Plasdraw; Chromas

Mục tiêu môn học
3
■ Tự tìm tài liệu, các bài báo và công trình nghiên
cứu về công nghệ sinh học nói chung từng chuyên
ngành như CNSH nông nghiệp, CNSH y dược,
CNSH môi trường nói riêng.
■ Phân tích trình tự sinh học (DNA,RNA, protein, các
cấu trúc sinh học) bằng các công cụ trực tuyến
cũng như các phần mềm sinh học.

Bioinformatics là gì?
4

Bioinformatics là gì?
Là một lĩnh vực khá đặc biệt trong công nghệ sinh
học và sinh học hiện đại, Tin-Sinh học cũng cần có
những công cụ riêng phục vụ cho nhu cầu và sự phát
triển của nó. Những công cụ cơ bản có thể bao gồm:
- Máy tính
- Các thuật toán: Thống kê các số liệu thô, sự xắp
xếp của mã trình tự
- Các công cụ, phần mềm (software)
- Internet Giới thiệu môn học 5

Giới thiệu môn học 6
Internet
Cơ sở dữ
liệu sinh
học
NCBI
120 quốc gia
Anh đã giải mã 30% bản đồ gene
Mỹ, Pháp, Đức, Nhật Bản Trung Quốc
Các vi sinh vật khác: vi khuẩn, Virus…
Xây dựng, bổ sung, tổ chức quản lý khai khác cơ sở dữ liệu
(database - cơ sở dữ liệu) đa dạng, toàn diện trên quy mô toàn
cầu về công nghệ sinh học.
Chuyển trình
tự Gene

Các ứng dụng của Tin sinh học
PHẦN MỀM
BẮT ĐẦU
THÍ NGHIỆM
XÁC ĐỊNH
LẠI
TỐI ƯU HÓA
THÔNG SỐ
MÁYTÍNH
TIẾN HÀNH
THÍ NGHIỆM
TỪ CÁC THÔNG
SỐ NÀY
7

Các ví dụ về mô hình máy tính
8
Ví dụ 1: Làm thế nào để chuyển gene vào vi sinh vật
Từ cơ sở dữ liệu-> thí nghiệm
(DNA club)
Ví dụ 2: Xét nghiệm huyết thống (NTSYSPC)
Số liệu DNA được phân tích khi thực hiện
thí nghiệm

Các ứng dụng của Tin sinh học
9
■ Nghiên cứu về chuỗi trình tự
■ Nghiên cứu về bộ gene
■ Nghiên cứu bằng sự tiến hoá của sinh học bằng máy
tính
■ Nghiên cứu đa dạng di truyền
■ Nghiên cứu các đột biến của tế bào ung thư
■ So sánh bộ gene

PHÂN TÍCH CƠ SỞ DỮ LIỆU
Phần mềm
sinh học
1. Sản phẩm
nghiên cứu từ
nông nghiệp
10
2. Sản phẩm
nghiên cứu từ
thực phẩm
3. Sản phẩm
từ môi trường
vv…
Các kỹ thuật
sinh học
Khi làm thí
nghiệm

BÀI 1: TÌM KIẾM CƠ SỞ DỮ
LIỆU TRÊN INTERNET
❑ Tìm kiếm thông tin trên Internet qua các công cụ
tìm kiếm
www.google.com
www.altavista.com
www.infoseek.com
www.excite.com
www.nlsearch.com
❑ Tìm kiếm thông tin qua cơ sỡ dữ liệu sinh học
- NCBI-Cơ sở dữ liệu của Mỹ
- EMBL-Cơ sở dữ liệu Châu âu
11

CÁC GIAO DIỆN CỦA CÁC CÔNG CỤ TÌM KIẾM
12

TÌM KIẾM CÁC THÔNG TIN TRÊN MẠNG INTERNET
Nguyên tắc
13

1. XÁC ĐỊNH THÔNG TIN CẦN TÌM
Để có nhiều thông tin hơn, ta phải dịch nội dung chính
của vấn đề sang tiếng Anh vì dữ liệu trên internet là
tiếng Anh
ví dụ: Đu đủ chuyển gen kháng virus
Transformation papaya viral resistance
2. XÁC ĐỊNH TỪ KHÓA
Để tìm kiếm thông tin chúng ta phải xác định một từ hay
một nhóm từ khóa mang nội dung chủ yếu hay quan
trọng nhất của vấn đề quan tâm
Từ khóa: Trasformation papaya, viral resistance
14

3. CHỌN CÔNG CỤ TÌM KIẾM
- Google Patent Search-Tìm kiếm bằng sáng chế
- Google Scholar-Công cụ tìm kiếm dành cho học
giả
- Google Books- công cụ tìm kiếm sách
3. LỌC THÔNG TIN
- Đọc lướt nhanh rồi đối chiếu với nội dung ta cần
tìm. Nếu đúng là thông tin ta cần tìm thì lưu lại trang
web.
- Từ khóa càng chuyện biệt thì kết quả tìm kiếm càng
gần với thông tin ta quan tâm.
15

VÍ DỤ THỰC HÀNH TÌM KIẾM BẰNG GOOGLE
16

TÌM KIẾM THÔNG TIN NÂNG CAO TRÊN GOOGLE
-Acrobat
-Power
point..
18

Ví DỤ THỰC HÀNH CÁC BƯỚC
TÌM KIẾM
19

BÀI TẬP
1. Hãy tìm những tài liệu về sự chuyển gene kháng
virus ở cây đu đủ bằng tạp chí chuyên ngành và
google
Từ khóa: viral resistance, transformation, papaya)
2. Hãy tìm những công bố nghiên cứu về xác định giới
tính ở bò bằng kỹ thuật multiplex PCR
Từ khóa: Determination,sex, cattle, multiplex PCR
3. Hãy tìm những bài báo liên quan đến vấn đề chẩn
Giới thiệu môn học 20

CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU VỀ SINH HỌC, CÔNG
NGHỆ SINH HỌC
Về động vật học:
http://jas.fass.org/search.dtl
Chẩn đoán phân tử :
http://jmd.amjpathol.org/search.dtl
Virus học:
http://jvi.asm.org/search.dtl
Sinh lý thực vật :
http://www.plantphysiol.org/search.dtl
Tế bào thực vật :
http://www.plantcell.org/search.dtl
21

CÔNG TRÌNH NGHIÊN CỨU VỀ SINH HỌC, CÔNG
NGHỆ SINH HỌC
Sinh học phân tử và tiến hóa :
http://mbe.oupjournals.org/search.dtl
Tế bào mầm:
http://stemcells.alphamedpress.org/search.dtl
Thú y :
http://www.vetpathology.org/search.dtl
Nghiên cứu về RNA :
http://www.rnajournal.org/search.dtl
Nghiên cứu về acid nucleic:
http://nar.oupjournals.org/search.dtl
22

TÌM KIẾM CÁC BÀI BÁO QUATẠP CHÍ CHUYÊN NGÀNH
http://www.plantcell.org/search.dtl
23

TÌM KiẾM BÀI BÁO QUA CÁC TÀI LIỆU THAM
KHẢO CỦA CÁC TẠP CHÍ CHUYÊN NGÀNH
24

■ NCBI (National Center for Biotechnology
Information)
h
ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMe
Medscape
http://www.medscape.com
■ BioMedNet
http://www.bmn.com
27

CƠ SỞ DỮ LIỆU NCBI
28

TÌM KIẾM CÁC BÀI BÁO QUA PUBMED
- Cơ sở dữ
liệu về các bài
29
học,
báo y
sinh học
- Tóm tắt
-Cơ sở dữ liệu
về các bài báo
y học, sinh
học
- Tóm tắt

Đánh từ
khóa
30

Chọn lọc
thông tin
31

Thẻ Giới hạn phạm vi tìm kiếm
32
■ [AB]:
■ [AU]:
■ [DP]:
■ [CY]:
■ [IP]:
■ [IS]:
Tóm tắt - abstract
Tên tác giả - author name
Ngày xuất bản – publication date
Nơi phát xuất bản tạp chí – country
:Số phát hành của tạp chí
International Standard Serial Number of
Journal (ISSN)
■ [LA]:
■ [PG]:
■ [TI]:
■ [VI]:
Ngôn ngữ của bài báo – language
Số trang – page number
Tựa đề - title word
Tập (số) – volume

■ Để tìm chính xác các từ khóa, chúng ta có thể sử dụng
toán tử Boolean (AND, OR, NOT) và dùng thẻ (tag) trong
ngoặc vuông ([]) đặt sau từ khóa để giới hạn phạm vi tìm
kiếm từ khóa đó.
■ Ví dụ: “ DNA microarray” [ti] AND Curtis [au] 2002[dp]
nghĩa là: tìm bài báo có chữ DNA microarray ( trong tựa
đề bài báo) của tác giả Curtis năm 2002.
■ Lưu ý: để tìm một cụm từ (phrase) thì chúng ta phải được
đặt trong dấu ngoặc kép (“”). Entrez tự động hiểu có toán
tử AND giữa các từ cách nhau bằng khoảng trắng (không
nằm trong dấu ngoặc k
Gi
é
ới
pt
)h
.iệu môn 33

Các toán tử trong tìm kiếm
■ Toán tử Boolean (AND, OR, NOT) và dùng thẻ (tag) trong
ngoặc.
■ Tìm kiếm các cụm từ để các cụm từ trong dấu ngoặc kép
“cụm từ”
■ Khoảng cách giữa hai từ hiểu là And ( ví dụ :
H5N1...H1N1)
And
34

KHI THỰC HIỆN TÌM KIẾM TRONG PUBMED
CÁC TOÁN TỬ PHẢI ĐÚNG
THEO QUI ĐỊNH
35

TÌM KiẾM CÁC BÀI BÁO QUA CÁC
TÀI LIỆU THAM KHẢO
Tạo liên kết
với các bài
báo khác
CÁC TOÁN TỬ PHẢI ĐÚNG
THEO QUI ĐỊNH
36

TOÀN BÀI BÁO
38

TÌM KiẾM THÔNG TIN TRONG GOOGLE
VÀ NCBI CÓ GÌ KHÁC
GOOGLE là tìm kiếm những thông tin nhập
vào sau đó trả lại những liên kết đến các trang
web liên quan
Pubmed trong NCBI: tìm kiếm những bài báo
về Y- sinh học và các lĩnh vực sinh học khác
39

TÓM TẮT NỘI DUNG ĐÃ HỌC
40
■ TÌM KIẾM BÀI BÁO QUA GOOGLE
■ TÌM KIẾM BÀI BÁO QUA TẠP CHÍ CHUYÊN
NGÀNH
■ TÌM KiẾM TÓM TẮT CỦA BÀI BÁO QUA PUBMED
■ TÌM KiẾM TOÀN BÀI BÁO QUA PUBMED
CENTRAL

BÀI TẬP
41
Thực hành
Sinh viên thực hành tìm bài báo có tựa đề bằng công cụ
pubmed:
■ “Cloning and characterization of two promoters for
the human HsaI 2 gene and their transcriptional
repression by the Wilms tumor suppressor gene
product”
■ Tác giả:
Ma Y, Li D, Chai L, Luciani AM, Ford D, Morgan J,
Maizel AL

BÀI TẬP
42
Trong trang PubMed, thử tìm và phân biệt hai
trường hợp khi tìm bài báo với yêu cầu là LT AND
gene và “LT gene” ( trong ngoặc kép).
Câu hỏi: Số bài tìm được của mỗi cách là bao
nhiêu?
Có gì khác nhau giữa hai cách tìm này?
Trả lời:

aaa.pptx

Recommandé

Recommandé

Contenu connexe

Similaire à aaa.pptx

Similaire à aaa.pptx (20)

Plus de JOPHUONG

Plus de JOPHUONG (11)

aaa.pptx