Las principales enfermedades en la Región Sur del Ecuador y a nivel nacional son las infecciones respiratorias agudas, con más de 1.7 millones de casos en Ecuador y casi 167 mil casos en la Región Sur, las enfermedades diarreicas agudas, y las enfermedades venéreas con casi 92 mil casos a nivel nacional; otras enfermedades comunes son la hipertensión arterial con más de 67 mil casos en Ecuador y 5 mil en la Región Sur, y la diabetes con más de 516 mil casos en Ecuador y 2 mil en la Región Sur.