112/05/12-感染症的最新診斷技術 講師：林尚儀主任-高醫大附設醫院感染內科

1. 感染症的最新診斷技術
高雄醫學大學附設中和醫院
內科部感染科‧檢驗部微生物室
助理教授林尚儀
amoe616@gmail.com

2. https://twitter.com/doctor_essi/status/610714236881379328?lang=zh-Hant

3. 演講大綱
 病毒診斷
 細菌抗藥性診斷
 結核菌診斷
 次世代定序診斷

4. Omicron病毒的特性
Wenxia Shao, et al. J Microbiol Immunol Infect. 2022

5. COVID-19 檢測工具的使用時機
Current Opinion in Pharmacology 2022, 62:152–158
抗原快篩
核酸檢驗

6. 6
Xpert ID NOW Liat
高通量機台
快速反應機台

7. 快速抗原檢測工具
7
對於疑似患者的快速篩檢工具
• 操作簡易(有居家試劑)、快速

8. 核酸及抗原檢測的比較
原理 優點 缺點
核酸檢測
偵測病毒的核酸片段
(黃金準則)
• 高敏感性及特異性
的檢驗方法
• 再感染或復發的評
估工具
• 技術門檻高
• 需要特定的設備及實
驗室要求
• 檢驗時間較久
抗原檢測
偵測病毒抗原 • 快速提供結果
• 便宜
• 不一定需要專門的
技術人員執行
• 敏感性較核酸檢驗差
• 檢驗品質不易掌握
(尤其家用快篩)

9. 流感病毒及呼吸道融合病毒盛行率在新冠
大流行前後的變化
Groves HE, et al. The Lancet Regional Health 2021
international
travel
restrictions
face masks

10. 季節呼吸道病毒因為COVID-19防疫
措施鬆綁而再度流行
Parsa Hodjat, et al. Microbiol Spectrum 2021

12. 新冠合併流感病毒感染增加致死率
 212,466 adults with SARS-
CoV-2 infection
 co-infection was detected in
583 (8·4%)
 227 influenza viruses
 220 RSV
 136 adenoviruses
Swets MC, et al. Lancet. 2022

13. 多種呼吸道病毒檢測
-類似的症狀，不一樣的病毒不一樣的治療
cobas ® SARS-CoV-2 & Influenza A/B test

14. THE BIOFIRE RESPIRATORY 2.1 PANEL MENU
1.Based on the prospective portion of the clinical study for the BioFire® FilmArray® Respiratory 2 Panel
2.Overall performance based on prospective SARS-COV-2 clinical study for the BioFire® Respiratory 2.1
Panel in comparison to 3 EUA tests, Data on file, BioFire Diagnostics

15. 15
高醫:病毒合約實驗室
定醫分佈與責任區縣市比率
資料統計至111年9月30日止
高
雄
區
共
17
家
佔
53%
屏
東
區
共
12
家
佔
38%
澎湖區共3家佔9%
屏東縣內埔鄉
3.1%
屏東縣東港鎮
9.4%
屏東縣枋寮鄉
6.3%
屏東縣屏東市
9.4%
屏東縣恆春鎮
3.1%
屏東縣潮州鎮
6.3%
高雄市三民區
12.5%
高雄市小港區
3.1%
高雄市前金區
6.3%
高雄市苓雅區
3.1%
高雄市楠梓區
3.1%
高雄市鳳山區
9.4%
高雄縣林園
鄉 3.1%
高雄市左營區
6.3%
高雄市鼓山區
3.1%
高雄市岡山區
3.1%
澎湖縣湖西鄉
3.1%
澎湖縣馬公市
6.3%

16. 疾病管制署病毒合約實驗室定點醫師送驗與報告流程
高醫提供:
採檢管與棉棒+新冠快篩試劑+送驗單+送檢箱(含冰保)
*檢體以常溫宅配-到付運送送回高醫微生物室
第三病日內進行採檢，以咽喉拭子為佳：
(1)疑似流感病毒病患：
-類流感定義:發燒（耳溫≧38℃以上）及呼吸道症狀
-有肌肉酸痛、頭痛、極度倦怠感其中一項症狀者
(2)疑似腸病毒感染病患：
手足口病或疱疹性咽峽炎或無菌性腦膜炎或結膜炎
陽性報告:先以E-mail或電話通知,紙本核發最終報告
-新冠病毒快篩陽性(即不進行培養)
-培養陽性:病毒名稱(含分型)、報告日
陰性報告:No cytopathic effect was found,紙本核發
前置作業
採檢定義
報告核發

18. Global deaths (counts) attributable to and associated with
bacterial antimicrobial resistance by pathogen, 2019
Lancet 2022; 399: 629–55

19. By 2050, MDR bacterial
infections could kill
around 10 million
people annually in U.S.
Number of people predicted to die of antibiotic-resistant infections
by 2050
https://www.uvc-solutions.com/article/end-of-the-golden-epoch-of-antibiotics

20. Traditional Clinical Routine Microbiology
Day 1: Inoculation
1-2 Days
Incubation
Day 2: Sample preparation
for automatic ID/AST
Day 3-4:
MIC values
determinate
Day 2-3:
Pathogen
identify

22. New diagnostic tools
Real-time PCR Multiplex, nested PCR
Lateral flow test

23. 23
傳統檢驗方法
Syndromic Testing

24. FilmArray® System
- Syndromic infectious disease testing

27. 個案分享-李斯特菌症
 Listeria monocytogenes
（單核細胞增多性李斯特菌，簡稱李斯特菌）
27

28. 28
傳染方式
李斯特菌症主要傳染途徑是以食物為媒介
臨床症狀
依據WHO研究報告，李斯特菌症可分為兩大類:
一、非侵襲性感染：主要以發燒、腹瀉、噁心、嘔吐之自限性
（self-limited）腸胃炎表現。
二、侵襲性感染：可導致敗血症及中樞神經系統感染 (以腦膜炎、腦膜
腦炎最為常見)，伴隨死亡風險，主要發生在孕婦、胎兒、新生
兒、免疫力低下者及年長者

29. 29
治療照護
病例通報：符合病例定義者於72小時內通報
治療方法：抗生素治療以Ampicillin及Penicillin為優先考慮的藥物，
Ampicillin或Penicillin合併Gentamicin有加成效果。倘對Penicillin過
敏或不耐，可改選TMP/SMX（trimethoprim-sulfamethoxazole）

30. 30
81 y/o male, DM
Cons change, fever
6/2 09:00 6/2 11:30
Lumbar puncture:
- Cell counts: 240
- PMN/Mono:70/30
- Open pressure:310 mmH2O
6/4 21:30
CSF culture:
- L. monocytogenes
AMP+VAN
6/3 10:30
Expired:
- Shock
- Resp. failure

32.  76 y/o male
 SOB for 3 days
 NSTEMI and acute
heart failure
11/6 11/8
CAG (3-v-d), DES
inserted in RCA
11/19
Intermittent fever
Cough with sputum
Cons drowsy
Pip/Tazo
11/24
Persistent fever
Resp. failure s/p
intubation
No microorganism isolated so far

33. Bronchoscopy in MICU
 Massive amount of purulent sputum in the truncus intermedius and mild sputum in right upper
bronchi
 Sent BAL specimen for FilmArray PN panel

34. Clinical course
Pip/tazo Ceftazidime/avibactem

35. GI panel

37. Biofire Filmarray experiences in Taiwan
 NTUH experiences
 ME panel:
 5/42 false-negative (enterovirus, HSV-1, E. coli, and Cryptococcus species)
 PP panel: (n=59)
 Overall positive percent agreement of 90% (95%CI, 73.5-97.9%)
 27% de-escalation and 13% add effective antibiotic
 BCID panel:
 100 positively flagged blood cultures, 94% of FilmArray BCID panel results were consistent
with the MALDI Biotyper results
 CDC
 RP panel (n=52):
 more sensitive than a rapid influenza diagnostic test.
Kang CM, et al. J Microbiol Immunol Infect. 2020
Lee SH, et al. J Microbiol Immunol Infect. 2019
Chiu SC, et al. Int J Infect Dis. 2017

39. Series changes of TB infection

40. Classification of Mycobacteria isolated from humans

41. Xpert MTB/RIF
反應時間 <80分鐘

42. 2/17
 70 y/o male
 Chronic cough, BWL
2/18 2/19
 AFS 2+  GeneXpert:
4/4
結核菌二線用藥

43. From genetic methods to genomic methods
Antibiotics 2022, 11, 427.

44. The process of NGS testing
Sample preparationLibrary preparation
Sequencing Data analysis
Clinical report
Primary Data Secondary Data Application Specific
analysis
• Read counting
• Variant calling
Massive parallel
sequencing

45. Front Microbiol. 2022 Aug 8;13:973605.
• The overall categorical agreement
• 90% (Illumina) and 88% (ONT) across
all antimicrobials
• 94% (Illumina) and 91% (ONT) for the
prediction of resistance to
carbapenem.
• 181 clinical Enterobacteriaceae isolates
• K. pneumoniae (151), K.
quasipneumoniae (3), E. coli (14), E.
cloacae (7), E. hormaechei (3), E.
chengduensis (1), E. kobei (1), and E.
roggenkampii (1)
• 49 isolates: carbapenem-susceptible
• 132: carbapenem-resistant

46.  Virus
 Bacteria
 TBc
 Fungus
 NGS

47. The role of the microbiology lab in the
diagnosis of multidrug-resistant GNB infections
https://amr.biomerieux.com/en/solutions/diagnostic-stewardship/
測得到
測得準
要快

48. 總結
 分子生物診斷技術日益普及，加速診斷速度與提升診斷敏感性
 分子診斷技術快速準確，提高患者接受適當治療的比例
 傳統診斷技術仍具臨床價值，仍是診斷的重要參考依據
 次世代定序的微生物檢驗在未來可能越來越普及
 大量生科資訊的判讀仍仰賴臨床的判斷