Ce diaporama a bien été signalé.
Nous utilisons votre profil LinkedIn et vos données d’activité pour vous proposer des publicités personnalisées et pertinentes. Vous pouvez changer vos préférences de publicités à tout moment.

2014 05-09-pirttivaara marja-dna_osteoarkeologia_c

1 012 vues

Publié le

DNA ja arkeologia – vanhoja näytteitä, uutta perspektiiviä
DNA and archaeology - old samples, new perspectives

Publié dans : Sciences
  • Kaksi hyvää kirjaa, two good books:

    T. A. Brown, Keri Brown: Biomolecular Archaeology: An Introduction, Wiley Blackwell, 2011

    Elizabeth Matisoo-Smith; K. Ann Horsburgh: DNA for Archaeologists, Left Coast Press, 2012.
       Répondre 
    Voulez-vous vraiment ?  Oui  Non
    Votre message apparaîtra ici

2014 05-09-pirttivaara marja-dna_osteoarkeologia_c

  1. 1. DNA ja arkeologia – vanhoja näytteitä, uutta perspektiiviä Helsingin yliopisto, Luupiiri Helsinki 9.5.2014 Marja Pirttivaara, FT, MBA 9.5.2014 © Marja Pirttivaara 1
  2. 2. Muinaisen DNAn tutkimus tieteenhaarana • DNAn kerääminen ja analysointi vanhoista biologisesta näytteistä. • Rakkaalla lapsella on monta nimeä – AncientDNA / aDNA / muinaisDNA – Archaeogenetics / arkeogenetiikka – Molecular anthropology / molekyyliantropologia – Molecular archaelogy / molekyyliarkeologia – Molecular paleontology / molekyylipaleontologia – Paleogenetics / paleogenetiikka – Lähitiede: Forensic sciences / oikeuslääketiede 9.5.2014 © Marja Pirttivaara
  3. 3. Perimä ja mutaatio • Kaikilla elollisilla ja lisääntymiskykyisillä lajeilla on perimä eli genomi, joka on koodattu DNAhan. • Ihmisen perimä on varastoitunut 23 kromosomipariin, joissa on geenejä. 23. kromosomipari on sukukromosomit X ja Y. Miehillä sukukromosomit ovat XY, naisella XX. • Mitokondriossa eli soluelimessä on omaa DNA:ta (mtDNA) • Mutaatio on geenissä, kromosomissa tai koko kromosomistossa tapahtunut rakenteellinen muutos. • Käytännön DNA-jaottelu: Y-DNA, autosomaali-DNA, X-DNA ja mtDNA. 9.5.2014 © Marja Pirttivaara© Marja Pirttivaara
  4. 4. DNA, geenit ja mutaatiot • DNA, deoksiribonukleiinihappo, on solun perinnöllistä tietoa sisältävä ja siirtävä aine. Se sijaitsee pääosin kromosomeissa ja muodostaa kierteisen kaksoisjuosteen. Pieni osa perimästä ei sijaitse kromosomeissa vaan mitokondriossa eli soluelimessä, jossa tapahtuu soluhengitys. • Geeni on perinnöllistä ominaisuutta ohjaava DNA-jakso, joka sisältää tiedon valkuaisaineen tai RNA- molekyylin valmistamiseksi. Ihmisen kromosomeissa on noin 23 000 geeniä. • Perimän ja DNA:n rakennuspalikat ovat neljä emästä nimeltään sytosiini, tymiini, adeniini ja guaniini (C, T, A, G). • Talking glossary of Genetic Terms http://www.genome.gov/Glossary/ • ISOGG Genetic Glossary http://www.isogg.org/wiki/Genetics _Glossary • Tieteen tietotekniikan keskuksen CSC:n bioinformatiikan sanasto https://extras.csc.fi/biosciences/san asto/html/ 9.5.2014 © Marja Pirttivaara
  5. 5. Mitä halutaan tietää, kun tutkitaan muinaisDNAta? • Evoluutio • Migraatio ja asuttaminen • Yksilön tunnistaminen (vrt. Richard III) – Isälinjat, äitilinjat, sukulaisuussuhteet • Ruokavalio ja sairaudet • Eläinten ja kasvien alkuperän selvittäminen 9.5.2014 © Marja Pirttivaara
  6. 6. MuinaisDNAn ongelmia? • DNAn mutaatiot kuoleman jälkeen (post mortem mutations) • DNA ehtinyt fragmentoitua ja tuhoutua • Kontaminaatio löytämisvaiheen käsittelyssä • Ongelmat laboratoriossa: kontaminaatio, testi- ja tulkintavaikeudet yms. © Marja Pirttivaara9.5.2014
  7. 7. K Prüfer et al. Nature 000, 1-7 (2013) doi:10.1038/nature12886 Toe phalanx and location of Neanderthal samples for which genome-wide data are available. 9.5.2014 - Oikeus käyttöön hankittu Naturen & RightsLinkin kautta
  8. 8. K Prüfer et al. Nature 000, 1-7 (2013) doi:10.1038/nature12886 A possible model of gene flow events in the Late Pleistocene. 9.5.2014 - Oikeus käyttöön hankittu Naturen & RightsLinkin kautta
  9. 9. K Prüfer et al. Nature 000, 1-7 (2013) doi:10.1038/nature12886 Indications of inbreeding in the Altai Neanderthal individual. 9.5.2014 - Oikeus käyttöön hankittu Naturen & RightsLinkin kautta
  10. 10. Suomalainen geeniatlas • ”Olemme geneettisellä kartalla omalaatuisia ja sisäiset geneettiset erot ovat suuret." • ”Populaatioiden erot näkyvät edelleen kirkkaasti itä- ja länsisuomalaisten perimässä” • ”Menetelmiemme tarkkuus on sitä luokkaa, että näemme, miten tietyt geeniklusterit siirtyvät jokivartta ylöspäin” Samuli Ripatti (FIMM) • Suomalaisten uudet juuret, Tiede, 2010 http://www.tiede.fi/artikkeli/1299/suomalaisten_uudet_juuret • Suomalaiset outo kansa eurooppalaisten joukossa, YLE 2010 http://yle.fi/uutiset/suomalaiset_outo_kansa_eurooppalaisten_joukossa/6151349 • Suomalaisilla on omalaatuiset geenit - suomalaisten perimä on lähempänä hollantilaisia kuin unkarilaisia, osoittaa uusi tutkimus. http://www.hs.fi/kotimaa/artikkeli/Suomalaisilla+on+omalaatuiset+geenit/11352 54473875 9.5.2014 © Marja Pirttivaara 10
  11. 11. Mitä oma DNA voi kertoa: Family Tree DNA MyOrigins 9.5.2014 © Marja Pirttivaara 11Family Tree DNA MyOrigins metodologiasta: https://www.familytreedna.com/learn/family-finder-pages/myorigins-methodology
  12. 12. Kirjallisuutta • C.M. Bauer et al. Molecular genetic investigations on Austria's patron saint Leopold III. Forensic Science International Genetics, 8 November 2012. • W. Haak et al. Ancient DNA from European Early Neolithic Farmers Reveals Their Near Eastern Affinities PLoS Biol 2010 8(11): e1000536. doi:10.1371/journal.pbio.1000536. • B.M. Kemp et al. Genetic analysis of early holocene skeletal remains from Alaska and its implications for the settlement of the Americas. Am J Phys Anthropol 2007 Apr;132(4):605-21. R. Khan, Rui Hu: MyOrigins, a Methodology White paper, Family Tree DNA 2014. • A.V. Khrunin et al: A Genome-Wide Analysis of Populations from European Russia Reveals a New Pole of Genetic Diversity in Northern Europe, PLOSOne 2013, DOI: 10.1371/journal.pone.0058552 • L. Melchior et al: Evidence of Authentic DNA from Danish Viking Age Skeletons Untouched by Humans for 1,000 Years. PLoS ONE 3(5) 2008 e2214. • J.U.Palo: Genetic markers and population history: Finland revisited, Eur. J. of Human Gen. 2009, 17 (10) 1336-1346 • E.Pilli et al: Monitoring DNA Contamination in Handled vs. Directly Excavated Ancient Human Skeletal Remains, PLOSOne, 2013: ; 8(1): e52524. • K. Prüfer: The complete genome sequence of a Neanderthal from the Altai Mountains. Nature 2014 Vol: 505(7481):43-49. DOI: 10.1038/nature12886 • S. Pääbo: Neanderthal Man: In search of Lost Genomes, Basic Books, 2014 • J.Raff: How to tell if an Ancient DNA study is legitimate? on-line blog Violent Metaphors, 2014 (haettu 9.5.2014). • E. Rizzi et al: Ancient DNA studies: new perspectives on old samples. Genetics Selection Evolution 2012, 44:21. A • A. Sajantila: Suomi-neidosta, Neanderthalin ihmisestä ja vähän Ötzin ruyokavaliosta – aikamatkustelua molekyylin avulla, Lääketieteellinen Aikakauskirja Duodecim 2002; 118 (23): 2447-2452 • M. Sikora et al: Population Genomic Analysis of Ancient and Modern Genomes Yields New Insights into the Genetic Ancestry of the Tyrolean Iceman and the Genetic Structure of Europe. PLoS Genet 10(5): e1004353. doi:10.1371/journal.pgen.1004353 9.5.2014 © Marja Pirttivaara
  13. 13. Linkkejä • ISOGG International Society of Genetic Genealogy Ancient DNA pages http://www.isogg.org/wiki/Ancient_DNA • ISOGG List of forensic and ancient DNA laboratories http://www.isogg.org/wiki/List_of_forensic_and_ancient_DNA_laboratories • ISOGG Famous DNA http://www.isogg.org/famousdna.htm • Family Tree DNA (Direct-to-consumer tests and info) • University of Leicester: The Discovery of Richard III: http://www.le.ac.uk/richardiii/ • Ancient DNA: The first three decades, Scientific discussion meeting, The Royal Society, London, 18-19. Nov. 2013 9.5.2014 © Marja Pirttivaara
  14. 14. Kiitos! marja.pirttivaara @ gmail.com Twitter: Marja_P 19.11.2013 © Marja Pirttivaara 14

×