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Similaire à COVID-19 研究・対策に活用可能な NVIDIA ソフトウェアと関連情報 (20)
Plus de NVIDIA Japan (20)
COVID-19 研究・対策に活用可能な NVIDIA ソフトウェアと関連情報
- 6. 6
Clara Parabricksソフトウェア - ヒト全ゲノム二次解析パイプライン
ヒト全ゲノムGATKパイプライン処理が既に30分で、さらに年内に「15分全ゲノム」達成を目標に開発中
シングルセルRNA解析でのマッピングに向け STAR/STAR Fusion のGPU高速実装済
シングルセルRNA三次解析の高速化
Python上の汎用データ解析・機械学習GPU高速実装ライブラリRAPIDSを使用
t-SNE, K-means等重い計算処理を数十倍高速化
AtacWorks
ATAC-Seqのデノイズとピークコーリングのディープラーニング高精度実装
Clara Parabricks ゲノミクス/トランスクリプトミクス
https://github.com/clara-parabricks/rapids-single-cell-examples
https://www.nvidia.com/en-us/healthcare/clara-parabricks/
https://github.com/clara-parabricks/AtacWorks
- 7. 7
ロングリードゲノミクス、配列解析
Oxford Nanoporeシーケンサーのベースコール部の高速化・高精度化 (Bonito等)
Oxford Nanopore、PacBioからのロングリードDe Novoアセンブルに向けた高速実装
(RAVEN, RACON,MEDAKA等)
BEAST/BEAGLEによるウイルス変異系統解析の高速化
メタゲノム解析等に向けた配列類似性検索(BLAST系)の高速化 (GHOST-Z GPU等)
https://github.com/nanoporetech/bonito
https://developer.nvidia.com/clara-parabricks
https://beast.community/about
https://github.com/akiyamalab/ghostz-gpu
- 8. 8
創薬向けシミュレーション/HPC
クライオ電顕による立体構造解析の高速化 (RELION, CryoSparc等)
ドッキングシミュレーションの高速化、高度化 (Autodock, Mega-Dock等)
MDシミュレーションの高速化 (GROMACS、AMBER、Desmond/Schrodinger等)
量子化学計算高速化 (Gaussian、GAMES等)
Subtitle Optional
https://cryosparc.com
https://github.com/3dem/relion
https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU
https://www.bi.cs.titech.ac.jp/megadock/index_ja.html
http://gaussian.com/gpu/
https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020/
https://ambermd.org/index.php
- 11. 11
周辺分野 – 監視カメラ/映像モニタリング系
Clara Guardian SDK
監視カメラ、院内モニタリング系でのCOVID-19対応アプリ開発に向けた学習済モデル群+サンプル
実装のパッケージ
映像デコード/前処理の高速実装、人物検出や姿勢推定、心拍数推定などの学習済モデル搭載/
開発中
さらに画像+音声マルチモーダル対話型アプリに向けた音声認識/音声合成モデル(英語)、Q&A言
語モデル等を搭載
体温確認トラッキング、マスク非着用検知、密集検知、手洗い、消毒作業認識、患者状態モニタリ
ング、高齢者ケア、接触機会を低減するAI対話相談や非接触ジェスチャー操作などの実アプリケー
ション普及に向けて世界中のスタートアップ企業とパートナーシップ構築
https://www.nvidia.com/ja-jp/healthcare/clara-guardian/
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周辺分野 – ロボティクス
ISAAC SDK/ISAAC SIM
自律移動ロボットに向けた外界環境認識の学習済モデルと制御を含めたサンプル実装
リアルな3D環境上で仮想センサーを搭載した仮想ロボットの動作シミュレーション
ピッキング動作などの作業強化学習に向けた物理シミュレーションフレームワークを開発中
https://www.nvidia.com/ja-jp/deep-learning-ai/industries/robotics/
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周辺分野 – ロボティクス
ISAAC SDK/ISAAC SIM
自律移動ロボットに向けた外界環境認識の学習済モデルと制御を含めたサンプル実装
リアルな3D環境上で仮想センサーを搭載した仮想ロボットの動作シミュレーション
ピッキング動作などの作業強化学習に向けた物理シミュレーションフレームワークを開発中
https://www.nvidia.com/ja-jp/deep-learning-ai/industries/robotics/
“Inception” スタートアップ企業 支援・連携プログラム
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COVID-19 ウェビナーシリーズのご紹介
第2回 8/25(火) 13:30-15:00
COVID-19の診断や治療に直接関わる重要分野である医用画像AIとAI/HPCを活用した創薬
について、第一線の研究を担う先生方をお招きし、最新の研究をご紹介頂くとともに今後の展
望についてもお話頂きます
[ゲストスピーカー]
名古屋大学大学院 情報学研究科 知能システム学専攻 教授
森健策 先生
東京工業大学 情報理工学院 情報工学系 准教授
関嶋政和 先生