7. Флуоресцентные
двухрепортёрные конструкции
RFP CER
T5 T5
5'-UTR 5'-UTR
Внутренний контроль
Ter
Варьируемая часть
(
CER/ RFP X
CER/ RFPK
)
KO
(
CER/ RFPX
CER/ RFPK
)
WT
=
InAbX
KO
InAbX
WT
=1
> 1 — инициация трансляции в
нокаутном штамме идёт активнее,
чем в диком типе
< 1 — инициация трансляции в
нокаутном штамме идёт хуже, чем
в диком типе
8. Флуоресцентные
двухрепортёрные конструкции
● Инженерные
– Различные
ШД/спейсеры
– Реинициация
– Вторичная структура
5'-UTR
● Природные
– 5'-UTR (спец. регуляция
трансляции)
– Промотеры (спец.
транскрипционные сигналы)
– Начало кодирующей
области (эффекты элонгации)
9. Полуавтоматизированная
трансформация с высеванием и
измерением флуоресценции
Компетентные
клетки
Тестовые конструкции
Тепловой шок
Фенотипическая
экспрессия
Перенос
на агар
Рост
колонийИнокуляцияИкубация
Считывание
флуоресценции
12. Обработка данных
полупроводникового секвенирования
Фильтр по
длине
Выделение
Рандомизированного
Фрагмента
Фильтр по
длине
Фильтр по
частоте
Отделение
крайних
фракций
Самые
слабые
Самые
сильные
Фракции в
динамическом
диапазоне по
отношениям
флуоресценции
Фракция -
CER/RFP
Встречаемость
CER/RFP для
данного
варианта
База данных по C/R
для всех вариантов
16. Публикации
Comparison of mRNA features affecting translation initiation and reinitiation
Ilya A. Osterman, Sergey A. Evfratov, Petr V. Sergiev* and Olga A. Dontsova
474–486 Nucleic Acids Research, 2013, Vol. 41, No. 1
doi:10.1093/nar/gks989
Published online 23 October 2012
Structural features of telomerase RNA gene in naked mole rat.
Acta Naturae. 2014. V. 6. № 2 (21)
Sergey Efratov, Elena Smekalova, Andrey Golovin, Maria Zvereva, Olga Dontsova
НОВАЯ нкРНК: ВЫСОКИЙ УРОВЕНЬ ЭКСПРЕССИИ И ЯДЕРНАЯ
ЛОКАЛИЗАЦИЯ РНК, ТРАНСКРИБИРУЕМОЙ С УЧАСТКА ГЕНОМА
Danio rerio, СОДЕРЖАЩЕГО ПОВТОРЯЮЩИЕСЯ ЭЛЕМЕНТЫ
О. С. Шубернецкая, О. C. Стрелкова, Д. А. Скворцов*, С. А. Евфратов, В.
Д. Черепанинец, Зверева, М. П. Рубцова, О. А. Жиронкина, И. И. Киреев,
А. М. Оловников, О. А. Донцова
17. Тезисы конференций
● «Building a predictive model of translation
initiator ability of 5'-UTR prokaryotic mRNA»,
Sergey Evfratov, Osterman Ilya, FEBS, 2013,
СпБ
● «Building a predictive model of translation
initiator ability of 5'-UTR prokaryotic mRNA»,
Sergey Evfratov, Osterman Ilya, Winter
FutureBiotech, 2014, Звенигород
18. Курсовые и дипломные работы
● Курсовая работа «Изучение функциональной роли генов метилтрансфераз
рибосомной РНК малой субчастицы RsmA, RsmB и RsmC», Крячков В.А., ХФ,
110гр, 2013.
● Курсовая работа «Изучение зависимости эффективности трансляция E. coli от
расстояния между стартовым кодоном и последовательностью Шайна-
Дальгарно при помощи двойной репортерной системы RFP-CER», Струнилин
И.П., ФББ, 202гр, 2014
● Курсовая работа «Поиск новых элементов, определяющих эффективность
трансляции, в 5'нетранслируемой области мРНК E. coli при помощи двойной
репортерной системы RFP-CER», Карпова А.Д., ФББ, 201гр, 2014
● Курсовая работа «...», Погорельская А., ФББ, 2015.
● Дипломная работа «...», Савушкин Е., ХФ, 2015.
Чтение ¼ лекции в курсе «молекулярная биология» про повторяющиеся элементы
