Presentations at the Systematics Association Biennial (Oxford 2015/08/26). Including results of Guillerme & Cooper, accpted, Mol. Phyl. Evol. and Guillerme & Cooper, 2015, http://dx.doi.org/10.1101/022970.

1. Total evidence
phylogenies
The missing data issue
Thomas Guillerme
?
@TGuillerme
Trinity College Dublin

2. Acknowledgements
Natalie Cooper (Natural History Museum - UK)
Gavin Thomas (Univ. Sheffield - UK)
Emmanuel Douzery (Univ. Montpellier II - FR)
Frédéric Delsuc (Univ. Montpellier II - FR)
Trevor Hodkinson (Trinity College Dublin - IE)
@TGuillerme

7. Time

9. A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A

10. 0 0 1 0
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A

11. ? ? ? ? ? ? ?
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A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1

12. ? ? ? ? ? ? ?
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? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
?
?
?
?
?
?
?
?

13. What is the effect of
missing data on tree
topology?

14. ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData No missing data
Missing data
25%
50%
75%
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
? ? ? ?
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData
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? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
? ? ? ?
0 1 1 0
? ? ? ?
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData
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? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
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A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
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? ? ? ?
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

15. ? ? ? ? ? ? ?
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A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

16. ? ? ? ? ? ? ?
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A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
? 0 ? 0
0 1 ? 0
? ? 1 ?
0 ? 1 1
Fossil taxa
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

17. ? ? ? ? ? ? ?
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A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
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0 1 1 1
? ? ? ?
? ? ? ?
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
Living taxa
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

18. ? ? ? ? ? ? ?
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A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData No missing data
Missing data
25%
50%
75%
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
? ? ? ?
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
? ? ? ?
0 1 1 0
? ? ? ?
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData
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? ? ? ? ? ? ?
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A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
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0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData
A B C D
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

19. ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
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? ? ? ? ? ? ?
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData No missing data
Missing data
25%
50%
75%
? ? ? ? ? ? ?
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A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
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0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData
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A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
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0 1 1 0
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1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData
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A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
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0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData
A B C D
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

20. 150 CPU years later…
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

21. 6 PhD months later…
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

22. ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData No missing data
Missing data
25%
50%
75%
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? ? ? ? ? ? ?
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A T T G A A C
A T C G A A C
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0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData
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A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
? ? ? ?
0 1 1 0
? ? ? ?
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
? ? ? ?
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0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
SimulatedData
A B C D
A B C D
A BCD
A BCD
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

23. A B C D
A B C D
A BCD
A BCD
No missing data
Missing data
25%
50%
75%
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

24. Treesimilarity
Data
1
0
100% 25%
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

25. Treesimilarity
1
0
Trees are identical
Trees are no more different
than expected by chance
Data100% 25%
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

26. Results
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

27. Treesimilarity
1
0
Missing data in
the fossil record
Data100% 25%
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

28. Treesimilarity
1
0
Missing data in
the fossil record
Missing data
for living taxa
Data100% 25%
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

29. ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 1 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

30. ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
0 1 1 1
0 1 1 0
0 1 1 0
1 0 0 0
0 ? 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

31. ? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
? ? ? ? ? ? ?
A T T G A A C
A T C G A A C
A T C G G A C
A T C G G A A
0 0 1 0
0 1 1 1
? ? ? ?
0 1 1 0
1 0 0 0
0 ? 1 0
0 0 1 1
0 1 1 1
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

32. We need
morphological data
from living taxa!
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

33. How much data
are out there?

34. Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv

35. Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv
Available data
?

36. Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv
Available data
?

37. Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv
Available data

38. Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv
Available data

39. Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv
Available data
16%
56/351

40. Treesimilarity
1
0
Missing data in
the fossil record
Missing data
for living taxa
Data100% 25%

41. Treesimilarity
1
0
Missing data in
the fossil record
Missing data
for living taxa
Data100% 25%

42. Treesimilarity
1
0
Missing data in
the fossil record
Missing data
for living taxa
Data100% 25%
@TGuillerme
Guillerme & Cooper, 2015
biorxiv.org
Guillerme & Cooper, accepted
Mol. Phyl. Evol.

43. Treesimilarity
1
0
Missing data in
the fossil record
Missing data
for living taxa
Data100% 25%
@TGuillerme
Thank you
Guillerme & Cooper, 2015
biorxiv.org
Guillerme & Cooper, accepted
Mol. Phyl. Evol.