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LRBase × scTensorで細胞間コミュニケーションの検出
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Chen S, 2015
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Pavilicev M, 2017 Ramilowski
J A, 2015 Li L, 2017 Skelly D A, 2018
10.
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11.
12.
13.
X
14.
X X1 X2
X3 ^ ^ ^
15.
X u1'◦v1' u2'◦v2' u3'◦v3' X1
X2 X3 ^ ^ ^
16.
X u1'◦v1' u2'◦v2' u3'◦v3' u1◦v1
u2◦v2 u3◦v3 X1 X2 X3 ^ ^ ^ λ1 λ2 λ3
17.
X u1'◦v1' u2'◦v2' u3'◦v3' u1◦v1
u2◦v2 u3◦v3 UΛVT X1 X2 X3 ^ ^ ^ λ1 λ2 λ3
18.
χ A(1) A(2) A(3) S
19.
χ S S
20.
21.
1 Tsuyuzaki K. et.
al., 2019 (in prep.)
22.
2 Tsuyuzaki K. et.
al., 2019 (in prep.)
23.
3 Tsuyuzaki K. et.
al., 2019 (in prep.)
24.
4 Tsuyuzaki K. et.
al., 2019 (in prep.)
25.
26.
library(scTensor) library(SingleCellExperiment) library(LRBase.Hsa.eg.db) data(“GermMale”) # Data
matrix (486genes × 852cells, 7class, 3.5MB) data(“tsneGermMale”) # The result of Rtsne (21kb) data(“labelGermMale”) # Celltype label (15kb) sce <- SingleCellExperiment(assays = list(counts = GermMale)) reducedDims(sce) <- SimpleList(TSNE = tsneGermMale$Y) cellCellSetting(sce, LRBase.Hsa.eg.db, labelGermMale, names(labelGermMale)) rks <- cellCellRanks(sce) cellCellDecomp(sce, ranks=rks$selected) cellCellReport(sce, reducedDimNames="TSNE", out.dir=tmp, title="Cell-cell interaction within Germline, Male, GSE86146", author="Koki Tsuyuzaki", thr=80)
27.
28.
29.
30.
Tsuyuzaki K. et.
al., 2018
31.
32.
33.
Tsuyuzaki K. et.
al., 2018
34.
1/4
35.
1/4 Himmelstein, D S
et al., 2017
36.
2/4
37.
2/4 Cichonska, A et
al., 2015
38.
3/4
39.
3/4 Gusev A. et.
al., 2016Sun S. et. al., 2018
40.
4/4
41.
4/4 Butler A et.
al., 2018Brown B C et. al., 2018
42.
43.
= Raquel Urtasun, 2008Laurens,
2008 Graph PCA, Bo Jiang, 2013
44.
PCA: 1 X
45.
PLS/CCA/siNMF: 2 X,Y
46.
PLS/CCA/siNMF: 2 X,Y
47.
PLS/CCA/siNMF: 2 X,Y
48.
CMF: n Marinka Zitnik,
2016
49.
CMTF: n Ermis B,
2012 Suleiman A Khan, 2016 Evirm Acar, 2011
50.
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