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生物多様性に関する基盤情報整備と
利活用に向けた取り組み
-GBIF日本ノードJBIF-
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2015/9/15
(国研)農業環境技術研究所 主任研究員
農業環境インベントリーセンター
テーマ:農業業環境統合データベースの構築
http:...
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2015/9/15
・ 自然史資料を活用し、生物多様性情報の
データベースを構築する
(標本, 愛好家の観察記録, 地域のフローラ、ファウナ…)...
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アウトライン
• 前枠
• データベースを利用した研究
• 基盤データ整備とGBIF/JBIF
• 展望と妄想
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• データベースを利用した研究
• 基盤データ整備とGBIF/JBIF
• 展望と妄想
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少しずつだけど
いい時代になってきたなあ・・
解析のプロデータのプロ
基盤データ整備、ネットワークと
データサイエンティストの邂逅
前枠
素直な...
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少しだけ昔を振り返ってみる
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最近の生態学の発展(あくまで一面)
解析技術
データの肥大化
ストレージの安価、巨大化
各種データベース構築
フリーのデータソース増加
ベイズ統...
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解析技術
データの肥大化
流行りというか普及が
こっちに偏重していないか!?
疑問?気になるのです
2010年に国環研でやった
セミナースライド...
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解析技術
データの肥大化
こっち方向の発展が
生態学をさらに発展させるはず!
研究のモチベーション
2010年に国環研でやった
セミナースライド...
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こんなアピールが必要でした
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今日の趣旨
基盤データ整備の
コミュニティ
生態学における
データサイエンティスト
いずれも重要なのは前提
コラボの可能性を探る段階へ
基盤デー...
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ようやくこの段階が来ました。
ここが真のスタート地点です。
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解析技術
データの肥大化
ストレージの安価、巨大化
各種データベース構築
フリーのデータソース増加
ベイズ統計
遺伝的アルゴリズム
多変量解析
...
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• 前枠
• データベースを利用した研究
• 基盤データ整備とGBIF/JBIF
• 展望と妄想
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自然科学研究の基本
フィールドは楽しいが辛い
•野外調査
データの現実
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自然科学研究の基本
取りたいデータは無限
投入できる労力は有限
データの現実
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既存のデータ(データベース)を使って
個人では取れないレベルのデータを
入手し、研究に使う。
一つの解決案
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兵庫県全域の河川の外来植物の
分布拡大方向を検討
・ Osawa et al. (2013) Ecol.Comp. 15:26-32
既存データ...
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耕作放棄と絶滅危惧種分布の
関係を全国的に評価
絶滅危惧種の分布地図
耕作放棄地の分布地図
・ Osawa et al. (2013) PLOS...
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近畿2府4県における鉄道1500駅
ツバメの営巣条件を解析
・ Osawa (2015) Env. Man. 55:1160-1167.
既存デ...
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・国土数値情報 (国交省)
・農林業センサス (農水省)
・自然環境基礎調査 (環境省)
・博物館の標本情報 (公立博物館)
・ひょうごの川自然...
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既存のデータ(データベース)の再利用
研究アプローチの一つとなった!
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再利用するにしてもデータは有限。
使うだけのフリーライドでは持続的でない
持続性の担保
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使うからには、データの供給(公開)も
がんばっています。
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データペーパー
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データペーパーを引用することで、
そのデータを利用した研究ができる
Google Scholarとかで発見できる
 生態学データそのものを
引...
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・ Osawa (2013) Ecol.Res. 28(4):541
市民調査による10年間の植物観察データ
・ Voraphab,Osawa ...
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公表済みデータペーパー
データペーパー
データアーカイブス
公開リポジトリから取得可能
http://db.cger.nies.go.jp/Ja...
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Chavan and Lyubomir (2011)
 封印されているデータ発掘の促進
 データの再利用を促進
 データ公開者に対する報酬...
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・ Osawa (2013) Ecol.Res. 28(4):541
・ Voraphab,Osawa et al. (2015)
Ecol. ...
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過去に収集されたデータを受け継ぎ、
未来にわたって利用可能に!
自身もデータ拡充に尽力し、誰かに
受け継ごう(公開すべし)
データのリサイクル
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目指す、あるべき姿
他人のデータを使わせてもらう代わりに
自分のデータも提供する。
それらを組み合わせて新しい価値を生む
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データを組み合わせる
調査サイトで取得された過去データに
自分のデータを乗せて新しい研究を
・ Osawa et al. (minor revision もうすぐ).
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• 前枠
• データベースを利用した研究
• 基盤データ整備とGBIF/JBIF
• 展望と妄想
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様々な取り組みによって
徐々にピースが埋まっていく
埋まったピースを使って
新たな知見が得られていく
誰もがデータを取得し、それを
公開し、皆で...
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GBIF ウェブサイト (http://www.gbif.org/)
Global Biodiversity Information
Facil...
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約5億7千万!
GBIF ウェブサイト (http://www.gbif.org/)
GBIFとは
インターネットを介して世界中から
生物多様性...
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www.gbif.jp/v2/
GBIF (http://www.gbif.org/)
JBIF (www.gbif.jp/v2/)
GBIF日...
www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 逐次日本語訳を行って公開しています
Webサイトから自由にダウンロードできます。
GBIF活動が
今どんな状況なのか
生物多様性情報学の
世界的...
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最近の例)
大澤・神保(2013)統計数理 61:217-231.
大澤ら(2013)日本生態学会誌 63(2):269-273.
大澤ら(2014)日本生態学会誌 64(2):...
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① 生物多様性情報はオープンで公共な
ものという「文化」を根付かせ、
② 様々な「データ」を包括的に体系化し、
③ それらを促進する「技術」を発...
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続く発表では、データ整備の取り組み、成果、
データ共有に関する各種コミュニティが
紹介されます。これら基盤整備の活動は
どんどん広がってきていま...
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● 様々な公開データを利用して研究ができる
● データを使うからには、データを供給すべし
●データペーパーはじめ、データの公開、共有に
向けた様々な仕組みができている
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興味持った方へ
農業環境技術研究所
大澤 剛士<arosawa@affrc.go.jp>
GBIF日本ノードJBIF
http://www.gbif.jp/v2/
GBIF
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20150915 asm

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2015/9/15 JaLTER 公開シンポジウム2015生物・生態系情報の統合と時系列データの解析~生物や生態系の変化を読み解く~スライド

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20150915 asm

  1. 1. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 生物多様性に関する基盤情報整備と 利活用に向けた取り組み -GBIF日本ノードJBIF- http://osawa.nomaki.jp/ 2015/9/15 JaLTER ASM 国立研究開発法人農業環境技術研究所 GBIF日本ノードJBIF 大澤剛士 <arosawa@affrc.go.jp> 生物・生態系情報の統合と時系列データの解析 ~生物や生態系の変化を読み解く~
  2. 2. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 2015/9/15 (国研)農業環境技術研究所 主任研究員 農業環境インベントリーセンター テーマ:農業業環境統合データベースの構築 http://www.niaes.affrc.go.jp/techdoc/db_image.html?ref=top0 自己紹介 About me
  3. 3. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 2015/9/15 ・ 自然史資料を活用し、生物多様性情報の データベースを構築する (標本, 愛好家の観察記録, 地域のフローラ、ファウナ…) ・ それらを活用して生態学な研究をする Key words: 生物多様性情報学 Biodiversity Informatics 生態情報学 Ecological Informatics 研究の興味
  4. 4. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF アウトライン • 前枠 • データベースを利用した研究 • 基盤データ整備とGBIF/JBIF • 展望と妄想
  5. 5. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF • 前枠 • データベースを利用した研究 • 基盤データ整備とGBIF/JBIF • 展望と妄想
  6. 6. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 少しずつだけど いい時代になってきたなあ・・ 解析のプロデータのプロ 基盤データ整備、ネットワークと データサイエンティストの邂逅 前枠 素直な感想 AM PM
  7. 7. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 少しだけ昔を振り返ってみる
  8. 8. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 最近の生態学の発展(あくまで一面) 解析技術 データの肥大化 ストレージの安価、巨大化 各種データベース構築 フリーのデータソース増加 ベイズ統計 遺伝的アルゴリズム 多変量解析 2010年に国環研でやった セミナースライド http://www.nies.go.jp/biology/s_wakate/2010/2010-12-1.htm
  9. 9. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 解析技術 データの肥大化 流行りというか普及が こっちに偏重していないか!? 疑問?気になるのです 2010年に国環研でやった セミナースライド http://www.nies.go.jp/biology/s_wakate/2010/2010-12-1.htm ストレージの安価、巨大化 各種データベース構築 フリーのデータソース増加 ベイズ統計 遺伝的アルゴリズム 多変量解析
  10. 10. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 解析技術 データの肥大化 こっち方向の発展が 生態学をさらに発展させるはず! 研究のモチベーション 2010年に国環研でやった セミナースライド http://www.nies.go.jp/biology/s_wakate/2010/2010-12-1.htm ストレージの安価、巨大化 各種データベース構築 フリーのデータソース増加 ベイズ統計 遺伝的アルゴリズム 多変量解析
  11. 11. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF こんなアピールが必要でした
  12. 12. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 今日の趣旨 基盤データ整備の コミュニティ 生態学における データサイエンティスト いずれも重要なのは前提 コラボの可能性を探る段階へ 基盤データ整備、ネットワークと データサイエンティストの邂逅
  13. 13. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF ようやくこの段階が来ました。 ここが真のスタート地点です。
  14. 14. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 解析技術 データの肥大化 ストレージの安価、巨大化 各種データベース構築 フリーのデータソース増加 ベイズ統計 遺伝的アルゴリズム 多変量解析 巨大データと解析技術のシナジーにより 何が得られるのだろうか?
  15. 15. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF • 前枠 • データベースを利用した研究 • 基盤データ整備とGBIF/JBIF • 展望と妄想
  16. 16. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 自然科学研究の基本 フィールドは楽しいが辛い •野外調査 データの現実
  17. 17. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 自然科学研究の基本 取りたいデータは無限 投入できる労力は有限 データの現実
  18. 18. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 既存のデータ(データベース)を使って 個人では取れないレベルのデータを 入手し、研究に使う。 一つの解決案
  19. 19. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 兵庫県全域の河川の外来植物の 分布拡大方向を検討 ・ Osawa et al. (2013) Ecol.Comp. 15:26-32 既存データの活用 研究紹介
  20. 20. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 耕作放棄と絶滅危惧種分布の 関係を全国的に評価 絶滅危惧種の分布地図 耕作放棄地の分布地図 ・ Osawa et al. (2013) PLOS One: e79978 既存データの活用 研究紹介
  21. 21. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 近畿2府4県における鉄道1500駅 ツバメの営巣条件を解析 ・ Osawa (2015) Env. Man. 55:1160-1167. 既存データの活用 研究紹介
  22. 22. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF ・国土数値情報 (国交省) ・農林業センサス (農水省) ・自然環境基礎調査 (環境省) ・博物館の標本情報 (公立博物館) ・ひょうごの川自然環境基礎調査 (行政資料) ・市民参加による調査(公開データ) 現地は見て回りましたが、 フィールドデータは取っていません! 既存データの活用 使ったデータ
  23. 23. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 既存のデータ(データベース)の再利用 研究アプローチの一つとなった!
  24. 24. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 再利用するにしてもデータは有限。 使うだけのフリーライドでは持続的でない 持続性の担保
  25. 25. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 使うからには、データの供給(公開)も がんばっています。
  26. 26. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF データペーパー
  27. 27. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF データペーパーを引用することで、 そのデータを利用した研究ができる Google Scholarとかで発見できる  生態学データそのものを 引用可能な論文として公表する形態 27 データペーパーって何?
  28. 28. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF ・ Osawa (2013) Ecol.Res. 28(4):541 市民調査による10年間の植物観察データ ・ Voraphab,Osawa et al. (2015) Ecol. Res. 30(3):415. 北東タイの農地における昆虫相データ ・ Osawa et al. (2015) Ecol. Res541.30(5):75 統計情報に基づく農地利用メッシュ地図データ 公表済みデータペーパー データペーパー
  29. 29. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 公表済みデータペーパー データペーパー データアーカイブス 公開リポジトリから取得可能 http://db.cger.nies.go.jp/JaLTER/ER_DataPapers/
  30. 30. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF Chavan and Lyubomir (2011)  封印されているデータ発掘の促進  データの再利用を促進  データ公開者に対する報酬 再利用 成果(論文出版) データ発掘 成果(論文出版) データペーパーの目的 データペーパー
  31. 31. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF ・ Osawa (2013) Ecol.Res. 28(4):541 ・ Voraphab,Osawa et al. (2015) Ecol. Res. 30(3):415. ・ Osawa et al. (2015) Ecol.Res541.30(5):757 データのリサイクル →大澤・猪原(2008)保全生態学研究13:179-186. → Voraphab, Osawa et al. 投稿中 → Osawa et al. (2013) PLOS One: e79978
  32. 32. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF 過去に収集されたデータを受け継ぎ、 未来にわたって利用可能に! 自身もデータ拡充に尽力し、誰かに 受け継ごう(公開すべし) データのリサイクル
  33. 33. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 目指す、あるべき姿 他人のデータを使わせてもらう代わりに 自分のデータも提供する。 それらを組み合わせて新しい価値を生む
  34. 34. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF データを組み合わせる 調査サイトで取得された過去データに 自分のデータを乗せて新しい研究を ・ Osawa et al. (minor revision もうすぐ).
  35. 35. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF • 前枠 • データベースを利用した研究 • 基盤データ整備とGBIF/JBIF • 展望と妄想
  36. 36. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 様々な取り組みによって 徐々にピースが埋まっていく 埋まったピースを使って 新たな知見が得られていく 誰もがデータを取得し、それを 公開し、皆で共有していく“文化“ 基盤情報整備の目指すもの
  37. 37. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF GBIF ウェブサイト (http://www.gbif.org/) Global Biodiversity Information Facility (GBIF) 「地球規模生物多様性情報機構」 インターネットを介して世界中の生物多様性情報を 共有しようという国際的取り組み
  38. 38. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 約5億7千万! GBIF ウェブサイト (http://www.gbif.org/) GBIFとは インターネットを介して世界中から 生物多様性データが取得できる
  39. 39. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF www.gbif.jp/v2/ GBIF (http://www.gbif.org/) JBIF (www.gbif.jp/v2/) GBIF日本ノードJBIF インターネットを介して世界中の生物多様性情報を 共有しようという国際的取り組みの日本活動 GBIFの日本活動
  40. 40. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 逐次日本語訳を行って公開しています Webサイトから自由にダウンロードできます。 GBIF活動が 今どんな状況なのか 生物多様性情報学の 世界的な課題 JBIFの活動紹介 GBIFが発行する各種 ドキュメントの和訳、公開
  41. 41. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF 最近の例) 大澤・神保(2013)統計数理 61:217-231. 大澤ら(2013)日本生態学会誌 63(2):269-273. 大澤ら(2014)日本生態学会誌 64(2): 153-162. 中江(2015)魚類学雑誌62(1):84-90 神保(2015)Primixia 18: 9-17 国内への情報共有、普及 生物多様性情報学および 周辺分野の解説記事(和文)執筆
  42. 42. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF ① 生物多様性情報はオープンで公共な ものという「文化」を根付かせ、 ② 様々な「データ」を包括的に体系化し、 ③ それらを促進する「技術」を発展させ、 ④ 得られる「知見」を意思決定に活用する (GBIF Secretariat 2012) GBIF/JBIFの目指すもの 生物多様性情報学 Biodiversity Informatics
  43. 43. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF2015ASM GBIFとJBIF 続く発表では、データ整備の取り組み、成果、 データ共有に関する各種コミュニティが 紹介されます。これら基盤整備の活動は どんどん広がってきています。
  44. 44. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF ● 様々な公開データを利用して研究ができる ● データを使うからには、データを供給すべし ●データペーパーはじめ、データの公開、共有に 向けた様々な仕組みができている ● GBIF/JBIFは、それらの拠点の一つ まとめ
  45. 45. www.company.com2015ASM GBIFとJBIF 興味持った方へ 農業環境技術研究所 大澤 剛士<arosawa@affrc.go.jp> GBIF日本ノードJBIF http://www.gbif.jp/v2/ GBIF http://www.gbif.org/

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