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20191113国環研琵琶湖分室セミナー
- 1. 生物多様性データの収集・ 整備・共有とその先 首都大学東京 都市環境科学研究科 GBIF日本ノードJBIF 大澤 剛士 <arosawa@tmu.ac.jp> 2019/11/13 国立環境研究所 琵琶湖分室セミナー
- 3. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 Darwin Core 今後の展望 ⚫大澤 剛士 (Osawa Takeshi) ⚫首都大学東京 都市環境科学研究科 准教授 ⚫専門は生物多様性情報学 ⚫巨大データを使った広域的な生態学研究が 主な研究テーマ
- 5. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 Darwin Core 今後の展望 情報 科学 生物 多様性 科学 情報学の技術を利用して 生物多様性に関連する ありとあらゆる課題に取り込む
- 7. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 Darwin Core 今後の展望 最近の研究 小笠原における外来生物の管理優先度を検討（現地調査＆データベース解析） Osawa et al. (2019) Facilitation of management plan development via spatial classification of areas invaded by alien invasive plant. Biological Invasions 21: 2067-2080. Osawa et al. (2018) Climate-mediated population dynamics enhances distribution range expansion of the pest insect, Stenotus rubrovittatus. Basic and Applied Ecology 30: 41-51. 東北における害虫の分布拡大と気候変動の関係（データベース＆シミュレーション） Osawa et al. (2018) Detecting crucial dispersal pathways using a virtual ecology approach: a case study of the mirid bug Stenotus rubrovittatus. AMBIO 47: 806-815. 東北における害虫の分布拡大と土地利用の関係（データベース＆シミュレーション）
- 8. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 Darwin Core 今後の展望 ⚫ 「地球規模生物多様性情報機構」日本ノード委員 ⚫ インターネットを介して世界中の生物多様性情報を オープン化しようという国際的取り組み Global Biodiversity Information Facility (GBIF) GBIF (http://www.gbif.org/) JBIF (www.gbif.jp/v2/)
- 21. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 今後の展望Darwin Core A学校の身体測定 B学校の身体測定 身長 aaセンチ 体重 Aaキログラム 視力 A.A 身長 (cm) 体重 (kg) 視力 bb Bb B.B 学校名 A小学校 B小学校 身長 （cm） Aa Bb 体重 （kg） Aa Bb 視力 A.A B.B 哲学のない客観事象の統合。記述方法 （データフォーマット）を統一することで統合できる 身体測定データベース
- 23. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 今後の展望Darwin Core データベース統合： 身体測定データベース 試験データベース 身長 （cm） Aa Bb 体重 （kg） Aa Bb 視力 A.A B.B 英語 100 85 国語 23 76 数学 61 0 目的（哲学）の統合を意味するわけで、 いずれか、あるいは第三の新しい哲学で 記述しなおす必要あり！
- 24. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 今後の展望Darwin Core 身体測定情報 身長 （cm） Aa Bb 体重 （kg） Aa Bb 視力 A.A B.B 試験情報 英語 100 85 国語 23 76 数学 61 0 身長 （cm） Aa Bb 体重 （kg） Aa Bb 視力 A.A B.B 英語 100 85 国語 23 76 数学 61 0 生徒情報データベース 身体測定データベース 試験データベース ＋
- 27. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 今後の展望Darwin Core ・ なんだか重要っぽい ・ いかにも正論（ぽい） ＤＢの整備が必要！ （わりと）大規模な予算が付いた かつての悪夢？
- 38. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 今後の展望Darwin Core https://www.gbif.org/data-quality-requirements-occurrences 必須項目 概説 occurrenceID ユニークID basisOfRecord データの性質（標本とか） scientificName 種の名前 eventDate 観察/採集日 GBIFは必須項目を定めている それが入っていれば登録可能 GBIFにデータを登録する際の必須項目 （生物の在データ）
- 44. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 今後の展望Darwin Core occurrenceID basisOfRecord scientificName eventDate decimalLatitude decimalLongitude TMU-001 PreservedSpecimen Carabus iwawakianus 2019/11/13 35.031859 135.867791 TMU-002 PreservedSpecimen Carabus iwawakianus 2019/11/13 35.031859 135.867791 TMU-003 PreservedSpecimen Carabus iwawakianus 2019/11/13 35.031859 135.867791 TMU-004 PreservedSpecimen Carabus iwawakianus 2019/11/13 35.031859 135.867791 必要な項目をヘッダに 使うだけ！※ ※記入内容も定義に従う
- 45. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 今後の展望Darwin Core occurrenceID basisOfRecord データの性質 scientificName 学名 eventDate decimalLatitude decimalLongitude TMU-001 乾燥標本 イワワキオサムシ 2019/11/13 35.031859 135.867791 TMU-002 乾燥標本 イワワキオサムシ 2019/11/13 35.031859 135.867791 TMU-003 乾燥標本 イワワキオサムシ 2019/11/13 35.031859 135.867791 TMU-004 乾燥標本 イワワキオサムシ 2019/11/13 35.031859 135.867791 何なら日本語でも問題なし →変換がフォーマット変更に比べて簡単
- 56. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 今後の展望Darwin Core 調査データの多くは “ややこしい”データ 植生図作成 長期モニタリングプログラム 分布調査 環境アセスメント
- 59. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 今後の展望Darwin Core Sample Based Data “ややこしい”データに対応できる形式 2015年正式リリース 新しいコア・ファイルを開発
- 64. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 今後の展望Darwin Core 必須項目 概説 eventID ユニークID eventDate イベントを実施した日時 samplingProtocol イベントの実施方法 samplingSizeValue & samplingSizeUnit 調査の単位 （網の大きさとか） “イベント”ごとに生物データが付く Sample Basedのコアファイル
- 67. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 今後の展望Darwin Core Sample Based Data イベント・コア＝調査方法の記述 これを詳細に、再現可能に記述すること ここが曖昧だと、他データとの 統合や比較ができない！
- 68. 生態学データ への適用 データベース のキホン 前説 今後の展望Darwin Core ・DwCはもともと標本用なので 生態学データに向いていなかった ・この弱点を改良した Sample Based Data ・調査”方法”をキーにすることで 標準化をはかる
- 77. 参考資料（日本語） 大澤ほか(2019) 生物多様性情報学の今後を見通す Global Biodiversity informatics Conference2 （GBIF2）参加報告. 日本生態学会誌 69 大澤・戸津（2017）生物多様性情報の標準データフォーマット Darwin Core Archiveと生態学データに適合させる拡張形式 "Sample-based Data". 保全生態学研究 22(2): 371-381. 大澤（2017）保全科学におけるデータギャップの現状と解消に向けた取り組み. 保全生態学研究 22(1): 41-53. 大澤ほか（2016）日本における生物多様性情報概況-生物多様性情報概況GBIOの 和訳公開と国内動向-.日本生態学会誌 66(1).215-220. 大澤・神保（2014）ビッグデータ時代の環境科学-生物多様性分野における データベース統合、横断利用の現状と課題-. 統計数理 61:217-231. 大澤ほか（2013）LTER、GBIFにおける国際的な生物多様性データベースの 動向と日本国内の課題 -国際ワークショップ参加報告-. 日本生態学会誌 63(2):269-273. 大澤ほか（2011）生物多様性情報の整備と活用方法-Web技術を用いた 昆虫標本情報閲覧システムの開発を例に-. 保全生態学研究 16(2):231-241.
- 78. データ公開に関する参考資料（日本語） 大澤ほか(2017)オープンデータがもつデータ開放の意味を再考する ：自由な利用と再利用の担保に向けて. 情報管理 60(1): 11-19. 大澤・岩崎（2016）環境科学分野における研究データの オープンデータ化の現状と課題. 環境情報科学 44-4:35-40. 大澤・神保・岩崎（2014）オープンデータという考え方と、 生物多様性分野への適用に向けた課題. 日本生態学会誌 64(2): 153-162.