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コスモバイオニュース No.159 (2019年11月)

COSMO BIO
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15 Oct 2019
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  1. 作用点公知  細胞増殖抑制 生物活性未知 作用機構研究ツール アッセイコンセプト確認 陽性化合物 創薬リード化合物 / 構造展開 用途特許出願 など、幅広い利用法 18.4   29.7   51.9 酵素阻害 膜蛋白質(受容体・ チャネル) 複製・転写・翻訳 シグナル伝達 細胞骨格・細胞周期 その他(RedOx) 30.0 25.0 20.0 15.0 10.0 5.0 0.0 100 -200 200 -300300 -400400 -500500 -600 600 -700 800 -900 1,000 -1,100 900 -1,000 700 -800 1,100 -1,200 1,200 -1,300 1,300 -1,400 1,400 -1,500> 1,500 O O H H O OH O O OH O H H OO N O H N O H O O H H N N Br Cl O O O O O Cl Br O
  2. 1)抽出物の作製 2)化合物の精製 3)化合物のMS分析 4)データべース検索 5)標品による確認 素材 抽出物 分画・分取 (アッセイ) LC-MS分析 既存の化合物データ ベースの検索・照合 推定される化合物の 標品のLS-MS分析 (活性確認) Ⅰ.化合物の推定 Ⅱ.化合物の同定 NMR解析 化合物の構造決定 化合物の同定 量の確保のための追加 抽出・分画・精製 6)化合物の量上げ 7)NMR解析
  3. LIBRARY GENERATION LIBRARY AMPLIFICATION Reverse Transcription (oligodT priming) RNA Removal Purification PCR Purification Poly(A) RNA Removal of RNA template Random priming cDNA library with adapters for Illumina sequencing 200 min 60 min 5’ 5’ 5’ 3’ 3’ 3’ 3’ 5’ 3’ 3’ Tagged cDNA library Double-stranded cDNA library i7 index (AAAAAAAA) (AAAAAAAA) (TTTTTTTTT) 5’ Second Strand Synthesis SEQUENCING - Read orientation for QuantSeq FWD 70 min 45 min 5’ i5 index (optional) NBAAAAA.....AAAAAA i7 index Index 1 (i7) Sequencing Primer Read 2 Read 2 Sequencing Primer Read 1 Sequencing Primer Read 1 (not recommended) i5 index (optional) Index 2 (i5) Sequencing Primer
  4. dCAS9dCAS9 dCAS9dCAS9 promoter promoter Gene X Gene X KRAB TA sgRNA sgRNA NGG NGG CRISPRi and CRISPRa Variations Activation-Fold 35 30 25 20 15 10 5 0 sg-control MyoD sg-1 MyoD sg-2 MyoD sg-1+2 exp. #1 exp. #2 exp. #3
  5. Catalog No. : T6234701-1 Cores : 90 Sixe : 2mm Cut : 8μm Format : 5×9 QA/QC : H&E Slide 1 Slide 2 A B C D E 1 2 3 4 5 6 7 8 9 A B C D E 1 2 3 4 5 6 7 8 9
  6. Tel Cen5p13.1 RH113556 RH76719 ~610 kb RICTOR 5’3’ Cen Tel5q31.1 REN71705 D5S2456 ~660 kb ZCCHC10 3’ 5’ 5q31.1 RICTOR 1 2 3 4 5 6 220 120 100 80 60 50 40 30 20
  7. E12 / 13 E13 / 15 E14 / 15 DapB MET△14 (H596) MET WT (A549) BaseScopeTM probe Wild-type MET MET△14 Probe DesignCRISPR-Mediated DeletionUnedited Liver Edited Liver A C D B WT-only hepatocytes Edited-only hepatocytes Co-expressing hepatocytes Kupffer cells Edited Edited WT 49 nt WT CAS9 Guide RNA 49 bp A B
  8. Enzo社 他社 HDAC   HDAC+0.1% Tritone X-100 RactiveActivity 1.4 1.2 1 0.8 0.6 0.4 0.2 0 100 80 60 40 20 0 【 Trichostatin A 】 %activity 0 nM 0.5nM 1nM 5nM 10nM 50nM 100nM 500nM
  9. Untreated Green channel Red channel Far-red channel Untreated Sudan Black B TrueBlack™
  10. NaO OO O N
  11. 密度 (g/mL) 浸透圧 (mOsm) 粘度 (mPas) 濃度(% w/v) 濃度(% w/v) 濃度(% w/v) 1.3 1.2 1.1 1 1,000 800 600 400 200 1 25 20 15 10 5 0 ショ糖 Nycodenz@ lodixanol (OptiPrepTM ) 他社品P 塩化セシウム他社品F 0 10 20 30 40 50 60 ショ糖 Nycodenz@ lodixanol (OptiPrepTM ) 他社品P 塩化セシウム他社品F ショ糖 Nycodenz@ lodixanol (OptiPrepTM ) 他社品P 塩化セシウム他社品F Iodixanol (OptiPrepTM) Iodixanol (OptiPrepTM) Iodixanol (OptiPrepTM) 0 10 20 30 40 50 60 0 10 20 30 40 50 60
  12. TNF-α Concentrastion (pg/mL) Four Parameter Logistic(4-PL) Curve Fit R2  = 0.999 OpticalDensity 10 1 0.1 0.01 1 10 100 500
  13. Cas9 sgRNA TUNR AAAAAAAAA Your Gene of Interest TUNR Gene of Interest Introduction of the TUNR polyA track results in reduced gene expression. Wild Type Short PolyA Long PolyA ProteinExpressionHighLow
  14. Streptavidin Peroxidase Conjugate Substrate reaction Anti-AAV1 Biotin Conjugate AAV1 particles Anti-AAV1 antibody Synthetic Promotor P/A1/04/03 T7 Terminator Amp ori EcoRIXhol Xbal Nhel Hpa pOPE101-215 (Yol) Hpa NotI BamHI Bglll XbalEcoRI NcoI XbaI HindIII MluI EcoRV RBS Serum A epitope Mab Myc1-9E10 epitope Stop codon His-tag 6×HisVL(215)VH(215) leader sequence epitope linker
  15. 119 13147
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