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Estructura y Replicación
de DNA
Curso
Propedéutico
Junio 2012
James Watson y Francis Crick
 En Abril de 1953 James
Watson y Francis Crick
sacudieron al mundo
científico con un elegante
modelo helicoidal de
doble hélice para la
estructura del ácido
desoxirribonucleico, o el
DNA
Watson y a Crick admirando
su modelo del DNA
Experimento de Transformación de
Bacteria
 La cepa S de Streptococcus pneumoniae causa neumonía; la cepa R
no es patógena, o sea, no causa infección
 Griffith descubrió que si se mezclan células de la cepa S, pero ya
muertas con calor, y células de la cepa R el ratón muere y dentro del
ratón se encuentran células vivas de la cepa S
 Griffith concluyó que moléculas de las células S muertas, transforman
genéticamente a las células R y a células S vivas
 Estructura del Genoma
 El genoma de la cepa S. pneumoniae D39 usada en el experimento de
Griffith tiene aproximadamente 2 millones de pares de bases y codifica
para aproximadamente1914 proteinas.
 Lanie, J., Ng, W., Kazmierczak, K., Andrzejewski, T., Davidsen, T.,
Wayne, K., Tettelin, H., Glass, J., Winkler, M. "Genome sequence of
Avery's virulent serotype 2 strain D39 of Streptococcus pneumoniae and
comparison with that of unencapsulated laboratory strain R6". Journal of
Bacteriology. 2007. Volume 189. p. 38-51.
Célula bacterial
 Los fagos T2
inyectan su material
genético a la célula
por medio de su
cola
Material Genético
(Experimento de Hershey-Chase)
 Para probar que el material genético era el DNA, y no
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para marcar el DNA y azufre radioactivo para marcar las
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 Luego que se mezclaron los fagos con las bacterias el
material que se encontraba dentro de las bacterias era
el fósforo radioactivo, lo que indica que el material que
entra a la bacteria es el DNA y no las proteínas
Material Genético
(Experimento de Hershey-Chase)
Conceptos básicos del DNA
 Los ácidos nucleicos son únicos en
su habilidad de dirigir su propia
replicación
 El parecido que tiene la progenie a
sus padres tiene su base en la
replicación del DNA y su transmisión
de genes de generación en
generación
 La información hereditaria esta
codificada en el lenguaje químico de
DNA y reproducido en todas las
células de nuestro cuerpo
 El DNA programa el desarrollo de
nuestras características bioquímicas,
anatómicas, psicológicas, y de
comportamiento
 Se compone de unidades
llamadas nucleótidos
 Estos están compuestos de:
 Una azúcar (pentosa 5C):
Ribosa o desoxiribosa
 Un base nitrogenada: purinas o
pirimidinas unidas al carbono 1
del azúcar
 Un grupo fosfato unido al
carbono 5 del azúcar
Estructura de DNA
 Las bases nitrogenadas de
la doble hélice del DNA
están pareadas
específicamente:
 Adenina (A) con Timina (T)
 Guanina (G) con Citosina
(C)
Estructura de DNA
Conceptos básicos del DNA
 Cada base tiene sitios
químicos donde pueden
formar puentes de
hidrógenos con su respectiva
pareja:
 Adenina puede formar dos
puentes de hidrogeno con
timina solamente
 Guanina forma tres puentes
de hidrogeno con citosina
solamente
Doble hélice del DNA
 Las cintas azules en este
diagrama representan el
enlace del azúcar y el fosfato
de las dos hebras del DNA
 Las dos hélices se atraen
mediante puentes de
hidrógeno entre las bases
nitrogenadas en el centro de
la doble hélice
Replicación y reparación del DNA
 Las dos bandas de DNA son complementarias
 Una brinda la información necesaria para reconstruir
su banda complementaria
Modelo semiconservativo
 El modelo de Watson y Crick dice que al replicarse la
doble hélice del DNA, cada una de las dos bandas hijas
tendrán una banda parental y otra banda nueva
Experimento de Matthew Meselson y
Franklin Stahl
(Modelo semiconservativo)
Orígenes de replicación
 La replicación de la
molécula de DNA
comienza en sitios
llamados orígenes de
replicación
 Las proteínas que inician
la replicación reconocen
esa secuencia del origen
de replicación
 Proteínas se pegan al
DNA formando la burbuja
de replicación
Orígenes de replicación
 La replicación del
DNA prosigue en
ambas direcciones
hasta que la molécula
se copie
completamente
 En ambos terminales
de la burbuja de
reaplicación esta el
tenedor de
replicación
Alargamiento de la banda de DNA
 La DNA polimerasa es la
enzima que alarga el nuevo
DNA en el tenedor de
replicación
 Los nucleótidos se alinean con
sus bases complementarias a
lo largo de la banda templada
de DNA, y se pegan una por
una al terminal de la banda de
DNA en proceso
 Los nucleótidos que sirven de
sustrato de DNA polimerasa
son nucleósidos trifosfatos
 La única diferencia entre el ATP del metabolismo de
energía y el nucleósido trifosfato que suple adenina para
el DNA es el componente azúcar
 Cada monómero se pega al terminal de la banda en
proceso del DNA perdiendo dos grupos fosfatos como una
molécula de pirofosfato (PPi)
 La hidrólisis del pirofosfato hacia dos moléculas de fosfato
inorgánico (Pi) es la reacción exergónica que dirige la
reacción de polimerización
Alargamiento de la banda de DNA
ATP
Arreglo antiparalelo de las bandas
de DNA
 Las dos bandas del DNA son
antiparalelas, lo que significa
que una banda corre en
dirección opuesta de la otra
 Un grupo OH - esta en el
terminal 3’
 Un Grupo PO4 - esta en el
terminal 5’
 La DNA polimerasa
adhiere nucleótidos solo
del terminal 3’ al terminal
5’
 El alargamiento de la
nueva banda de DNA
solo puede ocurrir en
dirección 5’→ 3’
Arreglo antiparalelo de las bandas
de DNA
Banda continua o lider de DNA
(“leading DNA strand”)
 Esta banda es
sintetizada
continuamente por la
DNA polimerasa en el
tenedor de replicación
Banda rezagada de DNA (“lagging
DNA strand”)
 Es la nueva banda que sintetiza la
DNA polimerasa en dirección
opuesta al tenedor de replicación
 Al abrirse la burbuja de replicación
se sintetizan fragmentos cortos de
DNA fuera del tenedor de
replicación
 Los fragmentos de Okazaki son
segmentos cortos de DNA
adheridos a la banda regazada.
 La ligasa de DNA es la enzima
que une los fragmentos de Okazaki
Síntesis de DNA con RNA
 La DNA polimerasa solo
adhiere nucleótidos a una
cadena ya existente
apareada a la banda
templada
 Ella solamente puede
añadir el terminal 3’ a una
hebra ya comenzada
 El cebo o “primer” es un
segmento corto de RNA
que marca el comienzo de
la nueva cadena de DNA.
Síntesis de DNA con RNA
 La primasa es una enzima que adhiere los
nucleótidos de RNA para hacer el cebo o “primer”
 Mas tarde otra DNA polimerasa reemplaza los
nucleótidos de RNA del primer con nucleótidos
de DNA
 Se requiere un solo primer para que la DNA
polimerasa sintetice la banda continua (“leading
strand”) de DNA
Otras proteínas envueltas en
replicación de DNA
 Helicasa: enzima que
abre la doble hélice en el
tenedor de replicación
separando las dos
bandas
 Proteína que se enlaza
a una sola hebra
(“single binding
protein”): luego de que
la helicasa separa las
bandas, esta proteína
mantiene estabilizadas
las bandas
Lectura de prueba (“Proofreading”) y
reparación durante la replicación del
DNA
 La DNA polimerasa hace lectura de prueba o
“proofreading” en cada nucleótido
 Si se encuentra algún nucleótido mal apareado, la DNA
polimerasa lo cambia por el correcto
 Los nucleótidos que no estén apareados correctamente,
en ocasiones, no pasan por el proceso de “proofreading”
de la DNA polimerasa o se arregla luego de completarse
la replicación del DNA
Factores que pueden dañar el DNA
 Los reactivos químicos, emisiones radiactivos,
rayos X y la luz UV pueden dañar el DNA
 El DNA puede pasar por cambios espontáneos
bajo condiciones normales
 Cada célula monitorea y repara constantemente
su material genético
Mecanismos de reparación
 Nucleasa: enzima que corta
una porción alrededor de los
nucleótidos mal apareados.
 Reparación de escisión
del nucleótido
(“nucleotide excision
repair”): los daños de luz
UV a la piel producen un
“dimer” de timina.
 Daños al DNA → Nucleasa
→ DNA polimerasa → ligasa
Mecanismos para terminar la
replicación
 La maquinaria de la
replicación no completa el
terminal 5’ de las bandas
nuevas de DNA
 Como resultado se repiten
rondas de la replicación y
por consiguiente las
moléculas de DNA se van
haciendo mucho mas cortas
 En células prokariotas no
sucede esto ya que su DNA
es circular
Telómeros
 Son secuencias especiales
de nucleótidos al final del
DNA cromosomal eucariótico
 Estos no contienen genes,
pero si secuencias cortas
repetidas de nucleótidos
(TTAGGG en humanos)
 Protegen el genoma de
errores durante las rondas de
replicación
 Previenen el envejecimiento
y muerte celular
Telómeros y telomerasas
Telomerasas
 Los telomeros se van acortando
según van ocurriendo las
replicaciones DNA
 Las telomeras son enzimas que
alargan los telómeros
 Tienen una secuencia corta de RNA
unido a su proteína
 La secuencia de RNA sirve como
molde (“template”) para extender el
telómero hasta el terminal 3’
 No están activamente en las células
somáticas, pero si en células
embrionarias
 Anormalmente están presentes en las
células cancerosas
Los punto anaranjados marcan los
telómeros en cromosomas de ratón
Replicación de DNA
Concepto Básico del Modelo de
Replicación
 La molécula parental tiene
dos hebras
complementarias de DNA.
 Cada base es apareada
con otra en específico.
 T (timina) con A (adenina)
y G (guanina) con C
(citosina).
Concepto Básico del Modelo de
Replicación
 El primer paso
durante la replicación
del DNA es la
separación de las dos
hebras
Concepto Básico del Modelo de
Replicación
 Cada hebra parental
ahora sirve como
templado aunque
determina el orden de
nucleótidos a lo largo
de la nueva hebra
complementaria
Concepto Básico del Modelo de
Replicación
 Los nucleótidos están
conectados para formar
los enlaces entre los
fosfatos y azúcares de la
nueva hebra
 Cada molécula “hija” de
DNA consiste de una
hebra parental y una
hebra nueva
Resumen de la replicación de DNA
 La helicasa desenrolla la doble hélice del DNA
 Las proteínas que se enlazan a una sola hebra o “single
binding proteins” estabilizan la hebra parental desenrollada
del DNA
 La hebra continua o “leading strand” es sintetizada en
dirección de 5’a 3’ por la DNA polimerasa
Resumen de la replicación de DNA
 La hebra discontinua o “lagging strand” es sintetizada por la
primasa que coloca pequeñas secuencias de RNA que son
extendidos por la DNA polimerasa formando fragmentos de
Okazaki
 Otra DNA polimerasa reemplaza los cebos o “primers” de RNA
por DNA
 La DNA ligasa une los fragmentos de Okazaki

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  • 1. Estructura y Replicación de DNA Curso Propedéutico Junio 2012
  • 2. James Watson y Francis Crick  En Abril de 1953 James Watson y Francis Crick sacudieron al mundo científico con un elegante modelo helicoidal de doble hélice para la estructura del ácido desoxirribonucleico, o el DNA Watson y a Crick admirando su modelo del DNA
  • 3. Experimento de Transformación de Bacteria  La cepa S de Streptococcus pneumoniae causa neumonía; la cepa R no es patógena, o sea, no causa infección  Griffith descubrió que si se mezclan células de la cepa S, pero ya muertas con calor, y células de la cepa R el ratón muere y dentro del ratón se encuentran células vivas de la cepa S  Griffith concluyó que moléculas de las células S muertas, transforman genéticamente a las células R y a células S vivas
  • 4.  Estructura del Genoma  El genoma de la cepa S. pneumoniae D39 usada en el experimento de Griffith tiene aproximadamente 2 millones de pares de bases y codifica para aproximadamente1914 proteinas.  Lanie, J., Ng, W., Kazmierczak, K., Andrzejewski, T., Davidsen, T., Wayne, K., Tettelin, H., Glass, J., Winkler, M. "Genome sequence of Avery's virulent serotype 2 strain D39 of Streptococcus pneumoniae and comparison with that of unencapsulated laboratory strain R6". Journal of Bacteriology. 2007. Volume 189. p. 38-51.
  • 5. Célula bacterial  Los fagos T2 inyectan su material genético a la célula por medio de su cola
  • 6. Material Genético (Experimento de Hershey-Chase)  Para probar que el material genético era el DNA, y no las proteínas, se marcaron fagos con fósforo radioactivo para marcar el DNA y azufre radioactivo para marcar las proteínas.  Luego que se mezclaron los fagos con las bacterias el material que se encontraba dentro de las bacterias era el fósforo radioactivo, lo que indica que el material que entra a la bacteria es el DNA y no las proteínas
  • 8. Conceptos básicos del DNA  Los ácidos nucleicos son únicos en su habilidad de dirigir su propia replicación  El parecido que tiene la progenie a sus padres tiene su base en la replicación del DNA y su transmisión de genes de generación en generación  La información hereditaria esta codificada en el lenguaje químico de DNA y reproducido en todas las células de nuestro cuerpo  El DNA programa el desarrollo de nuestras características bioquímicas, anatómicas, psicológicas, y de comportamiento
  • 9.  Se compone de unidades llamadas nucleótidos  Estos están compuestos de:  Una azúcar (pentosa 5C): Ribosa o desoxiribosa  Un base nitrogenada: purinas o pirimidinas unidas al carbono 1 del azúcar  Un grupo fosfato unido al carbono 5 del azúcar Estructura de DNA
  • 10.  Las bases nitrogenadas de la doble hélice del DNA están pareadas específicamente:  Adenina (A) con Timina (T)  Guanina (G) con Citosina (C) Estructura de DNA
  • 11. Conceptos básicos del DNA  Cada base tiene sitios químicos donde pueden formar puentes de hidrógenos con su respectiva pareja:  Adenina puede formar dos puentes de hidrogeno con timina solamente  Guanina forma tres puentes de hidrogeno con citosina solamente
  • 12. Doble hélice del DNA  Las cintas azules en este diagrama representan el enlace del azúcar y el fosfato de las dos hebras del DNA  Las dos hélices se atraen mediante puentes de hidrógeno entre las bases nitrogenadas en el centro de la doble hélice
  • 13. Replicación y reparación del DNA  Las dos bandas de DNA son complementarias  Una brinda la información necesaria para reconstruir su banda complementaria
  • 14. Modelo semiconservativo  El modelo de Watson y Crick dice que al replicarse la doble hélice del DNA, cada una de las dos bandas hijas tendrán una banda parental y otra banda nueva
  • 15. Experimento de Matthew Meselson y Franklin Stahl (Modelo semiconservativo)
  • 16. Orígenes de replicación  La replicación de la molécula de DNA comienza en sitios llamados orígenes de replicación  Las proteínas que inician la replicación reconocen esa secuencia del origen de replicación  Proteínas se pegan al DNA formando la burbuja de replicación
  • 17. Orígenes de replicación  La replicación del DNA prosigue en ambas direcciones hasta que la molécula se copie completamente  En ambos terminales de la burbuja de reaplicación esta el tenedor de replicación
  • 18. Alargamiento de la banda de DNA  La DNA polimerasa es la enzima que alarga el nuevo DNA en el tenedor de replicación  Los nucleótidos se alinean con sus bases complementarias a lo largo de la banda templada de DNA, y se pegan una por una al terminal de la banda de DNA en proceso  Los nucleótidos que sirven de sustrato de DNA polimerasa son nucleósidos trifosfatos
  • 19.  La única diferencia entre el ATP del metabolismo de energía y el nucleósido trifosfato que suple adenina para el DNA es el componente azúcar  Cada monómero se pega al terminal de la banda en proceso del DNA perdiendo dos grupos fosfatos como una molécula de pirofosfato (PPi)  La hidrólisis del pirofosfato hacia dos moléculas de fosfato inorgánico (Pi) es la reacción exergónica que dirige la reacción de polimerización Alargamiento de la banda de DNA
  • 20. ATP
  • 21. Arreglo antiparalelo de las bandas de DNA  Las dos bandas del DNA son antiparalelas, lo que significa que una banda corre en dirección opuesta de la otra  Un grupo OH - esta en el terminal 3’  Un Grupo PO4 - esta en el terminal 5’
  • 22.  La DNA polimerasa adhiere nucleótidos solo del terminal 3’ al terminal 5’  El alargamiento de la nueva banda de DNA solo puede ocurrir en dirección 5’→ 3’ Arreglo antiparalelo de las bandas de DNA
  • 23. Banda continua o lider de DNA (“leading DNA strand”)  Esta banda es sintetizada continuamente por la DNA polimerasa en el tenedor de replicación
  • 24. Banda rezagada de DNA (“lagging DNA strand”)  Es la nueva banda que sintetiza la DNA polimerasa en dirección opuesta al tenedor de replicación  Al abrirse la burbuja de replicación se sintetizan fragmentos cortos de DNA fuera del tenedor de replicación  Los fragmentos de Okazaki son segmentos cortos de DNA adheridos a la banda regazada.  La ligasa de DNA es la enzima que une los fragmentos de Okazaki
  • 25. Síntesis de DNA con RNA  La DNA polimerasa solo adhiere nucleótidos a una cadena ya existente apareada a la banda templada  Ella solamente puede añadir el terminal 3’ a una hebra ya comenzada  El cebo o “primer” es un segmento corto de RNA que marca el comienzo de la nueva cadena de DNA.
  • 26. Síntesis de DNA con RNA  La primasa es una enzima que adhiere los nucleótidos de RNA para hacer el cebo o “primer”  Mas tarde otra DNA polimerasa reemplaza los nucleótidos de RNA del primer con nucleótidos de DNA  Se requiere un solo primer para que la DNA polimerasa sintetice la banda continua (“leading strand”) de DNA
  • 27. Otras proteínas envueltas en replicación de DNA  Helicasa: enzima que abre la doble hélice en el tenedor de replicación separando las dos bandas  Proteína que se enlaza a una sola hebra (“single binding protein”): luego de que la helicasa separa las bandas, esta proteína mantiene estabilizadas las bandas
  • 28. Lectura de prueba (“Proofreading”) y reparación durante la replicación del DNA  La DNA polimerasa hace lectura de prueba o “proofreading” en cada nucleótido  Si se encuentra algún nucleótido mal apareado, la DNA polimerasa lo cambia por el correcto  Los nucleótidos que no estén apareados correctamente, en ocasiones, no pasan por el proceso de “proofreading” de la DNA polimerasa o se arregla luego de completarse la replicación del DNA
  • 29. Factores que pueden dañar el DNA  Los reactivos químicos, emisiones radiactivos, rayos X y la luz UV pueden dañar el DNA  El DNA puede pasar por cambios espontáneos bajo condiciones normales  Cada célula monitorea y repara constantemente su material genético
  • 30. Mecanismos de reparación  Nucleasa: enzima que corta una porción alrededor de los nucleótidos mal apareados.  Reparación de escisión del nucleótido (“nucleotide excision repair”): los daños de luz UV a la piel producen un “dimer” de timina.  Daños al DNA → Nucleasa → DNA polimerasa → ligasa
  • 31. Mecanismos para terminar la replicación  La maquinaria de la replicación no completa el terminal 5’ de las bandas nuevas de DNA  Como resultado se repiten rondas de la replicación y por consiguiente las moléculas de DNA se van haciendo mucho mas cortas  En células prokariotas no sucede esto ya que su DNA es circular
  • 32. Telómeros  Son secuencias especiales de nucleótidos al final del DNA cromosomal eucariótico  Estos no contienen genes, pero si secuencias cortas repetidas de nucleótidos (TTAGGG en humanos)  Protegen el genoma de errores durante las rondas de replicación  Previenen el envejecimiento y muerte celular Telómeros y telomerasas
  • 33. Telomerasas  Los telomeros se van acortando según van ocurriendo las replicaciones DNA  Las telomeras son enzimas que alargan los telómeros  Tienen una secuencia corta de RNA unido a su proteína  La secuencia de RNA sirve como molde (“template”) para extender el telómero hasta el terminal 3’  No están activamente en las células somáticas, pero si en células embrionarias  Anormalmente están presentes en las células cancerosas Los punto anaranjados marcan los telómeros en cromosomas de ratón
  • 35. Concepto Básico del Modelo de Replicación  La molécula parental tiene dos hebras complementarias de DNA.  Cada base es apareada con otra en específico.  T (timina) con A (adenina) y G (guanina) con C (citosina).
  • 36. Concepto Básico del Modelo de Replicación  El primer paso durante la replicación del DNA es la separación de las dos hebras
  • 37. Concepto Básico del Modelo de Replicación  Cada hebra parental ahora sirve como templado aunque determina el orden de nucleótidos a lo largo de la nueva hebra complementaria
  • 38. Concepto Básico del Modelo de Replicación  Los nucleótidos están conectados para formar los enlaces entre los fosfatos y azúcares de la nueva hebra  Cada molécula “hija” de DNA consiste de una hebra parental y una hebra nueva
  • 39. Resumen de la replicación de DNA  La helicasa desenrolla la doble hélice del DNA  Las proteínas que se enlazan a una sola hebra o “single binding proteins” estabilizan la hebra parental desenrollada del DNA  La hebra continua o “leading strand” es sintetizada en dirección de 5’a 3’ por la DNA polimerasa
  • 40. Resumen de la replicación de DNA  La hebra discontinua o “lagging strand” es sintetizada por la primasa que coloca pequeñas secuencias de RNA que son extendidos por la DNA polimerasa formando fragmentos de Okazaki  Otra DNA polimerasa reemplaza los cebos o “primers” de RNA por DNA  La DNA ligasa une los fragmentos de Okazaki