La auditoría ambiental es un proceso voluntario u obligatorio llevado a cabo por la PROFEPA para evaluar el desempeño ambiental de las empresas. Consiste en una evaluación del sistema de una empresa para determinar si protege adecuadamente el medio ambiente, seguido de un plan de acción y certificación como industria limpia si se cumplen los requisitos. Más de 1000 empresas han participado, firmando acuerdos por $6.5 mil millones de pesos para inversiones ambientales. La auditoría cuesta entre $200,000-$250,000 para la empresa