4. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto
Chemsketch
● Kemian piirto-ohjelmisto
● Reaktioyhtälöt ja mekanismit
● Laboratoriovälineet ja kuvaajat
● Hyvin rajoittuneet laskentamahdollisuudet
● Rakenteen optimointi
● Kuvien ja animaatioiden teko onnistuu
● Ei kunnollista 3D-visualisointia
● Englanninkielinen (http://www.acdlabs.com/resources/freeware/chemsketch/)
● Tutoriaali: http://exordio.qfb.umich.mx/CHEMSK_R.pdf
5. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto
Avogadro (1.0.3) (1)
● Cross-Platform: Windows, Linux, and Mac OS X.
● Free, Open Source: GNU GPL
● International: Translations into e.g. Chinese,
French, German, Italian, Russian, Spanish...
● Partial Finnish
● Intuitive: Built to work easily for students and
advanced researchers both.
● Fast rendering and computation.
● Flexible: Features include Open Babel import of
chemical files, input generation for multiple
computational chemistry packages
6. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto
Avogadro (1.0.3) (2)
● Kuvien tekoon erinomainen
● Pikseli ja vektorikuvat
● Yhteensopiva muiden ohjemistojen kanssa
● Export / Import
● Ei tarvitse asentaa
● Hyvät tukisivustot: http://avogadro.openmolecules.net/
● Paljon valmiita opetusmalleja ja käyttötutoriaaleja
● Ongelma vakaus
● Kaatuu vähän valiä
7. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto
Spartan student
● Kaupallinen ohjelmisto
● MFKA välittää Suomessa
● Paljon enemmän työkaluja kuin Avogadrossa
● Selkeä käyttää
● Tasokkaat visualisoinniit
● Enemmän Wavefunction keskittynyt
● Eli rajapinnat muiden ohjelmistojen kanssa eivät
ole niin kehittyneet
● Sähköpostituki ja hyvät käyttötutoriaalit (Eng)
Lähde:
http://en.wikipedia.org/wiki/Cyanide
8. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto
Jmol (1)
● Visualisointiohjelmisto
● Lukee lähes kaikkia kemian tiedostotyyppejä
● Alkeellinen molekyylien rakennustyökalu
● Geometrian optimointi
● Käytetyin interaktiivisten molekyylimallien
verkkopohjainen visualisointityökalu
● Wikipedia
● Protein data bank
● Myös stand alone -ohjelmistona
● Ei vaadi asentamista
9. Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta www.helsinki.fi/yliopisto
Jmol (2)
● Laaja käyttäjäyhteisö
● Kehittyy nopeasti
● Tukipalvelut
● Paljon valmista materiaalia
● Suomenkielinen versio
● Esimerkkejä esim.:
● http://www.edumendo.fi/jmol.html
● http://www.edumol.fi/mallinnus
● http://jmol.sourceforge.net/
