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Similaire à Pathway解析のためのSPARQL wrapper packageの作成 (11)
Pathway解析のためのSPARQL wrapper packageの作成
- 3. linked open dataを用いたinnovationに
必要なもの
• RDF endpoint
– 発展途上ではあるができつつある
– 追加、統合は容易
• Killer application
– Text mining
– 実験dataをinputとして散在するpathwayのlinked
open dataを統合、参照し実験者が知りたい情報
に応じたoutputを生成(可視化)
- 6. Hackathonで行ったこと
• PIERO reaction ontology
(http://reactionontology.org/) のexampleの
wrap
– https://github.com/kozo2/PIEROutil
• 頻出SPARQL queryをR言語でwrap
– hoge <- getReactSameTrans("kegg:R02110")
– 反応ID R02110と同じTransformationを持つ
Reactionの取得