O documento descreve os princípios da proteômica, incluindo a identificação e caracterização de todas as proteínas em uma amostra biológica através de eletroforese bidimensional e espectrometria de massas. Também discute as vantagens e limitações da proteômica, como a detecção de múltiplas isoformas de proteínas e a dificuldade de analisar proteínas em larga escala.

1. PROTEÔMICA 13/11/2007

3. A nomenclatura ômica… Genômica DNA (Gene) Genômica Funcional Transcriptômica RNA Proteômica PROTEÍNA Metabolômica METABOLITE Transcrição Tradução Reação enzimática

6. Por que estudar a expressão de proteínas? DNA Transcrito de RNA Primário mRNA mRNA proteína Proteína Controle Transcricional Controle do Proces De RNA Controle Transport RNA mRNA inativo Controle Degradação RNA Controle de Tradução Controle Pós-Transducional

11. A primeira dimensão (separação por ponto isoelétrico) - Gel com um gradiente de pH imobilizado - Corrente elétrica leva aproteínas carregadas a mover até alcançar o ponto isoelétrico 2D-SDS PAGE gel

13. A segunda dimensão (separação por massa) -pH gel strip e colocado em um gel SDS -SDS desnatura a proteína (movimento somente devido a massa) e elimina carga. 2D-SDS PAGE gel A primeira dimensão (separação por ponto isoelétrico) - Gel com um gradiente de pH imobilizado - Corrente elétrica leva aproteínas carregadas a mover até alcançar o ponto isoelétrico

14. 2D-SDS PAGE gel

15. Exemplo de técnica de 2D-gel

17. Background Experimental Espectometria de Massas

23. Esquema típico de um TOF-MS

27. Espectometria de massas é uma metodologia poderosa para analisar a estrutura de compostos orgânicos, mas tem algumas limitações: Nada pode ser caracterisado se não estiver em uma solução DEVIDAMENTE LIMPA A técnica não tem abilidade de apresentar uma análise seletiva de uma mistura complexa Para moléculas grandes, resultados são difíceis de interpretar.

28. Tandem MS ou MS/MS tem 2 mass spec em série: O primeiro (MS1) é usado para selecionar, de uma fonte primária de íons, aqueles que possuem um m/z particular, o qual passa para a região de fragmentação, onde ocorrerá a dissociação. No segundo (MS2), haverá a análise dos íons gerados. DE verdade, MS1 é uma fonte de íons para MS2. MS2 MS1

31. Identificação de proteínas por MS Database of sequences (i.e. SwissProt) Spectrum of fragments generated MATCH Library Artificial spectra built Artificially trypsinated Spot removed from gel Fragmented using trypsin

34. Após a proteômica….. Genômica funcional ProteinChip TM .