Here is described two tools: JRAB is used to store and handle genotypes. Genocensus performs analysis on CGH data

2. Notre base de données destinée à stocker des génotype est implémentée sous mysql, l'interface permettant de tracer les données et les programmes en ligne de commandes servant à les exporter sont écrits en java. Pour chacun des génotypes stocké dans la base de données, nous pouvons retrouver la famille de l’individus et la position du marqueur. Ce système est capable de gérer la position des marqueurs génétiques en fonction de différentes versions (« build ») de l'assemblage du génome humain: la position de ce marqueur est en effet susceptible de varier selon les versions, nous pouvons donc suivre les modifications des positions de nos marqueurs sur les différents mise a jour de l’assemblage. Chaque génotype est stocké avec la valeur des deux allèles, le lien vers l'échantillon d'ADN de l'individu, un lien vers le marqueur génétique utilisé, un lien vers l'expérience et la date de l'insertion dans la base. Ce système nous permet également de génotyper un même point expérimental à différentes dates.

9. Perspectives Nous migrons d'un système d'interfaces web (java/tomcat) à un système interactif (java swing) où l'utilisateur pourra encore plus facilement manipuler les données (tableaux croisés, analyses graphiques, pipeline d'analyses) .