Frei Luís de Sousa é dividido em três atos com várias cenas cada. A estrutura interna segue o padrão exposição-conflito-desenlace, apresentando personagens e contexto no início, conflitos ao longo do meio, e resolução no final através de morte e entrada na vida religiosa. A estrutura externa inclui texto dramático e didascálico em prosa dividido em atos e cenas.