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PCR   Por:  Karla Rocio Gurrola Rodriguez
REACCIÓN EN CADENA DE LA POLIMERASA Se usa para amplificar una secuencia de DNA 1983 (Rodríguez I y cols., 2004;Torres A y cols., 1995) Con ésta se consigue copiar millones de veces, en un par de horas, una secuencia predeterminada, dentro de una mezcla de ADN tan compleja como el propio genoma humano, donde la secuencia de interés representa tan sólo una diezmillonésima parte.
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],ELEMENTOS NECESARIOS PARA LA PCR
[object Object],¿EN DONDE SE LLEVA A CABO LA REACCIÓN? 30 ciclos repetitivos conformados cada uno de tres pasos. Consisten en un bloque que puede ser  programado para calentarse y enfriarse rápidamente en determinados tiempos
(Lodish y cols., 2006)
ETAPAS ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Mediante un calentamiento a 94°C, el ADN de doble cadena logra que sus cadenas se separen o desnaturalicen Actividad de la enzima decrece de manera muy rápida a partir de los 95ºC (vida media a 92.5ºC = 2h, a 95ºC = 40 min. y a 97.5ºC = 5 min.), por lo que a estas temperaturas o superiores es aconsejable disminuir el tiempo de incubación. Se rompen puentes de hidrogeno. Las bases nitrogenadas quedan expuestas Síntesis de  novo. DESNATURALIZACIÓN (Rodríguez I y cols., 2004)
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Se añaden los nucleótidos en el hidroxilo 3´ terminal del iniciador ya apareado al sitio blanco de la amplificación. Mientras que un cebador es complementario al extremo 5´ de la región del ADN molde a amplificar, el otro es al extremo 3´de la misma pero en la cadena opuesta (Torres A y cols., 1995) ALINEAMIENTO/UNIÓN DEL CEBADOR
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Inicio de la reacción de la PCR. Los  cebadores  complementarios que flanquean el sitio a amplificar se enlazan formando puentes de hidrógeno. De esta manera la  polimerasa  puede comenzar a extenderlos para copiar ambas hebras molde. ALINEAMIENTO/UNIÓN DEL CEBADOR  Enzima Taq polimerasa Temperatura entre 40 y 72º C
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Desoxiribonucleosidos monofosfatos 1 min. Para alargar 1000 nucleótidos Progreso de la reacción de la PCR. A la temperatura óptima de la ADN Polimerasa Taq (72°C), la enzima agrega los dNTPs a partir del 5 prima hacia el extremo 3 prima (Rodríguez I y cols., 2004) EXTENCIÓN / ELONGACIÓN DE LA CADENA
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Es común que al finalizar todos los ciclos se realice un último alargamiento por 5 min. a 72ºC, para asegurarse que todos los productos de amplificación estén completamente terminados y tengan, por ende, exactamente la misma longitud (Rodríguez I y cols., 2004)
PCR DNA de cadena doble Melting 94  o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 5’ 3’ 3’ 5’
PCR 3’ 5’ Calor DNA de  cadena simple Melting 94  o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 5’ 3’
PCR Hibridación de primers Melting 94  o C Annealing Primers 50  o C Extension 72  o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 5’ Melting 94  o C
PCR Calor Calor 5’ Melting 94  o C Melting 94  o C Annealing Primers 50  o C Extension 72  o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 30 ciclos 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 5’
PCR Melting 94  o C Melting 94  o C Annealing Primers 50  o C Extension 72  o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 30ciclos 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’
PCR Calor Calor Melting 94  o C Melting 94  o C Annealing Primers 50  o C Extension 72  o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 30ciclos 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’
PCR Melting 94  o C Melting 94  o C Annealing Primers 50  o C Extension 72  o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 30ciclos 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’
PCR Fragmentos de tamaño definido Melting 94  o C Melting 94  o C Annealing Primers 50  o C Extension 72  o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 30ciclos 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],PCR Y SUS VARIANTES
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],(Castillo F y Roldan M., 2005)
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Es muy conveniente para conocer la fisiología de las células y saber cómo cambia la expresión de genes (su traducción a proteinas) a lo largo de un procesos infeccioso. (Alberts B y cols., 2006)
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Permite realizar una amplificación de las regiones flanqueantes de un fragmento de ADN que solo se conoce su secuencia interna secuencia conocida secuencias desconocidas +ER ER digerir DNA ligar extremos PCR 30 ciclos de PCR www.revistanefrologia.com/revistas/P7-E121/P7-E121-S140-A2571.pdf (Castillo F y Roldan M., 2005)
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],PCR anidado ó nested PCR  CYP2D6 CYP2D7 CYP2D8 (Salazar H, 2007)
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],Realizada sobre preparaciones fijas sobre un portaobjetos. Consiste en una reacción de PCR en secciones histológicas o células, donde los productos generados pueden visualizarse en el sitio de amplificación. Se realiza una primera amplificación de ADN blanco y luego detección mediante hibridación in situ convencional con sondas de ADN/ARN.  De esta manera pueden detectarse cantidades pequeñísimas de genoma. www.ibt.unam.mx/computo/pdfs/met/ hibridacion_in_situ .pdf
PCR MULTIPLE ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],PCR en la cual se amplifica más de una secuencia en una misma reacción. Emplea dos o más pares de cebadores en único tubo con el fin de amplificar simultáneamente múltiples segmentos de DNA. (Mas J., 2004)
VENTAJAS ,[object Object],[object Object],(Rodríguez I y cols., 2004)
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
DESVENTAJAS ,[object Object]
APLICACIONES ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
DIAGNOSTICO DE ENFERMEDADES
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[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],BIBLIOGRAFIA
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  • 1. PCR Por: Karla Rocio Gurrola Rodriguez
  • 2. REACCIÓN EN CADENA DE LA POLIMERASA Se usa para amplificar una secuencia de DNA 1983 (Rodríguez I y cols., 2004;Torres A y cols., 1995) Con ésta se consigue copiar millones de veces, en un par de horas, una secuencia predeterminada, dentro de una mezcla de ADN tan compleja como el propio genoma humano, donde la secuencia de interés representa tan sólo una diezmillonésima parte.
  • 3.
  • 4.
  • 5.
  • 7.
  • 8. Mediante un calentamiento a 94°C, el ADN de doble cadena logra que sus cadenas se separen o desnaturalicen Actividad de la enzima decrece de manera muy rápida a partir de los 95ºC (vida media a 92.5ºC = 2h, a 95ºC = 40 min. y a 97.5ºC = 5 min.), por lo que a estas temperaturas o superiores es aconsejable disminuir el tiempo de incubación. Se rompen puentes de hidrogeno. Las bases nitrogenadas quedan expuestas Síntesis de novo. DESNATURALIZACIÓN (Rodríguez I y cols., 2004)
  • 9.
  • 10.
  • 11.
  • 12.
  • 13. PCR DNA de cadena doble Melting 94 o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 5’ 3’ 3’ 5’
  • 14. PCR 3’ 5’ Calor DNA de cadena simple Melting 94 o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 5’ 3’
  • 15. PCR Hibridación de primers Melting 94 o C Annealing Primers 50 o C Extension 72 o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 5’ Melting 94 o C
  • 16. PCR Calor Calor 5’ Melting 94 o C Melting 94 o C Annealing Primers 50 o C Extension 72 o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 30 ciclos 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 5’
  • 17. PCR Melting 94 o C Melting 94 o C Annealing Primers 50 o C Extension 72 o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 30ciclos 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’
  • 18. PCR Calor Calor Melting 94 o C Melting 94 o C Annealing Primers 50 o C Extension 72 o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 30ciclos 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’
  • 19. PCR Melting 94 o C Melting 94 o C Annealing Primers 50 o C Extension 72 o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 30ciclos 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’
  • 20. PCR Fragmentos de tamaño definido Melting 94 o C Melting 94 o C Annealing Primers 50 o C Extension 72 o C Temperatura 100 0 50 Tiempo 30ciclos 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’
  • 21.
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