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Plus de Sin-di Lee
Plus de Sin-di Lee (15)
20170618 R 軟體分享
- 1. 1 李昕迪李昕迪 高雄榮民總醫院核醫部高雄榮民總醫院核醫部 Department of Nuclear MedicineDepartment of Nuclear Medicine Kaohsiung Veterans General HospitalKaohsiung Veterans General Hospital RR 軟體經驗分享軟體經驗分享 2017-06-182017-06-18
- 2. 2 自我介紹 ● 李昕迪 / mcdlee ● 核醫部總醫師 ● 從 2013 年夏天開始學習 R 軟體
- 4. 4 安裝 ● 請安裝 R 的主程式 ● 請安裝編輯環境 RStudio ● 安裝 package ，今天會用到： ◆ tidyverse ◆ psych ◆ ggplot2 ◆ reshape2 ◆ plyr
- 5. 5 為了避免中文亂碼 ● Tool > Project options > Code editing > Text encoding 請選 UTF-8 https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200532197-Character-Encoding
- 8. 8 ● Fond by Ross Ihaka and Robert Gentleman in the University of Auckland in New Zealand in 1993 ● 內涵包羅萬象 ◆ 統計、畫圖 ◆ 這幾年因 Data mining 而爆紅
- 11. 試算表的缺點 ● 程式和資料混在一起，而且不夠盡興 ● 版本控制不容易 ● 跨平台相容問題 ◆ Open Document ◆ Google Document ● 沒有讀寫資料庫的功能
- 14. 14 ● CityBike 地圖 https://github.com/mcdlee/KHCityBike https://mcdlee.shinyapps.io/KHCityBike/ ● 社區醫療群地圖 ● 學分 CSV 產生器 https://github.com/mcdlee/LectureCSV
- 15. 15 特殊的統計需求 ● Propensity score matching ● Structural Equation Modeling ● Machine learning ● Inter-observer agreement
- 16. 16 今天講的 R 會比較簡化 ● 我刻意只使用其中一種資料物件： data.frame ● 今天不講像程式的面向 ◆ 例如 loop 或 function ● 目標是上完今天的課，可以讓你： ◆ 獨力完成一篇 original article 的統計 ◆ 有一些基礎可以自學你需要的功能
- 17. 1717 前言講完了前言講完了
- 18. 18 今天的教材 ● 資料整理和繪圖 ◆ RStudio Cheatsheet https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/ ● Data import ● Data Visualization ● 檢定 ◆ 中國醫藥大學 生物統計研究所 ◆ 金門大學陳鍾誠老師 ◆ Quick-R
- 19. 19 準備你的資料 ● 你一定會想到 Excel ( 或其他試算表 ) ● 大原則 ◆ 一個 column 代表一個 變數 ◆ 一個 row 代表一個病人 ( 或一次觀察 )
- 20. 20 常見錯誤
- 21. 21 合併儲存格
- 22. 22 在數字的變數裡面加文字
- 23. 23 同一個變數用不同的表達方式
- 26. 26 要收集哪些資料？
- 30. 30 來介紹今天的資料
- 31. 31 就是上次的課前問卷
- 33. 33 先建立一點關於「寫程式」的觀念 ● 變數 (variable) ◆ 程式語言的「特定名詞」 ◆ 可以 assign 一個值，也可以改變 ◆ 變數有很多種類別 ● 以 R 為例，有 string 、 numeric 、 factor 、 list 、 matrix 和 data.frame ● 函數 (function) ◆ 程式語言的「動詞」，它的受詞稱為引數 (argument) ，可以放變數 ● 指令的運作是一行一行依序執行的 ● 程式碼可以視為指令組成的腳本，可以想成程式語言的「文章」
- 34. 34 ● 今天圍繞著 data.frame ◆ 跟 SPSS 和 Excel 很像 ◆ 同一個 column 內必須是同一種類別的變數
- 35. 35 資料匯入
- 36. 36 ● 程式碼 ◆ *.r file ● 資料匯出 ◆ 試算表或表格 ( 如右 ) ◆ R markdown 可以製造一個網頁出來
- 37. 37 簡單的敘述統計 ● summary() ● 調整變數的性質 ◆ 變成分類變項 as.factor() ◆ 變成數字 as.numeric() ◆ 變成時間或日期 as.Date() ◆ … ● describeBy()
- 39. 39 作圖 ● 用原始資料即可 ◆ Scatter plot ◆ Boxplot ◆ Histogram ● 需要先產生新表格 ◆ Barplot
- 40. 4040 統計檢定統計檢定
- 41. 41 今天要介紹的檢定種類 ● T-test ◆ One-sample ◆ Independent Two-sample ● One-tail ● Two-tail ◆ Paired T-test ◆ 替代方案 ● Chi-square test ● 回歸分析們
- 43. 43 各種 T-test 的虛無假設 ● 通常需要 n >= 30 ● One-sample: H0: μ = 某數 ● Independent Two-sample ◆ Two-tail: H0: μ1 = μ2 ( 醫學期刊最常用 ) ◆ One-tail: H0: μ1 >= μ2 or μ1<=μ2 ● Paired T-test ◆ 每個的差值組成的新集合 μ = 0
- 44. 44 各種 T-test 的 R 語法 ● One-sample: t.test(y, mu=3) [ 檢驗是否平均值為 3] ● Independent Two-sample ◆ Two-tail: H0: μ1 = μ2 t.test(y~x) t.test(y1,y2) ◆ One-tail: H0: t.test(y~x, alternative=”greater”) t.test(y~x, alternative=”less”) ● Paired T-test ◆ t.test(y1,y2, paired=TRUE)
- 45. 45 如果不是常態分佈怎麼辦？ ● 無母數分析 ◆ 兩組： Mann-Whitney U Test ● wilcox.test(y~A) wilcox.test(y1,y2) wilcox.text(y1,y2,paired=TRUE) ◆ 多組： Kruskal Wallis Test ● kruskal.test(y~A)
- 46. 46 Chi-square ● 虛無假設： X 和 Y 彼此獨立 ● 推翻虛無假設之後還要找是 哪兩組之間沒有彼此獨立 ● R 語法： chisq.test(x,y) x1 x2 x3 y1 n11 n21 n31 y2 n21 n22 n32 Patient X Y A X1 Y1 B X1 Y1 C X2 Y2 D X2 Y2 E X2 Y1 F X3 Y2 ... ... ...
- 47. 47 Regression ● Linear regression ( 連續變項 → 連續變項 ) ◆ 虛無假設：自變數和應變數不存在線性關係 ◆ 推翻虛無假設：可找到 y = aX1+bX2+c 的關係 ● Logistic regression ( 連續變項 → 分類變項 ) ◆ 係數的意義：當自變項增加一個單位，依變項 1 相對依 變項 0 的機率會增加幾倍 (odds ratio)
- 48. 48 ANOVA ● Analysis of variance ◆ 本質也是回歸 ◆ 單個或多個連續變項或分類變項 → 連續變項
- 49. 49 ● 上述三種 regression 在使用 R 來完成的時候都需要設定 formula ◆ y~A ◆ y~A+B ◆ y~A+B-1 ( 強制去掉常數項 ) ◆ y~A*B (A 和 B 有交互作用，和 y~A+B+A:B 一樣的意思 ) ● 然後 ◆ lm() ◆ glm(formula, …, family=binomial(link="logit")) ◆ aov()
- 50. 5050 Any QuestionAny Question or Suggestion?or Suggestion?