Curso: Biotecnologia 2023-I

1. SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA
UTILIZANDO ELSOFTWARE SNAPGENE CON DATOS DE ARTICULO
CIENTÍFICO: "AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON POTENCIAL
BIORREMEDIADOR Y ANÁLISIS DE COMUNIDADES BACTERIANAS
DE ZONA IMPACTADA POR DERRAME DE PETRÓLEO EN
CONDORCANQUI - AMAZONAS - PERÚ".
INFORME:
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
CURSO: Biotecnología
CICLO: VII
DOCENTE: Dr. Hebert Hernan Soto Gonzales
PRESENTADO POR:
Percca Cutipa, Mioselith
2023-I

2. 0
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
INFORME DE PRACTICA:
SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL de AGAROSA UTILIZANDO EL
SOFTWARE SNAPGENE CON DATOS DE ARTICULO CIENTÍFICO:
"Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades
bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui - Amazonas - Perú”
CURSO:
Biotecnología
DOCENTE
Dr. Soto Gonzales, Hebert Hernan
Presentado por:
Percca Cutipa, Mioselith
ILO – MOQUEGUA
2023

3. 1
INDICE
1. INTRODUCCIÓN .................................................................................................... 3
2. OBJETIVOS ............................................................................................................. 4
2.1. Objetivo General................................................................................................ 4
2.2. Objetivos Específicos ........................................................................................ 4
3. MARCO TEÓRICO.................................................................................................. 4
3.1. ELECTROFORESIS ......................................................................................... 4
3.1.1. Definición....................................................................................................... 4
3.2. GEL DE AGAROSA......................................................................................... 5
3.3. ADN Y ARN ..................................................................................................... 6
3.4. SOFTWARE SNAP GENE............................................................................... 7
3.5. Centro Nacional para la Información Biotecnológica NCBI............................. 7
4. METODOLOGÍA..................................................................................................... 9
4.1. MATERIALES.................................................................................................. 9
4.2. PROCEDIMIENTO......................................................................................... 10
5. RESULTADOS....................................................................................................... 15
6. CONCLUSIONES .................................................................................................. 16
7. BIBLIOGRAFIA: ................................................................................................... 17

4. 2
Índice de Figuras
Figura 1. Electroforesis....................................................................................................... 5
Figura 2. SOFTWARE SNAP GENE................................................................................. 7
Figura 3. NCBI.................................................................................................................... 9
Figura 5. Cepas bacterianas del articulo científico ........................................................... 11
Figura 6. Descargado de las secuencias............................................................................ 11
Figura 7. Secuencias descargadas y nombradas ............................................................... 12
Figura 9. Ordenado, nombrado y guardado en formato SnapGene de las secuencias...... 13
Figura 10. Opción de herramienta para la Simulación de Gel de Agarosa....................... 13
Figura 12. Resultado de la simulación de Gel de Agarosa ............................................... 15

5. 3
1. INTRODUCCIÓN
La electroforesis es una metodología ampliamente utilizada en la biología molecular y la
genética con el propósito de separar moléculas que poseen carga eléctrica, tales como el ADN,
ARN y las proteínas, en base a su tamaño y carga específica. Durante este proceso, las moléculas
se desplazan a través de un medio gelatinoso, como el gel de agarosa o poliacrilamida, impulsadas
por la influencia de un campo eléctrico aplicado. Aquellas moléculas más pequeñas y con mayor
carga eléctrica se movilizan con mayor rapidez a través del gel, mientras que las más grandes o
con menor carga se desplazan de manera más lenta. Esta técnica facilita la separación y
visualización de fragmentos de ADN, ARN y proteínas, siendo de gran importancia en la
investigación científica, el diagnóstico genético y otras disciplinas relacionadas. La electroforesis
ha demostrado ser una herramienta fundamental para estudiar la estructura, función y
características de las moléculas biológicas (NIH).
El software SnapGene es una herramienta de biología molecular utilizada para el diseño,
visualización y análisis de secuencias de ADN. Este programa permite realizar una amplia gama
de tareas relacionadas con la manipulación y edición de secuencias genéticas, como la construcción
de vectores, la simulación de PCR, la anotación de genes y la planificación de experimentos de
clonación.
Por lo tanto, el propósito del presente trabajo es realizar la electroforesis en gel de agarosa
utilizando el software SNAPGENE y los datos proporcionados en el artículo científico titulado:
"Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de
zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui - Amazonas - Perú". Se llevará a cabo
un análisis comparativo entre los resultados obtenidos en SNAPGENE y los datos del artículo.

6. 4
2. OBJETIVOS
2.1. Objetivo General
Realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa
SnapGene, utilizando los datos proporcionados en el artículo científico titulado "Aislamiento de
bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada
por derrame de petróleo en Condorcanqui - Amazonas - Perú".
2.2. Objetivos Específicos
• Investigar sobre la electroforesis y gel de agarosa
• Aplicar y comprender las herramientas del software SnapGene.
• Analizar los resultados obtenidos de la electroforesis y del comportamiento de las
12 cepas bacterianas
3. MARCO TEÓRICO
3.1. ELECTROFORESIS
3.1.1. Definición
Según (NIH), la electroforesis es una técnica de laboratorio que se usa para
separar moléculas de ADN, ARN o proteínas en función de su tamaño y carga eléctrica.
Se usa una corriente eléctrica para mover las moléculas a través de un gel o de otra
matriz. Los poros del gel o la matriz actúan como un tamiz, lo cual permite que las
moléculas más pequeñas se muevan más rápido que las moléculas más grandes. Para
determinar el tamaño de las moléculas de una muestra, se usan estándares de tamaños
conocidos que se separan en el mismo gel y luego se comparan con la muestra.
La electroforesis es una herramienta fundamental en numerosas áreas de la
biología y la biotecnología, ya que permite la separación y análisis de moléculas con

7. 5
precisión y eficacia. Se utiliza en campos como la genética, la biología molecular, la
proteómica, el diagnóstico médico, entre otros.
Figura 1. Electroforesis
3.2. GEL DE AGAROSA
El gel de agarosa es un medio de separación que se utiliza comúnmente en la técnica
de la electroforesis. Se obtiene disolviendo la agarosa, un polímero lineal compuesto de
galactosa y 3,6-anhidrogalactosa, en un buffer de TAE o TBE. Los geles de agarosa son
capaces de retener y separar diferentes tipos de moléculas, como proteínas, ácidos nucleicos
y otros compuestos en función de su carga eléctrica y tamaño. La agarosa utilizada en los
geles de electroforesis se puede obtener como hojuelas secas pulverizadas y es uno de los
materiales más comunes utilizados en la separación de moléculas en el laboratorio.
Una vez que el gel de agarosa se ha solidificado, se coloca en un tanque de
electroforesis y se aplica una corriente eléctrica. Las moléculas cargadas se mueven a través
del gel en función de su carga y tamaño. Al final de la electroforesis, las moléculas se pueden

8. 6
visualizar mediante tinción con colorantes específicos o mediante técnicas como la
fluorescencia.
El gel de agarosa se utiliza ampliamente en la investigación científica para separar y
purificar fragmentos de ADN para su posterior análisis, como la secuenciación de ADN, la
clonación de genes y la detección de mutaciones genéticas. También se utiliza en
aplicaciones médicas y diagnósticas, como la detección de enfermedades genéticas y la
identificación de patógenos.
3.3. ADN Y ARN
En el caso del ADN, la electroforesis en gel de agarosa es comúnmente utilizada para
separar y analizar fragmentos de ADN de diferentes tamaños. El ADN se carga en los pozos
del gel y se aplica una corriente eléctrica a través del gel. Debido a la carga negativa del
ADN, este migrará hacia el polo positivo. Los fragmentos de ADN más pequeños se moverán
más rápidamente a través del gel, mientras que los fragmentos más grandes se moverán más
lentamente. Esto resulta en una separación de los fragmentos de ADN en bandas distintas
según su tamaño.
En el caso del ARN, también se puede realizar la electroforesis en gel de agarosa o
en gel de poliacrilamida. Sin embargo, debido a la naturaleza de una molécula de ARN, que
puede tener estructuras secundarias y ser más fácilmente degradada, se suelen utilizar
condiciones de laboratorio específicas y tratamientos previos, como la desnaturalización con
formamida o formaldehído, para obtener una buena separación y visualización de los
fragmentos de ARN.
Tanto para el ADN como para el ARN, una vez que la electroforesis ha finalizado,
se pueden utilizar técnicas de tinción, como el bromuro de etidio o colorantes fluorescentes,

9. 7
para visualizar las bandas de ADN o ARN. Además, se pueden cortar las bandas de interés
del gel y extraer el ADN o ARN para su posterior análisis, como la secuenciación, la
clonación o la detección de mutaciones.
En síntesis, la electroforesis en gel de agarosa o en gel de poliacrilamida es una
técnica valiosa para la separación y análisis de moléculas de ADN y ARN en función de su
tamaño y carga eléctrica, lo que permite una amplia gama de aplicaciones en las
investigaciones biológicas, médicas, bioquímica, biología molecular, etc.
3.4. SOFTWARE SNAP GENE
El software SnapGene es una herramienta utilizada en biología molecular para
planificar, visualizar y documentar la clonación de ADN y la PCR. Con este programa se
pueden diseñar cebadores y anotar características y secuencias de ADN, lo cual permite
simular manipulaciones de ADN de forma fácil y eficiente. SnapGene es un software
basado en pago 1, enfocado en la facilidad de uso y la rápida planificación y documentación
de procesos moleculares. Además de la versión principal, existe una versión gratuita
denominada SnapGene Viewer que permite visualizar y editar mapas de plásmidos,
secuencias de ADN y trazas de secuenciación.
Figura 2. SOFTWARE SNAP GENE
3.5. Centro Nacional para la Información Biotecnológica NCBI
El NCBI (National Center for Biotechnology Information) es un centro de
investigación y servicio del gobierno de Estados Unidos que forma parte de los Institutos

10. 8
Nacionales de Salud (NIH). Fue creado en 1988 con el objetivo de desarrollar y proporcionar
acceso a bases de datos y herramientas relacionadas con la biología molecular y la genética.
El NCBI es conocido principalmente por su papel en el mantenimiento y la gestión
de una amplia gama de bases de datos biológicas, como la Base de Datos de Secuencias de
ADN (GenBank), la Base de Datos de Secuencias de Proteínas (RefSeq), la Base de Datos
de Variación Genética (dbSNP) y la Base de Datos de Expresión de Genes (GEO), entre
otras. Estas bases de datos contienen una gran cantidad de información genética y molecular,
incluyendo secuencias de ADN y proteínas, datos de expresión génica, variaciones genéticas,
así como literatura científica relacionada.
Además de las bases de datos, el NCBI proporciona una serie de herramientas y
servicios en línea que permiten el análisis y la visualización de datos biológicos, como
herramientas de búsqueda y alineamiento de secuencias, herramientas de diseño de
cebadores y sondas, y herramientas de análisis genómico.

11. 9
Figura 3. NCBI
4. METODOLOGÍA
4.1. MATERIALES
Tabla 1
Materiales para la simulación de Gel de Agarosa
Materiales Imagen
SOFTWARE SNAPGENE
NCBI

12. 10
Articulo científico
Internet, Laptop
4.2. PROCEDIMIENTO
Primero accedemos al artículo científico titulado” Aislamiento de bacterias con potencial
biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de
petróleo en Condorcanqui– Amazonas -Perú”
Figura 4. Articulo científico

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Figura 5. Cepas bacterianas del articulo científico
Después nos dirigimos al sitio web del NCBI (National Center for Biotechnology
Information) a través de la siguiente dirección: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/. y procedemos a
descargar las secuencias en formato FASTA.
Figura 6. Descargado de las secuencias
Descargamos cada secuencia con su respectivo nombre

14. 12
Figura 7. Secuencias descargadas y nombradas
Abrimos los archivos en el software SNAPGENE y guardamos en formato SnapGene
DNA para continuar el siguiente procedimiento:
Figura 8. Guardado en formato SnapGene

15. 13
Figura 9. Ordenado, nombrado y guardado en formato SnapGene de las secuencias.
Abrimos el nuevo archivo y para realizar la simulación de Gel de Agarosa nos dirigimos
a la parte superior de las herramientas y seleccionamos Tools, seguidamente se despliega una
serie de opciones el cual seleccionamos Simulate Agarose Gel
Figura 10. Opción de herramienta para la Simulación de Gel de Agarosa
Finalmente, repetimos el mismo proceso para cada secuencia y abrimos todo en una sola
ventana, tenemos los siguientes resultados:

16. 14
Figura 11. Evidencia de la practica enviada

17. 15
5. RESULTADOS
Figura 12. Resultado de la simulación de Gel de Agarosa
Se llevó a cabo de manera eficiente la práctica, utilizando los comandos fundamentales
previamente aprendidos en clase para operar el software. La interfaz del programa resultó
intuitiva, lo que nos permitió visualizar las secuencias de ADN, realizar anotaciones, editar las
secuencias, clonarlas y observar proteínas y nucleótidos.
Durante la simulación de electroforesis en gel, se pudo observar que todas las moléculas
de ADN utilizadas presentaban la misma carga por masa. Esto implica que la separación de los
fragmentos de ADN se basa exclusivamente en su tamaño. La técnica de electroforesis nos
facilitó la visualización y determinación de la presencia de diferentes fragmentos de ADN en la
muestra, así como la comparación de su tamaño relativo.

18. 16
6. CONCLUSIONES
1. La electroforesis es una técnica fundamental en la investigación biomolecular y tiene una
amplia gama de aplicaciones en campos como la genética, biología molecular, diagnóstico
médico y biotecnología. Permite la separación y análisis de moléculas, lo que contribuye al
avance del conocimiento científico y tiene importantes implicaciones en el desarrollo de
terapias y diagnósticos médicos más precisos.
2. El software SnapGene es una herramienta útil y eficiente para diseñar y simular la formación
de gel de agarosa en el contexto de experimentos de biología molecular.
3. El análisis de los datos obtenidos mediante electroforesis utilizando el software SnapGene es
crucial para lograr una interpretación de los resultados, gracias al software podemos analizar y
visualizar los datos de electroforesis, lo que contribuye a mejorar la eficiencia y calidad de las
investigaciones.

19. 17
7. BIBLIOGRAFIA:
Mejia, R. (2022) Electroforesis: ¿Qué es y para qué sirve? Genotipia. Obtenido de:
https://genotipia.com/electroforesis/
Electroforesis. (s/f). Genome.gov. Obtenido de: https://www.genome.gov/es/genetics-
glossary/Electroforesis
Geater, J. (s/f). ¿Qué Es SnapGene? (de GSL Biotech LLC). Solvusoft.com. Obtenido de:
https://www.solvusoft.com/es/file-extensions/software/gsl-biotech-llc/snapgene/
Método: Gel de electroforesis Agarosa. (2017, octubre 26). Conogasi. Obtenido de:
https://conogasi.org/articulos/metodo-gel-de-electroforesis-agarosa/