8. 主要なディレクトリ
ホームディレクトリやルートディレクトリ以外にも、よく出てくる代表的なディレクトリを
いくつか紹介します。
ルート
Macの場合はUsers
bin dev etc root sbin usr home var
ホームディレクトリ tg01 tg02 tg03
ディレクトリ 役割
bin バイナリ形式の実行ファイルやコマンドが保管されています。
dev デバイス関係のファイルが保管されています。
etc 各種設定ファイルなどさまざまな保管されています。
root ルートディレクトリとは別に用意された、システム管理者用のホームディレクトリです。
sbin 管理者用のシステム標準コマンドが保管されています。
usr 各ユーザーのデータやアプリケーションが保管される場所です。
home この下にユーザー毎のディレクトリが作られ、そこが各ユーザーのホームディレクトリになります。
(Users)
var アプリケーションの記録（ログ）ファイルやメールデータなどが保管される場所です。 8
14. 基本的なコマンド (3)
ls (LiSt directory) tg02 カレントディレクトリ
ディレクトリの情報を調べるコマンドです。
$ ls ディレクトリ名
[$ls data
data
結果
a b name.txt]
name.txt
$ls –a 全てのファイルを見ることができます。
a b
less
テキストファイルを閲覧するコマンドです。
$ less ファイル名
[$less name.txt
結果
（自分の名前）]
qを押すと、元の画面に戻ります。 14
38. ゲノム領域の表記について -Configure this page1-
Configure this pageをクリックすると下のようなパネルが表示される。
変更を加えた後は、Save and closeをクリックすると、
Ensemblの画面がリロードされて、変更内容が反映された画面になる。
38
57. 用語解説(7): 同義置換と非同義置換
アミノ酸をコードしているCoding Sequenceに起こる置換は2種類に分かれます。
同義置換(synonymous substitution)：アミノ酸を変えない置換、
非同義置換(nonsynonymous substitution)：アミノ酸を変える置換
dS, Ksはサイトあたりの同義置換数(the rate of synonymous substitutions)
dN, Kaはサイトあたりの非同義置換数(the rate of nonsynonymous substitutions)
1st 2nd base 3rd
base U C A G base AUGは開始コドン
UUU Phe UCU Ser UAU Tyr UGU Cys U UAA, UAG, UGAは終止コドン
UUC Phe UCC Ser UAC Tyr UGC Cys C
U
UUA Leu UCA Ser UAA stop UGA stop A 1stコドンに変異が起きても、
UUG Leu UCG Ser UAG stop UGG Trp G アミノ酸を変えない場合もある。
CUU Leu CCU Pro CAU His CGU Arg U
CUC Leu CCC Pro CAC His CGC Arg C
(Leu, Arg)
C
CUA Leu CCA Pro CAA Gln CGA Arg A
CUG Leu CCG Pro CAG Gln CGG Arg G 2ndコドンに起こる置換は、
AUU Ile ACU Thr AAU Asn AGU Ser U すべて非同義置換。
AUC Ile ACC Thr AAC Asn AGC Ser C
A AUA Ile ACA Thr AAA Lys AGA Arg A
AUG Met ACG Thr AAG Lys AGG Arg G
GUU Val GCU Ala GAU Asp GGU Gly U
GUC Val GCC Ala GAC Asp GGC Gly C
G
GUA Val GCA Ala GAA Glu GGA Gly A
57
GUG Val GCG Ala GAG Glu GGG Gly G
59. 遺伝子の表記について –Protein families-
Family ID: 遺伝子ファミリーとしてのID
Olr1082の場合には同じファミリーに57個の遺伝子が含まれています。
Consensus annotation: タンパク質に付けられている名前
Other Rat transcripts in this family: 同じ遺伝子ファミリーに属する遺伝子へのリンク
Multiple alignments: 同じ遺伝子ファミリーに属する遺伝子とのalignment
59
60. 遺伝子の表記について –Variation Table (1)-
報告されているSNPのリスト。
Ambiguity
Code Represents
Y Pyrimidine (C&T)
R Purine (A&G)
W weak (A&T)
ID: SNPのID (リンク先にはSNPの前後100bpを含む配列など)
S strong (G&C)
Type: SNPの種類(アミノ酸を変える/変えない、UTRなど)
K keto (T&G)
Chr: bp: 染色体とその位置(bp)
M amino (C&A)
Alleles: 多型となっている塩基
D not C
Ambiguity: 塩基のvariationの一文字表記
V not T
AA change: アミノ酸の変化
H not G
AA co-ordinate: アミノ酸における位置(コドンでの位置)
B not A
Class: 一塩基多型、insertionなど
X/N unknown
Source: variationの情報源
Validation: variationが確認された情報の種類(frequency、hapmapなど) 60
71. 転写産物の表記について –Gene ontology-
注目する遺伝子がGene ontologyのリスト。
Evidenceの種類 どのように分類されたかを示す。
IC - Inferred by Curator
IDA- Inferred from Direct Assay
IEA - Inferred from Electronic Annotation
IEP - Inferred from Expression Pattern
IGI - Inferred from Genetic Interaction
IMP - Inferred from Mutant Phenotype
IPI - Inferred from Physical Interaction
ISS - Inferred from Sequence or Structural Similarity
NAS - Non-traceable Author Statement
ND - No biological Data available
RCA - inferred from Reviewed Computational
Analysis
TAS - Traceable Author Statement
Gene Ontologyのページへのリンク NR - Not Recorded
定義など詳細が書かれている。 71
