La réunion de l'équipe Bibliome a cherché à établir une base de connaissances entre partenaires tels que l'INRA et Arvalis, avec un focus sur la création d'une base de données validée des informations bibliographiques en continu. Les objectifs incluent l'extraction d'articles et la transformation des informations en ontologies, avec une validation nécessaire par des experts. Les prochaines étapes impliquent l'utilisation et la vérification de cette base par les partenaires.

1. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Projet FSOV/SAM

2. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Les Partenaires
● INRA
● Clermont-Ferrand
– Unité Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales
(GDEC) [Coordinateur]
● MIG (!)
● ARVALIS - Institut du végétal
● UFS (Union Française des Semenciers)

3. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
L'objectif
● Le partage de connaissances entre partenaires en
forme d'une...
Base de Connaissances
● Base de données extraite de la bibliographie
● Vérifiée, testée par les experts & des expériences (ex .
phénotypage)
● Mise à jour en continu

4. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
L'organisation
● En trois années
● Création de la base
● Validation
● ...
● MIG est impliqué surtout dans la phase 1 – création
de la base

5. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Nos propres objectifs
● Moteur de recherche (AlvisIR)
● Aide à la recherche manuelle par les partenaires
● Permet le retour par les partenaires
● Ontologie
● Gène
● Marqueur
● Variété
● Caractère (phénotype)

6. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Notre Partie
* l'étoile indique 'In progress/Coming'
● Extraction des articles à partir du web
– Trouver
– Récupérer
– Transformer en texte
● TAL des articles
– Définir les bons outils (lexiques, termes etc)
● Aide par des Experts
● Transformer l'information en Ontologie
● Créer une Base de Données

7. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Extraction d'Information à partir du Web [1]
● Collection: recherche par mots-clés ou par
« Related/Citing » - offline , batch
● Web of Science – Thomson Reuters
● Web service pour les détails bibliographiques
– Pas de liens vers les éditeurs/article
– Identifient unique Thomson/Reuters
● « Article Match Retrieval » Service (xml toujours)
– DOI/PupMed ID/etc
– Liens vers la page normale de WoS

8. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Extraction d'Information à partir du Web [2]
● Récupérer le lien vers l'éditeur
● DOI : dx.doi.org
● PMID : google-scholar *
● UT : WoS (à voir) *
● Récupérer le pdf / html chez l'éditeur
● Transformer en texte *
● PDF
– Acrobat / Pdftotext
– Abbyy
● HTML ***

9. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Traitement du texte
● Utilisation d' AlvisNLP
● Les bons lexiques
● Utilisation des ressources disponibles : *
– Données BIO: GrainGenes, MASWheat, SwissProt,...
– Données Agro : GG,MASWheat, listes Arvalis, commerciales...
● Validation par les experts nécessaire *
– mais pas donnée.... surtout pour les données type 'langue
naturelle' + agronomiques

10. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Moteur de Recherche [1]
● Utilisation d' AlvisIR
● Recherches par mots-clés, catégories, … - online*
● Résultats avec « valeur ajoutée »
● Snippets, étiquettés et coloriés
● Lien vers la source
● Structures et statistiques extraites
● Question des privilèges des utilisateurs (partenaires) *

11. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Moteur de Recherche [2]
● Adaptation d'AlvisIR *
● Info biliographique
● Structures/champs pertinents
● Autres idées bienvenues
● Retour par les utilisateurs *
● Validation/ évaluation des résultats par les utilisateurs
– Utilisation de cette information (?)

12. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Ontologie
● La même nécessité des lexiques et validation
● PLUS :
● Relations entre les termes à
– Définir à la main *
– Donner par les experts *
– Apprendre *
– Valider par les experts *
● Interface appropriée

13. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Base de Données
● A voir … ****
● Questions de caractère
– Informatique
– Administratif
– Pratique
– De stratégies / préférences des partenaires

14. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Prochaines Étapes
● L'utilisation et verification de la base de
connaissance par les partenaires

15. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011
Réunion Équipe Bibliome
Merci de votre patience !
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