This document provides guidance on how to write and publish scientific papers. It discusses the author's main motivations for publishing such as dissemination of research, career prospects, and ego. It also compares the priorities of authors versus readers, with authors being more journal-focused and readers being more article-focused. The key elements of publishing are outlined as ethical issues, style, structure of papers, components, submission process, and peer review. Tools for organizing research papers and finding relevant articles are also presented.

1. Comment écrire
un article ?
Et surtout : comment être publié ???
Dr Gérard Bozet

3. Vous avez
une idée brillante

4. “Surely you were aware
when you accepted the position, Professor,
that it was Publish or Perish”

6. Comment publier ?
• Des principes
• Simples
• Mais plasticité neuronale indispensable
• Des méthodes : accessibles à des Bac + 10
• Des outils : un site web

9. How To Write a Scientific Paper –
A General Guide

10. Background: Author’s Perspective
Motivation to publish:
–Dissemination (54% 1st choice)
–Career prospects (20% 1st choice)
–Improved funding (13% 1st choice)
–Ego (9% 1st choice)
–Patent protection (4% 1st choice)
–Other (5% 1st choice)
Bryan Coles (ed.) The STM Information System in the UK, BL Report
6123, Royal Society, BL, ALPSP, 1993

11. Author Publishing Priorities
• Quality and speed
–Top items were
• Refereeing speed
• Refereeing standard
• Journal reputation
• Editor/board, physical quality and publication
services

13. Reader’s priorities
• Authoritative quality articles
• Ease of access
• Rapid delivery
• Convenient format
• Linking of information - clustering
• Low or no cost
• Up-to-date information

14. Differences: Authors and Readers
• Authors are journal focused
• Readers are article focused
• Publish more/read less dichotomy

15. Key Elements of Publishing
• Ethical Issues
• Style and language
• Structure of paper
• Components of paper
• Article submission/journal selection
• Publisher’s process/peer review

16. Les principes
• Ne pas ranger (son disque dur), trouver !
• Lire les autres
• Les outils : un site web à votre disposition
• Quelques bonus

17. Ne pas ranger, trouver !
• Disque dur : fouiller
• Google desktop
• Indispensable, gratuit
• Articles : comme la musique
• Non pas iTunes
• Mais Papers (OSX) ou PDF Explorer
(Win)

22. Les outils
Aspiration
Preprint
OA
Tamisage
double

23. Brin S, Page L.
The Anatomy of a Large-Scale Hypertextual Web Search Engine.
23
www-db.stanford.edu

24. Nature 2000 ; 405: 113

25. 5 ans plus tard…
Google résout les cas cliniques
du New Engl J Med
25

26. 26

27. Design Internet based study using Google to search for
diagnoses; researchers were blind to the correct diagnoses.
Setting Diagnostic cases published (2005) in the NEJM
Main outcome measure Percentage of correct diagnoses from
Google searches
Results Correct diagnosis in 58% cases (IC 95% : 38-77%)
Conclusion
1) The web is rapidly becoming an important clinical tool for
doctors
2) Web based searching may help doctors to diagnose difficult
cases
27

28. 400 (Visiteurs ‰)
300 Google
Scholar
Yahoo!
PubMed
200
100
0
BMJ : d'où viennnent les lecteurs (nov. 2005)
Giustini D. How Google is changing medicine.
BMJ 2005 ; 331:1487-8.
28

29. Steinbroock R. Searching
for the right literature (NEJM 2006)

30. … And a diagnostic test
was performed
• L’histoire d’un “beau malade”
• Greenwald R : « …And a diagnostic test was
performed. » N Engl J Med 2005 ; 353 :
2089-90.
• Un nourrisson à l’hôpital de Long Island
30

31. Nourrisson - diarrhée
• Eruption cutanée : peau « d’alligator »
• Déficit de la fonction des cellules T
• Hyperéosinophilie
• Sanguine
• Biopsie de muqueuse gastrique
• décédés avec ledes parents plusieurs garçons
Interrogatoire
même tableau (maladie
génétique récessive liée à l’X)
31

32. Un consultant est invité
• Longue discussion, puis…
• …Il demande son avis à l’interne !
• Réponse : syndrome IPEX (Immunodeficiency,
Polyendocrinopathy, Enteropathy, X-linked)
• Méthode ? Le Googling !
32

33. Aspiration
Preprint
Open Access

35. Intérêt du cache de Google
Chloé James et coll., Nature 2005
Une mutation unique du gène de la
protéine JAK2 provoque la polyglobulie
35

36. 36

38. 38

40. • 1 principe
– Non pas page originale
– Mais copie dans la base
• 4 indications
– Affichage rapide
– Source indisponible, modifiée ou disparue
– Surlignage automatique
– Lire gratuitement un article payant (parfois -
souvent ?)
40

41. Pourquoi concevoir un
diaporama…
Puisqu’il est déjà prêt !

43. .edu

48. how to get published
Tamisage
double

58. Quelques bonus
Anne O’Tate
Biomedexperts
etBlast
PubMed Informer
Submithelp
Sherpa Romeo

72. OA : politique des éditeurs
• SHERPA RoMEO
• Précise la politique des éditeurs vis-à-vis de
l'open access périodique par périodique
• http://romeo.eprints.org/
SHERPA : Securing a Hybrid Environment for Research Preservation and Access
RoMEO : Rights MEtadata for Open archiving