20170524 srws第三回pubmedを用いた系統的検索その１
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SRWSの第3回の動画です。検索についてとPubMedでの検索式の作成の導入部分を取り扱っています。youtubeに動画講義をアップしています。 https://www.youtube.com/channel/UCWCI72RS1x_ANnyVNn0IfKA
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20170524 srws第三回pubmedを用いた系統的検索その１
- 1. SRWS 2.0 系統的レビュー研究計画書作成ワークショップ 第三回 PubMedを使った系統的検索１ 尼崎総合医療センター Hospital Care Research Unit 辻本啓 片岡裕貴 京都大学大学院 辻本康 精治寮病院 阪野正大 岡山県精神科医療センター 宋龍平 京都大学大学院医学研究科社会健康医学系専攻医療疫学分野 吉岡貴史 安房地域医療センター 北本晋一 亀田総合病院集中治療科 佐藤明 山本良平 安田英人 近畿中央胸部疾患センター呼吸器内科 香川智子 亀田総合病院麻酔科 重城聡 亀田ファミリークリニック館山 宮本侑達
- 5. SR＆MAの全体像 5 構造化された疑問 系統的な検索 ・データベースの選択 ・検索式の作成 ・文献の選択基準 漠然とした疑問 選択文献を対象とした 批判的吟味 ・事前に規定した 評価基準(Risk of bias) 発表 結果の統合とまとめ (=meta-analysis) 事前登録 第一回 第二,三,四回 第五回第六－八回第九回
- 6. 今日の目標 • 「系統的検索」とは何か説明できる • 統制語とは何か説明できる • Automatic Term Mappingを用いて統制 語を探すことができる • PubMedでの検索式の草案を作ることが できる • 既知の文献リストを用いて検索式を チェックすることができる • 検索フィルターを使うことができる 6
- 8. 今回のエフォート目安 • 動画 40分 • PubMedでの検索語の検索 60分 • 検索式のチェック 60分 • フォーム入力 30分 8
- 10. 普段の検索 週末の天気は？ 10
- 11. 発見的検索と系統的検索 発見的検索 系統的検索 日常の検索 向く 不向き 目的 適当な情報を一本釣りする 全体像を把握する 問に対する答え １つあれば十分 他に何があるか、は問題ではない 該当するものすべてが必要 やり方 より答えの出る確率の高い 検索ワードを選ぶ 該当するものの一部だけを見て 選ぶ ？ 記録 残らない 必ず残す (検索日、データベース 検索ワード) 11 諏訪敏幸『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索概説』2013
- 15. 検索システムごとの差 命令そのまま • Cochrane Library • PubMed(Advanced) • Ovid Medline • 医中誌 裏でいろいろと気を回してくれる • PubMed • Google Scholar 15
- 16. 検索システムごとの差 命令そのまま • Cochrane Library • PubMed(Advanced) • Ovid Medline • 医中誌 裏でいろいろと気を回してくれる • PubMed • Google Scholar 16
- 21. 介入のレビューを行う場合、最低限以下を含むこと ・原著の検索 • MEDLINE（講義で取り扱うのはPubMedでの検索） • EMBASE（実施する人は修了後に） • CENTRAL（実施する人は修了後に） ・臨床試験登録の検索 • ICTRP （実施する人は修了後に） ※ClinicalTrials.govを始めとする 全ての試験登録データベースが串刺し検索可能 21 ※他のデータベースを組み合わせるかどうかは、RQの種類による
- 22. 網羅的な検索式をつくる 22
- 26. 構造化された疑問 P: 糖尿病患者 I: 減量手術 C: 手術しない O: 死亡 26 →このPICOについて簡単な 検索式を用いて調べたい
- 27. PICOをそのまま検索式に ＃1 diabetes ＃2 gastrectomy ＃3 death or mortality #1 and #2 and #3 → 0件 2016/4/3 実施
- 28. ちなみに A AND B A OR B A NOT B 28 A A A B B B
- 31. 検索のポイント1 構造化からの検索式 ※治療・介入に関するreviewの場合 Patients #1 健康状態を示す用語 Intervention #2 介入を表す用語 http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_4_2_structure_of_a_search_strategy.htm ※アウトカムに関連する用語は原則入れない！
- 32. 検索のポイント2 統制語(controlled indexing terms)を使う データベース毎に固有のものがある 例:MeSH (MEDLINE), EMTREE (EMBASE) “gastric resection”や”partial gastrectomy”の MeSHは”gastrectomy” 注意点：そのMeSH wordがいつ作られたかもチェック 32
- 33. MeSHを知ろう！ Medical Subject Headings MEDLINEで検索可能な各論文に人力で付与 されているキーワード 階層性があるので、その上位、下位のどこ まで検索するかを規定することができる ※Cochrane LibraryではMEDLINEのMeSHがそのまま統 制語として流用されている（ややこしい） 33
- 35. こんな感じで 35
- 36. 36
- 37. 37
- 38. 38 類似語 上位概念 下位概念
- 40. 再出：PICOを検索式に #1 AND #2 AND #3 → 0件 2015/4/3 実施 P: 糖尿病患者 ＃1 diabetes I: 減量手術 ＃2 gastrectomy C: 手術しない O: 死亡 ＃3 death or mortality どこがマズイか分かりますか？
- 41. PICOを検索式に #1 AND #2 AND #3 → 0件 2015/4/3 実施 P: 糖尿病患者 ＃1 diabetes I: 減量手術 ＃2 gastrectomy C: 手術しない O: 死亡 ＃3 death or mortality ポイント1 構造化からの検索式 アウトカムは検索ワードに入れない！
- 42. 再出：PICOを検索式に #1 AND #2 AND #3 → 0件 2015/4/3 実施 P: 糖尿病患者 ＃1 diabetes I: 減量手術 ＃2 gastrectomy C: 手術しない O: 死亡 ＃3 death or mortality ポイント2 統制語 統制語を使っていない！
- 43. 再出：PICOを検索式に #1 AND #2 AND #3 → 0件 2015/4/3 実施 P: 糖尿病患者 ＃1 diabetes I: 減量手術 ＃2 gastrectomy C: 手術しない O: 死亡 ＃3 death or mortality ポイント0 網羅性 ポイント 4 キーワードをORで加える
- 45. ここで、Automatic Term Mappingとは free word(=統制語でない言葉)をそのままPubMed で入れると生じる便利な機能（系統的レビューの 本番の検索では邪魔） 語尾に［tiab］や[mh]などのサーチタグを つけることでoffできる ※また、フレーズ検索は””で囲わないとこ の機能でバラバラにされて検索される 45
- 48. Automatic Term Mappingを用いて適切なワードを探す 今回は意図的にAutomatic Term Mappingをoffせず 提示されるワードをヒントにしてみよう！ 48
- 50. 50
- 51. 51
- 53. 53
- 54. 54
- 55. Search detailsで”Automatic Term Mapping”機能が提示したワード集めて、それを 使って今度はMeSHデータベースを見てみる 55
- 56. Search detailsで”Automatic Term Mapping”機能が提示したワードを使って今度は MeSHデータベースを見てみる 56
- 58. 手術の要素が入った概念 58
- 60. 他にも見つかった 60
- 62. Pについても同様 62
- 64. 64
- 65. 65
- 67. 67
- 68. 今回みたいのは２型のみだった場合 Diabetes Mellitus, Type 2[MeSH]を入れ て、Diabetes Mellitusは外す 68
- 69. 例：Pについてここまでで見つかったMeSHリスト Diabetes Mellitus, Type 2[MeSH] 69
- 70. 見つかった統制語を使ってとりあえずの検索式を作る Pについて #1 Diabetes Mellitus, Type 2[MeSH] Iについて #2 Bariatric surgery[MeSH] #3 gastrectomy [MeSH] Iのまとめ #4 #2 OR #3 PとIをつないだ式 #5 #1 AND #4 ←こちら#5がとりあえずの検索 式 70
- 71. PとIでそれぞれ一旦まとめるのが、検索式の整理のポイント 71 Pについて #1 Diabetes Mellitus, Type 2[MeSH] Iについて #2 Bariatric surgery[MeSH] #3 gastrectomy [MeSH] Iのまとめ #4 #2 OR #3 PとIをつないだ式 #5 #1 AND #4 ←こちら#5がとりあえずの検索 式
- 74. 統制語が活用しにくい例 適当なカテゴリーがない上に、上位概念や関連概念で検索するとノイ ズが激しい (例：咳嗽と喀痰のある高齢の外来患者、デュアルタスク) 医学的な主題より単なる状況や条件とみなされる問題を扱いたい (例：高齢者、救急外来で末梢静脈路が必要な成人患者) 74 どうする？ 1. その通りに検索しないといけない問題か？PICOを少し組み替え 2. その部分は省略して検索できないか？ 3. 上位概念で検索して、P/Iの掛け合わせで数がへらないか見る 4. キーワード検索を軸に検索を組む 諏訪敏幸『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索概説』2013
- 76. free wordのAutomatic Term Mapping（再出）をオフする free word(=統制語でない言葉)をそのままPubMed で入れると生じる （系統的レビューの本番の検索では邪魔） 語尾に［tiab］のサーチタグをつけること でoffできる ※また、フレーズ検索は””で囲う 76
- 77. これでいいのか心配 Automatic Term Mappingの”おせっかい検 索”以上の網羅性をもった検索をするためには ２つの違う方向からもチェックする 1. 関連した診療ガイドラインにのっている RCTを使う 2. PやIの似たコクランレビューを用いる 77
- 78. その１としては、こちらをやってみましょう！ Automatic Term Mapping以上の網羅性を もった検索をするためには ２つの違う方向からもチェックする 1. 関連した診療ガイドラインにのっている RCTを使う 78
- 79. ここからついに 79
- 81. PMIDを使って検索 81
- 82. [pmid]タグで検索 82
- 83. 仮に作った検索式 83
- 85. 検索式から抜けていた！ 85
- 91. 確かめ方 作った(P or I)ドメイン と差分検索でその新たに 足したいワードがどれだけ”効く”か見る 91
- 92. どれだけ”効く”か見る 例: Pのブロックを作っている #1 xxx[mh] 777件 #2 yyy[tiab] 444件 #3 #1 OR #2 1111件 ここで新たにzzz[tiab]を加えよう！と思った 92
- 93. どれだけ”効く”か見る 例: Pのブロックを作っている #1 xxx[mh] 777件 #2 yyy[tiab] 444件 #3 #1 OR #2 1111件 #4 zzz[tiab] 555件 #5 #2 OR #4 888件 #6 #1 OR #5 1135件 増えた！ 93
- 94. どれだけ”効く”か見る 例: Pのブロックを作っている #1 xxx[mh] 777件 #2 yyy[tiab] 444件 #3 #1 OR #2 1111件 #4 zzz[tiab] 555件 #5 #2 OR #4 888件 #6 #1 OR #5 1135件 増えた！ これを最終版Pブロックとする前に新たに増やし たワードによる”差分”を見て確認する #7 #4 NOT #3 24件 94
- 95. どれだけ”効く”か見る 例: Pのブロックを作っている #1 xxx[mh] 777件 #2 yyy[tiab] 444件 #3 #1 OR #2 1111件 #4 zzz[tiab] 555件 #5 #2 OR #4 888件 #6 #1 OR #5 1135件 #7 #4 NOT #3 24件←この24件のtitleをざっとみる 95
- 96. どれだけ”効く”か見る 例: Pのブロックを作っている #1 xxx[mh] 777件 #2 yyy[tiab] 444件 #3 #1 OR #2 1111件 #4 zzz[tiab] 555件 #5 #2 OR #4 888件 #6 #1 OR #5 1135件 #7 #4 NOT #3 24件 すべて全く関係無いスペルがよく似た言葉の病気の論文だった ＞＞このワードzzzは不要で、#3までで十分と判断 96
- 97. 試しに研究デザインフィルターを使ってみましょう 検索数 97 →CochraneからRCTに絞り込む検索式が提供されている (欠点などの詳細はhandbook6.4.11 Search filters を参照)
- 99. 番号は適宜ずらしてつなげる #12 みなさんの草案の式 #13 #11 AND #12 99
- 100. 今日の目標 • 「系統的検索」とは何か説明できる • 統制語とは何か説明できる • Automatic Term Mappingを用いて統制 語を探すことができる • PubMedでの検索式の草案を作ることが できる • 既知の文献リストを用いて検索式を チェックすることができる • 検索フィルターを使うことができる 100
- 104. 課題提出前 チェックリスト PubMedで検索 統制語（MeSH）を見つける（ないことも） 必要ならフリーワードを入れる PとIについてそれぞれ統制語とフリーワー ド両方いれる（あれば） アウトカムは検索式に入れない 統制語は語尾が[MeSH]となっている フリーワードは語尾に必ず[tiab] 2語以上のフリーワードは必ず””でくくる 104
- 105. 参考資料1 京都大学医学図書館 基礎から学ぶPubMedの使い方 http://www.lib.med.kyoto-u.ac.jp/pdf/pubmed_howto.pdf PubMed Tutorial https://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/cover.html Cochrane handbook for Systematic Reviews of Interventions [internet] available from http://community.cochrane.org/handbook Handbook for DTA Reviews [internet] available from http://srdta.cochrane.org/handbook-dta-reviews 105
- 106. 参考資料2 『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索 概説』諏訪敏幸 近畿病院図書室協議会 2013 「診断精度系統的レビューのための系統的検索」諏 訪敏幸、山下ユミ 2016.9.26 https://www.slideshare.net/srws/3-66366580 http://www.jamas.or.jp/web_help5/ruledetail.h tml 厚生労働省 平成24年度国民医療費の現状
- 107. さらにPubmedを知りたい方は 日本医学図書館協会 図解 PubMedの使い方 http://iss.ndl.go.jp/books/R100000002- I025001084-00 東大図書館PubMedの使い方 http://www.lib.m.u- tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf 山梨大学付属図書館 PubMedとOvid MEDLINEの比較一覧 http://www.lib.yamanashi.ac.jp/db/ovid_ma/ovid %20medline%20vs%20pubmed%20for%20Yaman ashi%20Univ_200712.pdf 107
- 111. 統制語の場合、その主題を検索対象とする (詩を極端な例に) 111 朝食 彼はコーヒーをいれた カップ 彼は灰をおとした 灰皿の中に 何も言わずに 私を見ないで 彼は立ち上がった 彼はか ぶった 頭の上に帽子を 彼は 身にまとった レインコートを 雨が降っていたから そして彼 は家を出た 雨の中を 一言も 言わずに 私を見ないで そし て私は 片手で頭をかかえた そして泣いた。 ジャック・プレヴェール 朝食 (日本語訳) http://furansu-go.com/dejeuner-du-matin/ これは、 時代背景を 考えると戦争 の統制語を 付与しよう 書籍の主題付けのプロ：司書さん
- 113. 具体的な数の目安（数字はエキスパートオピニオンです） • 実際の臨床ですぐ使う：100以下 • 医師が研究のために調べる：1000くらい • 系統的レビュー・ガイドラインとして ：2－3000あるいはそれ以上10000くらいまで？ 113
Notes de l'éditeur
- 。。。
- https://pixabay.com/ja/%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%96%E3%83%A9%E3%83%AA-%E6%9C%AC-%E8%AA%AD%E3%81%BF-%E6%95%99%E8%82%B2-%E7%9F%A5%E8%AD%98-%E5%AE%B6%E8%B3%83-%E3%82%AD%E3%82%A7%E3%83%AB%E3%83%84%E3%82%A7-%E3%81%93%E3%81%AE%E6%9C%AC%E3%81%AF-488679/
- 今日はここから文献を絞っていく過程についてお話します
- みなさん 何だと思いますか？
- それは、全部読むこと
- MEDLINEは一番良く知られた医療系データベースです。 1600万件以上の文献が含まれています。 ただし、これだけでは全ての医学雑誌に載った文献を網羅することはできません。 ついで有名なのがEMBASEになります。 ヨーロッパ系の医学雑誌や薬の開発情報に強いデータベースとされ、2700の雑誌、600万以上のMEDLINEに収載されていない論文が載っているとされます。 Embase includes six million+ records and 2,700+ journals that are not covered by MEDLINE. また、RCTについては、Cochraneの中にも検索用データベースがあります。 日本独自のデータベースといえば医中誌ですね。 この他にも看護系研究に強いデータベースや精神科系の研究に強いデータベースなどいろいろあります。 みなさんのRQに応じて検索データベースを選ぶことになります。
- MEDLINEを検索するフリーサイトが皆さんご存知PubMedになります。 先程もお話したように、有料のMEDLINE検索サービスが使えない場合には、PubMedのadvanced search builderを用いて検索式を作っていくことになります。
- 自分のRQに関連した
- つづいてCochrane libraryに関して、検索式を作っていきましょう https://pixabay.com/ja/%E4%BD%9C%E6%A5%AD-macbook-%E3%82%B3%E3%83%B3%E3%83%94%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%BF-%E3%83%A9%E3%83%83%E3%83%97%E3%83%88%E3%83%83%E3%83%97-%E3%83%8E%E3%83%BC%E3%83%88%E3%83%96%E3%83%83%E3%82%AF-690680/
- 平成24年度国民医療費の現状より。
- １どうしたらいいですか？と会場にふる。 ２構造化してくださいと。会場にふる。
- Narrative review 都合の良い文献だけをpick upして紹介して、エビデンスが有ると主張してもEBMとはいえません。 やっていることは、お薬セールスマンの人とかわらないですね。 フェアーな臨床的判断をするためには、現存するすべての 関連する研究を総括したのちに、判断する必要が有ります。 その判断に至ったまでの課程を見える化する必要があります。 https://pixabay.com/ja/%E6%AD%8C-%E9%9F%B3%E6%A5%BD-%E3%83%91%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%BC%E3%83%9E%E3%83%B3%E3%82%B9-%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%86%E3%82%A4%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%88-%E3%83%9F%E3%83%A5%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%82%B7%E3%83%A3%E3%83%B3-%E5%A3%B0-531290/
- 糖尿病
- 言葉の説明 網羅性の高い検索＝該当する研究に関して漏れが少ない 適合率の高い検索＝検索結果の中に含まれる誤った研究が少ない 会場にふる。”さっきの検索式ではどのような問題点があるでしょうか。いまから勉強してもらってまた聞きますね。” Handbook 6.4.4 Sensitivity versus precision
- ポイント： ＃１はP ＃２はI ここに「Outcome」は入らない！ →実際の文献を読んでヒトが判断する アブストラクトにすべてのアウトカムが載っているとは限らないため
- 同じくくりの言葉にしましょう、とか、これはこのくくりの下位にあります。など 例：赤とんぼ ギンヤンマは同じくくり。上位語はトンボ。さらに上位のくくりは昆虫 MeSHは その”くくり”で一括検索できる→網羅的 medline 言い換えると・・・ MeSHは同じ概念に違う単語が沢山有る場合に有効 しかし、注意点はMeSHを作っている人はその分野の専門家ではない ★以下重要！！！！！！！★ MEDLINEでは1976年以前はabstractがほとんどなく、Abstractの中の単語では検索できず、また、1990年代以前はデザインに関するindexがほとんどないため、Publication typeやMeSHでは検索できない ∴ 一つの状態を表すwordはMeSH＋free wordであることが必須！
- 問題点の例 他の用語はかんがえられないか？MeSHを使っていない。Free textでさらに追加。 系統的レビューではアウトカムは検索式に加えない。 今回はRCTは少ないかもしれないのでフィルターの使用は不適切 減量手術はGastrectomyのみではない Diabetesのfree text wordのバリエーションを考慮していない(ex. Diabetic patient)
- 問題点の例 他の用語はかんがえられないか？MeSHを使っていない。Free textでさらに追加。 系統的レビューではアウトカムは検索式に加えない。 今回はRCTは少ないかもしれないのでフィルターの使用は不適切 減量手術はGastrectomyのみではない Diabetesのfree text wordのバリエーションを考慮していない(ex. Diabetic patient)
- 問題点の例 他の用語はかんがえられないか？MeSHを使っていない。Free textでさらに追加。 系統的レビューではアウトカムは検索式に加えない。 今回はRCTは少ないかもしれないのでフィルターの使用は不適切 減量手術はGastrectomyのみではない Diabetesのfree text wordのバリエーションを考慮していない(ex. Diabetic patient)
- 問題点の例 他の用語はかんがえられないか？MeSHを使っていない。Free textでさらに追加。 系統的レビューではアウトカムは検索式に加えない。 今回はRCTは少ないかもしれないのでフィルターの使用は不適切 減量手術はGastrectomyのみではない Diabetesのfree text wordのバリエーションを考慮していない(ex. Diabetic patient)
- RCTできるテーマでないとフィルターは使用しないことが原則。 [pt] denotes a Publication Type term; [tiab] denotes a word in the title or abstract; [sh] denotes a subheading; [mh] denotes a Medical Subject Heading (MeSH) term (‘exploded’); [mesh: noexp] denotes a Medical Subject Heading (MeSH) term (not ‘exploded’); [ti] denotes a word in the title 診断に関するレビューではフィルターは使ってはいけない事になっています。(handbook)
- RCTできるテーマでないとフィルターは使用しないことが原則。 [pt] denotes a Publication Type term; [tiab] denotes a word in the title or abstract; [sh] denotes a subheading; [mh] denotes a Medical Subject Heading (MeSH) term (‘exploded’); [mesh: noexp] denotes a Medical Subject Heading (MeSH) term (not ‘exploded’); [ti] denotes a word in the title 診断に関するレビューではフィルターは使ってはいけない事になっています。(handbook)
- Cochrane handbook for Systematic Reviews of Interventions は書籍もあります。
- ネコ https://pixabay.com/ja/考える-喫茶店-コーヒー-猫-漫画-1217109/